/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_read.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_read.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1811 by ksteube, Thu Sep 25 23:11:13 2008 UTC revision 2310 by gross, Mon Mar 16 04:07:43 2009 UTC
# Line 21  Line 21 
21  #include <ctype.h>  #include <ctype.h>
22  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
23    
24    #define FSCANF_CHECK(scan_ret, reason) { if (scan_ret == EOF) { perror(reason); Finley_setError(IO_ERROR,"scan error while reading finley file"); return NULL;} }
25    
26  /**************************************************************/  /**************************************************************/
27    
28  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */  /*  reads a mesh from a Finley file of name fname */
# Line 35  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 37  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
37    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
38    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
39    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
40      #ifdef Finley_TRACE
41    double time0=Finley_timer();    double time0=Finley_timer();
42      #endif
43    FILE *fileHandle_p = NULL;    FILE *fileHandle_p = NULL;
44    ElementTypeId typeID, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;    ElementTypeId typeID=NoType, faceTypeID=NoType, contactTypeID=NoType, pointTypeID=NoType;
45      int scan_ret;
46        
47    Finley_resetError();    Finley_resetError();
48    
# Line 55  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 60  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
60        
61       /* read header */       /* read header */
62       sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);       sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
63       fscanf(fileHandle_p, frm, name);       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
64         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
65    
66        
67       /* get the nodes */       /* get the nodes */
68        
69       fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
70         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
71       /* allocate mesh */       /* allocate mesh */
72       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
73       if (Finley_noError()) {       if (Finley_noError()) {
# Line 68  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 76  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
76          Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);          Finley_NodeFile_allocTable(mesh_p->Nodes, numNodes);
77          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
78             if (1 == numDim) {             if (1 == numDim) {
79                 for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                 for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
80                  fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                  scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
81                         &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],                         &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
82                         &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);                         &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)]);
83                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
84               }
85             } else if (2 == numDim) {             } else if (2 == numDim) {
86                      for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                      for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
87                            fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
88                                   &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],                                   &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
89                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
90                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)]);
91                      FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
92                    }
93             } else if (3 == numDim) {             } else if (3 == numDim) {
94                      for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++)                      for (i0 = 0; i0 < numNodes; i0++) {
95                            fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],                            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n", &mesh_p->Nodes->Id[i0],
96                                   &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],                                   &mesh_p->Nodes->globalDegreesOfFreedom[i0], &mesh_p->Nodes->Tag[i0],
97                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0,i0,numDim)],
98                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1,i0,numDim)],
99                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);                                   &mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2,i0,numDim)]);
100                      FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
101                    }
102             } /* if else else */             } /* if else else */
103          }          }
104          /* read elements */          /* read elements */
105          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
106        
107             fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
108           FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
109             typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);             typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
110             if (typeID==NoType) {             if (typeID==NoType) {
111               sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);               sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s",element_type);
# Line 104  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 119  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
119                   mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;                   mesh_p->Elements->maxColor=numEle-1;
120                   if (Finley_noError()) {                   if (Finley_noError()) {
121                      for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                      for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
122                        fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Elements->Id[i0], &mesh_p->Elements->Tag[i0]);
123                  FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
124                        mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;                        mesh_p->Elements->Color[i0]=i0;
125                        mesh_p->Elements->Owner[i0]=0;                        mesh_p->Elements->Owner[i0]=0;
