/[escript]/trunk/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp
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revision 547 by gross, Tue Feb 21 06:10:54 2006 UTC revision 1204 by gross, Sat Jun 23 11:43:12 2007 UTC
# Line 13  Line 13 
13   ******************************************************************************   ******************************************************************************
14  */  */
15    
16    #ifdef PASO_MPI
17    #include <mpi.h>
18    #endif
19  #include "MeshAdapter.h"  #include "MeshAdapter.h"
20    
21  #include "Data.h"  #include "escript/Data.h"
22  #include "DataFactory.h"  #include "escript/DataFactory.h"
23    
24  using namespace std;  using namespace std;
25  using namespace escript;  using namespace escript;
# Line 29  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType M Line 32  MeshAdapter::FunctionSpaceNamesMapType M
32  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  const int MeshAdapter::DegreesOfFreedom=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
33  const int MeshAdapter::ReducedDegreesOfFreedom=FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  const int MeshAdapter::ReducedDegreesOfFreedom=FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;
34  const int MeshAdapter::Nodes=FINLEY_NODES;  const int MeshAdapter::Nodes=FINLEY_NODES;
35    const int MeshAdapter::ReducedNodes=FINLEY_REDUCED_NODES;
36  const int MeshAdapter::Elements=FINLEY_ELEMENTS;  const int MeshAdapter::Elements=FINLEY_ELEMENTS;
37    const int MeshAdapter::ReducedElements=FINLEY_REDUCED_ELEMENTS;
38  const int MeshAdapter::FaceElements=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  const int MeshAdapter::FaceElements=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
39    const int MeshAdapter::ReducedFaceElements=FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS;
40  const int MeshAdapter::Points=FINLEY_POINTS;  const int MeshAdapter::Points=FINLEY_POINTS;
41  const int MeshAdapter::ContactElementsZero=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  const int MeshAdapter::ContactElementsZero=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
42    const int MeshAdapter::ReducedContactElementsZero=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1;
43  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;  const int MeshAdapter::ContactElementsOne=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2;
44    const int MeshAdapter::ReducedContactElementsOne=FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2;
45    
46  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)  MeshAdapter::MeshAdapter(Finley_Mesh* finleyMesh)
47  {  {
# Line 70  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh Line 78  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh
78    
79  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const
80  {  {
81    char fName[fileName.size()+1];    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;
82    strcpy(fName,fileName.c_str());    strcpy(fName,fileName.c_str());
83    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);
84    checkFinleyError();    checkFinleyError();
85      TMPMEMFREE(fName);
86  }  }
87    
88  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
89  {  {
90    return "FinleyMesh";    return string("FinleyMesh");
91  }  }
92    
93  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsString(int functionSpaceType) const
# Line 88  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsS Line 97  string MeshAdapter::functionSpaceTypeAsS
97    if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {    if (loc==m_functionSpaceTypeNames.end()) {
98      return "Invalid function space type code.";      return "Invalid function space type code.";
99    } else {    } else {
100      return loc->second;      return string(loc->second);
101    }    }
102  }  }
103    
# Line 108  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNa Line 117  void MeshAdapter::setFunctionSpaceTypeNa
117    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
118      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Nodes,"Finley_Nodes"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Nodes,"Finley_Nodes"));
119    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
120        (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedNodes,"Finley_Reduced_Nodes"));
121      m_functionSpaceTypeNames.insert
122      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Elements,"Finley_Elements"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Elements,"Finley_Elements"));
123    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
124        (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedElements,"Finley_Reduced_Elements"));
125      m_functionSpaceTypeNames.insert
126      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(FaceElements,"Finley_Face_Elements"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(FaceElements,"Finley_Face_Elements"));
127    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
128        (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedFaceElements,"Finley_Reduced_Face_Elements"));
129      m_functionSpaceTypeNames.insert
130      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Points,"Finley_Points"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(Points,"Finley_Points"));
131    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
132      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsZero,"Finley_Contact_Elements_0"));
133    m_functionSpaceTypeNames.insert    m_functionSpaceTypeNames.insert
134        (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsZero,"Finley_Reduced_Contact_Elements_0"));
135      m_functionSpaceTypeNames.insert
136      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));      (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ContactElementsOne,"Finley_Contact_Elements_1"));
137      m_functionSpaceTypeNames.insert
138        (FunctionSpaceNamesMapType::value_type(ReducedContactElementsOne,"Finley_Reduced_Contact_Elements_1"));
139  }  }
140    
141  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const  int MeshAdapter::getContinuousFunctionCode() const
142  {  {
143    return Nodes;    return Nodes;
144  }  }
145    int MeshAdapter::getReducedContinuousFunctionCode() const
146    {
147      return ReducedNodes;
148    }
149    
150  int MeshAdapter::getFunctionCode() const  int MeshAdapter::getFunctionCode() const
151  {  {
152    return Elements;    return Elements;
153  }  }
154    int MeshAdapter::getReducedFunctionCode() const
155    {
156      return ReducedElements;
157    }
158    
159  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnBoundaryCode() const
160  {  {
161    return FaceElements;    return FaceElements;
162  }  }
163    int MeshAdapter::getReducedFunctionOnBoundaryCode() const
164    {
165      return ReducedFaceElements;
166    }
167    
168  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactZeroCode() const
169  {  {
170    return ContactElementsZero;    return ContactElementsZero;
171  }  }
172    int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactZeroCode() const
173    {
174      return ReducedContactElementsZero;
175    }
176    
177  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const  int MeshAdapter::getFunctionOnContactOneCode() const
178  {  {
179    return ContactElementsOne;    return ContactElementsOne;
180  }  }
181    int MeshAdapter::getReducedFunctionOnContactOneCode() const
182    {
183      return ReducedContactElementsOne;
184    }
185    
186  int MeshAdapter::getSolutionCode() const  int MeshAdapter::getSolutionCode() const
187  {  {
# Line 183  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 222  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
222             numDataPointsPerSample=1;             numDataPointsPerSample=1;
223             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;             if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;
224             break;             break;
225          case(ReducedNodes):
226               /* TODO: add ReducedNodes */
227               numDataPointsPerSample=1;
228               if (mesh->Nodes!=NULL) numSamples=mesh->Nodes->numNodes;
