/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/finley/src/finleyC/Mesh_saveVTK.c revision 155 by jgs, Wed Nov 9 02:02:19 2005 UTC trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c revision 818 by dhawcroft, Sun Aug 27 11:10:34 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  /*  /*
2   ******************************************************************************  ************************************************************
3   *                                                                            *  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
4   *       COPYRIGHT  ACcESS 2003,2004,2005 -  All Rights Reserved              *  *                                                          *
5   *                                                                            *  *              http://www.access.edu.au                    *
6   * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *  *       Primary Business: Queensland, Australia            *
7   * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
8   * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
9   * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *  *                                                          *
10   * license agreement with ACcESS.                                             *  ************************************************************
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
11  */  */
12    
13    
# Line 20  Line 18 
18  /**************************************************************/  /**************************************************************/
19    
20  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */
21    /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */
22    
23  /*   Version: $Id$ */  /*   Version: $Id$ */
24    
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
26    
27    
28  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
29  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
30    
31  /**************************************************************/  /*
32     MPI version notes:
33    
34     ******************************************************************************
35     ***                                                                       ****
36     *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****
37     ***                                                                       ****  
38     ******************************************************************************
39    
40     In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing
41     XML tags.
42     Individual process data is copied to a buffer before being written
43     out. The  routines are collectively called and will be called in the natural
44     ordering i.e 0 to maxProcs-1.
45    
46     Notable Notables:
47     the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference
48    */
49    
50    #ifdef PASO_MPI
51    
52    
53    //#define MPIO_HINTS
54    
55    
56    
57    #define MPIO_DEBUG(str) \
58    { \
59        if(myRank == 0) \
60        printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \
61    }
62    
63    void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)
64    {
65      int    numPoints,
66      numCells = -1,
67                 myRank,comm,gsize,
68                 numLocal,
69                 nDim,
70                 shape;
71      size_t __n;
72      int i,j,k,m,n,count;
73      int numGlobalCells = 0;
74      index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK
75    
76      /* variables associatted with write_celldata/pointdata */
77      int numPointsPerSample,
78      nComp,
79      nCompReqd;
80      double* values, rtmp;
81    
82      // Local element info (for debugging)
83      size_t numLocalCells,
84      numInternalCells,
85      numBoundaryCells;
86    
87      int rank;
88    
89      int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
90    
91      comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;
92      myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
93      gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
94    
95      MPI_File fh;
96      MPI_Status status;
97      MPI_Request req;
98      MPI_Info infoHints;
99    
100  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp) {    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
101    
102      int i_data;
103    
104      int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
105      int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
106      bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
107    
108      ElementTypeId TypeId;
109    
110      int numVTKNodesPerElement;
111      int cellType;
112      char elemTypeStr[32];
113    
114      Finley_ElementFile* elements=NULL;
115    
116    
117      // Local node info
118      int numInternalNodes,
119      numLocalNodes,
120      numBoundaryNodes,
121      localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain
122    
123    
124      nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;
125    
126    #ifdef MPIO_HINTS
127      MPI_Info_create(&infoHints);
128      //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");
129      //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");
130      //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");
131      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");
132      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");
133      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");
134      //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");
135    
136      //XFS only
137      //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");
138    #else
139      infoHints = MPI_INFO_NULL;
140    #endif
141    
142      // Holds a local node/element index into the global array
143      struct localIndexCache
144      {
145        index_t *values;
146        int size;
147      };
148    
149      struct localIndexCache nodeCache,
150              elementCache;
151    
152      // Collective Call
153      MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);
154      MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);
155    
156      MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")
157    
158      for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)
159      {
160        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )
161        {
162          switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
163          {
164          case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
165            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
166            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
167            {
168              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
169            }
170            else
171            {
172              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
173              return ;
174            }
175            isCellCentered[i_data]=FALSE;
176            break;
177          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
178            nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;
179            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
180            {
181              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
182            }
183            else
184            {
185              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
186              return;
187            }
188            isCellCentered[i_data]=FALSE;
189            break;
190          case FINLEY_NODES:
191            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
192            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
193            {
194              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
195            }
196            else
197            {
198              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
199              return;
200            }
201            isCellCentered[i_data]=FALSE;
202            break;
203          case FINLEY_ELEMENTS:
204            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
205            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
206            {
207              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
208            }
209            else
210            {
211              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
212              return;
213            }
214            isCellCentered[i_data]=TRUE;
215            break;
216          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
217            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
218            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)
219            {
220              elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
221            }
222            else
223            {
224              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
225              return;
226    
227            }
228            isCellCentered[i_data]=TRUE;
229            break;
230          case FINLEY_POINTS:
231            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
232            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)
233            {
234              elementtype=FINLEY_POINTS;
235            }
236            else
237            {
238              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
239              return;
240    
241            }
242            isCellCentered[i_data]=TRUE;
243            break;
244          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
245            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
246            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
247            {
248              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
249            }
250            else
251            {
252              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
253              return;
254    
255            }
256            isCellCentered[i_data]=TRUE;
257            break;
258          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
259            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
260            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
261            {
262              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
263            }
264            else
265            {
266              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
267              return;
268    
269            }
270            isCellCentered[i_data]=TRUE;
271            break;
272          default:
273            sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
274            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
275            return;
276    
277          }
278    
279          if (isCellCentered[i_data])
280          {
281            write_celldata=TRUE;
282          }
283          else
284          {
285            write_pointdata=TRUE;
