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revision 1028 by gross, Wed Mar 14 00:15:24 2007 UTC revision 2052 by phornby, Mon Nov 17 11:15:07 2008 UTC
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 /*  
  ************************************************************  
  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
  *                                                          *  
  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
  *                                                          *  
  ************************************************************  
 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /*   Finley: read mesh */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Finley: read mesh */
 /*   Version: $Id$ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21    #include <ctype.h>
22  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
28  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */
29    
30  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order) {  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order, index_t reduced_order,  bool_t optimize)
31    
32    {
33    
34      Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
35    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;
36      index_t tag_key;
37    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
38    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
39    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
40      #ifdef Finley_TRACE
41    double time0=Finley_timer();    double time0=Finley_timer();
42      #endif
43    FILE *fileHandle_p = NULL;    FILE *fileHandle_p = NULL;
44    ElementTypeId typeID, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;    ElementTypeId typeID=0, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;
45      int scan_ret;
46      
47    Finley_resetError();    Finley_resetError();
48    
49    /* get file handle */    if (mpi_info->size > 1) {
50    fileHandle_p = fopen(fname, "r");       Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Finley_Mesh_read: MPI is not suporrted yet.");
51    if (fileHandle_p==NULL) {    } else {
52      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);       /* get file handle */
53      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);       fileHandle_p = fopen(fname, "r");
54      return NULL;       if (fileHandle_p==NULL) {
55           sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);
56           Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
57           Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
58           return NULL;
59         }
60      
61         /* read header */
62         sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
63         scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
64         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
65    
66      
67         /* get the nodes */
68      
69         scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
70         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
71         /* allocate mesh */
72         mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
73         if (Finley_noError()) {
74      
75            /* read nodes */
76            Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
77            if (Finley_noError()) {
78               if (1 == numDim) {
79                   for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
80                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
81                           &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
82                           &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);
83                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
84               }
85               } else if (2 == numDim) {
86                        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
87                              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
88                                     &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
89                                     &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
90                                     &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);
91                      FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
92                    }
93               } else if (3 == numDim) {
94                        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
95                              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
96                                     &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
97                                     &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
98                                     &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
99                                     &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
100                      FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
101                    }
102               } /* if else else */
103            }
104            /* read elements */
105            if (Finley_noError()) {
106      
107               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
108           FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
109               typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
110               if (typeID==NoType) {
111                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);
112                 Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
113               } else {
114                 /* read the elements */
115                 mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
116                 if (Finley_noError()) {
117                     Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numEle);
118                     mesh_p->Elements->minColor=0;
119                     mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;
120                     if (Finley_noError()) {
121                        for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
122                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);
123                  FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
124                          mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;
125                          mesh_p->Elements->Owner[i0]=0;
126                          for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
127                               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
128                                  &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
129                   FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
130                          } /* for i1 */
131                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
132                  FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
133                        } /* for i0 */
134                     }
135                 }
136              }
137            }
138            /* get the face elements */
139            if (Finley_noError()) {
140                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
141             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
142                 faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
143                 if (faceTypeID==NoType) {
144                   sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);
145                   Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
146                 } else {
147                    mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(faceTypeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