229               throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes is not supported yet.");
230               break;
231        case(Elements):        case(Elements):
232             if (mesh->Elements!=NULL) {             if (mesh->Elements!=NULL) {
233               numSamples=mesh->Elements->numElements;               numSamples=mesh->Elements->numElements;
234               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElement->numQuadNodes;               numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
235             }             }
236             break;             break;
237          case(ReducedElements):
238               if (mesh->Elements!=NULL) {
239                 numSamples=mesh->Elements->numElements;
240                 numDataPointsPerSample=mesh->Elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;
241               }
242               break;
243        case(FaceElements):        case(FaceElements):
244             if (mesh->FaceElements!=NULL) {             if (mesh->FaceElements!=NULL) {
245                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElement->numQuadNodes;                  numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElement->numQuadNodes;
246                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;                  numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
247             }             }
248             break;             break;
249          case(ReducedFaceElements):
250               if (mesh->FaceElements!=NULL) {
251                    numDataPointsPerSample=mesh->FaceElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;
252                    numSamples=mesh->FaceElements->numElements;
253               }
254               break;
255        case(Points):        case(Points):
256             if (mesh->Points!=NULL) {             if (mesh->Points!=NULL) {
257               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
# Line 207  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape( Line 264  pair<int,int> MeshAdapter::getDataShape(
264               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
265             }             }
266             break;             break;
267          case(ReducedContactElementsZero):
268               if (mesh->ContactElements!=NULL) {
269                 numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;
270                 numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
271               }
272               break;
273        case(ContactElementsOne):        case(ContactElementsOne):
274             if (mesh->ContactElements!=NULL) {             if (mesh->ContactElements!=NULL) {
275               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;               numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElement->numQuadNodes;
276               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;               numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
277             }             }
278             break;             break;
279          case(ReducedContactElementsOne):
280               if (mesh->ContactElements!=NULL) {
281                 numDataPointsPerSample=mesh->ContactElements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;
282                 numSamples=mesh->ContactElements->numElements;
283               }
284               break;
285        case(DegreesOfFreedom):        case(DegreesOfFreedom):
286             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
287               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
288    #ifndef PASO_MPI
289               numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;               numSamples=mesh->Nodes->numDegreesOfFreedom;
290    #else
291                 numSamples=mesh->Nodes->degreeOfFreedomDistribution->numLocal;
292    #endif
293             }             }
294             break;             break;
295        case(ReducedDegreesOfFreedom):        case(ReducedDegreesOfFreedom):
296             if (mesh->Nodes!=NULL) {             if (mesh->Nodes!=NULL) {
297               numDataPointsPerSample=1;               numDataPointsPerSample=1;
298    #ifndef PASO_MPI
299               numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;               numSamples=mesh->Nodes->reducedNumDegreesOfFreedom;
300    #else
301                 numSamples=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution->numLocal;
302    #endif
303             }             }
304             break;             break;
305        default:        default:
# Line 243  void MeshAdapter::addPDEToSystem( Line 320  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
320                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,
321                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const
322  {  {
323       escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
324       escriptDataC _A  =A.getDataC();
325       escriptDataC _B=B.getDataC();
326       escriptDataC _C=C.getDataC();
327       escriptDataC _D=D.getDataC();
328       escriptDataC _X=X.getDataC();
329       escriptDataC _Y=Y.getDataC();
330       escriptDataC _d=d.getDataC();
331       escriptDataC _y=y.getDataC();
332       escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();
333       escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
334    
335     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
336     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(),&(rhs.getDataC()),  
337                         &(A.getDataC()),&(B.getDataC()),&(C.getDataC()),&(D.getDataC()),&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );
338     checkFinleyError();     checkFinleyError();
339     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,  
340                    mat.getPaso_SystemMatrix(),     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );
                   &(rhs.getDataC()),  
                                   &(d.getDataC()),&(y.getDataC()),  
                                   Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);  
341     checkFinleyError();     checkFinleyError();
342     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,  
343                    mat.getPaso_SystemMatrix(),     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );
                   &(rhs.getDataC()),  
                                   &(d_contact.getDataC()),  
                   &(y_contact.getDataC()),  
                                   Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);  
344     checkFinleyError();     checkFinleyError();
345  }  }
346    
347    void  MeshAdapter::addPDEToLumpedSystem(
348                         escript::Data& mat,
349                         const escript::Data& D,
350                         const escript::Data& d) const
351    {
352       escriptDataC _mat=mat.getDataC();
353       escriptDataC _D=D.getDataC();
354       escriptDataC _d=d.getDataC();
355    
356       Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
357      
358       Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_mat, &_D);
359       Finley_Assemble_LumpedSystem(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_mat, &_d);
360    
361       checkFinleyError();
362    }
363    
364    
365  //  //
366  // adds linear PDE of second order into the right hand side only  // adds linear PDE of second order into the right hand side only
367  //  //
368  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs,  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::Data& rhs, const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const
                      const  escript::Data& X,const  escript::Data& Y, const escript::Data& y, const escript::Data& y_contact) const  
369  {  {
370     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
371    
372     // Finley_Assemble_PDE_RHS(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(rhs.getDataC()),&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
373     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,0,&(rhs.getDataC()),0,0,0,0,&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _X=X.getDataC();
374     checkFinleyError();     escriptDataC _Y=Y.getDataC();
