/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 818 by dhawcroft, Sun Aug 27 11:10:34 2006 UTC revision 1562 by gross, Wed May 21 13:04:40 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
23    
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25    #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    
28  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
29   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
30    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
31   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
32   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
33   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
35   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
36    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
37   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
38   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
39   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
40   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
41   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
42      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
43   Notable Notables:    dest_in_use+=strlen(chunk); \
  the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference  
 */  
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
44  }  }
45    
46  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
47                             Finley_Mesh *mesh_p,
48                             const dim_t num_data,
49                             char* *names_p,
50                             escriptDataC* *data_pp)
51  {  {
52    int    numPoints,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
53    numCells = -1,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
54               myRank,comm,gsize,    size_t len_txt_buffer, max_len_names, txt_buffer_in_use;
55               numLocal,    FILE * fileHandle_p = NULL;
56               nDim,    int mpi_size, i_data, i,j , cellType;
57               shape;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement, myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd, shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
58    size_t __n;    bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
59    int i,j,k,m,n,count;    bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
60    int numGlobalCells = 0;    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
61    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    #ifdef PASO_MPI
62      int ierr;
63    /* variables associatted with write_celldata/pointdata */    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
64    int numPointsPerSample,    MPI_File mpi_fileHandle_p;
65    nComp,    MPI_Status mpi_status;
66    nCompReqd;    MPI_Request mpi_req;
67    double* values, rtmp;    MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
68      #endif
69    // Local element info (for debugging)    Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
70    size_t numLocalCells,    int nodetype=FINLEY_NODES;
   numInternalCells,  
   numBoundaryCells;  
   
   int rank;  
   
   int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;  
   
   comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;  
   myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;  
   gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;  
   
   MPI_File fh;  
   MPI_Status status;  
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
71    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
72    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
73      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
74    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
75      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
   numLocalNodes,  
   numBoundaryNodes,  
   localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain  
   
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element index into the global array  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   
   struct localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
   
   //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[15];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   
   // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)  
   // Note the implicit assumption on the variable "tsz"  
   int __len,__j;  
   char  *zero = "0.000000e+00 ";  
   char  *newline = "\n";  
     
 #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \  
 {                  \  
    __len = strlen(chunk); \  
    __j = -1;      \  
    while(__j++ < __len)  \  
     *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \  
    tsz+=__len;              \  
 }  
76        
77    // Loop over all nodes      
78    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)    /****************************************/
79    {    /*                                      */
80      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /*       tags in the vtk file           */
81      // correspondance between nodes and Degrees of freedom  
82      //TODO: handle periodic BC's    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
83      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
84                        "<UnstructuredGrid>\n" \
85      // Is this node local to the domain ?                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
86      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<Points>\n" \
87      {                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
88        for (j = 0; j < nDim; j++)    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
89        {    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
90          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
91          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
92        }    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
93        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
94        {    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
95          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
96        }    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
   
   nodeCache.size=numNodesOutput;  
97    
98    largebuf[tsz] = '\0';    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
99    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    /* if there is no mesh we just return */
100    MEMFREE(largebuf);    if (mesh_p==NULL) return;
   
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
   
   // form distribution info on who output which nodes  
   vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );  
   vtxdist[0]=0;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
   }  
101    
102    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
103    // send local info    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
104    forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
     
105    
106        if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
107    MEMFREE(vtxdist);          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
108    MEMFREE(DOFNodes);          return;  
   MEMFREE(backwardBuffer);  
   MEMFREE(forwardBuffer);  
   
