/[escript]/trunk/finley/src/CPPAdapter/MeshAdapter.cpp
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revision 751 by bcumming, Mon Jun 26 01:46:34 2006 UTC revision 817 by ksteube, Sat Aug 26 03:08:52 2006 UTC
# Line 13  Line 13 
13   ******************************************************************************   ******************************************************************************
14  */  */
15    
16    #ifdef PASO_MPI
17    #include <mpi.h>
18    #endif
19  #include "MeshAdapter.h"  #include "MeshAdapter.h"
20    
21  #include "escript/Data.h"  #include "escript/Data.h"
# Line 70  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh Line 73  Finley_Mesh* MeshAdapter::getFinley_Mesh
73    
74  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const  void MeshAdapter::write(const std::string& fileName) const
75  {  {
76    char fName[fileName.size()+1];    char *fName = (fileName.size()+1>0) ? TMPMEMALLOC(fileName.size()+1,char) : (char*)NULL;
77    strcpy(fName,fileName.c_str());    strcpy(fName,fileName.c_str());
78    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);    Finley_Mesh_write(m_finleyMesh.get(),fName);
79    checkFinleyError();    checkFinleyError();
80      TMPMEMFREE(fName);
81  }  }
82    
83  string MeshAdapter::getDescription() const  string MeshAdapter::getDescription() const
# Line 251  void MeshAdapter::addPDEToSystem( Line 255  void MeshAdapter::addPDEToSystem(
255                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,                       const escript::Data& d, const escript::Data& y,
256                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const                       const escript::Data& d_contact,const escript::Data& y_contact) const
257  {  {
258    escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
259    escriptDataC _A  =A.getDataC();     escriptDataC _A  =A.getDataC();
260    escriptDataC _B=B.getDataC();     escriptDataC _B=B.getDataC();
261    escriptDataC _C=C.getDataC();     escriptDataC _C=C.getDataC();
262    escriptDataC _D=D.getDataC();     escriptDataC _D=D.getDataC();
263    escriptDataC _X=X.getDataC();     escriptDataC _X=X.getDataC();
264    escriptDataC _Y=Y.getDataC();     escriptDataC _Y=Y.getDataC();
265    escriptDataC _d=d.getDataC();     escriptDataC _d=d.getDataC();
266    escriptDataC _y=y.getDataC();     escriptDataC _y=y.getDataC();
267    escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();     escriptDataC _d_contact=d_contact.getDataC();
268    escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();     escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
269    
270     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
    Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );  
271    
272       Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_A, &_B, &_C, &_D, &_X, &_Y );
273     checkFinleyError();     checkFinleyError();
274    
275     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, &_d, &_y, Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs, 0, 0, 0, &_d, 0, &_y );
276     checkFinleyError();     checkFinleyError();
277    
278     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , &_d_contact, &_y_contact ,             Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, mat.getPaso_SystemMatrix(), &_rhs , 0, 0, 0, &_d_contact, 0, &_y_contact );
279     checkFinleyError();     checkFinleyError();
280  }  }
281    
# Line 282  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript:: Line 286  void MeshAdapter::addPDEToRHS( escript::
286  {  {
287     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();     Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
288    
289     // Finley_Assemble_PDE_RHS(mesh->Nodes,mesh->Elements,&(rhs.getDataC()),&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _rhs=rhs.getDataC();
290     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements,0,&(rhs.getDataC()),0,0,0,0,&(X.getDataC()),&(Y.getDataC()));     escriptDataC _X=X.getDataC();
291     checkFinleyError();     escriptDataC _Y=Y.getDataC();
292       escriptDataC _y=y.getDataC();
293       escriptDataC _y_contact=y_contact.getDataC();
294    
295     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,&(rhs.getDataC()),&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->Elements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, &_X, &_Y );
296     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->FaceElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Mean_out);     checkFinleyError();
297    
298       Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->FaceElements, 0, &_rhs, 0, 0, 0, 0, 0, &_y );
299     checkFinleyError();     checkFinleyError();
300     Finley_Assemble_RobinCondition(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,0,&(rhs.getDataC()),0,&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);  
301     // Finley_Assemble_RobinCondition_RHS(mesh->Nodes,mesh->ContactElements,&(rhs.getDataC()),&(y_contact.getDataC()),Finley_Assemble_handelShapeMissMatch_Step_out);     Finley_Assemble_PDE(mesh->Nodes,mesh->ContactElements, 0, &_rhs , 0, 0, 0, 0, 0, &_y_contact );
302     checkFinleyError();     checkFinleyError();
303  }  }
304    
# Line 700  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 707  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
707  {  {
708      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
709      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
710      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
711      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
712      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
713      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
714        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
715      }
716    
717      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
718      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