148                    if (Finley_noError()) {
149                       Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numEle);
150                       if (Finley_noError()) {
151                          mesh_p->FaceElements->minColor=0;
152                          mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;
153                          for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
154                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);
155                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
156                            mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;
157                            mesh_p->FaceElements->Owner[i0]=0;
158                            for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
159                                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
160                                    &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
161                     FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
162                            }   /* for i1 */
163                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
164                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
165                          } /* for i0 */
166                       }
167                    }
168                 }
169            }
170            /* get the Contact face element */
171            if (Finley_noError()) {
172                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
173             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
174                 contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
175                 if (contactTypeID==NoType) {
176                   sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);
177                   Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
178                 } else {
179                   mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contactTypeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
180                   if (Finley_noError()) {
181                       Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, numEle);
182                       if (Finley_noError()) {
183                          mesh_p->ContactElements->minColor=0;
184                          mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;
185                          for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
186                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);
187                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
188                            mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;
189                            mesh_p->ContactElements->Owner[i0]=0;
190                            for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
191                                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
192                                   &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
193                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
194                            }   /* for i1 */
195                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
196                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
197                          } /* for i0 */
198                      }
199                   }
200                 }
201            }  
202            /* get the nodal element */
203            if (Finley_noError()) {
204                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
205             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
206                 pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
207                 if (pointTypeID==NoType) {
208                   sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);
209                   Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
210                 }
211                 mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(pointTypeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
212                 if (Finley_noError()) {
213                    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, numEle);
214                    if (Finley_noError()) {
215                       mesh_p->Points->minColor=0;
216                       mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;
217                       for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
218                         scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);
219                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
220                         mesh_p->Points->Color[i0]=i0;
221                         mesh_p->Points->Owner[i0]=0;
222                         for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
223                             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
224                                &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
225                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
226                         }  /* for i1 */
227                         scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
228                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
229                       } /* for i0 */
230                    }
231                 }
232            }
233            /* get the name tags */
234            if (Finley_noError()) {
235               if (feof(fileHandle_p) == 0) {
236                  scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
237              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
238                  while (feof(fileHandle_p) == 0) {
239                       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", name, &tag_key);
240               FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
241                       Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);
242                  }
243               }
244            }
245         }
246         /* close file */
247         fclose(fileHandle_p);
248      
249         /*   resolve id's : */
250         /* rearrange elements: */
251      
252         if (Finley_noError()) Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
253         if (Finley_noError()) Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
254      
255         /* that's it */
256         #ifdef Finley_TRACE
257         printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);
258         #endif
259    }    }
260    
261    /* read header */    /* that's it */
262    sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);    if (! Finley_noError()) {
263    fscanf(fileHandle_p, frm, name);         Finley_Mesh_free(mesh_p);
264      }
265    /* get the nodes */    Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
266      return mesh_p;
267    fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);  }
   /* allocate mesh */  
 #ifndef PASO_MPI  
   mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order);  
   if (! Finley_noError()) return NULL;  
 #else  
   /* TODO */  
 #endif  
268    
269  #ifndef PASO_MPI  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* fname,index_t order, index_t reduced_order,  bool_t optimize)
270    Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);  
271    if (! Finley_noError()) return NULL;  {
272  #else  
273    /* TODO */    Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
274  #endif    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;
275      Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
276      char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
