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revision 1028 by gross, Wed Mar 14 00:15:24 2007 UTC revision 2755 by caltinay, Wed Nov 18 23:19:32 2009 UTC
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 /*  
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  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
  *                                                          *  
  *              http://www.access.edu.au                    *  
  *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
  *                                                          *  
  ************************************************************  
 */  
1    
2  /**************************************************************/  /*******************************************************
3    *
4    * Copyright (c) 2003-2009 by University of Queensland
5    * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6    * http://www.uq.edu.au/esscc
7    *
8    * Primary Business: Queensland, Australia
9    * Licensed under the Open Software License version 3.0
10    * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11    *
12    *******************************************************/
13    
 /*   Finley: read mesh */  
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /*   Author: gross@access.edu.au */  /*   Finley: read mesh */
 /*   Version: $Id$ */  
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21    #include <ctype.h>
22  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
23    
24  /**************************************************************/  #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
   
 /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  
25    
 Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order) {  
26    
27    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fname,index_t order, index_t reduced_order,  bool_t optimize)
28    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;  {
29    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];      Paso_MPIInfo *mpi_info = NULL;
30    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];      dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;
31    double time0=Finley_timer();      Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
32    FILE *fileHandle_p = NULL;      Finley_ReferenceElementSet *refPoints=NULL, *refContactElements=NULL, *refFaceElements=NULL, *refElements=NULL;
33    ElementTypeId typeID, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;      char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
34        char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
35    Finley_resetError();      FILE *fileHandle_p = NULL;
36        ElementTypeId typeID=NoRef;
37    /* get file handle */      int scan_ret, error_code;
38    fileHandle_p = fopen(fname, "r");  
39    if (fileHandle_p==NULL) {      Finley_resetError();
40      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);      mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
41      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
42      return NULL;      if (mpi_info->rank == 0) {
43    }          /* get file handle */
44            fileHandle_p = fopen(fname, "r");
45    /* read header */          if (fileHandle_p==NULL) {
46    sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);              sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Opening file %s for reading failed.",fname);
47    fscanf(fileHandle_p, frm, name);              Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
48                Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
49    /* get the nodes */              return NULL;
50            }
51    fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);  
52    /* allocate mesh */          /* read header */
53  #ifndef PASO_MPI          sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
54    mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order);          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
55    if (! Finley_noError()) return NULL;          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
56  #else  
57    /* TODO */          /* get the number of nodes */
58  #endif          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
59            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
60  #ifndef PASO_MPI      }
61    Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);  
62    if (! Finley_noError()) return NULL;      #ifdef PASO_MPI
63  #else          /* MPI Broadcast numDim, numNodes, name if there are multiple MPI procs*/
64    /* TODO */          if (mpi_info->size > 1) {
65  #endif              int temp1[3];
66                if (mpi_info->rank == 0) {
67    if (1 == numDim) {                  temp1[0] = numDim;
68        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                  temp1[1] = numNodes;
69      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                  temp1[2] = strlen(name) + 1;
70             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],              } else {
71             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);                  temp1[0] = 0;
72    } else if (2 == numDim) {                  temp1[1] = 0;
73        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                  temp1[2] = 1;
74      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],              }
75             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],              MPI_Bcast (temp1, 3, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
76             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],              numDim = temp1[0];
77             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);              numNodes = temp1[1];
78    } else if (3 == numDim) {              error_code = MPI_Bcast (name, temp1[2], MPI_CHAR, 0, mpi_info->comm);
79        for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)              if (error_code != MPI_SUCCESS) {
80      fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                  Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of name failed");
81             &mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],                  return NULL;
82             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],              }
83             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],          }
84             &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);      #endif
85    } /* if else else */  
86        /* allocate mesh */
87    /* get the element type */      mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
88        
89    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);      if (Finley_noError()) {
90    typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);          /* Each CPU will get at most chunkSize nodes so the message has to be sufficiently large */
91    if (typeID==NoType) {          int chunkSize = numNodes / mpi_info->size + 1, totalNodes=0, chunkNodes=0,  nextCPU=1;
92      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);          int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*3+1, index_t);        /* Stores the integer message data */
93      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);          double *tempCoords = TMPMEMALLOC(chunkSize*numDim, double); /* Stores the double message data */
94      return NULL;  
95    }          /*
96    /* read the elements */          Read chunkSize nodes, send it in a chunk to worker CPU which copies chunk into its local mesh_p
97  #ifndef PASO_MPI          It doesn't matter that a CPU has the wrong nodes for its elements, this is sorted out later
98    mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(typeID,mesh_p->order);          First chunk sent to CPU 1, second to CPU 2, ...
