/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/finley/src/finleyC/Mesh_saveVTK.c revision 155 by jgs, Wed Nov 9 02:02:19 2005 UTC trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c revision 903 by gross, Fri Nov 17 01:59:49 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  /*  /*
2   ******************************************************************************  ************************************************************
3   *                                                                            *  *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *
4   *       COPYRIGHT  ACcESS 2003,2004,2005 -  All Rights Reserved              *  *                                                          *
5   *                                                                            *  *              http://www.access.edu.au                    *
6   * This software is the property of ACcESS. No part of this code              *  *       Primary Business: Queensland, Australia            *
7   * may be copied in any form or by any means without the expressed written    *  *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *
8   * consent of ACcESS.  Copying, use or modification of this software          *  *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *
9   * by any unauthorised person is illegal unless that person has a software    *  *                                                          *
10   * license agreement with ACcESS.                                             *  ************************************************************
  *                                                                            *  
  ******************************************************************************  
11  */  */
12    
13    
# Line 20  Line 18 
18  /**************************************************************/  /**************************************************************/
19    
20  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */
21    /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */
22    
23  /*   Version: $Id$ */  /*   Version: $Id$ */
24    
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
26    
27    
28  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
29  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
30    
31  /**************************************************************/  /*
32     MPI version notes:
33    
34     ******************************************************************************
35     ***                                                                       ****
36     *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****
37     ***                                                                       ****  
38     ******************************************************************************
39    
40     In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing
41     XML tags.
42     Individual process data is copied to a buffer before being written
43     out. The  routines are collectively called and will be called in the natural
44     ordering i.e 0 to maxProcs-1.
45    
46     Notable Notables:
47     the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference
48    */
49    
50    #ifdef PASO_MPI
51    
52    
53    //#define MPIO_HINTS
54    
55    
56    
57    #define MPIO_DEBUG(str) \
58    { \
59        if(myRank == 0) \
60        printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \
61    }
62    
63    void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)
64    {
65      int    numPoints,
66      numCells = -1,
67                 myRank,comm,gsize,
68                 numLocal,
69                 nDim,
70                 shape;
71      size_t __n;
72      int i,j,k,m,n,count;
73      int numGlobalCells = 0;
74      index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK
75    
76      /* variables associatted with write_celldata/pointdata */
77      int numPointsPerSample,
78      nComp,
79      nCompReqd;
80      double* values, rtmp;
81    
82      // Local element info (for debugging)
83      size_t numLocalCells,
84      numInternalCells,
85      numBoundaryCells;
86    
87      int rank;
88    
89      int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
90    
91      comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;
92      myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
93      gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
94    
95      MPI_File fh;
96      MPI_Status status;
97      MPI_Request req;
98      MPI_Info infoHints;
99    
100  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp) {    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
101    
102      int i_data;
103    
104      int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
105      int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
106      bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
107    
108      ElementTypeId TypeId;
109    
110      int numVTKNodesPerElement;
111      int cellType;
112      char elemTypeStr[32];
113    
114      Finley_ElementFile* elements=NULL;
115    
116    
117      // Local node info
118      int numInternalNodes,
119      numLocalNodes,
120      numBoundaryNodes,
121      localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain
122    
123    
124      nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;
125    
126    #ifdef MPIO_HINTS
127      MPI_Info_create(&infoHints);
128      //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");
129      //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");
130      //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");
131      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");
132      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");
133      //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");
134      //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");
135    
136      //XFS only
137      //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");
138    #else
139      infoHints = MPI_INFO_NULL;
140    #endif
141    
142      // Holds a local node/element index into the global array
143      struct localIndexCache
144      {
145        index_t *values;
146        int size;
147      };
148    
149      struct localIndexCache nodeCache,
150              elementCache;
151    
152      // Collective Call
153      MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);
154      MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);
155    
156      MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")
157    
158      for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)
159      {
160        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )
161        {
162          switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
163          {
164          case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
165            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
166            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
167            {
168              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
169            }
170            else
171            {
172              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
173              return ;
174            }
175            isCellCentered[i_data]=FALSE;
176            break;
177          case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