277      char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
278      #ifdef Finley_TRACE
279      double time0=Finley_timer();
280      #endif
281      FILE *fileHandle_p = NULL;
282      ElementTypeId typeID=0;
283      int scan_ret;
284    
285      Finley_resetError();
286    
287    if (1 == numDim) {    if (mpi_info->rank == 0) {
288        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)       /* get file handle */
289      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],       fileHandle_p = fopen(fname, "r");
290             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],       if (fileHandle_p==NULL) {
291             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);         sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);
292    } else if (2 == numDim) {         Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
293        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)         Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
294      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],         return NULL;
295             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],       }
296             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],  
297             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);       /* read header */
298    } else if (3 == numDim) {       sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
299        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
300      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],       FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
301             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],  
302             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],       /* get the number of nodes */
303             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
304             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);       FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
   } /* if else else */  
   
   /* get the element type */  
   
   fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);  
   typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);  
   if (typeID==NoType) {  
     sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return NULL;  
305    }    }
306    /* read the elements */  
307  #ifndef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
308    mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order);    /* MPI Broadcast numDim, numNodes, name if there are multiple MPI procs*/
309  #else    if (mpi_info->size > 1) {
310    /* TODO */      int temp1[3], error_code;
311  #endif      temp1[0] = numDim;
312    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numEle);      temp1[1] = numNodes;
313    mesh_p->Elements->minColor=0;      temp1[2] = strlen(name) + 1;
314    mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;      error_code = MPI_Bcast (temp1, 3, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
315    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {      if (error_code != MPI_SUCCESS) {
316      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);        Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of temp1 failed");
317      mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;        return NULL;
318      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {      }
319           fscanf(fileHandle_p, " %d",      numDim = temp1[0];
320              &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);      numNodes = temp1[1];
321      }   /* for i1 */      error_code = MPI_Bcast (name, temp1[2], MPI_CHAR, 0, mpi_info->comm);
322      fscanf(fileHandle_p, "\n");      if (error_code != MPI_SUCCESS) {
323    } /* for i0 */        Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of name failed");
324          return NULL;
325    /* get the face elements */      }
   fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);  
   faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);  
   faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);  
   if (faceTypeID==NoType) {  
     sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return NULL;  
326    }    }
 #ifndef PASO_MPI  
   mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(faceTypeID,mesh_p->order);  
 #else  
   /* TODO */  
327  #endif  #endif
328    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numEle);  
329    mesh_p->FaceElements->minColor=0;       /* allocate mesh */
330    mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
331    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {       if (Finley_noError()) {
332      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);      /* Each CPU will get at most chunkSize nodes so the message has to be sufficiently large */
333      mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;      int chunkSize = numNodes / mpi_info->size + 1, totalNodes=0, chunkNodes=0, chunkEle=0, nextCPU=1;
334      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {      int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*3+1, index_t);        /* Stores the integer message data */
335           fscanf(fileHandle_p, " %d",      double *tempCoords = TMPMEMALLOC(chunkSize*numDim, double); /* Stores the double message data */
336              &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);  
337      }   /* for i1 */      /*
338      fscanf(fileHandle_p, "\n");        Read chunkSize nodes, send it in a chunk to worker CPU which copies chunk into its local mesh_p
339    } /* for i0 */        It doesn't matter that a CPU has the wrong nodes for its elements, this is sorted out later
340          First chunk sent to CPU 1, second to CPU 2, ...
341    /* get the Contact face element */        Last chunk stays on CPU 0 (the master)
342    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);        The three columns of integers (Id, gDOF, Tag) are gathered into a single array tempInts and sent together in a single MPI message
343    contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);      */
344    if (contactTypeID==NoType) {  
345      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);      if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
346      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);        for (;;) {            /* Infinite loop */
347      return NULL;          for (i0=0; i0<chunkSize*3+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
348    }          for (i0=0; i0<chunkSize*numDim; i0++) tempCoords[i0] = -1.0;
349  #ifndef PASO_MPI          chunkNodes = 0;
350    mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contactTypeID,mesh_p->order);          for (i1=0; i1<chunkSize; i1++) {
351  #else            if (totalNodes >= numNodes) break;    /* End of inner loop */
352    /* TODO */                if (1 == numDim) {
353            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n",
354              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
355              &tempCoords[i1*numDim+0]);
356            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
357              }
358                  if (2 == numDim) {
359            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n",
360              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
361              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1]);
362            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
363              }
364                  if (3 == numDim) {
365            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n",
366              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
367              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1], &tempCoords[i1*numDim+2]);
