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 /*  
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  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
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  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
  *                                                          *  
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 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
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6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /*   Finley: read mesh */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Finley: read mesh */
 /*   Version: $Id$ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21    #include <ctype.h>
22  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
23    
24  /**************************************************************/  #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
   
 /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  
25    
 Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order) {  
26    
27    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order, index_t reduced_order,  bool_t optimize)
28    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;  {
29    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];      Paso_MPIInfo *mpi_info = NULL;
30    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];      dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;
31    double time0=Finley_timer();      Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
32    FILE *fileHandle_p = NULL;      Finley_ReferenceElementSet *refPoints=NULL, *refContactElements=NULL, *refFaceElements=NULL, *refElements=NULL;
33    ElementTypeId typeID, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;      char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
34        char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
35    Finley_resetError();      FILE *fileHandle_p = NULL;
36        ElementTypeId typeID=NoRef;
37    /* get file handle */      int scan_ret;
38    fileHandle_p = fopen(fname, "r");  
39    if (fileHandle_p==NULL) {      Finley_resetError();
40      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);      mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
41      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
42      return NULL;      if (mpi_info->rank == 0) {
43    }          /* get file handle */
44            fileHandle_p = fopen(fname, "r");
45    /* read header */          if (fileHandle_p==NULL) {
46    sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);              sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);
47    fscanf(fileHandle_p, frm, name);              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
48                Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
49    /* get the nodes */              return NULL;
50            }
51    fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);  
52    /* allocate mesh */          /* read header */
53  #ifndef PASO_MPI          sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
54    mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order);          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
55    if (! Finley_noError()) return NULL;          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
56  #else  
57    /* TODO */          /* get the number of nodes */
58  #endif          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
59            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
60  #ifndef PASO_MPI      }
61    Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);  
62    if (! Finley_noError()) return NULL;      #ifdef PASO_MPI
63  #else          /* MPI Broadcast numDim, numNodes, name if there are multiple MPI procs*/
64    /* TODO */          if (mpi_info->size > 1) {
65  #endif              int temp1[3];
66                if (mpi_info->rank == 0) {
67    if (1 == numDim) {                  temp1[0] = numDim;
68        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                  temp1[1] = numNodes;
69      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                  temp1[2] = strlen(name) + 1;
70             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],              } else {
71             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);                  temp1[0] = 0;
72    } else if (2 == numDim) {                  temp1[1] = 0;
73        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                  temp1[2] = 1;
74      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],              }
75             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],              MPI_Bcast (temp1, 3, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
76             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],              numDim = temp1[0];
77             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);              numNodes = temp1[1];
78    } else if (3 == numDim) {              error_code = MPI_Bcast (name, temp1[2], MPI_CHAR, 0, mpi_info->comm);
79        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)          }
80      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],      #endif
81             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],  
82             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],      /* allocate mesh */
83             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],      mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
84             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);      
85    } /* if else else */      if (Finley_noError()) {
86            /* Each CPU will get at most chunkSize nodes so the message has to be sufficiently large */
87    /* get the element type */          int chunkSize = numNodes / mpi_info->size + 1, totalNodes=0, chunkNodes=0,  nextCPU=1;
88            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*3+1, index_t);        /* Stores the integer message data */
89    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);          double *tempCoords = TMPMEMALLOC(chunkSize*numDim, double); /* Stores the double message data */
90    typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);  
91    if (typeID==NoType) {          /*
92      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);          Read chunkSize nodes, send it in a chunk to worker CPU which copies chunk into its local mesh_p
93      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);          It doesn't matter that a CPU has the wrong nodes for its elements, this is sorted out later
94      return NULL;          First chunk sent to CPU 1, second to CPU 2, ...