286          }
287        }
288      }
289    
290      Finley_NodeDistribution *dist;
291      if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
292      {
293        dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;
294      }
295      else
296      {
297        dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;
298      }
299    
300      numInternalNodes = dist->numInternal;
301      numBoundaryNodes = dist->numBoundary;
302    
303      localDOF =  dist->numLocal;
304    
305      numPoints        = dist->numGlobal;
306    
307      if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
308      switch(elementtype)
309      {
310      case FINLEY_ELEMENTS:
311        elements=mesh_p->Elements;
312        break;
313      case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
314        elements=mesh_p->FaceElements;
315        break;
316      case FINLEY_POINTS:
317        elements=mesh_p->Points;
318        break;
319      case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
320        elements=mesh_p->ContactElements;
321        break;
322      }
323      if (elements==NULL)
324      {
325        Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
326        return ;
327      }
328    
329      numCells =  elements->numElements;
330      numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];
331      numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;
332      numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;
333      numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;
334    
335      if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
336      {
337        TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
338      }
339      else
340      {
341        TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
342      }
343    
344      switch(TypeId)
345      {
346      case Point1:
347      case Line2Face:
348      case Line3Face:
349      case Point1_Contact:
350      case Line2Face_Contact:
351      case Line3Face_Contact:
352        cellType = VTK_VERTEX;
353        numVTKNodesPerElement = 1;
354        strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
355        break;
356    
357      case Line2:
358      case Tri3Face:
359      case Rec4Face:
360      case Line2_Contact:
361      case Tri3_Contact:
362      case Tri3Face_Contact:
363      case Rec4Face_Contact:
364        cellType = VTK_LINE;
365        numVTKNodesPerElement = 2;
366        strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
367        break;
368    
369      case Tri3:
370      case Tet4Face:
371      case Tet4Face_Contact:
372        cellType = VTK_TRIANGLE;
373        numVTKNodesPerElement = 3;
374        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
375        break;
376    
377      case Rec4:
378      case Hex8Face:
379      case Rec4_Contact:
380      case Hex8Face_Contact:
381        cellType = VTK_QUAD;
382        numVTKNodesPerElement = 4;
383        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
384        break;
385    
386      case Tet4:
387        cellType = VTK_TETRA;
388        numVTKNodesPerElement = 4;
389        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
390        break;
391    
392      case Hex8:
393        cellType = VTK_HEXAHEDRON;
394        numVTKNodesPerElement = 8;
395        strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
396        break;
397    
398      case Line3:
399      case Tri6Face:
400      case Rec8Face:
401      case Line3_Contact:
402      case Tri6Face_Contact:
403      case Rec8Face_Contact:
404        cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
405        numVTKNodesPerElement = 3;
406        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
407        break;
408    
409      case Tri6:
410      case Tet10Face:
411      case Tri6_Contact:
412      case Tet10Face_Contact:
413        cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
414        numVTKNodesPerElement = 6;
415        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
416        break;
417    
418      case Rec8:
419      case Hex20Face:
420      case Rec8_Contact:
421      case Hex20Face_Contact:
422        cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
423        numVTKNodesPerElement = 8;
424        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
425        break;
426    
427      case Tet10:
428        cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
429        numVTKNodesPerElement = 10;
430        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
431        break;
432    
433      case Hex20:
434        cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
435        numVTKNodesPerElement = 20;
436        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
437        break;
438    
439      default:
440        sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
441        Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
442        return;
443      }
444    
445      /* Write XML Header */
446      if(myRank == 0)
447      {
448        char header[400];
449    
450        sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
451                "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
452                "<UnstructuredGrid>\n" \
453                "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
454                "<Points>\n" \
455                "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n"
456                ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));
457    
458    
459        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
460        MPI_Wait(&req,&status);
461      }
462    
463      MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")
464    
465      numLocalNodes=localDOF;
466    
467      //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()
468      char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);
469      largebuf[0] = '\0';
470      char tmpbuf[15];
471      int tsz=0;
472      int numNodesOutput=0;
473      index_t pos=0;
474    
475      index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;
476    
477      DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);
478      nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);
479      index_t bc_pos = 0;
480    
481      // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)
482      // Note the implicit assumption on the variable "tsz"
483      int __len,__j;
484      char  *zero = "0.000000e+00 ";
485      char  *newline = "\n";
486      
487    #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \
488    {                  \
489       __len = strlen(chunk); \
490       __j = -1;      \
491       while(__j++ < __len)  \
492        *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \
493       tsz+=__len;              \
494    }
495      
496      // Loop over all nodes    
497      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
498      {
499        // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one
500        // correspondance between nodes and Degrees of freedom
501        //TODO: handle periodic BC's
502        DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;
503    
504        // Is this node local to the domain ?
505        if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )
506        {
507          for (j = 0; j < nDim; j++)
508          {
509            sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );
510            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
511          }
512          for (k=0; k<3-nDim; k++)
513          {
514            __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
515          }
516          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
517          nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;
518        }
519      }
520    
521      nodeCache.size=numNodesOutput;
522    
523      largebuf[tsz] = '\0';
524      MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
525      MEMFREE(largebuf);
526    
527      nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);
528    
529      // form distribution info on who output which nodes
530      vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );
531      vtxdist[0]=0;
532      MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);
533      for( i=0; i<gsize; i++ )
534        vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];
535    
536      // will not work for periodic boundary conditions
537      // calculate the local nodes file positions
538      pos = 0;
539      for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )
540      {
541        if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )
542        {
543          nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;
544        }
545        else
546          nodesGlobal[i] = -1;
547      }
548    
549      // communicate the local Nodes file position to the interested parties
550      // send local info
551      forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );
552      for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )
553      {
554        if(  dist->edges[n]->numForward)
555        {
556          for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )
557            forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];
558          Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );
559          Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );
560        }
561      }
562      // receive external info
563      backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );
564      for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )
565      {
566        if( dist->edges[n]->numBackward )
567        {
568          Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));
569          Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );
570          /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */
571          for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )
572            nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];
573        }
574      }
575      
576    
577      
578      MEMFREE(vtxdist);
579      MEMFREE(DOFNodes);
580      MEMFREE(backwardBuffer);
581      MEMFREE(forwardBuffer);
582    
583      if( myRank == 0)
584      {
585        char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \
586                     "format=\"ascii\">\n" ;
587        MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);
588        MPI_Wait(&req,&status);
589      }
590      MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")
591    
592      /* BEGIN CONNECTIVITY */
593    
594      int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */
595    
596      // Collective
597      MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")
598    
599      size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;
600      largebuf = MEMALLOC(sz,char);
601      largebuf[0] = '\0';
602      tsz=0;
603      pos = 0;
604      // numCells?