99  #else          Last chunk stays on CPU 0 (the master)
100    /* TODO */          The three columns of integers (Id, gDOF, Tag) are gathered into a single array tempInts and sent together in a single MPI message
101  #endif          */
102    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, numEle);  
103    mesh_p->Elements->minColor=0;          if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
104    mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;              for (;;) {            /* Infinite loop */
105    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                  #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
106      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);                  for (i0=0; i0<chunkSize*3+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
107      mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;                  
108      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                  #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
109           fscanf(fileHandle_p, " %d",                  for (i0=0; i0<chunkSize*numDim; i0++) tempCoords[i0] = -1.0;
110              &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                  
111      }   /* for i1 */                  chunkNodes = 0;
112      fscanf(fileHandle_p, "\n");                  for (i1=0; i1<chunkSize; i1++) {
113    } /* for i0 */                      if (totalNodes >= numNodes) break;    /* End of inner loop */
114                        if (1 == numDim) {
115    /* get the face elements */                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n",
116    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
117    faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                                              &tempCoords[i1*numDim+0]);
118    faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
119    if (faceTypeID==NoType) {                      }
120      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);                      if (2 == numDim) {
121      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n",
122      return NULL;                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
123    }                                              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1]);
124  #ifndef PASO_MPI                          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
125    mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(faceTypeID,mesh_p->order);                      }
126  #else                      if (3 == numDim) {
127    /* TODO */                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n",
128  #endif                                              &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
129    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, numEle);                                              &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1], &tempCoords[i1*numDim+2]);
130    mesh_p->FaceElements->minColor=0;                          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
131    mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;                      }
132    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                      totalNodes++; /* When do we quit the infinite loop? */
133      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);                      chunkNodes++; /* How many nodes do we actually have in this chunk? It may be smaller than chunkSize. */
134      mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;                  }
135      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                  if (chunkNodes > chunkSize) {
136           fscanf(fileHandle_p, " %d",                      Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: error reading chunks of mesh, data too large for message size");
137              &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                      return NULL;
138      }   /* for i1 */                  }
139      fscanf(fileHandle_p, "\n");                  #ifdef PASO_MPI
140    } /* for i0 */                      /* Eventually we'll send chunkSize nodes to each CPU numbered 1 ... mpi_info->size-1, here goes one of them */
141                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
142    /* get the Contact face element */                          tempInts[chunkSize*3] = chunkNodes;   /* The message has one more int to send chunkNodes */
143    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                          MPI_Send(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, nextCPU, 81720, mpi_info->comm);
144    contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                          MPI_Send(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, nextCPU, 81721, mpi_info->comm);
145    if (contactTypeID==NoType) {                      }
146      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);                  #endif
147      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                  nextCPU++;
148      return NULL;                  /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
149    }                  if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
150  #ifndef PASO_MPI              } /* Infinite loop */
151    mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(contactTypeID,mesh_p->order);          }   /* End master */
152  #else          else {  /* Worker */
153    /* TODO */              #ifdef PASO_MPI
154  #endif                  /* Each worker receives two messages */
155    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, numEle);                  MPI_Status status;
156    mesh_p->ContactElements->minColor=0;                  MPI_Recv(tempInts, chunkSize*3+1, MPI_INT, 0, 81720, mpi_info->comm, &status);
157    mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;                  MPI_Recv(tempCoords, chunkSize*numDim, MPI_DOUBLE, 0, 81721, mpi_info->comm, &status);
158    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                  chunkNodes = tempInts[chunkSize*3];   /* How many nodes are in this workers chunk? */
159      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);              #endif
160      mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;          }   /* Worker */
161      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {  
162          fscanf(fileHandle_p, " %d",          /* Copy node data from tempMem to mesh_p */
163             &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);          Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, chunkNodes);
164      }   /* for i1 */          
165      fscanf(fileHandle_p, "\n");          if (Finley_noError()) {
166    } /* for i0 */              #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
167                for (i0=0; i0<chunkNodes; i0++) {
168    /* get the nodal element */                  mesh_p->Nodes->Id[i0]               = tempInts[0+i0];
169    fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);                  mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0]       = tempInts[chunkSize+i0];