126                        for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                        for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
127                             fscanf(fileHandle_p, " %d",                             scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
128                                &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                                &mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Elements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
129                   FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
130                        } /* for i1 */                        } /* for i1 */
131                        fscanf(fileHandle_p, "\n");                        scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
132                  FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
133                      } /* for i0 */                      } /* for i0 */
134                   }                   }
135               }               }
# Line 119  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 137  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
137          }          }
138          /* get the face elements */          /* get the face elements */
139          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
140               fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
141             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
142               faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);               faceTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
143               if (faceTypeID==NoType) {               if (faceTypeID==NoType) {
144                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read :Unidentified element type %s for face elements",element_type);
# Line 132  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 151  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
151                        mesh_p->FaceElements->minColor=0;                        mesh_p->FaceElements->minColor=0;
152                        mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;                        mesh_p->FaceElements->maxColor=numEle-1;
153                        for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                        for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
154                          fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->FaceElements->Id[i0], &mesh_p->FaceElements->Tag[i0]);
155                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
156                          mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;                          mesh_p->FaceElements->Color[i0]=i0;
157                          mesh_p->FaceElements->Owner[i0]=0;                          mesh_p->FaceElements->Owner[i0]=0;
158                          for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                          for (i1 = 0; i1 < mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
159                               fscanf(fileHandle_p, " %d",                               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
160                                  &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                                  &mesh_p->FaceElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->FaceElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
161                     FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
162                          }   /* for i1 */                          }   /* for i1 */
163                          fscanf(fileHandle_p, "\n");                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
164                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
165                        } /* for i0 */                        } /* for i0 */
166                     }                     }
167                  }                  }
# Line 147  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 169  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
169          }          }
170          /* get the Contact face element */          /* get the Contact face element */
171          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
172               fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
173             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
174               contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);               contactTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
175               if (contactTypeID==NoType) {               if (contactTypeID==NoType) {
176                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for contact elements",element_type);
# Line 160  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 183  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
183                        mesh_p->ContactElements->minColor=0;                        mesh_p->ContactElements->minColor=0;
184                        mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;                        mesh_p->ContactElements->maxColor=numEle-1;
185                        for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                        for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
186                          fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->ContactElements->Id[i0], &mesh_p->ContactElements->Tag[i0]);
187                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
188                          mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;                          mesh_p->ContactElements->Color[i0]=i0;
189                          mesh_p->ContactElements->Owner[i0]=0;                          mesh_p->ContactElements->Owner[i0]=0;
190                          for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                          for (i1 = 0; i1 < mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
191                              fscanf(fileHandle_p, " %d",                              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
192                                 &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                                 &mesh_p->ContactElements->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->ContactElements->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
193                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
194                          }   /* for i1 */                          }   /* for i1 */
195                          fscanf(fileHandle_p, "\n");                          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
196                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
197                        } /* for i0 */                        } /* for i0 */
198                    }                    }
199                 }                 }