95    }          Last chunk stays on CPU 0 (the master)
96    /* read the elements */          The three columns of integers (Id, gDOF, Tag) are gathered into a single array tempInts and sent together in a single MPI message
97  #ifndef PASO_MPI          */
98    mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order);  
99  #else          if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
100    /* TODO */              for (;;) {            /* Infinite loop */
101  #endif                  #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
102    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numEle);                  for (i0=0; i0<chunkSize*3+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
103    mesh_p->Elements->minColor=0;                  
104    mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;                  #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
105    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                  for (i0=0; i0<chunkSize*numDim; i0++) tempCoords[i0] = -1.0;
106      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);                  
107      mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;                  chunkNodes = 0;
108      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                  for (i1=0; i1<chunkSize; i1++) {
109           fscanf(fileHandle_p, " %d",                      if (totalNodes >= numNodes) break;    /* End of inner loop */
110              &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                      if (1 == numDim) {
111      }   /* for i1 */                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n",
112      fscanf(fileHandle_p, "\n");                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
113    } /* for i0 */                                              &tempCoords[i1*numDim+0]);
114                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
115    /* get the face elements */                      }
116    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                      if (2 == numDim) {
117    faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n",
118    faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
119    if (faceTypeID==NoType) {                                              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1]);
120      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);                          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
121      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                      }
122      return NULL;                      if (3 == numDim) {
123    }                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n",
124  #ifndef PASO_MPI                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
125    mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(faceTypeID,mesh_p->order);                                              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1], &tempCoords[i1*numDim+2]);
126  #else                          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
127    /* TODO */                      }
128  #endif                      totalNodes++; /* When do we quit the infinite loop? */
129    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numEle);                      chunkNodes++; /* How many nodes do we actually have in this chunk? It may be smaller than chunkSize. */
130    mesh_p->FaceElements->minColor=0;                  }
131    mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;                  if (chunkNodes > chunkSize) {
132    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                      Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: error reading chunks of mesh, data too large for message size");
133      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);                      return NULL;
134      mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;                  }
135      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                  #ifdef PASO_MPI
136           fscanf(fileHandle_p, " %d",                      /* Eventually we'll send chunkSize nodes to each CPU numbered 1 ... mpi_info->size-1, here goes one of them */
137              &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                      if (nextCPU < mpi_info->size) {
138      }   /* for i1 */                          tempInts[chunkSize*3] = chunkNodes;   /* The message has one more int to send chunkNodes */
139      fscanf(fileHandle_p, "\n");                          MPI_Send(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, nextCPU, 81720, mpi_info->comm);
140    } /* for i0 */                          MPI_Send(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, nextCPU, 81721, mpi_info->comm);
141                        }
142    /* get the Contact face element */                  #endif
143    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                  nextCPU++;
144    contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                  /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
145    if (contactTypeID==NoType) {                  if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
146      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);              } /* Infinite loop */
147      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);          }   /* End master */
148      return NULL;          else {  /* Worker */
149    }              #ifdef PASO_MPI
150  #ifndef PASO_MPI                  /* Each worker receives two messages */
151    mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contactTypeID,mesh_p->order);                  MPI_Status status;
152  #else                  MPI_Recv(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, 0, 81720, mpi_info->comm, &status);
153    /* TODO */                  MPI_Recv(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, 0, 81721, mpi_info->comm, &status);
154  #endif                  chunkNodes = tempInts[chunkSize*3];   /* How many nodes are in this workers chunk? */
155    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, numEle);              #endif
156    mesh_p->ContactElements->minColor=0;          }   /* Worker */
157    mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;  
158    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {          /* Copy node data from tempMem to mesh_p */
159      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);          Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, chunkNodes);
160      mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;          
161      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {          if (Finley_noError()) {
162          fscanf(fileHandle_p, " %d",              #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
163             &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);              for (i0=0; i0<chunkNodes; i0++) {
164      }   /* for i1 */                  mesh_p->Nodes->Id[i0]               = tempInts[0+i0];
165      fscanf(fileHandle_p, "\n");                  mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]       = tempInts[chunkSize+i0];
166    } /* for i0 */                  mesh_p->Nodes->Tag[i0]              = tempInts[chunkSize*2+i0];
167                    for (i1=0; i1<numDim; i1++) {
168    /* get the nodal element */                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(i1,i0,numDim)]  = tempCoords[i0*numDim+i1];
169    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                  }
170    pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);              }
171    if (pointTypeID==NoType) {          }
172      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);          TMPMEMFREE(tempInts);
173      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);          TMPMEMFREE(tempCoords);
174      return NULL;      }
175    }  
176  #ifndef PASO_MPI      /* ***********************************  read elements ******************************************************************/
177    mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(pointTypeID,mesh_p->order);      if (Finley_noError()) {
178  #else  
179    /* TODO */          /* Read the element typeID */
180  #endif          if (mpi_info->rank == 0) {
181    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, numEle);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
182    mesh_p->Points->minColor=0;              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
183    mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;              typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
184    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {          }
185      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);          #ifdef PASO_MPI
186      mesh_p->Points->Color[i0]=i0;              if (mpi_info->size > 1) {