375       escriptDataC _y=y.getDataC();
376       escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
377    
378     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(rhs.getDataC()),&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );
379     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     checkFinleyError();
380    
381       Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );
382     checkFinleyError();     checkFinleyError();
383     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);  
384     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(rhs.getDataC()),&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );
385     checkFinleyError();     checkFinleyError();
386  }  }
387    
# Line 290  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 392  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
392  {  {
393    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& inDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(in.getFunctionSpace().getDomain());
394    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& targetDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(target.getFunctionSpace().getDomain());
395    if (inDomain!=*this)    if (inDomain!=*this)  
396       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolant.");
397    if (targetDomain!=*this)    if (targetDomain!=*this)
398       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");      throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of interpolation target.");
399    
400    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
401      escriptDataC _target=target.getDataC();
402      escriptDataC _in=in.getDataC();
403    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(in.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
404       case(Nodes):       case(Nodes):
405          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
406             case(Nodes):             case(Nodes):
407               case(ReducedNodes):
408               case(DegreesOfFreedom):
409             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
410                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
411                   break;
412               case(Elements):
413               case(ReducedElements):
414                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
415                   break;
416               case(FaceElements):
417               case(ReducedFaceElements):
418                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
419                   break;
420               case(Points):
421                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
422                   break;
423               case(ContactElementsZero):
424               case(ReducedContactElementsZero):
425                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
426                   break;
427               case(ContactElementsOne):
428               case(ReducedContactElementsOne):
429                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
430                   break;
431               default:
432                   stringstream temp;
433                   temp << "Error - Interpolation on Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
434                   throw FinleyAdapterException(temp.str());
435                   break;
436            }
437            break;
438         case(ReducedNodes):
439            switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
440               case(Nodes):
441               case(ReducedNodes):
442             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
443                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             case(ReducedDegreesOfFreedom):
444                   Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
445                 break;                 break;
446             case(Elements):             case(Elements):
447                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedElements):
448                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
449                 break;                 break;
450             case(FaceElements):             case(FaceElements):
451                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedFaceElements):
452                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
453                 break;                 break;
454             case(Points):             case(Points):
455                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
456                 break;                 break;
457             case(ContactElementsZero):             case(ContactElementsZero):
458                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedContactElementsZero):
459                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
460                 break;                 break;
461             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
462                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedContactElementsOne):
463                   Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
464                 break;                 break;
465             default:             default:
466                 stringstream temp;                 stringstream temp;
# Line 328  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 471  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
471          break;          break;
472       case(Elements):       case(Elements):
473          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Elements) {
474             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
475            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
476               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
477          } else {          } else {
478             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements possible.");
479          }          }
480          break;          break;
481         case(ReducedElements):
482            if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedElements) {
483               Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Elements,&_target,&_in);
484            } else {
485               throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on elements with reduced integration order possible.");
486            }
487            break;
488       case(FaceElements):       case(FaceElements):
489          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
490             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
491            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedFaceElements) {
492               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
493          } else {          } else {
494             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements possible.");
            break;  
495         }         }
496           break;
497         case(ReducedFaceElements):
498            if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==FaceElements) {
499               Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->FaceElements,&_target,&_in);
500            } else {
501               throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on face elements with reduced integration order possible.");
502           }
503           break;
504       case(Points):       case(Points):
505          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==Points) {
506             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->Points,&_target,&_in);
507          } else {          } else {
508             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on points possible.");
            break;  
509          }          }
510          break;          break;
511       case(ContactElementsZero):       case(ContactElementsZero):
512       case(ContactElementsOne):       case(ContactElementsOne):
513          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {          if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ContactElementsOne) {
514             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
515            } else if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