178            nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;
179            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
180            {
181              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
182            }
183            else
184            {
185              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
186              return;
187            }
188            isCellCentered[i_data]=FALSE;
189            break;
190          case FINLEY_NODES:
191            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
192            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
193            {
194              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
195            }
196            else
197            {
198              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
199              return;
200            }
201            isCellCentered[i_data]=FALSE;
202            break;
203          case FINLEY_ELEMENTS:
204            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
205            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
206            {
207              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
208            }
209            else
210            {
211              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
212              return;
213            }
214            isCellCentered[i_data]=TRUE;
215            break;
216          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
217            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
218            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)
219            {
220              elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
221            }
222            else
223            {
224              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
225              return;
226    
227            }
228            isCellCentered[i_data]=TRUE;
229            break;
230          case FINLEY_POINTS:
231            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
232            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)
233            {
234              elementtype=FINLEY_POINTS;
235            }
236            else
237            {
238              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
239              return;
240    
241            }
242            isCellCentered[i_data]=TRUE;
243            break;
244          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
245            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
246            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
247            {
248              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
249            }
250            else
251            {
252              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
253              return;
254    
255            }
256            isCellCentered[i_data]=TRUE;
257            break;
258          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
259            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
260            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
261            {
262              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
263            }
264            else
265            {
266              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
267              return;
268    
269            }
270            isCellCentered[i_data]=TRUE;
271            break;
272          default:
273            sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
274            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
275            return;
276    
277          }
278    
279          if (isCellCentered[i_data])
280          {
281            write_celldata=TRUE;
282          }
283          else
284          {
285            write_pointdata=TRUE;
286          }
287        }
288      }
289    
290      Finley_NodeDistribution *dist;
291      if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
292      {
293        dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;
294      }
295      else
296      {
297        dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;
298      }
299    
300      numInternalNodes = dist->numInternal;
301      numBoundaryNodes = dist->numBoundary;
302    
303      localDOF =  dist->numLocal;
304    
305      numPoints        = dist->numGlobal;
306    
307      if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
308      switch(elementtype)
309      {
310      case FINLEY_ELEMENTS:
311        elements=mesh_p->Elements;
312        break;
313      case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
314        elements=mesh_p->FaceElements;
315        break;
316      case FINLEY_POINTS:
317        elements=mesh_p->Points;
318        break;
319      case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
320        elements=mesh_p->ContactElements;
321        break;
322      }
323      if (elements==NULL)
324      {
325        Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
326        return ;
327      }
328    
329      numCells =  elements->numElements;
330      numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];
331      numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;
332      numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;
333      numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;
334    
335      if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
336      {
337        TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
338      }
339      else
340      {
341        TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
342      }
343    
344      switch(TypeId)
345      {
346      case Point1:
347      case Line2Face:
348      case Line3Face:
349      case Point1_Contact:
350      case Line2Face_Contact:
351      case Line3Face_Contact:
352        cellType = VTK_VERTEX;
353        numVTKNodesPerElement = 1;
354        strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
355        break;
356    
357      case Line2:
358      case Tri3Face:
359      case Rec4Face:
360      case Line2_Contact:
361      case Tri3_Contact:
362      case Tri3Face_Contact:
363      case Rec4Face_Contact:
364        cellType = VTK_LINE;
365        numVTKNodesPerElement = 2;
366        strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
367        break;
368    
369      case Tri3:
370      case Tet4Face:
371      case Tet4Face_Contact:
372        cellType = VTK_TRIANGLE;
373        numVTKNodesPerElement = 3;
374        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
375        break;
376    
377      case Rec4:
378      case Hex8Face:
379      case Rec4_Contact:
380      case Hex8Face_Contact:
381        cellType = VTK_QUAD;
382        numVTKNodesPerElement = 4;
383        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
384        break;
385    
386      case Tet4:
387        cellType = VTK_TETRA;
388        numVTKNodesPerElement = 4;
389        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
390        break;
391    
392      case Hex8:
393        cellType = VTK_HEXAHEDRON;
394        numVTKNodesPerElement = 8;
395        strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
396        break;
397    
398      case Line3:
399      case Tri6Face:
400      case Rec8Face:
401      case Line3_Contact:
402      case Tri6Face_Contact:
403      case Rec8Face_Contact:
404        cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
405        numVTKNodesPerElement = 3;
406        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
407        break;
408    
409      case Tri6:
410      case Tet10Face:
411      case Tri6_Contact:
412      case Tet10Face_Contact:
413        cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
414        numVTKNodesPerElement = 6;
415        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
416        break;
417    
418      case Rec8:
419      case Hex20Face:
420      case Rec8_Contact:
421      case Hex20Face_Contact:
422        cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
423        numVTKNodesPerElement = 8;
424        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
425        break;
426    
427      case Tet10:
428        cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
429        numVTKNodesPerElement = 10;
430        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
431        break;
432    
433      case Hex20:
434        cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
435        numVTKNodesPerElement = 20;
436        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
437        break;
438    
439      default:
440        sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
441        Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
442        return;
443      }
444    
445      /* Write XML Header */
446      if(myRank == 0)
447      {
448        char header[400];
449    
450        sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
451                "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
452                "<UnstructuredGrid>\n" \
453                "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
454                "<Points>\n" \
455                "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"
456                ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));
457    
458    
459        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
460        MPI_Wait(&req,&status);
461      }
462    
463      MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")
464    
465      numLocalNodes=localDOF;
466    
467      //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()
468      char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);
469      largebuf[0] = '\0';
470      char tmpbuf[15];
471      int tsz=0;
472      int numNodesOutput=0;
473      index_t pos=0;
474    
475      index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;
476    
477      DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);
478      nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);
479      index_t bc_pos = 0;
480    
481      // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)
482      // Note the implicit assumption on the variable "tsz"
483      int __len,__j;
484      char  *zero = "0.000000e+00 ";
485      char  *newline = "\n";
486      
487    #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \
488    {                  \
489       __len = strlen(chunk); \
490       __j = -1;      \
491       while(__j++ < __len)  \
492        *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \
493       tsz+=__len;              \
494    }
495      
496      // Loop over all nodes    
497      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
498      {
499        // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one
500        // correspondance between nodes and Degrees of freedom
501        //TODO: handle periodic BC's
502        DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;
503    
504        // Is this node local to the domain ?
505        if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )
506        {
507          for (j = 0; j < nDim; j++)
508          {
509            sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );
510            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
511          }
512          for (k=0; k<3-nDim; k++)
513          {
514            __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
515          }
516          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
517          nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;
518        }
519      }
520    
521      nodeCache.size=numNodesOutput;
522    
523      largebuf[tsz] = '\0';
524      MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
525      MEMFREE(largebuf);
526    
527      nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);
528    
529      // form distribution info on who output which nodes
530      vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );
531      vtxdist[0]=0;
532      MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);
533      for( i=0; i<gsize; i++ )
534        vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];
535    
536      // will not work for periodic boundary conditions
537      // calculate the local nodes file positions
538      pos = 0;
539      for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )
540      {
541        if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )
542        {
543          nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;
544        }
545        else
546          nodesGlobal[i] = -1;
547      }
548    
549      // communicate the local Nodes file position to the interested parties
550      // send local info
551      forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );
552      for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )
553      {
554        if(  dist->edges[n]->numForward)
555        {
556          for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )
557            forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];
558          Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );
559          Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );
560        }
561      }
562      // receive external info
563      backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );
564      for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )
565      {
566        if( dist->edges[n]->numBackward )
567        {
568          Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));
569          Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );
570          /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */
571          for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )
572            nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];
573        }
574      }
575      
576    
577      
578      MEMFREE(vtxdist);
579      MEMFREE(DOFNodes);
580      MEMFREE(backwardBuffer);
581      MEMFREE(forwardBuffer);
582    
583      if( myRank == 0)
584      {
585        char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \
586                     "format=\"ascii\">\n" ;
587        MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);
588        MPI_Wait(&req,&status);
589      }
590      MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")
591    
592      /* BEGIN CONNECTIVITY */
593    
594      int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */
595    
596      // Collective
597      MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")
598    
599      size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;
600      largebuf = MEMALLOC(sz,char);
601      largebuf[0] = '\0';
602      tsz=0;
603      pos = 0;
604      // numCells?