187      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                  int temp1[2], mpi_error;
188          fscanf(fileHandle_p, " %d",                  temp1[0] = (int) typeID;
189             &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                  temp1[1] = numEle;
190      }   /* for i1 */                  mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
191      fscanf(fileHandle_p, "\n");                  if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
192    } /* for i0 */                      Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
193                        return NULL;
194                    }
195    /* close file */                  typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
196                    numEle = temp1[1];
197    fclose(fileHandle_p);              }
198            #endif
199    /*   resolve id's : */          if (typeID==NoRef) {
200                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
201    Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);              Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
202              }
203    /* rearrange elements: */      }
204    
205    Finley_Mesh_prepare(mesh_p);      /* Allocate the ElementFile */
206        if (Finley_noError()) {
207    /* that's it */          refElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
208    #ifdef Finley_TRACE          mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(refElements, mpi_info);
209    printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);          numNodes = mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
210    #endif      }
211    if (Finley_noError()) {  
212         if ( ! Finley_Mesh_isPrepared(mesh_p)) {      /* *************************** Read the element data *******************************************************************/
213            Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Mesh is not prepared for calculation. Contact the programmers.");      if (Finley_noError()) {
214         }  
215    } else {          int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
216         Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);          int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
217    }          /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
218    return mesh_p;          if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
219                for (;;) {            /* Infinite loop */
220                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
221                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
222            
223                    chunkEle = 0;
224                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
225                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
226                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
227                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
228                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
229                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
230                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
231                        }
232                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
233                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
234                        totalEle++;
235                        chunkEle++;
236                    }
237                    #ifdef PASO_MPI
238                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
239                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
240                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
241                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81722, mpi_info->comm);
242                        }
243                    #endif
244                    nextCPU++;
245                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
246                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
247                } /* Infinite loop */
248            }   /* End master */
249            else {  /* Worker */
250                #ifdef PASO_MPI
251                    /* Each worker receives one message */
252                    MPI_Status status;
253                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81722, mpi_info->comm, &status);
254                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
255                #endif
256            }   /* Worker */
257    
258            
259            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, chunkEle);
260    
261        
262            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
263            if (Finley_noError()) {
264    
265                mesh_p->Elements->minColor=0;
266                mesh_p->Elements->maxColor=chunkEle-1;
267                #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
268                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
269                    mesh_p->Elements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
270                    mesh_p->Elements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
271                    mesh_p->Elements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
272                    mesh_p->Elements->Color[i0] = i0;
273                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
274                        mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
275                    }
276                }
277            }
278    
279            TMPMEMFREE(tempInts);
280        }
281        /* ******************** end of Read the element data ******************************************************/
282    
283        /* ********************* read face elements ***************************************************************/
284        if (Finley_noError()) {
285            /* Read the element typeID */
286    
287            if (mpi_info->rank == 0) {
288                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
289                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
290                 typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
291            }
292            #ifdef PASO_MPI
293                if (mpi_info->size > 1) {
294                    int temp1[2];
295                    temp1[0] = (int) typeID;
296                    temp1[1] = numEle;
297                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
298                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
299                    numEle = temp1[1];
300                }
301            #endif
302            if (typeID==NoRef) {
303                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
304                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
305            }
306            if (Finley_noError()) {
307                /* Allocate the ElementFile */
308                refFaceElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
309                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(refFaceElements, mpi_info);
310                numNodes = mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
311            }
312    
313        }
314    
315        /* ********************** Read the face element data ********************************************************* */
316    
317        if (Finley_noError()) {
318            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
319            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
320            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
321            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
322                for (;;) {            /* Infinite loop */
323                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
324                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
325            
326                    chunkEle = 0;
327                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
328                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
329                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
330                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
331                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
332                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
333                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
334                        }
335                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
336                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
337                        totalEle++;
338                        chunkEle++;
339                    }
340                    #ifdef PASO_MPI
341                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
342                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