605      elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);
606      if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
607      {
608        for (i = 0; i < numCells; i++)
609        {
610    
611          if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
612          {
613            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
614            {
615              sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);
616              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
617            }
618            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
619            elementCache.values[pos++]=i;
620          }
621        }
622      }
623      else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)
624      {
625        char tmpbuf2[20*20*2];
626    
627        for (i = 0; i < numCells; i++)
628        {
629          if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
630          {
631            sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",
632                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],
633                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],
634                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],
635                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],
636                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],
637                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],
638                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],
639                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],
640                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],
641                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],
642                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],
643                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],
644                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],
645                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],
646                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],
647                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],
648                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],
649                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],
650                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],
651                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);
652            __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)
653            elementCache.values[pos++]=i;
654          }
655        }
656      }
657      else if (numVTKNodesPerElement!=NN)
658      {
659    
660        for (i = 0; i < numCells; i++)
661        {
662          if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
663          {
664            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
665            {
666              sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);
667              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
668            }
669            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
670            elementCache.values[pos++]=i;
671          }
672        }
673      }
674      else
675      {
676        for(i = 0;i  < numCells ; i++)
677        {
678          if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
679          {
680            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
681            {
682              sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );
683              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
684            }
685            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
686            elementCache.values[pos++]=i;
687          }
688        }
689      }
690    
691      elementCache.size = pos;
692    
693      largebuf[tsz] = '\0';
694      MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
695      MEMFREE(largebuf);
696      MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")
697      MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")
698    
699      // Non-Collective
700      if( myRank == 0)
701      {
702        // write out the DataArray element for the offsets
703        char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
704        char* tag2 = "</DataArray>\n";
705        char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
706        char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";
707    
708        int n = numVTKNodesPerElement;
709    
710        // allocate an upper bound on number of bytes needed  
711        int sz=0;
712        int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;
713        sz += numGlobalCells*lg;
714        sz += numGlobalCells;  
715        tsz = 0;
716    
717        char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);
718        largebuf[0] ='\0';
719        char tmp[10];
720        __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)
721        for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)
722        {
723          sprintf(tmp,"%d\n", i);
724          __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
725        }
726        __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)
727        largebuf[tsz] = '\0';
728        MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);
729        MPI_Wait(&req,&status);
730    
731        // re-using buffer!
732        largebuf[0] = '\0';
733        tsz = 0;
734        __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)
735        for (i=0; i<numGlobalCells; i++)
736        {
737          sprintf(tmp, "%d\n", cellType);
738          __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
739        }
740        __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)
741        largebuf[tsz] = '\0';
742        MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);
743        MPI_Wait(&req,&status);
744        MEMFREE(largebuf);
745      }
746    
747      MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")
748    
749      // Write Cell data header Tags
750      if(myRank == 0)
751      {
752        MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")
753        if( write_celldata)
754        {
755          char tmpBuf[80];
756          char header[600];
757          // mark the active data arrays
758          bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
759          sprintf(tmpBuf, "<CellData");
760          strcat(header,tmpBuf);
761          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
762          {
763            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
764            {
765              // if the rank == 0:   --> scalar data
766              // if the rank == 1:   --> vector data
767              // if the rank == 2:   --> tensor data
768    
769              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
770              {
771              case 0:
772                if (! set_scalar)
773                {
774                  sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
775                  strcat(header,tmpBuf);
776                  set_scalar=TRUE;
777                }
778                break;
779              case 1:
780                if (! set_vector)
781                {
782                  sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
783              strcat(header,tmpBuf);
784                  set_vector=TRUE;
785                }
786                break;
787              case 2:
788                if (! set_tensor)
789                {
790                  sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
791              strcat(header,tmpBuf);
792                  set_tensor=TRUE;
793                }
794                break;
795              default:
796                sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
797                Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
798                return;
799              }
800            }
801          }
802          strcat(header, ">\n");
803          MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
804          MPI_Wait(&req,&status);
805        }
806      }
807    
808      // write actual data (collective)
809      if(write_celldata)
810      {
811        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
812        {
813          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
814          {
815            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
816            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
817            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
818            nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk
819            shape=0;
820            if (rank == 0)
821            {
822              nCompReqd = 1;
823            }
824            else if (rank == 1)
825            {
826              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
827              if  (shape>3)
828              {
829                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
830                return;
831              }
832              nCompReqd = 3;
833            }
834            else
835            {
836              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
837              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
838              {
839                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
840                return;
841              }
842              nCompReqd = 9;
843            }
844    
845            if( myRank == 0)
846            {
847              char header[250];
848              sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
849              MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
850              MPI_Wait(&req,&status);
851            }
852    
853            // Write the actual data
854            char tmpbuf[15];
855            char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
856            largebuf[0] = '\0';
857            size_t tsz = 0;
858    
859            double sampleAvg[nComp];
860    
861            for (k=0; k<elementCache.size; k++)
862            {
863              i = elementCache.values[k];
864    
865              values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
866              // averaging over the number of points in the sample
867              for (n=0; n<nComp; n++)
868              {
869                rtmp = 0.;
870                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];
871                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
872              }
873              // if the number of required components is more than the number
874              // of actual components, pad with zeros
875    
876              // probably only need to get shape of first element
877              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
878              if (nCompReqd == 1)
879              {
880                sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);
881                __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