605      elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);
606      if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
607      {
608        for (i = 0; i < numCells; i++)
609        {
610    
611          if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
612          {
613            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
614            {
615              sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);
616              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
617            }
618            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
619            elementCache.values[pos++]=i;
620          }
621        }
622      }
623      else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)
624      {
625        char tmpbuf2[20*20*2];
626    
627        for (i = 0; i < numCells; i++)
628        {
629          if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
630          {
631            sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",
632                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],
633                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],
634                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],
635                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],
636                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],
637                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],
638                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],
639                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],
640                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],
641                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],
642                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],
643                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],
644                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],
645                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],
646                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],
647                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],
648                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],
649                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],
650                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],
651                    nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);
652            __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)
653            elementCache.values[pos++]=i;
654          }
655        }
656      }
657      else if (numVTKNodesPerElement!=NN)
658      {
659    
660        for (i = 0; i < numCells; i++)
661        {
662          if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
663          {
664            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
665            {
666              sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);
667              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
668            }
669            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
670            elementCache.values[pos++]=i;
671          }
672        }
673      }
674      else
675      {
676        for(i = 0;i  < numCells ; i++)
677        {
678          if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
679          {
680            for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
681            {
682              sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );
683              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
684            }
685            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
686            elementCache.values[pos++]=i;
687          }
688        }
689      }
690    
691      elementCache.size = pos;
692    
693      largebuf[tsz] = '\0';
694      MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
695      MEMFREE(largebuf);
696      MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")
697      MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")
698    
699      // Non-Collective
700      if( myRank == 0)
701      {
702        // write out the DataArray element for the offsets
703        char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
704        char* tag2 = "</DataArray>\n";
705        char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
706        char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";
707    
708        int n = numVTKNodesPerElement;
709    
710        // allocate an upper bound on number of bytes needed  
711        int sz=0;
712        int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;
713        sz += numGlobalCells*lg;
714        sz += numGlobalCells;  
715        tsz = 0;
716    
717        char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);
718        largebuf[0] ='\0';
719        char tmp[10];
720        __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)
721        for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)
722        {
723          sprintf(tmp,"%d\n", i);
724          __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
725        }
726        __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)
727        largebuf[tsz] = '\0';
728        MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);
729        MPI_Wait(&req,&status);
730    
731        // re-using buffer!
732        largebuf[0] = '\0';
733        tsz = 0;
734        __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)
735        for (i=0; i<numGlobalCells; i++)
736        {
737          sprintf(tmp, "%d\n", cellType);
738          __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
739        }
740        __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)
741        largebuf[tsz] = '\0';
742        MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);
743        MPI_Wait(&req,&status);
744        MEMFREE(largebuf);
745      }
746    
747      MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")
748    
749      // Write Cell data header Tags
750      if(myRank == 0)
751      {
752        MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")
753        if( write_celldata)
754        {
755          char tmpBuf[80];
756          char header[600];
757          // mark the active data arrays
758          bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
759          sprintf(tmpBuf, "<CellData");
760          strcat(header,tmpBuf);
761          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
762          {
763            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
764            {
765              // if the rank == 0:   --> scalar data
766              // if the rank == 1:   --> vector data
767              // if the rank == 2:   --> tensor data
768    
769              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
770              {
771              case 0:
772                if (! set_scalar)
773                {
774                  sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
775                  strcat(header,tmpBuf);
776                  set_scalar=TRUE;
777                }
778                break;
779              case 1:
780                if (! set_vector)
781                {
782                  sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
783              strcat(header,tmpBuf);
784                  set_vector=TRUE;
785                }
786                break;
787              case 2:
788                if (! set_tensor)
789                {
790                  sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
791              strcat(header,tmpBuf);
792                  set_tensor=TRUE;
793                }
794                break;
795              default:
796                sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