343                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
344                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81723, mpi_info->comm);
345                        }
346                    #endif
347                    nextCPU++;
348                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
349                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
350                } /* Infinite loop */
351            }   /* End master */
352            else {  /* Worker */
353                #ifdef PASO_MPI
354                    /* Each worker receives one message */
355                    MPI_Status status;
356                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81723, mpi_info->comm, &status);
357                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
358                    #endif
359            }   /* Worker */
360            
361            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, chunkEle);
362            
363            if (Finley_noError()) {
364                /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
365                
366                mesh_p->FaceElements->minColor=0;
367                mesh_p->FaceElements->maxColor=chunkEle-1;
368                #pragma omp parallel for private (i0, i1)
369                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
370                    mesh_p->FaceElements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
371                    mesh_p->FaceElements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
372                    mesh_p->FaceElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
373                    mesh_p->FaceElements->Color[i0] = i0;
374                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
375                        mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
376                    }
377                }
378            }
379    
380            TMPMEMFREE(tempInts);
381        }
382        /* ************************************* end of Read the face element data *************************************** */
383    
384    
385        /* ************************************* read contact elements ************************************************** */
386    
387        /* Read the element typeID */
388        if (Finley_noError()) {
389            if (mpi_info->rank == 0) {
390                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
391                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
392                typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
393            }
394            #ifdef PASO_MPI
395                if (mpi_info->size > 1) {
396                    int temp1[2];
397                    temp1[0] = (int) typeID;
398                    temp1[1] = numEle;
399                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
400                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
401                    numEle = temp1[1];
402                }
403            #endif
404            if (typeID==NoRef) {
405                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
406                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
407             }
408        }
409    
410        if (Finley_noError()) {
411            /* Allocate the ElementFile */
412            refContactElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
413            mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(refContactElements, mpi_info);
414            numNodes = mesh_p->ContactElements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
415        }
416        /* *************************** Read the contact element data ************************************************* */
417        if (Finley_noError()) {
418            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
419            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
420            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
421            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
422                for (;;) {            /* Infinite loop */
423                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
424                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
425          
426                    chunkEle = 0;
427                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
428                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
429                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
430                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
431                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
432                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
433                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
434                        }
435                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
436                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
437                        totalEle++;
438                        chunkEle++;
439                    }
440                    #ifdef PASO_MPI
441                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
442                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
443                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
444                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81724, mpi_info->comm);
445                        }
446                    #endif
447                    nextCPU++;
448                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
449                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
450                } /* Infinite loop */
451            }   /* End master */
452            else {  /* Worker */
453                #ifdef PASO_MPI
454                    /* Each worker receives one message */
455                    MPI_Status status;
456                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81724, mpi_info->comm, &status);
457                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] ;
458                #endif
459            }   /* Worker */
460    
461            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
462             Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, chunkEle);
463            
464             if (Finley_noError()) {        
465                 mesh_p->ContactElements->minColor=0;
466                 mesh_p->ContactElements->maxColor=chunkEle-1;
467                 #pragma omp parallel for private (i0, i1)
468                 for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
469                     mesh_p->ContactElements->Id[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
470                     mesh_p->ContactElements->Tag[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
471                     mesh_p->ContactElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
472                     mesh_p->ContactElements->Color[i0] = i0;
473                     for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
474                         mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
475                     }
476                 }
477            }
478            TMPMEMFREE(tempInts);
479        } /* end of Read the contact element data */
480    
481        /* ********************************* read nodal elements ****************************************************** */
482    
483        /* *******************************  Read the element typeID */
484    
485        if (Finley_noError()) {
486            if (mpi_info->rank == 0) {
487                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
488                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
489                typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
490            }
491            #ifdef PASO_MPI
492                if (mpi_info->size > 1) {
493                    int temp1[2];
494                    temp1[0] = (int) typeID;
495                    temp1[1] = numEle;
496                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
497                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
498                    numEle = temp1[1];
499                }
500            #endif
501            if (typeID==NoRef) {
502                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
503                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
504             }
505        }
506    
507        if (Finley_noError()) {
508            /* Allocate the ElementFile */
509            refPoints= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
510            mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(refPoints, mpi_info);
511            numNodes = mesh_p->Points->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
512        }
513    