516               Finley_Assemble_AverageElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
517          } else {          } else {
518             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");             throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements possible.");
519             break;             break;
520          }          }
521          break;          break;
522       case(DegreesOfFreedom):       case(ReducedContactElementsZero):
523         case(ReducedContactElementsOne):
524            if (target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsZero || target.getFunctionSpace().getTypeCode()==ReducedContactElementsOne) {
525               Finley_Assemble_CopyElementData(mesh->ContactElements,&_target,&_in);
526            } else {
527               throw FinleyAdapterException("Error - No interpolation with data on contact elements with reduced integration order possible.");
528               break;
529            }
530            break;
531         case(DegreesOfFreedom):      
532          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {          switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
533             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
534             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
535             case(Nodes):             case(Nodes):
536                Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));             case(ReducedNodes):
537                  Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
538                break;                break;
539    #ifndef PASO_MPI
540             case(Elements):             case(Elements):
541                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedElements):
542                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
543                break;                break;
544             case(FaceElements):             case(FaceElements):
545                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedFaceElements):
546                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
547                break;                break;
548             case(Points):             case(Points):
549                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
550                break;                break;
551             case(ContactElementsZero):             case(ContactElementsZero):
552             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
553                Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));             case(ReducedContactElementsZero):
554               case(ReducedContactElementsOne):
555                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
556               break;               break;
557    #else
558               /* need to copy Degrees of freedom data to nodal data so that the external values are available */
559               case(Elements):
560               case(ReducedElements):
561                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
562                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);
563                  break;
564               case(FaceElements):
565               case(ReducedFaceElements):
566                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
567                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);
568                  break;
569               case(Points):
570                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
571                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);
572                  break;
573               case(ContactElementsZero):
574               case(ContactElementsOne):
575               case(ReducedContactElementsZero):
576               case(ReducedContactElementsOne):
577                  escript::Data nodeTemp( in, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
578                  Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(nodeTemp.getDataC()),&_target);
579                 break;
580    #endif
581             default:             default:
582               stringstream temp;               stringstream temp;
583               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();               temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << target.getFunctionSpace().getTypeCode();
# Line 386  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es Line 587  void MeshAdapter::interpolateOnDomain(es
587          break;          break;
588       case(ReducedDegreesOfFreedom):       case(ReducedDegreesOfFreedom):
589         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {         switch(target.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
590              case(Nodes):
591                 throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");
592                 break;
593              case(ReducedNodes):
594                 Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
595                 break;
596              case(DegreesOfFreedom):
597                 throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");
598                 break;
599            case(ReducedDegreesOfFreedom):            case(ReducedDegreesOfFreedom):
600               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(target.getDataC()),&(in.getDataC()));               Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&_target,&_in);
601               break;               break;
602            case(Elements):            case(Elements):
603               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));            case(ReducedElements):
604                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_in,&_target);
605               break;               break;
606            case(FaceElements):            case(FaceElements):
607               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));            case(ReducedFaceElements):
608                 Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_in,&_target);
609               break;               break;
610            case(Points):            case(Points):
611               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->Points,&_in,&_target);
612               break;               break;
613            case(ContactElementsZero):            case(ContactElementsZero):
614            case(ContactElementsOne):            case(ContactElementsOne):
615               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(in.getDataC()),&(target.getDataC()));            case(ReducedContactElementsZero):
616               break;            case(ReducedContactElementsOne):
617            case(Nodes):               Finley_Assemble_interpolate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_in,&_target);
              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to mesh nodes.");  
              break;  
           case(DegreesOfFreedom):  
              throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support interpolation from reduced degrees of freedom to degrees of freedom");  
618               break;               break;
619            default:            default:
620               stringstream temp;               stringstream temp;
# Line 435  void MeshAdapter::setToX(escript::Data& Line 643  void MeshAdapter::setToX(escript::Data&
643    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
644    // in case of values node coordinates we can do the job directly:    // in case of values node coordinates we can do the job directly:
645    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {    if (arg.getFunctionSpace().getTypeCode()==Nodes) {
646       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(arg.getDataC()));       escriptDataC _arg=arg.getDataC();
647         Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_arg);
648    } else {    } else {
649       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);       escript::Data tmp_data=Vector(0.0,continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()),true);
650       Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&(tmp_data.getDataC()));       escriptDataC _tmp_data=tmp_data.getDataC();
651         Finley_Assemble_NodeCoordinates(mesh->Nodes,&_tmp_data);