797                Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
798                return;
799              }
800            }
801          }
802          strcat(header, ">\n");
803          MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
804          MPI_Wait(&req,&status);
805        }
806      }
807    
808      // write actual data (collective)
809      if(write_celldata)
810      {
811        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
812        {
813          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
814          {
815            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
816            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
817            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
818            nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk
819            shape=0;
820            if (rank == 0)
821            {
822              nCompReqd = 1;
823            }
824            else if (rank == 1)
825            {
826              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
827              if  (shape>3)
828              {
829                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
830                return;
831              }
832              nCompReqd = 3;
833            }
834            else
835            {
836              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
837              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
838              {
839                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
840                return;
841              }
842              nCompReqd = 9;
843            }
844    
845            if( myRank == 0)
846            {
847              char header[250];
848              sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
849              MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
850              MPI_Wait(&req,&status);
851            }
852    
853            // Write the actual data
854            char tmpbuf[15];
855            char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
856            largebuf[0] = '\0';
857            size_t tsz = 0;
858    
859            double sampleAvg[nComp];
860    
861            for (k=0; k<elementCache.size; k++)
862            {
863              i = elementCache.values[k];
864    
865              values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
866              // averaging over the number of points in the sample
867              for (n=0; n<nComp; n++)
868              {
869                if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
870                   rtmp = 0.;
871                   for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];
872                   sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;
873                } else {
874                   sampleAvg[n] = values[n];
875                }
876              }
877              // if the number of required components is more than the number
878              // of actual components, pad with zeros
879    
880              // probably only need to get shape of first element
881              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
882              if (nCompReqd == 1)
883              {
884                sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);
885                __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
886              }
887              else if (nCompReqd == 3)
888              {
889                // write out the data
890                for (m=0; m<shape; m++)
891                {
892                  sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);
893                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
894                }
895                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
896                {
897                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
898                }
899              }
900              else if (nCompReqd == 9)
901              {
902                // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
903                // of 9 data points
904                count = 0;
905                for (m=0; m<shape; m++)
906                {
907                  for (n=0; n<shape; n++)
908                  {
909                    sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);
910                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
911                    count++;
912                  }
913                  for (n=0; n<3-shape; n++)
914                  {
915                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
916                  }
917                }
918                for (m=0; m<3-shape; m++)
919                  for (n=0; n<3; n++)
920                  {
921                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
922                  }
923              }
924              __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
925            }
926            largebuf[tsz] = '\0';
927            MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
928            MEMFREE(largebuf);
929            if( myRank == 0)
930            {
931              char *tag = "</DataArray>\n";
932              MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
933              MPI_Wait(&req,&status);
934            }
935    
936          }
937        }
938        // closing celldata tag
939        if(myRank == 0)
940        {
941          char* tag =  "</CellData>\n";
942          MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
943          MPI_Wait(&req,&status);
944        }
945    
946        MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")
947      }
948    
949    
950      // Write Point Data Header Tags
951      if( myRank == 0)
952      {
953        char header[600];
954        char tmpBuf[50];
955    
956        if (write_pointdata)
957        {
958          MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")
959          // mark the active data arrays
960          bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
961          sprintf(header, "<PointData");
962          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
963          {
964            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
965            {
966              // if the rank == 0:   --> scalar data
967              // if the rank == 1:   --> vector data
968              // if the rank == 2:   --> tensor data
969    
970              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
971              {
972              case 0:
973                if (! set_scalar)
974                {
975                  sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
976                  strcat(header,tmpBuf);
977                  set_scalar=TRUE;
978                }
979                break;
980              case 1:
981                if (! set_vector)
982                {
983                  sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
984                  strcat(header,tmpBuf);
985                  set_vector=TRUE;
986                }
987                break;
988              case 2:
989                if (! set_tensor)
990                {
991                  sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
992                  strcat(header,tmpBuf);
993                  set_tensor=TRUE;
994                }
995                break;
996              default:
997                sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
998                Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
999                return;
1000              }
1001            }
1002          }
1003          strcat(header, ">\n");
1004          MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
1005          MPI_Wait(&req,&status);
1006        }
1007      }
1008    
1009      // write actual data