   if( myRank == 0)  
   {  
     char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \  
                  "format=\"ascii\">\n" ;  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
109    }    }
110    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    /*************************************************************************************/
111    
112    /* BEGIN CONNECTIVITY */    /* open the file and check handle */
113    
114    int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */    if (mpi_size > 1) {
115            #ifdef PASO_MPI
116              /* Collective Call */
117              #ifdef MPIO_HINTS
118                MPI_Info_create(&mpi_info);
119                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
120                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
121                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
122                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
123                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
124                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
125                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
126              
127                /*XFS only */
128                /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
129              #endif
130              ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
131    printf("MPI_File_open ierr= %d\n",ierr);
132              if (ierr != MPI_SUCCESS) {
133              perror(filename_p);
134                  sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing in parallel.", filename_p);
135                  Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
136              } else {
137                 MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
138              }
139            #endif
140      } else {
141            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
142            if (fileHandle_p==NULL) {
143               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
144               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
145             }
146      }
147      if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
148      /*************************************************************************************/
149    
150    // Collective    /* find the mesh type to be written */
   MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")  
151    
152    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
153    largebuf = MEMALLOC(sz,char);    max_len_names=0;
154    largebuf[0] = '\0';    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
155    tsz=0;       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
156    pos = 0;       elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
157    // numCells?       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
158    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
159    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
160    {           case FINLEY_NODES:
161      for (i = 0; i < numCells; i++)             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
162      {             isCellCentered[i_data]=FALSE;
163               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
164        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
165        {             } else {
166          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
167          {             }
168            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);             break;
169            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)           case FINLEY_REDUCED_NODES:
170               nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
171               isCellCentered[i_data]=FALSE;
172               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
173                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
174               } else {
175                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
176               }
177               break;
178             case FINLEY_ELEMENTS:
179             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
180               isCellCentered[i_data]=TRUE;
181               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
182                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
183               } else {
184                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
185               }
186               break;
187             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
188             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
189               isCellCentered[i_data]=TRUE;
190               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
191                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
192               } else {
193                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
194               }
195               break;
196             case FINLEY_POINTS:
197               isCellCentered[i_data]=TRUE;
198               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
199                 elementtype=FINLEY_POINTS;
200               } else {
201                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
202               }
203               break;
204             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
205             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
206               isCellCentered[i_data]=TRUE;
207               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
208                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
209               } else {
210                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
211               }
212               break;
213             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
214             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
215               isCellCentered[i_data]=TRUE;
216               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
217                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
218               } else {
219                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
220               }
221               break;
222             default:
223               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
224               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
225             }
226             if (isCellCentered[i_data]) {
227               write_celldata=TRUE;
228             } else {
229               write_pointdata=TRUE;
230             }
231             max_len_names =MAX(max_len_names,strlen(names_p[i_data]));
232           }
233         }
234         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
235      }
236      if (Finley_noError()) {
237    
238         /***************************************/
239    
240         /* select number of points and the mesh component */
241      
242         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
243            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
244            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
245            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
246            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
247         } else {
248            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
249            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
250            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
251            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
252         }
253         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
254         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
255         switch(elementtype) {
256           case FINLEY_ELEMENTS:
257              elements=mesh_p->Elements;
258              break;
259            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
260              elements=mesh_p->FaceElements;
261              break;
262            case FINLEY_POINTS:
263              elements=mesh_p->Points;
264              break;
265            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
266              elements=mesh_p->ContactElements;
267              break;
268         }
269         if (elements==NULL) {
270           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
271         } else {
272           /* map finley element type to VTK element type */
273           numCells = elements->numElements;
274           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
275           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
276           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
277           NN = elements->numNodes;
278           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
279              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
280           } else {
281              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
282           }
283           switch(TypeId) {
284            case Point1:
285            case Line2Face:
286            case Line3Face:
287            case Point1_Contact:
288            case Line2Face_Contact:
289            case Line3Face_Contact:
290              numCellFactor=1;
291              cellType = VTK_VERTEX;
292              numVTKNodesPerElement = 1;
293              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
294              break;
295          
296            case Line2:
297            case Tri3Face:
298            case Rec4Face:
299            case Line2_Contact:
300            case Tri3_Contact:
301            case Tri3Face_Contact:
302            case Rec4Face_Contact:
303              numCellFactor=1;
304              cellType = VTK_LINE;
305              numVTKNodesPerElement = 2;
306              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
307              break;
308          
309            case Tri3:
310            case Tet4Face:
311            case Tet4Face_Contact:
312              numCellFactor=1;
313              cellType = VTK_TRIANGLE;
314              numVTKNodesPerElement = 3;
315              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
316              break;
317          
318            case Rec4:
319            case Hex8Face:
320            case Rec4_Contact:
321            case Hex8Face_Contact:
322              numCellFactor=1;
323              cellType = VTK_QUAD;
324              numVTKNodesPerElement = 4;
325              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
326              break;
327          
328            case Tet4:
329              numCellFactor=1;
330              cellType = VTK_TETRA;
331              numVTKNodesPerElement = 4;
332              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
333              break;
334          
335            case Hex8:
336              numCellFactor=1;
337              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
338              numVTKNodesPerElement = 8;
339              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
340              break;
341          
342            case Line3:
343            case Tri6Face:
344            case Rec8Face:
345            case Line3_Contact:
346            case Tri6Face_Contact:
347            case Rec8Face_Contact:
348              numCellFactor=1;
349              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
350              numVTKNodesPerElement = 3;
351              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
352              break;
353          
354            case Tri6:
355            case Tet10Face:
356            case Tri6_Contact:
357            case Tet10Face_Contact:
358              numCellFactor=1;
359              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
360              numVTKNodesPerElement = 6;
361              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
362              break;
363          
364            case Rec8:
365            case Hex20Face:
366            case Rec8_Contact:
367            case Hex20Face_Contact:
368              numCellFactor=1;
369              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
370              numVTKNodesPerElement = 8;
371              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
372              break;
373          
374            case Tet10:
375              numCellFactor=1;
376              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
377              numVTKNodesPerElement = 10;
378              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
379              break;
380          
381            case Hex20:
382              numCellFactor=1;
383              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
384              numVTKNodesPerElement = 20;
385              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
386              break;
387          
388            default:
389              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
390              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
391          }          }
392          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)       }
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
393    }    }
394    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)    /***************************************/
   {  
     char tmpbuf2[20*20*2];  
   