652       // this is then interpolated onto arg:       // this is then interpolated onto arg:
653       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);       interpolateOnDomain(arg,tmp_data);
654    }    }
# Line 454  void MeshAdapter::setToNormal(escript::D Line 664  void MeshAdapter::setToNormal(escript::D
664    if (normalDomain!=*this)    if (normalDomain!=*this)
665       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of normal locations");
666    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
667      escriptDataC _normal=normal.getDataC();
668    switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(normal.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
669      case(Nodes):      case(Nodes):
670        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for nodes");
671        break;        break;
672        case(ReducedNodes):
673          throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for reduced nodes");
674          break;
675      case(Elements):      case(Elements):
676        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements");
677        break;        break;
678        case(ReducedElements):
679          throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for elements with reduced integration order");
680          break;
681      case (FaceElements):      case (FaceElements):
682        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(normal.getDataC()));        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);
683          break;
684        case (ReducedFaceElements):
685          Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_normal);
686        break;        break;
687      case(Points):      case(Points):
688        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for point elements");
689        break;        break;
690      case (ContactElementsOne):      case (ContactElementsOne):
691      case (ContactElementsZero):      case (ContactElementsZero):
692        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(normal.getDataC()));        Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);
693          break;
694        case (ReducedContactElementsOne):
695        case (ReducedContactElementsZero):
696          Finley_Assemble_setNormal(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_normal);
697        break;        break;
698      case(DegreesOfFreedom):      case(DegreesOfFreedom):
699        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");        throw FinleyAdapterException("Error - Finley does not support surface normal vectors for degrees of freedom.");
# Line 508  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve Line 732  void MeshAdapter::setToIntegrals(std::ve
732       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of integration kernel");
733    
734    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
735      escriptDataC _arg=arg.getDataC();
736    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(arg.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
737       case(Nodes):       case(Nodes):
738            /* TODO */
739          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on nodes is not supported.");          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on nodes is not supported.");
740          break;          break;
741         case(ReducedNodes):
742            /* TODO */
743            throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on reduced nodes is not supported.");
744            break;
745       case(Elements):       case(Elements):
746          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(arg.getDataC()),&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);
747            break;
748         case(ReducedElements):
749            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_arg,&integrals[0]);
750          break;          break;
751       case(FaceElements):       case(FaceElements):
752          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(arg.getDataC()),&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);
753            break;
754         case(ReducedFaceElements):
755            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_arg,&integrals[0]);
756          break;          break;
757       case(Points):       case(Points):
758          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on points is not supported.");
759          break;          break;
760       case(ContactElementsZero):       case(ContactElementsZero):
761          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(arg.getDataC()),&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
762            break;
763         case(ReducedContactElementsZero):
764            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
765          break;          break;
766       case(ContactElementsOne):       case(ContactElementsOne):
767          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(arg.getDataC()),&integrals[0]);          Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
768            break;
769         case(ReducedContactElementsOne):
770            Finley_Assemble_integrate(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_arg,&integrals[0]);
771          break;          break;
772       case(DegreesOfFreedom):       case(DegreesOfFreedom):
773          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on degrees of freedom is not supported.");          throw FinleyAdapterException("Error - Integral of data on degrees of freedom is not supported.");
# Line 555  void MeshAdapter::setToGradient(escript: Line 797  void MeshAdapter::setToGradient(escript:
797       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of gradient");
798    
799    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
800      escriptDataC _grad=grad.getDataC();
801      escriptDataC nodeDataC;
802    #ifdef PASO_MPI
803      escript::Data nodeTemp( arg, continuousFunction(asAbstractContinuousDomain()) );
804      if( arg.getFunctionSpace().getTypeCode() != Nodes )
805      {
806        Finley_Assemble_CopyNodalData(mesh->Nodes,&(nodeTemp.getDataC()),&(arg.getDataC()));
807        nodeDataC = nodeTemp.getDataC();
808      }
809      else
810        nodeDataC = arg.getDataC();
811    #else
812      nodeDataC = arg.getDataC();
813    #endif
814    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {    switch(grad.getFunctionSpace().getTypeCode()) {
815         case(Nodes):         case(Nodes):
816            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at nodes is not supported.");
817            break;            break;
818           case(ReducedNodes):
819              throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at reduced nodes is not supported.");
820              break;
821         case(Elements):         case(Elements):
822            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);
823              break;
824           case(ReducedElements):
825              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->Elements,&_grad,&nodeDataC);
826            break;            break;
827         case(FaceElements):         case(FaceElements):
828            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);
829              break;
830           case(ReducedFaceElements):
831              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&_grad,&nodeDataC);
832            break;            break;
833         case(Points):         case(Points):
834            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at points is not supported.");
835            break;            break;
836         case(ContactElementsZero):         case(ContactElementsZero):
837            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);
838              break;
839           case(ReducedContactElementsZero):
840              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);
841            break;            break;
842         case(ContactElementsOne):         case(ContactElementsOne):
843            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(grad.getDataC()),&(arg.getDataC()));            Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);
844              break;