882              }
883              else if (nCompReqd == 3)
884              {
885                // write out the data
886                for (m=0; m<shape; m++)
887                {
888                  sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);
889                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
890                }
891                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
892                {
893                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
894                }
895              }
896              else if (nCompReqd == 9)
897              {
898                // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
899                // of 9 data points
900                count = 0;
901                for (m=0; m<shape; m++)
902                {
903                  for (n=0; n<shape; n++)
904                  {
905                    sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);
906                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
907                    count++;
908                  }
909                  for (n=0; n<3-shape; n++)
910                  {
911                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
912                  }
913                }
914                for (m=0; m<3-shape; m++)
915                  for (n=0; n<3; n++)
916                  {
917                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
918                  }
919              }
920              __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
921            }
922            largebuf[tsz] = '\0';
923            MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
924            MEMFREE(largebuf);
925            if( myRank == 0)
926            {
927              char *tag = "</DataArray>\n";
928              MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
929              MPI_Wait(&req,&status);
930            }
931    
932          }
933        }
934        // closing celldata tag
935        if(myRank == 0)
936        {
937          char* tag =  "</CellData>\n";
938          MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
939          MPI_Wait(&req,&status);
940        }
941    
942        MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")
943      }
944    
945    
946      // Write Point Data Header Tags
947      if( myRank == 0)
948      {
949        char header[600];
950        char tmpBuf[50];
951    
952        if (write_pointdata)
953        {
954          MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")
955          // mark the active data arrays
956          bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
957          sprintf(header, "<PointData");
958          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
959          {
960            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
961            {
962              // if the rank == 0:   --> scalar data
963              // if the rank == 1:   --> vector data
964              // if the rank == 2:   --> tensor data
965    
966              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
967              {
968              case 0:
969                if (! set_scalar)
970                {
971                  sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
972                  strcat(header,tmpBuf);
973                  set_scalar=TRUE;
974                }
975                break;
976              case 1:
977                if (! set_vector)
978                {
979                  sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
980                  strcat(header,tmpBuf);
981                  set_vector=TRUE;
982                }
983                break;
984              case 2:
985                if (! set_tensor)
986                {
987                  sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
988                  strcat(header,tmpBuf);
989                  set_tensor=TRUE;
990                }
991                break;
992              default:
993                sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
994                Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
995                return;
996              }
997            }
998          }
999          strcat(header, ">\n");
1000          MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
1001          MPI_Wait(&req,&status);
1002        }
1003      }
1004    
1005      // write actual data
1006      if(write_pointdata)
1007      {
1008        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1009        {
1010          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1011          {
1012            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1013            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1014            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1015            nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk
1016            shape=0;
1017            if (rank == 0)
1018            {
1019              nCompReqd = 1;
1020            }
1021            else if (rank == 1)
1022            {
1023              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1024              if  (shape>3)
1025              {
1026                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1027                return;
1028              }
1029              nCompReqd = 3;
1030            }
1031            else
1032            {
1033              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1034              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1035              {
1036                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1037                return;
1038              }
1039              nCompReqd = 9;
1040            }
1041    
1042            if( myRank == 0)
1043            {
1044              char header[250];
1045              sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1046              MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
1047              MPI_Wait(&req,&status);
1048            }
1049            // write out the data
1050            // if the number of required components is more than the number
1051            // of actual components, pad with zeros
1052    
1053            char tmpbuf[15];
1054            char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
1055            largebuf[0] = '\0';
1056            bool_t do_write=TRUE;
1057            size_t tsz = 0;
1058    
1059            for(k=0;k < nodeCache.size;k++)
1060            {
1061              i = nodeCache.values[k];
1062    
1063              if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1064              {
1065                if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1066                {
1067                  switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1068                  {
1069                  case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1070                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1071                    break;
1072                  case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1073                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);
1074                    break;
1075                  case FINLEY_NODES:
1076                    values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1077                    break;
1078                  }
1079                  do_write=TRUE;
1080                }
1081                else
1082                {
1083                  do_write=FALSE;
1084                }
1085              }
1086              else
1087              {
1088                do_write=TRUE;
1089                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1090                {
1091                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1092                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1093                  break;
1094                case FINLEY_NODES:
1095                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1096                  break;
1097                }
1098              }
1099              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
1100              if (do_write)
1101              {
1102                if (nCompReqd == 1)
1103                {
1104                  sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);
1105                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1106                }
1107                else if (nCompReqd == 3)
1108                {
1109                  for (m=0; m<shape; m++)
1110                  {
1111    
1112                    sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);
1113                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1114                  }
1115                  for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
1116                  {
1117                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1118                  }
1119                }
1120                else if (nCompReqd == 9)
1121                {
1122                  // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1123                  //  of 9 data points
1124                  count = 0;
1125                  for (m=0; m<shape; m++)
1126                  {
1127                    for (n=0; n<shape; n++)
1128                    {
1129                      sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);
1130                      __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1131                      count++;
1132                    }
1133                    for (n=0; n<3-shape; n++)
1134                    {
1135                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1136                    }
1137                  }
1138                  for (m=0; m<3-shape; m++)
1139                  {
1140                    for (n=0; n<3; n++)
1141                    {
1142                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1143                    }
1144                  }
1145                }
1146                __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
1147              }
1148    
1149            }
1150            // Write out local data
1151    
1152            largebuf[tsz] = '\0';
1153            MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
1154            MEMFREE(largebuf);
1155            if( myRank == 0)
1156            {
1157              char *tag = "</DataArray>\n";
1158              MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1159              MPI_Wait(&req,&status);
1160            }
1161          }
1162        }
1163        // Finish off with closing tag
1164        if(myRank == 0)
1165        {
1166          char* tag =  "</PointData>\n";
1167          MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1168          MPI_Wait(&req,&status);
1169        }
1170        MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")
1171      }
1172      // end write_pointdata
1173    
1174      // tag and bag...  