368            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
369              }
370              totalNodes++; /* When do we quit the infinite loop? */
371              chunkNodes++; /* How many nodes do we actually have in this chunk? It may be smaller than chunkSize. */
372            }
373            if (chunkNodes > chunkSize) {
374                  Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: error reading chunks of mesh, data too large for message size");
375                  return NULL;
376            }
377    #ifdef PASO_MPI
378            /* Eventually we'll send chunkSize nodes to each CPU numbered 1 ... mpi_info->size-1, here goes one of them */
379            if (nextCPU < mpi_info->size) {
380                  int mpi_error;
381              tempInts[chunkSize*3] = chunkNodes;   /* The message has one more int to send chunkNodes */
382              mpi_error = MPI_Send(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, nextCPU, 81720, mpi_info->comm);
383              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
384                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempInts failed");
385                    return NULL;
386              }
387              mpi_error = MPI_Send(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, nextCPU, 81721, mpi_info->comm);
388              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
389                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempCoords failed");
390                    return NULL;
391              }
392            }
393  #endif  #endif
394    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, numEle);          nextCPU++;
395    mesh_p->ContactElements->minColor=0;          /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
396    mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;          if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
397    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {        } /* Infinite loop */
398      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);      }   /* End master */
399      mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;      else {  /* Worker */
400      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {  #ifdef PASO_MPI
401          fscanf(fileHandle_p, " %d",        /* Each worker receives two messages */
402             &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);        MPI_Status status;
403      }   /* for i1 */            int mpi_error;
404      fscanf(fileHandle_p, "\n");        mpi_error = MPI_Recv(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, 0, 81720, mpi_info->comm, &status);
405    } /* for i0 */        if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
406                Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempInts failed");
407    /* get the nodal element */              return NULL;
408    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);        }
409    pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);        mpi_error = MPI_Recv(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, 0, 81721, mpi_info->comm, &status);
410    if (pointTypeID==NoType) {        if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
411      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);              Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempCoords failed");
412      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);              return NULL;
413      return NULL;        }
414    }        chunkNodes = tempInts[chunkSize*3];   /* How many nodes are in this workers chunk? */
 #ifndef PASO_MPI  
   mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(pointTypeID,mesh_p->order);  
 #else  
   /* TODO */  
415  #endif  #endif
416    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, numEle);      }   /* Worker */
   mesh_p->Points->minColor=0;  
   mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;  
   for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {  
     fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);  
     mesh_p->Points->Color[i0]=i0;  
     for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {  
         fscanf(fileHandle_p, " %d",  
            &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);  
     }   /* for i1 */  
     fscanf(fileHandle_p, "\n");  
   } /* for i0 */  
   
417    
418    /* close file */      /* Copy node data from tempMem to mesh_p */
419            Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, chunkNodes);
420    fclose(fileHandle_p);          if (Finley_noError()) {
421          for (i0=0; i0<chunkNodes; i0++) {
422            mesh_p->Nodes->Id[i0]               = tempInts[0+i0];
423            mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]       = tempInts[chunkSize+i0];
424            mesh_p->Nodes->Tag[i0]              = tempInts[chunkSize*2+i0];
425            for (i1=0; i1<numDim; i1++) {
426              mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(i1,i0,numDim)]  = tempCoords[i0*numDim+i1];
427            }
428              }
429            }
430    
431        TMPMEMFREE(tempInts);
432        TMPMEMFREE(tempCoords);
433    
434            /* read elements */
435    
436        /* Read the element typeID */
437            if (Finley_noError()) {
438          if (mpi_info->rank == 0) {
439                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
440            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
441                typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
442          }
443    #ifdef PASO_MPI
444          if (mpi_info->size > 1) {
445            int temp1[2], mpi_error;
446            temp1[0] = (int) typeID;
447            temp1[1] = numEle;
448            mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
449            if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
450              Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
451              return NULL;
452            }
453            typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
454            numEle = temp1[1];
455          }
456    #endif
457              if (typeID==NoType) {
458                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
459                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
460              }
461        }
462    
463          /* Allocate the ElementFile */
464          mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
465          numNodes = mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
466    
467          /* Read the element data */
468          if (Finley_noError()) {
469        int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1;
470        int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
471        /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
472        if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
473          for (;;) {            /* Infinite loop */
474            for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
475            chunkEle = 0;
476            for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
477              if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
478              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
479              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
480              for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
481            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
482                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
483              }
484              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