719      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
720    
721      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
722      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
723           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);           escript::Data& d=boost::python::extract<escript::Data&>(arg[keys[i]]);
724           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)           if (dynamic_cast<const MeshAdapter&>(d.getFunctionSpace().getDomain()) !=*this)
725               throw FinleyAdapterException("Error  in saveVTK: Data must be defined on same Domain");               throw FinleyAdapterException("Error  in saveDX: Data must be defined on same Domain");
726           data[i]=d.getDataC();           data[i]=d.getDataC();
727           ptr_data[i]=&(data[i]);           ptr_data[i]=&(data[i]);
728           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);           std::string n=boost::python::extract<std::string>(keys[i]);
# Line 723  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri Line 736  void MeshAdapter::saveDX(const std::stri
736      }      }
737      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveDX(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
738      checkFinleyError();      checkFinleyError();
739        
740          /* win32 refactor */
741      TMPMEMFREE(c_names);
742      TMPMEMFREE(data);
743      TMPMEMFREE(ptr_data);
744      for(int i=0;i<num_data;i++)
745      {
746        TMPMEMFREE(names[i]);
747      }
748      TMPMEMFREE(names);
749    
750      return;      return;
751  }  }
752    
# Line 731  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 755  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
755  {  {
756      int MAX_namelength=256;      int MAX_namelength=256;
757      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());      const int num_data=boost::python::extract<int>(arg.attr("__len__")());
758      char names[num_data][MAX_namelength];    /* win32 refactor */
759      char* c_names[num_data];    char* *names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
760      escriptDataC data[num_data];    for(int i=0;i<num_data;i++)
761      escriptDataC* ptr_data[num_data];    {
762        names[i] = (MAX_namelength>0) ? TMPMEMALLOC(MAX_namelength,char) : (char*)NULL;
763      }
764    
765      char* *c_names = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,char*) : (char**)NULL;
766      escriptDataC *data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC) : (escriptDataC*)NULL;
767      escriptDataC* *ptr_data = (num_data>0) ? TMPMEMALLOC(num_data,escriptDataC*) : (escriptDataC**)NULL;
768    
769      boost::python::list keys=arg.keys();      boost::python::list keys=arg.keys();
770      for (int i=0;i<num_data;++i) {      for (int i=0;i<num_data;++i) {
# Line 752  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str Line 782  void MeshAdapter::saveVTK(const std::str
782              strcpy(c_names[i],n.c_str());              strcpy(c_names[i],n.c_str());
783           }           }
784      }      }
785    #ifndef PASO_MPI    
786      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);      Finley_Mesh_saveVTK(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
787      checkFinleyError();  #else
788        Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(filename.c_str(),m_finleyMesh.get(),num_data,c_names,ptr_data);
789    #endif
790    
791    checkFinleyError();
792      /* win32 refactor */
793      TMPMEMFREE(c_names);
794      TMPMEMFREE(data);
795      TMPMEMFREE(ptr_data);
796      for(int i=0;i<num_data;i++)
797      {
798        TMPMEMFREE(names[i]);
799      }
800      TMPMEMFREE(names);
801    
802      return;      return;
803  }  }
804                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
# Line 1049  int MeshAdapter::getReferenceNoFromSampl Line 1094  int MeshAdapter::getReferenceNoFromSampl
1094    return out;    return out;
1095  }  }
1096    
1097    void MeshAdapter::setTags(const int functionSpaceType, const int newTag, const escript::Data& mask) const
1098    {
1099      Finley_Mesh* mesh=m_finleyMesh.get();
1100      escriptDataC tmp=mask.getDataC();
1101      switch(functionSpaceType) {
1102           case(Nodes):
1103              Finley_NodeFile_setTags(mesh->Nodes,newTag,&tmp);
1104              break;
1105           case(DegreesOfFreedom):
1106              throw FinleyAdapterException("Error - DegreesOfFreedom does not support tags");
1107              break;
1108           case(ReducedDegreesOfFreedom):
1109              throw FinleyAdapterException("Error - ReducedDegreesOfFreedom does not support tags");
1110              break;
1111           case(Elements):
1112              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Elements,newTag,&tmp);
1113              break;
1114           case(FaceElements):
1115              Finley_ElementFile_setTags(mesh->FaceElements,newTag,&tmp);
1116              break;
1117           case(Points):
1118              Finley_ElementFile_setTags(mesh->Points,newTag,&tmp);
1119              break;
1120           case(ContactElementsZero):
1121              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1122              break;
1123           case(ContactElementsOne):
1124              Finley_ElementFile_setTags(mesh->ContactElements,newTag,&tmp);
1125              break;
1126           default:
1127              stringstream temp;
1128              temp << "Error - Finley does not know anything about function space type " << functionSpaceType;
1129              throw FinleyAdapterException(temp.str());
1130      }
1131      checkFinleyError();
1132      return;
1133    }
1134    
1135    
1136  }  // end of namespace  }  // end of namespace

Legend:
Removed from v.751  
changed lines
  Added in v.817

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