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
395    
396      for (i = 0; i < numCells; i++)    /***************************************/
397      {    /*                                     */
398        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )    /*   allocate text buffer              */
399        {    /*                                     */
400          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)    max_name_len=0;
401          {    for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,strlen(names_p[i_data]));
402            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);    len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
403            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
404          }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
405          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
406          elementCache.values[pos++]=i;    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
407        }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
408      }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
409    }    txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
410    else    Finley_checkPtr(txt_buffer);
411    {    
412      for(i = 0;i  < numCells ; i++)    if (Finley_noError()) {
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         {  
           sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );  
           __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
         }  
         __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   
   elementCache.size = pos;  
413    
414    largebuf[tsz] = '\0';       /* select number of points and the mesh component */
   MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);  
   MEMFREE(largebuf);  
   MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")  
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     // allocate an upper bound on number of bytes needed    
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;    
     tsz = 0;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // re-using buffer!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
415    
416    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
417    
418    // Write Cell data header Tags        if (mpi_size > 1) {
419    if(myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
420    {              #ifdef PASO_MPI
421      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
422      if( write_celldata)                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
423      {              #endif
424        char tmpBuf[80];            }
425        char header[600];        } else {
426        // mark the active data arrays           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
427        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        }
428        sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
429        strcat(header,tmpBuf);        /* write the nodes */
430        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
431        {        if (mpi_size > 1) {
432          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
433          {           txt_buffer[0] = '\0';
434            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
435            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
436            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
437                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
438                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
439                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
440                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
441                                        0.);
442                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
443                   }
444                }      
445             } else {
446                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
447                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
448                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
449                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
450                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
451                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
452                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
453                   }
454                }    
455      
456             }
457    printf("%d %d\n",strlen(txt_buffer),len_txt_buffer+1); ;fflush(stdout);
458    printf("%s\n",txt_buffer); ;fflush(stdout);
459             #ifdef PASO_MPI
460                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
461             #endif    
462          } else {
463             if (nDim==2) {
464                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
465                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
466                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
467                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
468                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
469                                          0.);
470                   }
471                }      
472             } else {
473                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
474                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
475                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
476                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
477                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
478                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
479                   }
480                }    
481      
482             }
483          }
484    
485          /* close the Points and open connectivity */
486    
487          if (mpi_size > 1) {
488              if ( my_mpi_rank == 0) {
489                 #ifdef PASO_MPI
490                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
491                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
492                 #endif
493              }
494          } else {
495             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
496          }
497    
498         /* write the cells */
499         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
500            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
501         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
502            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
503         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
504            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
505         } else {
506            node_index=NULL;
507         }
508    
509         if ( mpi_size > 1) {
510            txt_buffer[0] = '\0';
511            txt_buffer_in_use=0;
512            if (node_index == NULL) {
513               for (i = 0; i < numCells; i++) {
514                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
515                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
516                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
517                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
518                     }
519                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
520                  }
521               }
522            } else {
523               for (i = 0; i < numCells; i++) {
524                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
525                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
526                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
527                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
528                     }
529                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
530                  }
531               }
532            }
533            #ifdef PASO_MPI
534               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
535            #endif    
536         } else {
537            if (node_index == NULL) {
538               for (i = 0; i < numCells; i++) {
539                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
540                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
541                   }
542                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
543               }
544            } else {
545               for (i = 0; i < numCells; i++) {
546                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
547                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
548                   }
549                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
550               }
551            }
552    
553         }
554        
555         /* finalize the connection and start the offset section */
556         if (mpi_size > 1) {
557            if( my_mpi_rank == 0) {
558               #ifdef PASO_MPI
559                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
560                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
561               #endif
562            }
563         } else {
564            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
565         }
566    
567        /* write the offsets */
568          
569         if ( mpi_size > 1) {
570            txt_buffer[0] = '\0';
571            txt_buffer_in_use=0;
572            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
573               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
574               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
575             }
576             #ifdef PASO_MPI
577                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
578             #endif    
579         } else {
580            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
581               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
582            }
583        
584         }
585         /* finalize the offset section and start the type section */
586         if ( mpi_size > 1) {
587            if ( my_mpi_rank == 0) {
588               #ifdef PASO_MPI