485              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
486              totalEle++;
487              chunkEle++;
488            }
489    #ifdef PASO_MPI
490            /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
491            if (nextCPU < mpi_info->size) {
492                  int mpi_error;
493              tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
494              mpi_error = MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81722, mpi_info->comm);
495              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
496                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempInts for Elements failed");
497                    return NULL;
498              }
499            }
500    #endif
501            nextCPU++;
502            /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
503            if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
504          } /* Infinite loop */
505        }   /* End master */
506        else {  /* Worker */
507    #ifdef PASO_MPI
508          /* Each worker receives one message */
509          MPI_Status status;
510          int mpi_error;
511          mpi_error = MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81722, mpi_info->comm, &status);
512          if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
513                Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempInts for Elements failed");
514                return NULL;
515          }
516          chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
517    #endif
518        }   /* Worker */
519    
520    /*   resolve id's : */      /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
521        Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, chunkEle);
522            mesh_p->Elements->minColor=0;
523            mesh_p->Elements->maxColor=chunkEle-1;
524            if (Finley_noError()) {
525              #pragma omp parallel for private (i0, i1)
526          for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
527            mesh_p->Elements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
528            mesh_p->Elements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
529                mesh_p->Elements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
530                mesh_p->Elements->Color[i0] = i0;
531            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
532              mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
533            }
534              }
535            }
536    
537        TMPMEMFREE(tempInts);
538          } /* end of Read the element data */
539    
540            /* read face elements */
541    
542        /* Read the element typeID */
543            if (Finley_noError()) {
544          if (mpi_info->rank == 0) {
545                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
546            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
547                typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
548          }
549    #ifdef PASO_MPI
550          if (mpi_info->size > 1) {
551            int temp1[2], mpi_error;
552            temp1[0] = (int) typeID;
553            temp1[1] = numEle;
554            mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
555            if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
556              Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
557              return NULL;
558            }
559            typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
560            numEle = temp1[1];
561          }
562    #endif
563              if (typeID==NoType) {
564                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
565                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
566              }
567        }
568    
569          /* Allocate the ElementFile */
570          mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
571          numNodes = mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
572    
573          /* Read the face element data */
574          if (Finley_noError()) {
575        int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1;
576        int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
577        /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
578        if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
579          for (;;) {            /* Infinite loop */
580            for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
581            chunkEle = 0;
582            for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
583              if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
584              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
585              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
586              for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
587            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
588                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
589              }
590              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
591              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
592              totalEle++;
593              chunkEle++;
594            }
595    #ifdef PASO_MPI
596            /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
597            if (nextCPU < mpi_info->size) {
598                  int mpi_error;
599              tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
600              mpi_error = MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81723, mpi_info->comm);
601              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
602                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempInts for FaceElements failed");
603                    return NULL;
604              }
605            }
606    #endif
607            nextCPU++;
608            /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
609            if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
610          } /* Infinite loop */
611        }   /* End master */
612        else {  /* Worker */
613    #ifdef PASO_MPI
614          /* Each worker receives one message */
615          MPI_Status status;
616          int mpi_error;
617          mpi_error = MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81723, mpi_info->comm, &status);
618          if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
619                Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempInts for FaceElements failed");
620                return NULL;
621          }
622          chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
623    #endif
624        }   /* Worker */
625    
626    Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);      /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
627        Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, chunkEle);
628            mesh_p->FaceElements->minColor=0;
629            mesh_p->FaceElements->maxColor=chunkEle-1;
630            if (Finley_noError()) {
631              #pragma omp parallel for private (i0, i1)
632          for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
633            mesh_p->FaceElements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
634            mesh_p->FaceElements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
635                mesh_p->FaceElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
636                mesh_p->FaceElements->Color[i0] = i0;
637            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
638              mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
639            }
640              }
641            }
642    
643        TMPMEMFREE(tempInts);