170    pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);                  mesh_p->Nodes->Tag[i0]              = tempInts[chunkSize*2+i0];
171    if (pointTypeID==NoType) {                  for (i1=0; i1<numDim; i1++) {
172      sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(i1,i0,numDim)]  = tempCoords[i0*numDim+i1];
173      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                  }
174      return NULL;              }
175    }          }
176  #ifndef PASO_MPI          TMPMEMFREE(tempInts);
177    mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(pointTypeID,mesh_p->order);          TMPMEMFREE(tempCoords);
178  #else      }
179    /* TODO */  
180  #endif      /* ***********************************  read elements ******************************************************************/
181    Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, numEle);      if (Finley_noError()) {
182    mesh_p->Points->minColor=0;  
183    mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;          /* Read the element typeID */
184    for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {          if (mpi_info->rank == 0) {
185      fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
186      mesh_p->Points->Color[i0]=i0;              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
187      for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {              typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
188          fscanf(fileHandle_p, " %d",          }
189             &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);          #ifdef PASO_MPI
190      }   /* for i1 */              if (mpi_info->size > 1) {
191      fscanf(fileHandle_p, "\n");                  int temp1[2], mpi_error;
192    } /* for i0 */                  temp1[0] = (int) typeID;
193                    temp1[1] = numEle;
194                    mpi_error = MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
195    /* close file */                  if (mpi_error != MPI_SUCCESS) {
196                        Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of Element typeID failed");
197    fclose(fileHandle_p);                      return NULL;
198                    }
199    /*   resolve id's : */                  typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
200                    numEle = temp1[1];
201    Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);              }
202            #endif
203    /* rearrange elements: */          if (typeID==NoRef) {
204                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
205    Finley_Mesh_prepare(mesh_p);              Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
206              }
207    /* that's it */      }
208    #ifdef Finley_TRACE  
209    printf("timing: reading mesh: %.4e sec\n",Finley_timer()-time0);      /* Allocate the ElementFile */
210    #endif      if (Finley_noError()) {
211    if (Finley_noError()) {          refElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
212         if ( ! Finley_Mesh_isPrepared(mesh_p)) {          mesh_p->Elements=Finley_ElementFile_alloc(refElements, mpi_info);
213            Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"Mesh is not prepared for calculation. Contact the programmers.");          numNodes = mesh_p->Elements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
214         }      }
215    } else {  
216         Finley_Mesh_dealloc(mesh_p);      /* *************************** Read the element data *******************************************************************/
217    }      if (Finley_noError()) {
218    return mesh_p;  
219            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
220            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
221            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
222            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
223                for (;;) {            /* Infinite loop */
224                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
225                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
226            
227                    chunkEle = 0;
228                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
229                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
230                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
231                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
232                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
233                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
234                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
235                        }
236                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
237                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
238                        totalEle++;
239                        chunkEle++;
240                    }
241                    #ifdef PASO_MPI
242                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
243                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
244                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
245                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81722, mpi_info->comm);
246                        }
247                    #endif
248                    nextCPU++;
249                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
250                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
251                } /* Infinite loop */
252            }   /* End master */
253            else {  /* Worker */
254                #ifdef PASO_MPI
255                    /* Each worker receives one message */
256                    MPI_Status status;
257                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81722, mpi_info->comm, &status);
258                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
259                #endif
260            }   /* Worker */
261    
262            
263            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Elements, chunkEle);
264    
265        
266            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
267            if (Finley_noError()) {
268    
269                mesh_p->Elements->minColor=0;
270                mesh_p->Elements->maxColor=chunkEle-1;
271                #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
272                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
273                    mesh_p->Elements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
274                    mesh_p->Elements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
275                    mesh_p->Elements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
276                    mesh_p->Elements->Color[i0] = i0;
277                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
278                        mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
279                    }
280                }
281            }
282    
283            TMPMEMFREE(tempInts);
284        }
285        /* ******************** end of Read the element data ******************************************************/