589                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
590                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
591               #endif
592            }
593        } else {
594           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
595        }
596         /* write element type */
597         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
598         if ( mpi_size > 1) {
599            txt_buffer[0] = '\0';
600            txt_buffer_in_use=0;
601            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
602             #ifdef PASO_MPI
603                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
604             #endif    
605         } else {
606            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
607         }
608         /* finalize cell information */
609         if ( mpi_size > 1) {
610            if ( my_mpi_rank == 0) {
611               #ifdef PASO_MPI
612                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
613                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
614               #endif
615            }
616        } else {
617           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
618        }
619     }
620    
621     /* Write cell data */
622     if (write_celldata && Finley_noError()) {
623          /* mark the active data arrays */
624          txt_buffer[0] = '\0';
625          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
626          strcat(txt_buffer, "<CellData");
627          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
628            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
629              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
630              /* if the rank == 1:   --> vector data */
631              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
632    
633            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
634            case 0:            case 0:
635              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
636              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
637                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
638                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
639                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
640              }              }
641              break;              break;
642            case 1:            case 1:
643              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
644              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
645                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
646            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
647                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
648              }              }
649              break;              break;
650            case 2:            case 2:
651              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
652              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
653                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
654            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
655                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
656              }              }
657              break;              break;
# Line 799  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 662  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
662            }            }
663          }          }
664        }        }
665        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
666        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
667        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
668      }             #ifdef PASO_MPI
669    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
670                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
671    // write actual data (collective)             #endif
672    if(write_celldata)          }
673    {        } else {
674      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
675      {        }
676        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
677        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
678          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
679          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
680          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
681          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
682          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
683          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
684          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
685            nCompReqd = 1;              shape=0;
686                if (rank == 0) {
687                  nCompReqd = 1;
688                } else if (rank == 1) {
689                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
690                  if  (shape>3) {
691                    Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
692                  }
693                  nCompReqd = 3;
694                } else {
695                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
696                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
697                    Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
698                  }
699                  nCompReqd = 9;
700                }
701                if (Finley_noError()) {
702                   sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
703                   if ( mpi_size > 1) {
704                     if ( my_mpi_rank == 0) {
705                        #ifdef PASO_MPI
706                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
707                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
708                        #endif
709                     }
710                   } else {
711                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
712                   }
713                   for (i=0; i<numCells; i++) {
714                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
715                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
716                          /* averaging over the number of points in the sample */
717                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
718                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
719                               rtmp = 0.;
720                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
721                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
722                            } else {
723                               sampleAvg[k] = values[k];
724                            }
725                          }
726                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
727                          * of actual components, pad with zeros
728                          */
729                          /* probably only need to get shape of first element */
730                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
731                          if (nCompReqd == 1) {
732                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
733                          } else if (nCompReqd == 3) {
734                            if (shape==1) {
735                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
736                            } else if (shape==2) {
737                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
738                            } else if (shape==3) {
739                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
740                            }
741                          } else if (nCompReqd == 9) {
742                            if (shape==1) {
743                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
744                                                                    0.,0.,0.,
745                                                                    0.,0.,0.);
746                            } else if (shape==2) {
747                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
748                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
749                                                                    0.,0.,0.);
750                            } else if (shape==3) {
751                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
752                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
753                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
754                            }
755                          }
756                          if ( mpi_size > 1) {
757                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
758                          } else {
759                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
760                          }
761                      }
762                   }
763                   if ( mpi_size > 1) {
764                         #ifdef PASO_MPI
765                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
766                         #endif    
767                         if ( my_mpi_rank == 0) {
768                            #ifdef PASO_MPI
769                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
770                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
771                            #endif
772                         }
773                   } else {
774                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
775                   }
776                }
777             }
778          }
779          if ( mpi_size > 1) {
780            if ( my_mpi_rank == 0) {
781               #ifdef PASO_MPI
782                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
783                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
784               #endif
785          }          }
786          else if (rank == 1)        } else {
787          {            fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
         // Write the actual data  
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         size_t tsz = 0;  
   