1175      if (myRank == 0)
1176      {
1177        char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";
1178        MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);
1179        MPI_Wait(&req,&status);
1180      }
1181    
1182      MEMFREE(nodesGlobal);
1183      MEMFREE(nodeCache.values);
1184      MEMFREE(elementCache.values);
1185    #ifdef MPIO_HINTS
1186      MPI_Info_free(&infoHints);
1187    #undef MPIO_HINTS
1188    #endif
1189      MPI_File_close(&fh);
1190      MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")
1191    #undef __STRCAT
1192    }
1193    
1194    #undef MPIO_DEBUG
1195    #else
1196    
1197    
1198    
1199    
1200    void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)
1201    {
1202    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
1203    /* if there is no mesh we just return */    /* if there is no mesh we just return */
1204    if (mesh_p==NULL) return;    if (mesh_p==NULL) return;
1205    
1206    int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data;    int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,
1207      nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd;
1208    
1209    index_t j2;    index_t j2;
1210    double* values, rtmp;    double* values, rtmp;
1211        char elemTypeStr[32];
1212    
1213    /* open the file and check handle */    /* open the file and check handle */
1214    
1215    FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");    FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
1216    if (fileHandle_p==NULL) {    if (fileHandle_p==NULL)
1217      {
1218      sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);      sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
1219      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
1220      return;      return;
# Line 50  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1223  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1223    int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;    int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1224    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
1225    bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;    bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
1226    for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {    for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)
1227       if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {    {
1228          switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {      if (! isEmpty(data_pp[i_data]))
1229             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:      {
1230               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;        switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1231               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {        {
1232                   elementtype=FINLEY_ELEMENTS;        case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1233               } else {          nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1234                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");          if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1235                   fclose(fileHandle_p);          {
1236                   return;            elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1237               }          }
1238               isCellCentered[i_data]=FALSE;          else
1239               break;          {
1240             case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:            Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1241               nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;            fclose(fileHandle_p);
1242               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {            return;
1243                   elementtype=FINLEY_ELEMENTS;          }
1244               } else {          isCellCentered[i_data]=FALSE;
1245                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");          break;
1246                   fclose(fileHandle_p);        case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1247                   return;          nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;
1248               }          if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1249               isCellCentered[i_data]=FALSE;          {
1250               break;            elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
            case FINLEY_NODES:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=FALSE;  
              break;  
            case FINLEY_ELEMENTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_POINTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {  
                  elementtype=FINLEY_POINTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {  
                  elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {  
                  elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            default:  
              sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
              Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
              fclose(fileHandle_p);  
              return;  
         }  
         if (isCellCentered[i_data]) {  
            write_celldata=TRUE;  
         } else {  
            write_pointdata=TRUE;  
1251          }          }
1252       }          else
1253            {
1254              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1255              fclose(fileHandle_p);
1256              return;
1257            }
1258            isCellCentered[i_data]=FALSE;
1259            break;
1260          case FINLEY_NODES:
1261            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1262            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1263            {
1264              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1265            }
1266            else
1267            {
1268              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1269              fclose(fileHandle_p);
1270              return;
1271            }
1272            isCellCentered[i_data]=FALSE;
1273            break;
1274          case FINLEY_ELEMENTS:
1275            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1276            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1277            {
1278              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1279            }
1280            else
1281            {
1282              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1283              fclose(fileHandle_p);
1284              return;
1285            }
1286            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1287            break;
1288          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
1289            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1290            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)
1291            {
1292              elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
1293            }
1294            else
1295            {
1296              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1297              fclose(fileHandle_p);
1298              return;
1299            }
1300            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1301            break;
1302          case FINLEY_POINTS:
1303            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1304            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)
1305            {
1306              elementtype=FINLEY_POINTS;
1307            }
1308            else
1309            {
1310              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1311              fclose(fileHandle_p);
1312              return;
1313            }
1314            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1315            break;
1316          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
1317            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1318            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
1319            {
1320              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
1321            }
1322            else
1323            {
1324              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1325              fclose(fileHandle_p);
1326              return;
1327            }
1328            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1329            break;
1330          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
1331            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1332            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
1333            {
1334              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
1335            }
1336            else
1337            {
1338              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1339              fclose(fileHandle_p);
1340              return;
1341            }
1342            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1343            break;
1344          default:
1345            sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
1346            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
1347            fclose(fileHandle_p);
1348            return;
1349          }
1350          if (isCellCentered[i_data])
1351          {
1352            write_celldata=TRUE;
1353          }
1354          else
1355          {
1356            write_pointdata=TRUE;
1357          }
1358        }
1359    }    }
1360    /* select nomber of points and the mesh component */    /* select nomber of points and the mesh component */
1361    int numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;    numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;
1362    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1363        numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;    {
1364    } else {      numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;
1365        numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;    }
1366      else
1367      {