514        /**********************************  Read the nodal element data **************************************************/
515        if (Finley_noError()) {
516            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
517            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
518            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
519            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
520                for (;;) {            /* Infinite loop */
521                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
522                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
523            
524                    chunkEle = 0;
525                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
526                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
527                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
528                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
529                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
530                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
531                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
532                        }
533                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
534                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
535                        totalEle++;
536                        chunkEle++;
537                    }
538                    #ifdef PASO_MPI
539                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
540                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
541                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
542                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81725, mpi_info->comm);
543                        }
544                    #endif
545                    nextCPU++;
546                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
547                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
548                } /* Infinite loop */
549            }   /* End master */
550            else {  /* Worker */
551                #ifdef PASO_MPI
552                    /* Each worker receives one message */
553                    MPI_Status status;
554                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81725, mpi_info->comm, &status);
555                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
556                #endif
557            }   /* Worker */
558    
559            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
560            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, chunkEle);
561            
562            if (Finley_noError()) {
563                mesh_p->Points->minColor=0;
564                mesh_p->Points->maxColor=chunkEle-1;
565                #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
566                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
567                    mesh_p->Points->Id[i0]  = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
568                    mesh_p->Points->Tag[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
569                    mesh_p->Points->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
570                    mesh_p->Points->Color[i0] = i0;
571                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
572                        mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
573                    }
574                }
575            }
576    
577            TMPMEMFREE(tempInts);
578        } /* ******************************** end of Read the nodal element data ************************************************************* */
579    
580        
581        /******************  get the name tags *****************************************/
582        if (Finley_noError()) {
583            char *remainder=0, *ptr;
584            size_t len=0;
585            #ifdef PASO_MPI
586                int len_i;
587            #endif
588            int tag_key;
589            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
590                /* Read the word 'Tag' */
591                if (! feof(fileHandle_p)) {
592                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
593                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
594                }
595    
596                #if defined(_WIN32)  /* windows ftell lies on unix formatted text files */
597                    remainder = NULL;
598                    len=0;
599                    while (1)
600                    {
601                        size_t malloc_chunk = 1024;
602                        size_t buff_size = 0;
603                        int ch;
604    
605                        ch = fgetc(fileHandle_p);
606                        if( ch == '\r' )
607                        {
608                            continue;
609                        }
610                        if( len+1 > buff_size )
611                        {
612                            TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,buff_size+malloc_chunk,char);
613                        }
614                        if( ch == EOF )
615                        {
616                            /* hit EOF */
617                            remainder[len] = (char)0;
618                            break;
619                        }
620                        remainder[len] = (char)ch;
621                        len++;
622                    }
623                #else
624                    /* Read rest of file in one chunk, after using seek to find length */
625                    {
626                        long cur_pos, end_pos;
627    
628                        cur_pos = ftell(fileHandle_p);
629                        fseek(fileHandle_p, 0L, SEEK_END);
630                        end_pos = ftell(fileHandle_p);
631                        fseek(fileHandle_p, (long)cur_pos, SEEK_SET);
632                        remainder = TMPMEMALLOC(end_pos-cur_pos+1, char);
633                        if (! feof(fileHandle_p))
634                        {
635                            scan_ret = fread(remainder, (size_t) end_pos-cur_pos,
636                                                 sizeof(char), fileHandle_p);
637    
638                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
639                            remainder[end_pos-cur_pos] = 0;
640                        }
641                    }
642                #endif
643                len = strlen(remainder);
644                while ((len>1) && isspace(remainder[--len])) {remainder[len]=0;}
645                len = strlen(remainder);
646                TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,len+1,char);
647            } /* Master */
648            #ifdef PASO_MPI
649    
650                len_i=(int) len;
651                MPI_Bcast (&len_i, 1, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
652                len=(size_t) len_i;
653                if (mpi_info->rank != 0) {
654                    remainder = TMPMEMALLOC(len+1, char);
655                    remainder[0] = 0;
656                }
657                if (MPI_Bcast (remainder, len+1, MPI_CHAR,  0, mpi_info->comm) !=
658                        MPI_SUCCESS)
659                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of remainder failed");
660            #endif
661    
662            if (remainder[0]) {
663                ptr = remainder;
664                do {
665                    sscanf(ptr, "%s %d\n", name, &tag_key);
666                    if (*name) Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);
667                    ptr++;
668                } while(NULL != (ptr = strchr(ptr, '\n')) && *ptr);
669            }
670            if (remainder)
671                TMPMEMFREE(remainder);
672        }
673    
674        /* close file */
675        if (mpi_info->rank == 0) fclose(fileHandle_p);
676    
677        /*   resolve id's : */
678        /* rearrange elements: */
679        if (Finley_noError()) Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
680        if (Finley_noError()) Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
681    
682        /* that's it */
683        if (! Finley_noError()) {
684            Finley_Mesh_free(mesh_p);
685        }
686        /* free up memory */
687        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refPoints);
688        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refContactElements);
689        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refFaceElements);
690        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refElements);
691        Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
692        return mesh_p;
693  }  }
694    

Legend:
Removed from v.1028  
changed lines
  Added in v.2754

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