         double sampleAvg[nComp];  
   
         for (k=0; k<elementCache.size; k++)  
         {  
           i = elementCache.values[k];  
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (n=0; n<nComp; n++)  
           {  
             rtmp = 0.;  
             for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];  
             sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             // write out the data  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
             {  
               __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
             }  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             // of 9 data points  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
             }  
             for (m=0; m<3-shape; m++)  
               for (n=0; n<3; n++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
           }  
           __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
         }  
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
788        }        }
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")  
789    }    }
790      /* point data */
791      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
792          /* mark the active data arrays */
793          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
794          txt_buffer[0] = '\0';
795          strcat(txt_buffer, "<PointData");
796          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
797            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
798              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
799              /* if the rank == 1:   --> vector data */
800              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
801    
802              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
   // Write Point Data Header Tags  
   if( myRank == 0)  
   {  
     char header[600];  
     char tmpBuf[50];  
   
     if (write_pointdata)  
     {  
       MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")  
       // mark the active data arrays  
       bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
       sprintf(header, "<PointData");  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
   
           switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
           {  
803            case 0:            case 0:
804              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
805              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
806                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
807                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
808                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
809              }              }
810              break;              break;
811            case 1:            case 1:
812              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
813              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
814                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
815                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
816                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
817              }              }
818              break;              break;
819            case 2:            case 2:
820              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
821              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
822                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
823                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
824                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
825              }              }
826              break;              break;
# Line 996  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 831  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
831            }            }
832          }          }
833        }        }
834        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
835        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
836        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
837      }             #ifdef PASO_MPI
838    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
839                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
840    // write actual data             #endif
841    if(write_pointdata)          }
842    {        } else {
843      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
844      {        }
845        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
846        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
847          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
848          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
849          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
850          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
851          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
852          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
853          {              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
854            nCompReqd = 1;                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
855          }              } else {
856          else if (rank == 1)                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
857          {              }
858            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
859            if  (shape>3)              shape=0;
860            {              if (rank == 0) {
861              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");                nCompReqd = 1;
862              return;              } else if (rank == 1) {
863            }                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
864            nCompReqd = 3;                if  (shape>3) {
865          }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
866          else                }
867          {                nCompReqd = 3;
868            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              } else {
869            if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
870            {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
871              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
872              return;                }
873            }                nCompReqd = 9;
874            nCompReqd = 9;              }
875          }              if (Finley_noError()) {
876                   sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
877          if( myRank == 0)                 if ( mpi_size > 1) {
878          {                   if ( my_mpi_rank == 0) {
879            char header[250];                      #ifdef PASO_MPI
880            sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
881            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
882            MPI_Wait(&req,&status);                      #endif
883          }                   }
884          // write out the data                 } else {
885          // if the number of required components is more than the number                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
886          // of actual components, pad with zeros                 }
887                   for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
888          char tmpbuf[15];                    k=globalNodeIndex[i];
889          char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
890          largebuf[0] = '\0';                       values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
891          bool_t do_write=TRUE;                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
892          size_t tsz = 0;                       * of actual components, pad with zeros
893                         */
894          for(k=0;k < nodeCache.size;k++)                       /* probably only need to get shape of first element */
895          {                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
896            i = nodeCache.values[k];                       if (nCompReqd == 1) {
897                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
898            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)                       } else if (nCompReqd == 3) {
899            {                         if (shape==1) {
900              if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
901              {                         } else if (shape==2) {
902                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