286    
287        /* ********************* read face elements ***************************************************************/
288        if (Finley_noError()) {
289            /* Read the element typeID */
290    
291            if (mpi_info->rank == 0) {
292                 scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
293                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
294                 typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
295            }
296            #ifdef PASO_MPI
297                if (mpi_info->size > 1) {
298                    int temp1[2];
299                    temp1[0] = (int) typeID;
300                    temp1[1] = numEle;
301                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
302                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
303                    numEle = temp1[1];
304                }
305            #endif
306            if (typeID==NoRef) {
307                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
308                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
309            }
310            if (Finley_noError()) {
311                /* Allocate the ElementFile */
312                refFaceElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
313                mesh_p->FaceElements=Finley_ElementFile_alloc(refFaceElements, mpi_info);
314                numNodes = mesh_p->FaceElements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
315            }
316    
317        }
318    
319        /* ********************** Read the face element data ********************************************************* */
320    
321        if (Finley_noError()) {
322            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
323            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
324            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
325            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
326                for (;;) {            /* Infinite loop */
327                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
328                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
329            
330                    chunkEle = 0;
331                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
332                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
333                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
334                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
335                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
336                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
337                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
338                        }
339                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
340                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
341                        totalEle++;
342                        chunkEle++;
343                    }
344                    #ifdef PASO_MPI
345                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
346                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
347                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
348                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81723, mpi_info->comm);
349                        }
350                    #endif
351                    nextCPU++;
352                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
353                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
354                } /* Infinite loop */
355            }   /* End master */
356            else {  /* Worker */
357                #ifdef PASO_MPI
358                    /* Each worker receives one message */
359                    MPI_Status status;
360                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81723, mpi_info->comm, &status);
361                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
362                    #endif
363            }   /* Worker */
364            
365            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->FaceElements, chunkEle);
366            
367            if (Finley_noError()) {
368                /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
369                
370                mesh_p->FaceElements->minColor=0;
371                mesh_p->FaceElements->maxColor=chunkEle-1;
372                #pragma omp parallel for private (i0, i1)
373                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
374                    mesh_p->FaceElements->Id[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
375                    mesh_p->FaceElements->Tag[i0]   = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
376                    mesh_p->FaceElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
377                    mesh_p->FaceElements->Color[i0] = i0;
378                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
379                        mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
380                    }
381                }
382            }
383    
384            TMPMEMFREE(tempInts);
385        }
386        /* ************************************* end of Read the face element data *************************************** */
387    
388    
389        /* ************************************* read contact elements ************************************************** */
390    
391        /* Read the element typeID */
392        if (Finley_noError()) {
393            if (mpi_info->rank == 0) {
394                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
395                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
396                typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
397            }
398            #ifdef PASO_MPI
399                if (mpi_info->size > 1) {
400                    int temp1[2];
401                    temp1[0] = (int) typeID;
402                    temp1[1] = numEle;
403                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
404                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
405                    numEle = temp1[1];
406                }
407            #endif
408            if (typeID==NoRef) {
409                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
410                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
411             }
412        }
413    
414        if (Finley_noError()) {
415            /* Allocate the ElementFile */
416            refContactElements= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
417            mesh_p->ContactElements=Finley_ElementFile_alloc(refContactElements, mpi_info);
418            numNodes = mesh_p->ContactElements->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
419        }
420        /* *************************** Read the contact element data ************************************************* */
421        if (Finley_noError()) {
422            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