1010      if(write_pointdata)
1011      {
1012        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1013        {
1014          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1015          {
1016            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1017            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1018            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1019            nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk
1020            shape=0;
1021            if (rank == 0)
1022            {
1023              nCompReqd = 1;
1024            }
1025            else if (rank == 1)
1026            {
1027              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1028              if  (shape>3)
1029              {
1030                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1031                return;
1032              }
1033              nCompReqd = 3;
1034            }
1035            else
1036            {
1037              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1038              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1039              {
1040                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1041                return;
1042              }
1043              nCompReqd = 9;
1044            }
1045    
1046            if( myRank == 0)
1047            {
1048              char header[250];
1049              sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1050              MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
1051              MPI_Wait(&req,&status);
1052            }
1053            // write out the data
1054            // if the number of required components is more than the number
1055            // of actual components, pad with zeros
1056    
1057            char tmpbuf[15];
1058            char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
1059            largebuf[0] = '\0';
1060            bool_t do_write=TRUE;
1061            size_t tsz = 0;
1062    
1063            for(k=0;k < nodeCache.size;k++)
1064            {
1065              i = nodeCache.values[k];
1066    
1067              if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1068              {
1069                if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1070                {
1071                  switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1072                  {
1073                  case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1074                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1075                    break;
1076                  case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1077                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);
1078                    break;
1079                  case FINLEY_NODES:
1080                    values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1081                    break;
1082                  }
1083                  do_write=TRUE;
1084                }
1085                else
1086                {
1087                  do_write=FALSE;
1088                }
1089              }
1090              else
1091              {
1092                do_write=TRUE;
1093                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1094                {
1095                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1096                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1097                  break;
1098                case FINLEY_NODES:
1099                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1100                  break;
1101                }
1102              }
1103              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
1104              if (do_write)
1105              {
1106                if (nCompReqd == 1)
1107                {
1108                  sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);
1109                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1110                }
1111                else if (nCompReqd == 3)
1112                {
1113                  for (m=0; m<shape; m++)
1114                  {
1115    
1116                    sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);
1117                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1118                  }
1119                  for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
1120                  {
1121                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1122                  }
1123                }
1124                else if (nCompReqd == 9)
1125                {
1126                  // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1127                  //  of 9 data points
1128                  count = 0;
1129                  for (m=0; m<shape; m++)
1130                  {
1131                    for (n=0; n<shape; n++)
1132                    {
1133                      sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);
1134                      __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1135                      count++;
1136                    }
1137                    for (n=0; n<3-shape; n++)
1138                    {
1139                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1140                    }
1141                  }
1142                  for (m=0; m<3-shape; m++)
1143                  {
1144                    for (n=0; n<3; n++)
1145                    {
1146                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1147                    }
1148                  }
1149                }
1150                __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
1151              }
1152    
1153            }
1154            // Write out local data
1155    
1156            largebuf[tsz] = '\0';
1157            MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
1158            MEMFREE(largebuf);
1159            if( myRank == 0)
1160            {
1161              char *tag = "</DataArray>\n";
1162              MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1163              MPI_Wait(&req,&status);
1164            }
1165          }
1166        }
1167        // Finish off with closing tag
1168        if(myRank == 0)
1169        {
1170          char* tag =  "</PointData>\n";
1171          MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1172          MPI_Wait(&req,&status);
1173        }
1174        MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")
1175      }
1176      // end write_pointdata
1177    
1178      // tag and bag...  
1179      if (myRank == 0)
1180      {
1181        char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";
1182        MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);
1183        MPI_Wait(&req,&status);
1184      }
1185    
1186      MEMFREE(nodesGlobal);
1187      MEMFREE(nodeCache.values);
1188      MEMFREE(elementCache.values);
1189    #ifdef MPIO_HINTS
1190      MPI_Info_free(&infoHints);
1191    #undef MPIO_HINTS
1192    #endif
1193      MPI_File_close(&fh);
1194      MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")
1195    #undef __STRCAT
1196    }
1197    
1198    #undef MPIO_DEBUG
1199    #else
1200    
1201    
1202    
1203    
1204    void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)
1205    {
1206    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];    char error_msg[LenErrorMsg_MAX];
1207    /* if there is no mesh we just return */    /* if there is no mesh we just return */
1208    if (mesh_p==NULL) return;    if (mesh_p==NULL) return;
1209    
1210    int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data;    int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,
1211      nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd;
1212    
1213    index_t j2;    index_t j2;
1214    double* values, rtmp;    double* values, rtmp;