1368        numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;
1369    }    }
1370    if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;    if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1371    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
1372    switch(elementtype) {    switch(elementtype)
1373      case FINLEY_ELEMENTS:    {
1374        elements=mesh_p->Elements;    case FINLEY_ELEMENTS:
1375        break;      elements=mesh_p->Elements;
1376      case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      break;
1377        elements=mesh_p->FaceElements;    case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
1378        break;      elements=mesh_p->FaceElements;
1379      case FINLEY_POINTS:      break;
1380        elements=mesh_p->Points;    case FINLEY_POINTS:
1381        break;      elements=mesh_p->Points;
1382      case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:      break;
1383        elements=mesh_p->ContactElements;    case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
1384        break;      elements=mesh_p->ContactElements;
1385    }      break;
1386    if (elements==NULL) {    }
1387       Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");    if (elements==NULL)
1388       fclose(fileHandle_p);    {
1389       return;      Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
1390        fclose(fileHandle_p);
1391        return;
1392    }    }
1393    /* map finley element type to VTK element type */    /* map finley element type to VTK element type */
1394    int numCells = elements->numElements;      numCells = elements->numElements;
   int cellType;  
1395    ElementTypeId TypeId;    ElementTypeId TypeId;
1396    char elemTypeStr[32];    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1397    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    {
1398       TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;      TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
1399    } else {    }
1400       TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;    else
1401    }    {
1402        TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
1403    switch(TypeId) {    }
1404      case Point1:  
1405      case Line2Face:    switch(TypeId)
1406      case Line3Face:    {
1407      case Point1_Contact:    case Point1:
1408      case Line2Face_Contact:    case Line2Face:
1409      case Line3Face_Contact:    case Line3Face:
1410        cellType = VTK_VERTEX;    case Point1_Contact:
1411        numVTKNodesPerElement = 1;    case Line2Face_Contact:
1412        strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");    case Line3Face_Contact:
1413        break;      cellType = VTK_VERTEX;
1414        numVTKNodesPerElement = 1;
1415      case Line2:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
1416      case Tri3Face:      break;
1417      case Rec4Face:  
1418      case Line2_Contact:    case Line2:
1419      case Tri3_Contact:    case Tri3Face:
1420      case Tri3Face_Contact:    case Rec4Face:
1421      case Rec4Face_Contact:    case Line2_Contact:
1422        cellType = VTK_LINE;    case Tri3_Contact:
1423        numVTKNodesPerElement = 2;    case Tri3Face_Contact:
1424        strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");    case Rec4Face_Contact:
1425        break;      cellType = VTK_LINE;
1426        numVTKNodesPerElement = 2;
1427      case Tri3:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
1428      case Tet4Face:      break;
1429      case Tet4Face_Contact:  
1430        cellType = VTK_TRIANGLE;    case Tri3:
1431        numVTKNodesPerElement = 3;    case Tet4Face:
1432        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");    case Tet4Face_Contact:
1433        break;      cellType = VTK_TRIANGLE;
1434        numVTKNodesPerElement = 3;
1435      case Rec4:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
1436      case Hex8Face:      break;
1437      case Rec4_Contact:  
1438      case Hex8Face_Contact:    case Rec4:
1439        cellType = VTK_QUAD;    case Hex8Face:
1440        numVTKNodesPerElement = 4;    case Rec4_Contact:
1441        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");    case Hex8Face_Contact:
1442        break;      cellType = VTK_QUAD;
1443        numVTKNodesPerElement = 4;
1444      case Tet4:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
1445        cellType = VTK_TETRA;      break;
1446        numVTKNodesPerElement = 4;  
1447        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");    case Tet4:
1448        break;      cellType = VTK_TETRA;
1449        numVTKNodesPerElement = 4;
1450      case Hex8:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
1451        cellType = VTK_HEXAHEDRON;      break;
1452        numVTKNodesPerElement = 8;  
1453        strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");    case Hex8:
1454        break;      cellType = VTK_HEXAHEDRON;
1455        numVTKNodesPerElement = 8;
1456      case Line3:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
1457      case Tri6Face:      break;
1458      case Rec8Face:  
1459      case Line3_Contact:    case Line3:
1460      case Tri6Face_Contact:    case Tri6Face:
1461      case Rec8Face_Contact:    case Rec8Face:
1462        cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;    case Line3_Contact:
1463        numVTKNodesPerElement = 3;    case Tri6Face_Contact:
1464        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");    case Rec8Face_Contact:
1465        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
1466        numVTKNodesPerElement = 3;
1467      case Tri6:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
1468      case Tet10Face:      break;
1469      case Tri6_Contact:  
1470      case Tet10Face_Contact:    case Tri6:
1471        cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;    case Tet10Face:
1472        numVTKNodesPerElement = 6;    case Tri6_Contact:
1473        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");    case Tet10Face_Contact:
1474        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
1475        numVTKNodesPerElement = 6;
1476      case Rec8:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
1477      case Hex20Face:      break;
1478      case Rec8_Contact:  
1479      case Hex20Face_Contact:    case Rec8:
1480        cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;    case Hex20Face:
1481        numVTKNodesPerElement = 8;    case Rec8_Contact:
1482        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");    case Hex20Face_Contact:
1483        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
1484        numVTKNodesPerElement = 8;
1485      case Tet10:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
1486        cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;      break;
1487        numVTKNodesPerElement = 10;  
1488        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");    case Tet10:
1489        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
1490        numVTKNodesPerElement = 10;
1491      case Hex20:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
1492        cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;      break;
1493        numVTKNodesPerElement = 20;  
1494        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");    case Hex20:
1495        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
1496        numVTKNodesPerElement = 20;
1497      default:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
1498        sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);      break;
1499        Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
1500        fclose(fileHandle_p);    default:
1501        return;      sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
1502    }      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1503        fclose(fileHandle_p);
1504        return;
1505      }
1506    /* xml header */    /* xml header */
1507    fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");
1508    fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");    fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");
# Line 304  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1514  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1514    fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);    fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);
1515    /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */    /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */
1516    /* "The points element explicitly defines coordinates for each point    /* "The points element explicitly defines coordinates for each point
1517     * individually.  It contains one DataArray element describing an array    * individually.  It contains one DataArray element describing an array
1518     * with three components per value, each specifying the coordinates of one    * with three components per value, each specifying the coordinates of one
1519     * point" - from Vtk User's Guide    * point" - from Vtk User's Guide
1520     */    */
1521    fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");
1522    /*    /*
1523     * the reason for this if statement is explained in the long comment below    * the reason for this if statement is explained in the long comment below
1524     */    */
1525    int nDim = mesh_p->Nodes->numDim;    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
1526    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));
1527    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate
1528       * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if    * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if
1529       * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third    * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third
1530       * dimension, and keep the visualisers happy.    * dimension, and keep the visualisers happy.
1531       * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so    * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so
1532       * that the total number of dims is 3.    * that the total number of dims is 3.