423            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
424            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
425            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
426                for (;;) {            /* Infinite loop */
427                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
428                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
429          
430                    chunkEle = 0;
431                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
432                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
433                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
434                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
435                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
436                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
437                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
438                        }
439                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
440                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
441                        totalEle++;
442                        chunkEle++;
443                    }
444                    #ifdef PASO_MPI
445                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
446                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
447                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
448                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81724, mpi_info->comm);
449                        }
450                    #endif
451                    nextCPU++;
452                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
453                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
454                } /* Infinite loop */
455            }   /* End master */
456            else {  /* Worker */
457                #ifdef PASO_MPI
458                    /* Each worker receives one message */
459                    MPI_Status status;
460                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81724, mpi_info->comm, &status);
461                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] ;
462                #endif
463            }   /* Worker */
464    
465            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
466             Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->ContactElements, chunkEle);
467            
468             if (Finley_noError()) {        
469                 mesh_p->ContactElements->minColor=0;
470                 mesh_p->ContactElements->maxColor=chunkEle-1;
471                 #pragma omp parallel for private (i0, i1)
472                 for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
473                     mesh_p->ContactElements->Id[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
474                     mesh_p->ContactElements->Tag[i0]    = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
475                     mesh_p->ContactElements->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
476                     mesh_p->ContactElements->Color[i0] = i0;
477                     for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
478                         mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
479                     }
480                 }
481            }
482            TMPMEMFREE(tempInts);
483        } /* end of Read the contact element data */
484    
485        /* ********************************* read nodal elements ****************************************************** */
486    
487        /* *******************************  Read the element typeID */
488    
489        if (Finley_noError()) {
490            if (mpi_info->rank == 0) {
491                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
492                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
493                typeID=Finley_ReferenceElement_getTypeId(element_type);
494            }
495            #ifdef PASO_MPI
496                if (mpi_info->size > 1) {
497                    int temp1[2];
498                    temp1[0] = (int) typeID;
499                    temp1[1] = numEle;
500                    MPI_Bcast (temp1, 2, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
501                    typeID = (ElementTypeId) temp1[0];
502                    numEle = temp1[1];
503                }
504            #endif
505            if (typeID==NoRef) {
506                sprintf(error_msg, "Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s", element_type);
507                Finley_setError(VALUE_ERROR, error_msg);
508             }
509        }
510    
511        if (Finley_noError()) {
512            /* Allocate the ElementFile */
513            refPoints= Finley_ReferenceElementSet_alloc(typeID,mesh_p->order, mesh_p->reduced_order);
514            mesh_p->Points=Finley_ElementFile_alloc(refPoints, mpi_info);
515            numNodes = mesh_p->Points->referenceElementSet->numNodes; /* New meaning for numNodes: num nodes per element */
516        }
517    
518        /**********************************  Read the nodal element data **************************************************/
519        if (Finley_noError()) {
520            int chunkSize = numEle / mpi_info->size + 1, totalEle=0, nextCPU=1, chunkEle=0;
521            int *tempInts = TMPMEMALLOC(chunkSize*(2+numNodes)+1, index_t); /* Store Id + Tag + node list (+ one int at end for chunkEle) */
522            /* Elements are specified as a list of integers...only need one message instead of two as with the nodes */
523            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
524                for (;;) {            /* Infinite loop */
525                    #pragma omp parallel for private (i0) schedule(static)
526                    for (i0=0; i0<chunkSize*(2+numNodes)+1; i0++) tempInts[i0] = -1;
527            
528                    chunkEle = 0;
529                    for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
530                        if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
531                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
532                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
533                        for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
534                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
535                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
536                        }
537                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
538                        FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
539                        totalEle++;
540                        chunkEle++;
541                    }
542                    #ifdef PASO_MPI
543                        /* Eventually we'll send chunk of elements to each CPU except 0 itself, here goes one of them */
544                        if (nextCPU < mpi_info->size) {
545                            tempInts[chunkSize*(2+numNodes)] = chunkEle;
546                            MPI_Send(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, nextCPU, 81725, mpi_info->comm);