1215        char elemTypeStr[32];
1216    
1217    /* open the file and check handle */    /* open the file and check handle */
1218    
1219    FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");    FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
1220    if (fileHandle_p==NULL) {    if (fileHandle_p==NULL)
1221      {
1222      sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);      sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
1223      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);      Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
1224      return;      return;
# Line 50  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1227  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1227    int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;    int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1228    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
1229    bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;    bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
1230    for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {    for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)
1231       if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {    {
1232          switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {      if (! isEmpty(data_pp[i_data]))
1233             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:      {
1234               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;        switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1235               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {        {
1236                   elementtype=FINLEY_ELEMENTS;        case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1237               } else {          nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1238                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");          if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1239                   fclose(fileHandle_p);          {
1240                   return;            elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1241               }          }
1242               isCellCentered[i_data]=FALSE;          else
1243               break;          {
1244             case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:            Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1245               nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;            fclose(fileHandle_p);
1246               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {            return;
1247                   elementtype=FINLEY_ELEMENTS;          }
1248               } else {          isCellCentered[i_data]=FALSE;
1249                   Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");          break;
1250                   fclose(fileHandle_p);        case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1251                   return;          nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;
1252               }          if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1253               isCellCentered[i_data]=FALSE;          {
1254               break;            elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
            case FINLEY_NODES:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=FALSE;  
              break;  
            case FINLEY_ELEMENTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {  
                  elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_POINTS:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {  
                  elementtype=FINLEY_POINTS;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {  
                  elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
              nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
              if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {  
                  elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
              } else {  
                  Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
                  fclose(fileHandle_p);  
                  return;  
              }  
              isCellCentered[i_data]=TRUE;  
              break;  
            default:  
              sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
              Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
              fclose(fileHandle_p);  
              return;  
         }  
         if (isCellCentered[i_data]) {  
            write_celldata=TRUE;  
         } else {  
            write_pointdata=TRUE;  
1255          }          }
1256       }          else
1257            {
1258              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1259              fclose(fileHandle_p);
1260              return;
1261            }
1262            isCellCentered[i_data]=FALSE;
1263            break;
1264          case FINLEY_NODES:
1265            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1266            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1267            {
1268              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1269            }
1270            else
1271            {
1272              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1273              fclose(fileHandle_p);
1274              return;
1275            }
1276            isCellCentered[i_data]=FALSE;
1277            break;
1278          case FINLEY_ELEMENTS:
1279            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1280            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)
1281            {
1282              elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1283            }
1284            else
1285            {
1286              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1287              fclose(fileHandle_p);
1288              return;
1289            }
1290            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1291            break;
1292          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
1293            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1294            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)
1295            {
1296              elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
1297            }
1298            else
1299            {
1300              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1301              fclose(fileHandle_p);
1302              return;
1303            }
1304            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1305            break;
1306          case FINLEY_POINTS:
1307            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1308            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)
1309            {
1310              elementtype=FINLEY_POINTS;
1311            }
1312            else
1313            {
1314              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1315              fclose(fileHandle_p);
1316              return;
1317            }
1318            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1319            break;
1320          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
1321            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1322            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
1323            {
1324              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
1325            }
1326            else
1327            {
1328              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1329              fclose(fileHandle_p);
1330              return;
1331            }
1332            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1333            break;
1334          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
1335            nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;