# Line 175  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 201  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
201          }            }  
202          /* get the nodal element */          /* get the nodal element */
203          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
204               fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);               scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
205             FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
206               pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);               pointTypeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
207               if (pointTypeID==NoType) {               if (pointTypeID==NoType) {
208                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);                 sprintf(error_msg,"Finley_Mesh_read: Unidentified element type %s for points",element_type);
# Line 188  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 215  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
215                     mesh_p->Points->minColor=0;                     mesh_p->Points->minColor=0;
216                     mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;                     mesh_p->Points->maxColor=numEle-1;
217                     for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {                     for (i0 = 0; i0 < numEle; i0++) {
218                       fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);                       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &mesh_p->Points->Id[i0], &mesh_p->Points->Tag[i0]);
219                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
220                       mesh_p->Points->Color[i0]=i0;                       mesh_p->Points->Color[i0]=i0;
221                       mesh_p->Points->Owner[i0]=0;                       mesh_p->Points->Owner[i0]=0;
222                       for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {                       for (i1 = 0; i1 < mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes; i1++) {
223                           fscanf(fileHandle_p, " %d",                           scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d",
224                              &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);                              &mesh_p->Points->Nodes[INDEX2(i1, i0, mesh_p->Points->ReferenceElement->Type->numNodes)]);
225                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
226                       }  /* for i1 */                       }  /* for i1 */
227                       fscanf(fileHandle_p, "\n");                       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
228                 FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
229                     } /* for i0 */                     } /* for i0 */
230                  }                  }
231               }               }
# Line 203  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam Line 233  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read(char* fnam
233          /* get the name tags */          /* get the name tags */
234          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
235             if (feof(fileHandle_p) == 0) {             if (feof(fileHandle_p) == 0) {
236                fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);                scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
237              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
238                while (feof(fileHandle_p) == 0) {                while (feof(fileHandle_p) == 0) {
239                     fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", name, &tag_key);                     scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", name, &tag_key);
240               FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
241                     Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);                     Finley_Mesh_addTagMap(mesh_p,name,tag_key);
242                }                }
243             }             }
# Line 238  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 270  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
270    
271  {  {
272    
273    Paso_MPIInfo *mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );    Paso_MPIInfo *mpi_info = NULL;
274    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;    dim_t numNodes, numDim, numEle, i0, i1;
275    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;    Finley_Mesh *mesh_p=NULL;
276    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];    char name[LenString_MAX],element_type[LenString_MAX],frm[20];
277    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
278      #ifdef Finley_TRACE
279    double time0=Finley_timer();    double time0=Finley_timer();
280      #endif
281    FILE *fileHandle_p = NULL;    FILE *fileHandle_p = NULL;
282    ElementTypeId typeID, faceTypeID, contactTypeID, pointTypeID;    ElementTypeId typeID=NoType;
283    Finley_TagMap* tag_map;    int scan_ret;
   index_t tag_key;  
284    
285    Finley_resetError();    Finley_resetError();
286      mpi_info = Paso_MPIInfo_alloc( MPI_COMM_WORLD );
287    
288    if (mpi_info->rank == 0) {    if (mpi_info->rank == 0) {
289       /* get file handle */       /* get file handle */
# Line 263  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 297  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
297    
298       /* read header */       /* read header */
299       sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);       sprintf(frm,"%%%d[^\n]",LenString_MAX-1);
300       fscanf(fileHandle_p, frm, name);       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, frm, name);
301         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
302    
303       /* get the number of nodes */       /* get the number of nodes */
304       fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);       scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%1d%*s %d\n", &numDim,&numNodes);
305         FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
306    }    }
307    
308  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 291  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 327  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
327    }    }
328  #endif  #endif
329    
330    
331       /* allocate mesh */       /* allocate mesh */
332       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);       mesh_p = Finley_Mesh_alloc(name,numDim,order,reduced_order,mpi_info);
333       if (Finley_noError()) {       if (Finley_noError()) {
# Line 314  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 351  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
351          chunkNodes = 0;          chunkNodes = 0;
352          for (i1=0; i1<chunkSize; i1++) {          for (i1=0; i1<chunkSize; i1++) {
353            if (totalNodes >= numNodes) break;    /* End of inner loop */            if (totalNodes >= numNodes) break;    /* End of inner loop */