547                        }
548                    #endif
549                    nextCPU++;
550                    /* Infinite loop ends when I've read a chunk for each of the worker nodes plus one more chunk for the master */
551                    if (nextCPU > mpi_info->size) break; /* End infinite loop */
552                } /* Infinite loop */
553            }   /* End master */
554            else {  /* Worker */
555                #ifdef PASO_MPI
556                    /* Each worker receives one message */
557                    MPI_Status status;
558                    MPI_Recv(tempInts, chunkSize*(2+numNodes)+1, MPI_INT, 0, 81725, mpi_info->comm, &status);
559                    chunkEle = tempInts[chunkSize*(2+numNodes)];
560                #endif
561            }   /* Worker */
562    
563            /* Copy Element data from tempInts to mesh_p */
564            Finley_ElementFile_allocTable(mesh_p->Points, chunkEle);
565            
566            if (Finley_noError()) {
567                mesh_p->Points->minColor=0;
568                mesh_p->Points->maxColor=chunkEle-1;
569                #pragma omp parallel for private (i0, i1) schedule(static)
570                for (i0=0; i0<chunkEle; i0++) {
571                    mesh_p->Points->Id[i0]  = tempInts[i0*(2+numNodes)+0];
572                    mesh_p->Points->Tag[i0] = tempInts[i0*(2+numNodes)+1];
573                    mesh_p->Points->Owner[i0]  =mpi_info->rank;
574                    mesh_p->Points->Color[i0] = i0;
575                    for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
576                        mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, numNodes)] = tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1];
577                    }
578                }
579            }
580    
581            TMPMEMFREE(tempInts);
582        } /* ******************************** end of Read the nodal element data ************************************************************* */
583    
584        
585        /******************  get the name tags *****************************************/
586        if (Finley_noError()) {
587            char *remainder=0, *ptr;
588            size_t len=0;
589            #ifdef PASO_MPI
590                int len_i;
591            #endif
592            int tag_key;
593            if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
594                /* Read the word 'Tag' */
595                if (! feof(fileHandle_p)) {
596                    scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
597                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
598                }
599    
600                #if defined(_WIN32)  /* windows ftell lies on unix formatted text files */
601                    remainder = NULL;
602                    len=0;
603                    while (1)
604                    {
605                        size_t malloc_chunk = 1024;
606                        size_t buff_size = 0;
607                        int ch;
608    
609                        ch = fgetc(fileHandle_p);
610                        if( ch == '\r' )
611                        {
612                            continue;
613                        }
614                        if( len+1 > buff_size )
615                        {
616                            TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,buff_size+malloc_chunk,char);
617                        }
618                        if( ch == EOF )
619                        {
620                            /* hit EOF */
621                            remainder[len] = (char)0;
622                            break;
623                        }
624                        remainder[len] = (char)ch;
625                        len++;
626                    }
627                #else
628                    /* Read rest of file in one chunk, after using seek to find length */
629                    {
630                        long cur_pos, end_pos;
631    
632                        cur_pos = ftell(fileHandle_p);
633                        fseek(fileHandle_p, 0L, SEEK_END);
634                        end_pos = ftell(fileHandle_p);
635                        fseek(fileHandle_p, (long)cur_pos, SEEK_SET);
636                        remainder = TMPMEMALLOC(end_pos-cur_pos+1, char);
637                        if (! feof(fileHandle_p))
638                        {
639                            scan_ret = fread(remainder, (size_t) end_pos-cur_pos,
640                                                 sizeof(char), fileHandle_p);
641    
642                            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
643                            remainder[end_pos-cur_pos] = 0;
644                        }
645                    }
646                #endif
647                len = strlen(remainder);
648                while ((len>1) && isspace(remainder[--len])) {remainder[len]=0;}
649                len = strlen(remainder);
650                TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,len+1,char);
651            } /* Master */
652            #ifdef PASO_MPI
653    
654                len_i=(int) len;
655                MPI_Bcast (&len_i, 1, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);
656                len=(size_t) len_i;
657                if (mpi_info->rank != 0) {
658                    remainder = TMPMEMALLOC(len+1, char);
659                    remainder[0] = 0;
660                }
661                if (MPI_Bcast (remainder, len+1, MPI_CHAR,  0, mpi_info->comm) !=
662                        MPI_SUCCESS)
663                    Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of remainder failed");
664            #endif
665    
666            if (remainder[0]) {
667                ptr = remainder;
668                do {
669                    sscanf(ptr, "%s %d\n", name, &tag_key);
670                    if (*name) Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);
671                    ptr++;
672                } while(NULL != (ptr = strchr(ptr, '\n')) && *ptr);
673            }
674            if (remainder)
675                TMPMEMFREE(remainder);
676        }
677    
678        /* close file */
679        if (mpi_info->rank == 0) fclose(fileHandle_p);
680    
681        /*   resolve id's : */
682        /* rearrange elements: */
683        if (Finley_noError()) Finley_Mesh_resolveNodeIds(mesh_p);
684        if (Finley_noError()) Finley_Mesh_prepare(mesh_p, optimize);
685    
686        /* that's it */
687        if (! Finley_noError()) {
688            Finley_Mesh_free(mesh_p);
689        }
690        /* free up memory */
691        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refPoints);
692        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refContactElements);
693        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refFaceElements);
694        Finley_ReferenceElementSet_dealloc(refElements);
695        Paso_MPIInfo_free( mpi_info );
696        return mesh_p;
697  }  }
698    

Legend:
Removed from v.1028  
changed lines
  Added in v.2755

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