903                {                         } else if (shape==3) {
904                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
905                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                         }
906                  break;                       } else if (nCompReqd == 9) {
907                case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:                         if (shape==1) {
908                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
909                  break;                                                                 0.,0.,0.,
910                case FINLEY_NODES:                                                                 0.,0.,0.);
911                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);                         } else if (shape==2) {
912                  break;                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
913                }                                                                 values[2],values[3],0.,
914                do_write=TRUE;                                                                 0.,0.,0.);
915              }                         } else if (shape==3) {
916              else                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
917              {                                                                 values[3],values[4],values[5],
918                do_write=FALSE;                                                                 values[6],values[7],values[8]);
919              }                         }
920            }                       }
921            else                       if ( mpi_size > 1) {
922            {                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
923              do_write=TRUE;                       } else {
924              switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                         fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
925              {                       }
926              case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:                    }
927                values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                 }
928                break;                 if ( mpi_size > 1) {
929              case FINLEY_NODES:                     #ifdef PASO_MPI
930                values = getSampleData(data_pp[i_data],i);                       MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
931                break;                     #endif    
932              }                     if ( my_mpi_rank == 0) {
933            }                        #ifdef PASO_MPI
934            // write the data different ways for scalar, vector and tensor                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
935            if (do_write)                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
936            {                        #endif
937              if (nCompReqd == 1)                     }
938              {                 } else {
939                sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);                    fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
940                __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)                 }
941              }              }
942              else if (nCompReqd == 3)            }
943              {          }
944                for (m=0; m<shape; m++)          if ( mpi_size > 1) {
945                {            if ( my_mpi_rank == 0) {
946                 #ifdef PASO_MPI
947                  sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
948                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
949                }               #endif
950                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)            }
951                {          } else {
952                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)              fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
953                }          }
954              }    }
955              else if (nCompReqd == 9)    if (Finley_noError()) {
956              {       if ( mpi_size > 1) {
957                // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row         if ( my_mpi_rank == 0) {
958                //  of 9 data points            #ifdef PASO_MPI
959                count = 0;               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
960                for (m=0; m<shape; m++)               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
961                {               #ifdef MPIO_HINTS
962                  for (n=0; n<shape; n++)                 MPI_Info_free(&mpi_info);
963                  {                 #undef MPIO_HINTS
964                    sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);               #endif
965                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)            #endif
966                    count++;          }
967                  }          #ifdef PASO_MPI
968                  for (n=0; n<3-shape; n++)             MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
969                  {          #endif
970                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)       } else {
971                  }           fprintf(fileHandle_p,footer);
972                }           fclose(fileHandle_p);
973                for (m=0; m<3-shape; m++)       }
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
             }  
             __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
   
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
       }  
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
   }  
   // end write_pointdata  
   
   // tag and bag...    
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS  
 #endif  
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 #undef __STRCAT  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd;  
   
   index_t j2;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   
   /* open the file and check handle */  
   
   FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   }  
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   Finley_ElementFile* elements=NULL;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   ElementTypeId TypeId;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         double sampleAvg[nComp];  
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<nComp; k++)  
           {  
             rtmp = 0.;  
             for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
             sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
           }  
           /* if the number of required components is more than the number  
           * of actual components, pad with zeros  
           */  
           /* probably only need to get shape of first element */  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             for (m=0; m<3-shape; m++)  
               for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           fprintf(fileHandle_p, "\n");  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");  
974    }    }
975    /* point data */    TMPMEMFREE(isCellCentered);
976    if (write_pointdata)    TMPMEMFREE(txt_buffer);
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<PointData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
         /* write out the data */  
         /* if the number of required components is more than the number  
         * of actual components, pad with zeros  
         */  
         bool_t do_write=TRUE;  
         for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
         {  
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               * of 9 data points */  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
                 for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             fprintf(fileHandle_p, "\n");  
           }  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
   }  
   /* finish off the piece */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");  
   
   fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");  
   /* write the xml footer */  
   fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");  
   /* close the file */  
   fclose(fileHandle_p);  
977    return;    return;
978  }  }
 #endif  
   

Legend:
Removed from v.818  
changed lines
  Added in v.1562

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26