1533    */    */
1534    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1535       for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {    {
1536         if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0) {      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1537            for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);      {
1538            for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);        if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1539            fprintf(fileHandle_p, "\n");        {
1540         }          for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);
1541       }          for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);
1542    } else {          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1543       for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {        }
1544         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);      }
1545         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);    }
1546         fprintf(fileHandle_p, "\n");    else
1547       }    {
1548    }      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1549        {
1550    
1551          for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);
1552          for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);
1553          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1554        }
1555    
1556      }
1557    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1558    fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");
1559    
# Line 345  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1563  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1563    fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");
1564    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");
1565    
1566    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1567       for (i = 0; i < numCells; i++) {    {
1568          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)      for (i = 0; i < numCells; i++)
1569               fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);      {
1570          fprintf(fileHandle_p, "\n");        for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
1571       }          fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);
1572    } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {        fprintf(fileHandle_p, "\n");
1573       for (i = 0; i < numCells; i++) {      }
1574            fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",    }
1575                               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)
1576                               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],    {
1577                               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],      for (i = 0; i < numCells; i++)
1578                               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],      {
1579                               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],        fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",
1580                               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],
1581                               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],
1582                               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],
1583                               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],
1584                               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],
1585                               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],
1586                               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],
1587                               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],
1588                               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],
1589                               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],
1590                               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],
1591                               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],
1592                               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],
1593                               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],
1594                               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);                elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],
1595       }                elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],
1596    } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {                elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],
1597       for (i = 0; i < numCells; i++) {                elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],
1598          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);                elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],
1599          fprintf(fileHandle_p, "\n");                elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);
1600       }      }
1601    } else {    }
1602       for (i = 0; i < numCells; i++) {    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)
1603          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);    {
1604          fprintf(fileHandle_p, "\n");      for (i = 0; i < numCells; i++)
1605       }      {
1606    }        for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);
1607          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1608        }
1609      }
1610      else
1611      {
1612        for (i = 0; i < numCells; i++)
1613        {
1614          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);
1615          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1616        }
1617      }
1618    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1619    
1620    /* write out the DataArray element for the offsets */    /* write out the DataArray element for the offsets */
# Line 402  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1631  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1631    fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");
1632    
1633    /* cell data */    /* cell data */
1634    if (write_celldata) {    if (write_celldata)
1635         /* mark the active data arrays */    {
1636         bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;      /* mark the active data arrays */
1637         fprintf(fileHandle_p, "<CellData");      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
1638         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {      fprintf(fileHandle_p, "<CellData");
1639              if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1640                  /* if the rank == 0:   --> scalar data      {
1641                   * if the rank == 1:   --> vector data        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
1642                   * if the rank == 2:   --> tensor data        {
1643                   */          /* if the rank == 0:   --> scalar data
1644                  switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {          * if the rank == 1:   --> vector data
1645                     case 0:          * if the rank == 2:   --> tensor data
1646                         if (! set_scalar) {          */
1647                               fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
1648                               set_scalar=TRUE;          {
1649                         }          case 0:
1650                         break;            if (! set_scalar)
1651                     case 1:            {
1652                         if (! set_vector) {              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
1653                               fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);              set_scalar=TRUE;
1654                               set_vector=TRUE;            }
1655                         }            break;
1656                         break;          case 1:
1657                     case 2:            if (! set_vector)
1658                         if (! set_tensor) {            {
1659                               fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1660                               set_tensor=TRUE;              set_vector=TRUE;
1661                         }            }
1662                         break;            break;
1663                     default:          case 2:
1664                         sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);            if (! set_tensor)
1665                         Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);            {
1666                         fclose(fileHandle_p);              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1667                         return;              set_tensor=TRUE;
1668                  }            }
1669              break;
1670            default:
1671              sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
1672              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1673              fclose(fileHandle_p);
1674              return;
1675            }
1676          }
1677        }
1678        fprintf(fileHandle_p, ">\n");
1679        /* write the arrays */
1680        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1681        {
1682          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
1683          {
1684            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1685            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1686            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1687            nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */
1688            shape=0;
1689            if (rank == 0)
1690            {
1691              nCompReqd = 1;
1692            }
1693            else if (rank == 1)
1694            {
1695              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1696              if  (shape>3)
1697              {
1698                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1699                fclose(fileHandle_p);
1700                return;
1701              }
1702              nCompReqd = 3;
1703            }
1704            else
1705            {
1706              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1707              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1708              {
1709                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1710                fclose(fileHandle_p);
1711                return;
1712              }
1713              nCompReqd = 9;
1714            }
1715            fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1716    
1717            double sampleAvg[nComp];
1718            for (i=0; i<numCells; i++)
1719            {
1720              values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
1721              /* averaging over the number of points in the sample */
1722              for (k=0; k<nComp; k++)
1723              {
1724                rtmp = 0.;
1725                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
1726                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
1727              }
1728              /* if the number of required components is more than the number
1729              * of actual components, pad with zeros
1730              */
1731              /* probably only need to get shape of first element */
1732              /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
1733              if (nCompReqd == 1)
1734              {
1735                fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);
1736              }
1737              else if (nCompReqd == 3)
1738              {
1739                /* write out the data */
1740                for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);
1741                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1742              }
1743              else if (nCompReqd == 9)
1744              {
1745                /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1746                * of 9 data points */
1747                count = 0;
1748                for (m=0; m<shape; m++)
1749                {
1750                  for (n=0; n<shape; n++)
1751                  {
1752                    fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);
1753                    count++;
1754                  }
1755                  for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1756              }              }
1757         }              for (m=0; m<3-shape; m++)
1758         fprintf(fileHandle_p, ">\n");                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1759         /* write the arrays */            }
1760         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {            fprintf(fileHandle_p, "\n");
1761            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {          }
1762               int numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1763               int rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);        }
1764               int nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);      }
1765               int nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */      fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");
              int shape=0;  
              if (rank == 0) {  
                 nCompReqd = 1;  
              } else if (rank == 1) {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 3;  
              } else {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 9;  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
     
          double sampleAvg[nComp];  
          for (i=0; i<numCells; i++) {  
             values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