354                if (1 == numDim)                if (1 == numDim) {
355          fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n",          scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le\n",
356            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
357            &tempCoords[i1*numDim+0]);            &tempCoords[i1*numDim+0]);
358                if (2 == numDim)          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
359          fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n",            }
360                  if (2 == numDim) {
361            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le\n",
362            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
363            &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1]);            &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1]);
364                if (3 == numDim)          FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
365          fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n",            }
366                  if (3 == numDim) {
367            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d %d %le %le %le\n",
368            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],            &tempInts[0+i1], &tempInts[chunkSize+i1], &tempInts[chunkSize*2+i1],
369            &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1], &tempCoords[i1*numDim+2]);            &tempCoords[i1*numDim+0], &tempCoords[i1*numDim+1], &tempCoords[i1*numDim+2]);
370            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
371              }
372            totalNodes++; /* When do we quit the infinite loop? */            totalNodes++; /* When do we quit the infinite loop? */
373            chunkNodes++; /* How many nodes do we actually have in this chunk? It may be smaller than chunkSize. */            chunkNodes++; /* How many nodes do we actually have in this chunk? It may be smaller than chunkSize. */
374          }          }
# Line 395  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 438  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
438      /* Read the element typeID */      /* Read the element typeID */
439          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
440        if (mpi_info->rank == 0) {        if (mpi_info->rank == 0) {
441              fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
442            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
443              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
444        }        }
445  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 433  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 477  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
477          chunkEle = 0;          chunkEle = 0;
478          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
479            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
480            fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
481            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
482            fscanf(fileHandle_p, "\n");            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
483            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
484                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
485              }
486              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
487              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
488            totalEle++;            totalEle++;
489            chunkEle++;            chunkEle++;
490          }          }
# Line 495  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 544  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
544      /* Read the element typeID */      /* Read the element typeID */
545          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
546        if (mpi_info->rank == 0) {        if (mpi_info->rank == 0) {
547              fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
548            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
549              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
550        }        }
551  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 533  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 583  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
583          chunkEle = 0;          chunkEle = 0;
584          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
585            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
586            fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
587            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
588            fscanf(fileHandle_p, "\n");            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
589            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
590                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
591              }
592              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
593              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
594            totalEle++;            totalEle++;
595            chunkEle++;            chunkEle++;
596          }          }
# Line 595  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 650  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
650      /* Read the element typeID */      /* Read the element typeID */
651          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
652        if (mpi_info->rank == 0) {        if (mpi_info->rank == 0) {
653              fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
654            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
655              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
656        }        }
657  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 633  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 689  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
689          chunkEle = 0;          chunkEle = 0;
690          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
691            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
692            fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
693            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
694            fscanf(fileHandle_p, "\n");            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
695            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
696                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
697              }
698              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
699              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
700            totalEle++;            totalEle++;
701            chunkEle++;            chunkEle++;
702          }          }
# Line 695  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 756  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
756      /* Read the element typeID */      /* Read the element typeID */