845           case(ReducedContactElementsOne):
846              Finley_Assemble_gradient(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&_grad,&nodeDataC);
847            break;            break;
848         case(DegreesOfFreedom):         case(DegreesOfFreedom):
849            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Gradient at degrees of freedom is not supported.");
# Line 600  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat Line 871  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat
871         case(Nodes):         case(Nodes):
872            throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Size of nodes is not supported.");
873            break;            break;
874           case(ReducedNodes):
875              throw FinleyAdapterException("Error - Size of reduced nodes is not supported.");
876              break;
877         case(Elements):         case(Elements):
878            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);
879            break;            break;
880           case(ReducedElements):
881              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->Elements,&tmp);
882              break;
883         case(FaceElements):         case(FaceElements):
884            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);
885            break;            break;
886           case(ReducedFaceElements):
887              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&tmp);
888              break;
889         case(Points):         case(Points):
890            throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Size of point elements is not supported.");
891            break;            break;
# Line 613  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat Line 893  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat
893         case(ContactElementsOne):         case(ContactElementsOne):
894            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);            Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);
895            break;            break;
896           case(ReducedContactElementsZero):
897           case(ReducedContactElementsOne):
898              Finley_Assemble_getSize(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&tmp);
899              break;
900         case(DegreesOfFreedom):         case(DegreesOfFreedom):
901            throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");            throw FinleyAdapterException("Error - Size of degrees of freedom is not supported.");
902            break;            break;
# Line 632  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat Line 916  void MeshAdapter::setToSize(escript::Dat
916  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)  void MeshAdapter::setNewX(const escript::Data& new_x)
917  {  {
918    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
919      escriptDataC tmp;
920    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());    const MeshAdapter& newDomain=dynamic_cast<const MeshAdapter&>(new_x.getFunctionSpace().getDomain());
921    if (newDomain!=*this)    if (newDomain!=*this)
922       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");       throw FinleyAdapterException("Error - Illegal domain of new point locations");
923    Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&(new_x.getDataC()));    tmp = new_x.getDataC();
924      Finley_Mesh_setCoordinates(mesh,&tmp);
925    checkFinleyError();    checkFinleyError();
926  }  }
927    
# Line 644  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 930  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
930  {  {
931      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
932      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
933      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
934      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
935      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
936      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
937        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
938      }
939    
940      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
941      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
942      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
943    
944      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
945      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
946           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
947           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
948               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveDX: Data must be defined on same Domain");
949           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
950           ptr_data[i]=&(data[i]);           ptr_data[i]=&(data[i]);
951           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
# Line 667  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 959  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
959      }      }
960      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
961      checkFinleyError();      checkFinleyError();
962        
963          /* win32 refactor */
964      TMPMEMFREE(c_names);
965      TMPMEMFREE(data);
966      TMPMEMFREE(ptr_data);
967      for(int i=0;i<num_data;i++)
968      {
969        TMPMEMFREE(names[i]);
970      }
971      TMPMEMFREE(names);
972    
973      return;      return;
974  }  }
975    
# Line 675  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 978  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
978  {  {
979      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
980      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
981      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
982      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
983      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
984      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
985        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
986      }
987    
988      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
989      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
990      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
991    
992      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
993      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
# Line 696  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 1005  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
1005              strcpy(c_names[i],n.c_str());              strcpy(c_names[i],n.c_str());
1006           }           }
1007      }      }
1008    #ifndef PASO_MPI    
1009      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
1010      checkFinleyError();  #else
1011        Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
1012    #endif
1013    
1014    checkFinleyError();
1015      /* win32 refactor */
1016      TMPMEMFREE(c_names);
1017      TMPMEMFREE(data);
1018      TMPMEMFREE(ptr_data);
1019      for(int i=0;i<num_data;i++)
1020      {
1021        TMPMEMFREE(names[i]);
1022      }
1023      TMPMEMFREE(names);
1024    
1025      return;      return;
1026  }  }
1027                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
# Line 764  bool MeshAdapter::isCellOriented(int fun Line 1088  bool MeshAdapter::isCellOriented(int fun
1088         case(Points):         case(Points):
1089         case(ContactElementsZero):         case(ContactElementsZero):
1090         case(ContactElementsOne):         case(ContactElementsOne):
1091           case(ReducedElements):
1092           case(ReducedFaceElements):
1093           case(ReducedContactElementsZero):
1094           case(ReducedContactElementsOne):
1095            return true;            return true;
1096            break;            break;
1097         default:         default:
# Line 782  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1110  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1110       case(Nodes):       case(Nodes):
1111          switch(functionSpaceType_target) {          switch(functionSpaceType_target) {
1112             case(Nodes):             case(Nodes):
1113               case(ReducedNodes):
1114             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