             /* averaging over the number of points in the sample */  
             for (k=0; k<nComp; k++) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
              }  
              /* if the number of required components is more than the number  
               * of actual components, pad with zeros  
               */  
              /* probably only need to get shape of first element */  
              /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
              if (nCompReqd == 1) {  
                fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
              } else if (nCompReqd == 3) {  
                /* write out the data */  
                for (int m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
                for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
              } else if (nCompReqd == 9) {  
                /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
                 * of 9 data points */  
                 int count = 0;  
                 for (int m=0; m<shape; m++) {  
                   for (int n=0; n<shape; n++) {  
                      fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                      count++;  
                   }  
                   for (int n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
                 for (int m=0; m<3-shape; m++)  
                    for (int n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
               fprintf(fileHandle_p, "\n");  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
          }  
        }  
        fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");  
1766    }    }
1767    /* point data */    /* point data */
1768    if (write_pointdata) {    if (write_pointdata)
1769         /* mark the active data arrays */    {
1770         bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;      /* mark the active data arrays */
1771         fprintf(fileHandle_p, "<PointData");      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
1772         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {      fprintf(fileHandle_p, "<PointData");
1773              if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1774                  /* if the rank == 0:   --> scalar data      {
1775                   * if the rank == 1:   --> vector data        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1776                   * if the rank == 2:   --> tensor data        {
1777                   */          /* if the rank == 0:   --> scalar data
1778                  switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {          * if the rank == 1:   --> vector data
1779                     case 0:          * if the rank == 2:   --> tensor data
1780                         if (! set_scalar) {          */
1781                               fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
1782                               set_scalar=TRUE;          {
1783                         }          case 0:
1784                         break;            if (! set_scalar)
1785                     case 1:            {
1786                         if (! set_vector) {              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
1787                               fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);              set_scalar=TRUE;
1788                               set_vector=TRUE;            }
1789                         }            break;
1790                         break;          case 1:
1791                     case 2:            if (! set_vector)
1792                         if (! set_tensor) {            {
1793                               fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1794                               set_tensor=TRUE;              set_vector=TRUE;
1795                         }            }
1796                         break;            break;
1797                     default:          case 2:
1798                         sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);            if (! set_tensor)
1799                         Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);            {
1800                         fclose(fileHandle_p);              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1801                         return;              set_tensor=TRUE;
1802              }
1803              break;
1804            default:
1805              sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
1806              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1807              fclose(fileHandle_p);
1808              return;
1809            }
1810          }
1811        }
1812        fprintf(fileHandle_p, ">\n");
1813        /* write the arrays */
1814        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1815        {
1816          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1817          {
1818            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1819            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1820            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1821            nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */
1822            shape=0;
1823            if (rank == 0)
1824            {
1825              nCompReqd = 1;
1826            }
1827            else if (rank == 1)
1828            {
1829              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1830              if  (shape>3)
1831              {
1832                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1833                fclose(fileHandle_p);
1834                return;
1835              }
1836              nCompReqd = 3;
1837            }
1838            else
1839            {
1840              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1841              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1842              {
1843                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1844                fclose(fileHandle_p);
1845                return;
1846              }
1847              nCompReqd = 9;
1848            }
1849            fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1850            /* write out the data */
1851            /* if the number of required components is more than the number
1852            * of actual components, pad with zeros
1853            */
1854            bool_t do_write=TRUE;
1855            for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1856            {
1857              if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1858              {
1859                if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1860                {
1861                  switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1862                  {
1863                  case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1864                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1865                    break;
1866                  case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1867                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);
1868                    break;
1869                  case FINLEY_NODES:
1870                    values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1871                    break;
1872                  }
1873                  do_write=TRUE;
1874                }
1875                else
1876                {
1877                  do_write=FALSE;
1878                }
1879              }
1880              else
1881              {
1882                do_write=TRUE;
1883                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1884                {
1885                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1886                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1887                  break;
1888                case FINLEY_NODES:
1889                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1890                  break;
1891                }
1892              }
1893              /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
1894              if (do_write)
1895              {
1896                if (nCompReqd == 1)
1897                {
1898                  fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);
1899                }
1900                else if (nCompReqd == 3)
1901                {
1902                  for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);
1903                  for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1904                }
1905                else if (nCompReqd == 9)
1906                {
1907                  /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1908                  * of 9 data points */
1909                  count = 0;
1910                  for (m=0; m<shape; m++)
1911                  {
1912                    for (n=0; n<shape; n++)
1913                    {
1914                      fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);
1915                      count++;
1916                  }                  }
1917                    for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1918                  }
1919                  for (m=0; m<3-shape; m++)
1920                    for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1921              }              }
1922         }              fprintf(fileHandle_p, "\n");
1923         fprintf(fileHandle_p, ">\n");            }
1924         /* write the arrays */          }
1925         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1926            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {        }
1927               int numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;      }
1928               int rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);      fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");
              int nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
              int nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
              int shape=0;  
              if (rank == 0) {  
                 nCompReqd = 1;  
              } else if (rank == 1) {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 3;  
              } else {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 9;  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
          /* write out the data */  
          /* if the number of required components is more than the number  
           * of actual components, pad with zeros  
                */  
              bool_t do_write=TRUE;  
              for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {  
                if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {  
                 if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0) {  
                        switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {  
                           case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                              values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                              break;  
                           case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                              values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                              break;  
                           case FINLEY_NODES:  
                          values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                              break;  
                        }  
                        do_write=TRUE;  
                     } else {  
                        do_write=FALSE;  
                     }  
                } else {  
                     do_write=TRUE;  
                     switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {  
                        case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                       values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                           break;  
                        case FINLEY_NODES:  
                       values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                           break;  
                     }  
                }  
            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
                if (do_write) {  
               if (nCompReqd == 1) {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
               } else if (nCompReqd == 3) {  
                 for (int m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
                 for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               } else if (nCompReqd == 9) {  
                 /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
                  * of 9 data points */  
                 int count = 0;  
                 for (int m=0; m<shape; m++) {  
                   for (int n=0; n<shape; n++) {  
                     fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                     count++;  
                   }  
                   for (int n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
                 for (int m=0; m<3-shape; m++)    
                     for (int n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
                   fprintf(fileHandle_p, "\n");  
                }  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
            }  
        }  
        fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
1929    }    }
1930    /* finish off the piece */    /* finish off the piece */
1931    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");
# Line 650  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1937  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1937    fclose(fileHandle_p);    fclose(fileHandle_p);
1938    return;    return;
1939  }  }
1940    #endif
1941    

Legend:
Removed from v.155  
changed lines
  Added in v.818

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26