644          } /* end of Read the face element data */
645    
646            /* read contact elements */
647    
648        /* Read the element typeID */
649            if (Finley_noError()) {
650          if (mpi_info->rank == 0) {
651                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
652            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
653                typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
654          }
655    #ifdef PASO_MPI
656          if (mpi_info->size > 1) {
657            int temp1[2], mpi_error;
658            temp1[0] = (int) typeID;
659            temp1[1] = numEle;
660            mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
661            if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
662              Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
663              return NULL;
664            }
665            typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
666            numEle = temp1[1];
667          }
668    #endif
669              if (typeID==NoType) {
670                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
671                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
672              }
673        }
674    
675          /* Allocate the ElementFile */
676          mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
677          numNodes = mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
678    
679          /* Read the contact element data */
680          if (Finley_noError()) {
681        int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1;
682        int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
683        /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
684        if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
685          for (;;) {            /* Infinite loop */
686            for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
687            chunkEle = 0;
688            for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
689              if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
690              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
691              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
692              for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
693            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
694                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
695              }
696              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
697              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
698              totalEle++;
699              chunkEle++;
700            }
701    #ifdef PASO_MPI
702            /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
703            if (nextCPU < mpi_info->size) {
704                  int mpi_error;
705              tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
706              mpi_error = MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81724, mpi_info->comm);
707              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
708                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempInts for ContactElements failed");
709                    return NULL;
710              }
711            }
712    #endif
713            nextCPU++;
714            /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
715            if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
716          } /* Infinite loop */
717        }   /* End master */
718        else {  /* Worker */
719    #ifdef PASO_MPI
720          /* Each worker receives one message */
721          MPI_Status status;
722          int mpi_error;
723          mpi_error = MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81724, mpi_info->comm, &status);
724          if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
725                Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempInts for ContactElements failed");
726                return NULL;
727          }
728          chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
729    #endif
730        }   /* Worker */
731    
732    /* rearrange elements: */      /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
733        Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, chunkEle);
734            mesh_p->ContactElements->minColor=0;
735            mesh_p->ContactElements->maxColor=chunkEle-1;
736            if (Finley_noError()) {
737              #pragma omp parallel for private (i0, i1)
738          for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
739            mesh_p->ContactElements->Id[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
740            mesh_p->ContactElements->Tag[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
741                mesh_p->ContactElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
742                mesh_p->ContactElements->Color[i0] = i0;
743            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
744              mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
745            }
746              }
747            }
748    
749        TMPMEMFREE(tempInts);
750          } /* end of Read the contact element data */
751    
752            /* read nodal elements */
753    
754        /* Read the element typeID */
755            if (Finley_noError()) {
756          if (mpi_info->rank == 0) {
757                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
758            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
759                typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
760          }
761    #ifdef PASO_MPI
762          if (mpi_info->size > 1) {
763            int temp1[2], mpi_error;
764            temp1[0] = (int) typeID;
765            temp1[1] = numEle;
766            mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
767            if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
768              Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
769              return NULL;
770            }
771            typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
772            numEle = temp1[1];
773          }
774    #endif
775              if (typeID==NoType) {
776                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
777                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
778              }
779        }
780    
781          /* Allocate the ElementFile */
782          mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order, mpi_info);
783          numNodes = mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
784    
785          /* Read the nodal element data */
786          if (Finley_noError()) {
787        int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1;
788        int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
789        /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
790        if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
791          for (;;) {            /* Infinite loop */
792            for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
793            chunkEle = 0;
794            for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
795              if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
796              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
797              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
798              for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
799            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
800                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
801              }
802              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