1115             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
1116             case(Elements):             case(Elements):
1117               case(ReducedElements):
1118               case(FaceElements):
1119               case(ReducedFaceElements):
1120               case(Points):
1121               case(ContactElementsZero):
1122               case(ReducedContactElementsZero):
1123               case(ContactElementsOne):
1124               case(ReducedContactElementsOne):
1125                   return true;
1126               default:
1127                   stringstream temp;
1128                   temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
1129                   throw FinleyAdapterException(temp.str());
1130            }
1131            break;
1132         case(ReducedNodes):
1133            switch(functionSpaceType_target) {
1134               case(ReducedNodes):
1135               case(ReducedDegreesOfFreedom):
1136               case(Elements):
1137               case(ReducedElements):
1138             case(FaceElements):             case(FaceElements):
1139               case(ReducedFaceElements):
1140             case(Points):             case(Points):
1141             case(ContactElementsZero):             case(ContactElementsZero):
1142               case(ReducedContactElementsZero):
1143             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
1144               case(ReducedContactElementsOne):
1145                 return true;                 return true;
1146              case(Nodes):
1147              case(DegreesOfFreedom):
1148                 return false;
1149             default:             default:
1150                 stringstream temp;                 stringstream temp;
1151                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;                 temp << "Error - Interpolation On Domain: Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType_target;
# Line 799  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1155  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1155       case(Elements):       case(Elements):
1156          if (functionSpaceType_target==Elements) {          if (functionSpaceType_target==Elements) {
1157             return true;             return true;
1158            } else if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1159               return true;
1160            } else {
1161               return false;
1162            }
1163         case(ReducedElements):
1164            if (functionSpaceType_target==ReducedElements) {
1165               return true;
1166          } else {          } else {
1167             return false;             return false;
1168          }          }
1169       case(FaceElements):       case(FaceElements):
1170          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {          if (functionSpaceType_target==FaceElements) {
1171             return true;             return true;
1172            } else if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1173               return true;
1174            } else {
1175               return false;
1176            }
1177         case(ReducedFaceElements):
1178            if (functionSpaceType_target==ReducedFaceElements) {
1179               return true;
1180          } else {          } else {
1181             return false;             return false;
1182          }          }
# Line 818  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1190  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1190       case(ContactElementsOne):       case(ContactElementsOne):
1191          if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {          if (functionSpaceType_target==ContactElementsZero || functionSpaceType_target==ContactElementsOne) {
1192             return true;             return true;
1193            } else if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1194               return true;
1195            } else {
1196               return false;
1197            }
1198         case(ReducedContactElementsZero):
1199         case(ReducedContactElementsOne):
1200            if (functionSpaceType_target==ReducedContactElementsZero || functionSpaceType_target==ReducedContactElementsOne) {
1201               return true;
1202          } else {          } else {
1203             return false;             return false;
1204          }          }
# Line 826  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1207  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1207             case(ReducedDegreesOfFreedom):             case(ReducedDegreesOfFreedom):
1208             case(DegreesOfFreedom):             case(DegreesOfFreedom):
1209             case(Nodes):             case(Nodes):
1210               case(ReducedNodes):
1211             case(Elements):             case(Elements):
1212             case(FaceElements):             case(ReducedElements):
1213             case(Points):             case(Points):
1214               case(FaceElements):
1215               case(ReducedFaceElements):
1216             case(ContactElementsZero):             case(ContactElementsZero):
1217               case(ReducedContactElementsZero):
1218             case(ContactElementsOne):             case(ContactElementsOne):
1219               case(ReducedContactElementsOne):
1220                return true;                return true;
1221             default:             default:
1222               stringstream temp;               stringstream temp;
# Line 841  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo Line 1227  bool MeshAdapter::probeInterpolationOnDo
1227       case(ReducedDegreesOfFreedom):       case(ReducedDegreesOfFreedom):
1228         switch(functionSpaceType_target) {         switch(functionSpaceType_target) {
1229            case(ReducedDegreesOfFreedom):            case(ReducedDegreesOfFreedom):
1230              case(ReducedNodes):
1231            case(Elements):            case(Elements):
1232              case(ReducedElements):
1233            case(FaceElements):            case(FaceElements):
1234              case(ReducedFaceElements):
1235            case(Points):            case(Points):
1236            case(ContactElementsZero):            case(ContactElementsZero):
1237              case(ReducedContactElementsZero):
1238            case(ContactElementsOne):            case(ContactElementsOne):
1239              case(ReducedContactElementsOne):
1240                return true;                return true;
1241            case(Nodes):            case(Nodes):
1242            case(DegreesOfFreedom):            case(DegreesOfFreedom):
# Line 908  escript::Data MeshAdapter::getSize() con Line 1299  escript::Data MeshAdapter::getSize() con
1299    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();    return function(asAbstractContinuousDomain()).getSize();
1300  }  }
1301    
1302    int* MeshAdapter::borrowSampleReferenceIDs(int functionSpaceType) const
1303    {
1304      int *out=0,i;
1305      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1306      switch (functionSpaceType) {
1307        case(Nodes):
1308          if (mesh->Nodes!=NULL) {
1309            out=mesh->Nodes->Id;
1310            break;
1311          }
1312        case(ReducedNodes):
1313          throw FinleyAdapterException("Error -  ReducedNodes not supported yet.");
1314          break;
1315        case(Elements):
1316          out=mesh->Elements->Id;
1317          break;
1318        case(ReducedElements):
1319          out=mesh->Elements->Id;
1320          break;
1321        case(FaceElements):
1322          out=mesh->FaceElements->Id;
1323          break;
1324        case(ReducedFaceElements):
1325          out=mesh->FaceElements->Id;
1326          break;
1327        case(Points):
1328          out=mesh->Points->Id;
1329          break;
1330        case(ContactElementsZero):
1331          out=mesh->ContactElements->Id;
1332          break;
1333        case(ReducedContactElementsZero):
1334          out=mesh->ContactElements->Id;
1335          break;
1336        case(ContactElementsOne):
1337          out=mesh->ContactElements->Id;
1338          break;
1339        case(ReducedContactElementsOne):
1340          out=mesh->ContactElements->Id;
1341          break;