757          if (Finley_noError()) {          if (Finley_noError()) {
758        if (mpi_info->rank == 0) {        if (mpi_info->rank == 0) {
759              fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s %d\n", element_type, &numEle);
760            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
761              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);              typeID=Finley_RefElement_getTypeId(element_type);
762        }        }
763  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 733  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 795  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
795          chunkEle = 0;          chunkEle = 0;
796          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {          for (i0=0; i0<chunkSize; i0++) {
797            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */            if (totalEle >= numEle) break; /* End inner loop */
798            fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%d %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+0], &tempInts[i0*(2+numNodes)+1]);
799            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
800            fscanf(fileHandle_p, "\n");            for (i1 = 0; i1 < numNodes; i1++) {
801            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, " %d", &tempInts[i0*(2+numNodes)+2+i1]);
802                FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
803              }
804              scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "\n");
805              FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
806            totalEle++;            totalEle++;
807            chunkEle++;            chunkEle++;
808          }          }
# Line 792  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char* Line 859  Finley_Mesh* Finley_Mesh_read_MPI(char*
859    
860        /* get the name tags */        /* get the name tags */
861        if (Finley_noError()) {        if (Finley_noError()) {
862          char *remainder, *ptr;          char *remainder=0, *ptr;
863          int tag_key, len, error_code;          size_t len=0;
864          long cur_pos, end_pos;  #ifdef PASO_MPI
865            int len_i;
866    #endif
867            int tag_key;
868          if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */          if (mpi_info->rank == 0) {  /* Master */
869        /* Read the word 'Tag' */        /* Read the word 'Tag' */
870        if (! feof(fileHandle_p)) fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);        if (! feof(fileHandle_p)) {
871            scan_ret = fscanf(fileHandle_p, "%s\n", name);
872            FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
873          }
874    
875    #if defined(_WIN32)  /* windows ftell lies on unix formatted text files */
876    
877          remainder = NULL;
878              len=0;
879          while (1)
880              {
881                 size_t malloc_chunk = 1024;
882                 size_t buff_size = 0;
883                 int ch;
884    
885                 ch = fgetc(fileHandle_p);
886                 if( ch == '\r' )
887                 {
888                    continue;
889                 }
890                 if( len+1 > buff_size )
891                 {
892                    TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,buff_size+malloc_chunk,char);
893                 }
894                 if( ch == EOF )
895                 {
896                    /* hit EOF */
897                    remainder[len] = (char)0;
898                    break;
899                 }
900                 remainder[len] = (char)ch;
901                 len++;
902              }
903    #else
904        /* Read rest of file in one chunk, after using seek to find length */        /* Read rest of file in one chunk, after using seek to find length */
905            cur_pos = ftell(fileHandle_p);            {
906            fseek(fileHandle_p, 0L, SEEK_END);               long cur_pos, end_pos;
907            end_pos = ftell(fileHandle_p);  
908            fseek(fileHandle_p, (long)cur_pos, SEEK_SET);               cur_pos = ftell(fileHandle_p);
909        remainder = TMPMEMALLOC(end_pos-cur_pos+1, char);               fseek(fileHandle_p, 0L, SEEK_END);
910        if (! feof(fileHandle_p)) fread(remainder, (size_t) end_pos-cur_pos, sizeof(char), fileHandle_p);               end_pos = ftell(fileHandle_p);
911        remainder[end_pos-cur_pos] = 0;               fseek(fileHandle_p, (long)cur_pos, SEEK_SET);
912        len = strlen(remainder);                   remainder = TMPMEMALLOC(end_pos-cur_pos+1, char);
913                 if (! feof(fileHandle_p))
914                 {
915                    scan_ret = fread(remainder, (size_t) end_pos-cur_pos,
916                                     sizeof(char), fileHandle_p);
917    
918                    FSCANF_CHECK(scan_ret, "Finley_Mesh_read")
919                    remainder[end_pos-cur_pos] = 0;
920                }
921              }
922    #endif
923          len = strlen(remainder);
924        while ((--len)>0 && isspace(remainder[len])) remainder[len]=0;        while ((--len)>0 && isspace(remainder[len])) remainder[len]=0;
925        len = strlen(remainder);        len = strlen(remainder);
926              TMPMEMREALLOC(remainder,remainder,len+1,char);
927          }          }
928  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
929          error_code = MPI_Bcast (&len, 1, MPI_INT,  0, mpi_info->comm);  
930          if (error_code != MPI_SUCCESS) {          len_i=(int) len;
931            Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of tag len failed");          if (MPI_Bcast (&len_i, 1, MPI_INT,  0, mpi_info->comm) != MPI_SUCCESS)
932            return NULL;          {
933               Finley_setError(PASO_MPI_ERROR,
934                               "Finley_Mesh_read: broadcast of tag len failed");
935               return NULL;
936          }          }
937            len=(size_t) len_i;
938      if (mpi_info->rank != 0) {      if (mpi_info->rank != 0) {
939        remainder = TMPMEMALLOC(len+1, char);        remainder = TMPMEMALLOC(len+1, char);
940        remainder[0] = 0;        remainder[0] = 0;
941      }      }
942          error_code = MPI_Bcast (remainder, len+1, MPI_CHAR,  0, mpi_info->comm);          if (MPI_Bcast (remainder, len+1, MPI_CHAR,  0, mpi_info->comm) !=
943          if (error_code != MPI_SUCCESS) {              MPI_SUCCESS)
944            Finley_setError(PASO_MPI_ERROR, "Finley_Mesh_read: broadcast of tags failed");          {
945            return NULL;             Finley_setError(PASO_MPI_ERROR,
946                               "Finley_Mesh_read: broadcast of tags failed");
947               return NULL;
948          }          }
949  #endif  #endif
950    
951      if (remainder[0]) {      if (remainder[0]) {
952            ptr = remainder;            ptr = remainder;
953            do {            do {

Legend:
Removed from v.1811  
changed lines
  Added in v.2310

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26