803              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
804              totalEle++;
805              chunkEle++;
806            }
807    #ifdef PASO_MPI
808            /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
809            if (nextCPU < mpi_info->size) {
810                  int mpi_error;
811              tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
812              mpi_error = MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81725, mpi_info->comm);
813              if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
814                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: send of tempInts for Points failed");
815                    return NULL;
816              }
817            }
818    #endif
819            nextCPU++;
820            /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
821            if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
822          } /* Infinite loop */
823        }   /* End master */
824        else {  /* Worker */
825    #ifdef PASO_MPI
826          /* Each worker receives one message */
827          MPI_Status status;
828          int mpi_error;
829          mpi_error = MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81725, mpi_info->comm, &status);
830          if ( mpi_error != MPI_SUCCESS ) {
831                Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: receive of tempInts for Points failed");
832                return NULL;
833          }
834          chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
835    #endif
836        }   /* Worker */
837    
838    Finley_Mesh_prepare(mesh_p);      /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
839        Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, chunkEle);
840            mesh_p->Points->minColor=0;
841            mesh_p->Points->maxColor=chunkEle-1;
842            if (Finley_noError()) {
843              #pragma omp parallel for private (i0, i1)
844          for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
845            mesh_p->Points->Id[i0]  = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
846            mesh_p->Points->Tag[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
847                mesh_p->Points->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
848                mesh_p->Points->Color[i0] = i0;
849            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
850              mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
851            }
852              }
853            }
854    
855        TMPMEMFREE(tempInts);
856          } /* end of Read the nodal element data */
857    
858          /* get the name tags */
859          if (Finley_noError()) {
860            char *remainder=0, *ptr;
861            size_t len;
862            int tag_key;
863    
864    
865    
866            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
867          /* Read the word 'Tag' */
868          if (! feof(fileHandle_p)) {
869            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
870            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
871          }
872    
873    #if defined(_WIN32)  /* windows ftell lies on unix formatted text files */
874    
875          remainder = NULL;
876              len=0;
877          while (1)
878              {
879                 size_t malloc_chunk = 1024;
880                 size_t buff_size = 0;
881                 int ch;
882    
883                 ch = fgetc(fileHandle_p);
884                 if( ch == '\r' )
885                 {
886                    continue;
887                 }
888                 if( len+1 > buff_size )
889                 {
890                    TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,buff_size+malloc_chunk,char);
891                 }
892                 if( ch == EOF )
893                 {
894                    /* hit EOF */
895                    remainder[len] = (char)0;
896                    break;
897                 }
898                 remainder[len] = (char)ch;
899                 len++;
900              }
901    #else
902          /* Read rest of file in one chunk, after using seek to find length */
903              {
904                 long cur_pos, end_pos;
905    
906                 cur_pos = ftell(fileHandle_p);
907                 fseek(fileHandle_p, 0L, SEEK_END);
908                 end_pos = ftell(fileHandle_p);
909                 fseek(fileHandle_p, (long)cur_pos, SEEK_SET);
910                 remainder = TMPMEMALLOC(end_pos-cur_pos+1, char);
911                 if (! feof(fileHandle_p))
912                 {
913                    scan_ret = fread(remainder, (size_t) end_pos-cur_pos,
914                                     sizeof(char), fileHandle_p);
915    
916                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
917                    remainder[end_pos-cur_pos] = 0;
918                }
919              }
920    #endif
921          len = strlen(remainder);
922          while ((--len)>0 && isspace(remainder[len])) remainder[len]=0;
923          len = strlen(remainder);
924              TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,len+1,char);
925            }
926    #ifdef PASO_MPI
927    
928            if (MPI_Bcast (&len, 1, MPI_INT,  0, mpi_info->comm) != MPI_SUCCESS)
929            {
930               Finley_setError(PASO_MPI_ERROR,
931                               "Finley_Mesh_read: broadcast of tag len failed");
932               return NULL;
933            }
934        if (mpi_info->rank != 0) {
935          remainder = TMPMEMALLOC(len+1, char);
936          remainder[0] = 0;
937        }
938    
939            if (MPI_Bcast (remainder, len+1, MPI_CHAR,  0, mpi_info->comm) !=
940                MPI_SUCCESS)
941            {
942               Finley_setError(PASO_MPI_ERROR,
943                               "Finley_Mesh_read: broadcast of tags failed");
944               return NULL;
945            }
946    #endif
947        if (remainder[0]) {
948              ptr = remainder;
949              do {
950                sscanf(ptr, "%s %d\n", name, &tag_key);
951                if (*name) Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);
952                ptr++;
953              } while(NULL != (ptr = strchr(ptr, '\n')) && *ptr);
954              TMPMEMFREE(remainder);
955        }
956          }
957    
958         }
959    
960         /* close file */
961         if (mpi_info->rank == 0) fclose(fileHandle_p);
962    
963         /*   resolve id's : */
964         /* rearrange elements: */
965    
966         if (Finley_noError()) Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
967         if (Finley_noError()) Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
968    
969         /* that's it */
970         #ifdef Finley_TRACE
971         printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);
972         #endif
973    
974    /* that's it */    /* that's it */
975    #ifdef Finley_TRACE    if (! Finley_noError()) {
976    printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);         Finley_Mesh_free(mesh_p);
   #endif  
   if (Finley_noError()) {  
        if ( ! Finley_Mesh_isPrepared(mesh_p)) {  
           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Mesh is not prepared for calculation. Contact the programmers.");  
        }  
   } else {  
        Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);  
977    }    }
978      Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
979    return mesh_p;    return mesh_p;
980  }  }

Legend:
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changed lines
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