1342        case(DegreesOfFreedom):
1343          out=mesh->Nodes->degreeOfFreedomId;
1344          break;
1345        case(ReducedDegreesOfFreedom):
1346          out=mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedomId;
1347          break;
1348        default:
1349          stringstream temp;
1350          temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();
1351          throw FinleyAdapterException(temp.str());
1352          break;
1353      }
1354      return out;
1355    }
1356  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const
1357  {  {
1358    int out=0;    int out=0;
# Line 916  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int Line 1361  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int
1361    case(Nodes):    case(Nodes):
1362      out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];      out=mesh->Nodes->Tag[sampleNo];
1363      break;      break;
1364      case(ReducedNodes):
1365        throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedNodes does not support tags.");
1366        break;
1367    case(Elements):    case(Elements):
1368      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];      out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1369      break;      break;
1370      case(ReducedElements):
1371        out=mesh->Elements->Tag[sampleNo];
1372        break;
1373    case(FaceElements):    case(FaceElements):
1374      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];      out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1375      break;      break;
1376      case(ReducedFaceElements):
1377        out=mesh->FaceElements->Tag[sampleNo];
1378        break;
1379    case(Points):    case(Points):
1380      out=mesh->Points->Tag[sampleNo];      out=mesh->Points->Tag[sampleNo];
1381      break;      break;
1382    case(ContactElementsZero):    case(ContactElementsZero):
1383      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1384      break;      break;
1385      case(ReducedContactElementsZero):
1386        out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1387        break;
1388    case(ContactElementsOne):    case(ContactElementsOne):
1389      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];      out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1390      break;      break;
1391      case(ReducedContactElementsOne):
1392        out=mesh->ContactElements->Tag[sampleNo];
1393        break;
1394    case(DegreesOfFreedom):    case(DegreesOfFreedom):
1395        throw FinleyAdapterException(" Error - DegreesOfFreedom does not support tags.");
1396      break;      break;
1397    case(ReducedDegreesOfFreedom):    case(ReducedDegreesOfFreedom):
1398        throw FinleyAdapterException(" Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags.");
1399      break;      break;
1400    default:    default:
1401      stringstream temp;      stringstream temp;
# Line 943  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int Line 1405  int MeshAdapter::getTagFromSampleNo(int
1405    }    }
1406    return out;    return out;
1407  }  }
1408  int MeshAdapter::getReferenceNoFromSampleNo(int functionSpaceType, int sampleNo) const  
1409    
1410    void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
1411  {  {
   int out=0,i;  
1412    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();    Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1413    switch (functionSpaceType) {    escriptDataC tmp=mask.getDataC();
1414    case(Nodes):    switch(functionSpaceType) {
1415      if (mesh->Nodes!=NULL) {         case(Nodes):
1416        out=mesh->Nodes->Id[sampleNo];            Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);
       break;  
     }  
   case(Elements):  
     out=mesh->Elements->Id[sampleNo];  
     break;  
   case(FaceElements):  
     out=mesh->FaceElements->Id[sampleNo];  
     break;  
   case(Points):  
     out=mesh->Points->Id[sampleNo];  
     break;  
   case(ContactElementsZero):  
     out=mesh->ContactElements->Id[sampleNo];  
     break;  
   case(ContactElementsOne):  
     out=mesh->ContactElements->Id[sampleNo];  
     break;  
   case(DegreesOfFreedom):  
     for (i=0;i<mesh->Nodes->numNodes; ++i) {  
        if (mesh->Nodes->degreeOfFreedom[i]==sampleNo) {  
           out=mesh->Nodes->Id[i];  
1417            break;            break;
1418         }         case(ReducedNodes):
1419      }            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedNodes does not support tags");
     break;  
   case(ReducedDegreesOfFreedom):  
     for (i=0;i<mesh->Nodes->numNodes; ++i) {  
        if (mesh->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]==sampleNo) {  
           out=mesh->Nodes->Id[i];  
1420            break;            break;
1421         }         case(DegreesOfFreedom):
1422      }            throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
1423      break;            break;
1424    default:         case(ReducedDegreesOfFreedom):
1425      stringstream temp;            throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
1426      temp << "Error - Invalid function space type: " << functionSpaceType << " for domain: " << getDescription();            break;
1427      throw FinleyAdapterException(temp.str());         case(Elements):
1428      break;            Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);
1429              break;
1430           case(ReducedElements):
1431              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);
1432              break;
1433           case(FaceElements):
1434              Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);
1435              break;
1436           case(ReducedFaceElements):
1437              Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);
1438              break;
1439           case(Points):
1440              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);
1441              break;
1442           case(ContactElementsZero):
1443              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1444              break;
1445           case(ReducedContactElementsZero):
1446              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1447              break;
1448           case(ContactElementsOne):
1449              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1450              break;
1451           case(ReducedContactElementsOne):
1452              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1453              break;
1454           default:
1455              stringstream temp;
1456              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
1457              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1458    }    }
1459    return out;    checkFinleyError();
1460      return;
1461    }
1462    
1463    void MeshAdapter::setTagMap(const std::string& name,  int tag)
1464    {
1465      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1466      Finley_Mesh_addTagMap(mesh, name.c_str(),tag);
1467      checkPasoError();
1468      // throwStandardException("MeshAdapter::set TagMap is not implemented.");
1469    }
1470    
1471    int MeshAdapter::getTag(const std::string& name) const
1472    {
1473      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1474      int tag=0;
1475      tag=Finley_Mesh_getTag(mesh, name.c_str());
1476      checkPasoError();
1477      // throwStandardException("MeshAdapter::getTag is not implemented.");
1478      return tag;
1479    }
1480    
1481    bool MeshAdapter::isValidTagName(const std::string& name) const
1482    {
1483      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1484      return Finley_Mesh_isValidTagName(mesh,name.c_str());
1485    }
1486    
1487    std::string MeshAdapter::showTagNames() const
1488    {
1489      stringstream temp;
1490      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1491      Finley_TagMap* tag_map=mesh->TagMap;
1492      while (tag_map) {
1493         temp << tag_map->name;
1494         tag_map=tag_map->next;
1495         if (tag_map) temp << ", ";
1496      }
1497      return string(temp.str());
1498  }  }
1499    
1500  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.547  
changed lines
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