1336            if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)
1337            {
1338              elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
1339            }
1340            else
1341            {
1342              Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
1343              fclose(fileHandle_p);
1344              return;
1345            }
1346            isCellCentered[i_data]=TRUE;
1347            break;
1348          default:
1349            sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
1350            Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
1351            fclose(fileHandle_p);
1352            return;
1353          }
1354          if (isCellCentered[i_data])
1355          {
1356            write_celldata=TRUE;
1357          }
1358          else
1359          {
1360            write_pointdata=TRUE;
1361          }
1362        }
1363    }    }
1364    /* select nomber of points and the mesh component */    /* select nomber of points and the mesh component */
1365    int numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;    numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;
1366    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1367        numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;    {
1368    } else {      numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;
1369        numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;    }
1370      else
1371      {
1372        numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;
1373    }    }
1374    if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;    if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
1375    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
1376    switch(elementtype) {    switch(elementtype)
1377      case FINLEY_ELEMENTS:    {
1378        elements=mesh_p->Elements;    case FINLEY_ELEMENTS:
1379        break;      elements=mesh_p->Elements;
1380      case FINLEY_FACE_ELEMENTS:      break;
1381        elements=mesh_p->FaceElements;    case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
1382        break;      elements=mesh_p->FaceElements;
1383      case FINLEY_POINTS:      break;
1384        elements=mesh_p->Points;    case FINLEY_POINTS:
1385        break;      elements=mesh_p->Points;
1386      case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:      break;
1387        elements=mesh_p->ContactElements;    case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
1388        break;      elements=mesh_p->ContactElements;
1389    }      break;
1390    if (elements==NULL) {    }
1391       Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");    if (elements==NULL)
1392       fclose(fileHandle_p);    {
1393       return;      Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
1394        fclose(fileHandle_p);
1395        return;
1396    }    }
1397    /* map finley element type to VTK element type */    /* map finley element type to VTK element type */
1398    int numCells = elements->numElements;      numCells = elements->numElements;
   int cellType;  
1399    ElementTypeId TypeId;    ElementTypeId TypeId;
1400    char elemTypeStr[32];    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1401    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    {
1402       TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;      TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
1403    } else {    }
1404       TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;    else
1405    }    {
1406        TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
1407    switch(TypeId) {    }
1408      case Point1:  
1409      case Line2Face:    switch(TypeId)
1410      case Line3Face:    {
1411      case Point1_Contact:    case Point1:
1412      case Line2Face_Contact:    case Line2Face:
1413      case Line3Face_Contact:    case Line3Face:
1414        cellType = VTK_VERTEX;    case Point1_Contact:
1415        numVTKNodesPerElement = 1;    case Line2Face_Contact:
1416        strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");    case Line3Face_Contact:
1417        break;      cellType = VTK_VERTEX;
1418        numVTKNodesPerElement = 1;
1419      case Line2:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
1420      case Tri3Face:      break;
1421      case Rec4Face:  
1422      case Line2_Contact:    case Line2:
1423      case Tri3_Contact:    case Tri3Face:
1424      case Tri3Face_Contact:    case Rec4Face:
1425      case Rec4Face_Contact:    case Line2_Contact:
1426        cellType = VTK_LINE;    case Tri3_Contact:
1427        numVTKNodesPerElement = 2;    case Tri3Face_Contact:
1428        strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");    case Rec4Face_Contact:
1429        break;      cellType = VTK_LINE;
1430        numVTKNodesPerElement = 2;
1431      case Tri3:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
1432      case Tet4Face:      break;
1433      case Tet4Face_Contact:  
1434        cellType = VTK_TRIANGLE;    case Tri3:
1435        numVTKNodesPerElement = 3;    case Tet4Face:
1436        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");    case Tet4Face_Contact:
1437        break;      cellType = VTK_TRIANGLE;
1438        numVTKNodesPerElement = 3;
1439      case Rec4:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
1440      case Hex8Face:      break;
1441      case Rec4_Contact:  
1442      case Hex8Face_Contact:    case Rec4:
1443        cellType = VTK_QUAD;    case Hex8Face:
1444        numVTKNodesPerElement = 4;    case Rec4_Contact:
1445        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");    case Hex8Face_Contact:
1446        break;      cellType = VTK_QUAD;
1447        numVTKNodesPerElement = 4;
1448      case Tet4:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
1449        cellType = VTK_TETRA;      break;
1450        numVTKNodesPerElement = 4;  
1451        strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");    case Tet4:
1452        break;      cellType = VTK_TETRA;
1453        numVTKNodesPerElement = 4;
1454      case Hex8:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
1455        cellType = VTK_HEXAHEDRON;      break;
1456        numVTKNodesPerElement = 8;  
1457        strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");    case Hex8:
1458        break;      cellType = VTK_HEXAHEDRON;
1459        numVTKNodesPerElement = 8;
1460      case Line3:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
1461      case Tri6Face:      break;
1462      case Rec8Face:  
1463      case Line3_Contact:    case Line3:
1464      case Tri6Face_Contact:    case Tri6Face:
1465      case Rec8Face_Contact:    case Rec8Face:
1466        cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;    case Line3_Contact:
1467        numVTKNodesPerElement = 3;    case Tri6Face_Contact:
1468        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");    case Rec8Face_Contact:
1469        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
1470        numVTKNodesPerElement = 3;
1471      case Tri6:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
1472      case Tet10Face:      break;
1473      case Tri6_Contact:  
1474      case Tet10Face_Contact:    case Tri6:
1475        cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;    case Tet10Face:
1476        numVTKNodesPerElement = 6;    case Tri6_Contact:
1477        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");    case Tet10Face_Contact:
1478        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
1479        numVTKNodesPerElement = 6;
1480      case Rec8:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
1481      case Hex20Face:      break;
1482      case Rec8_Contact:  
1483      case Hex20Face_Contact:    case Rec8:
1484        cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;    case Hex20Face:
1485        numVTKNodesPerElement = 8;    case Rec8_Contact:
1486        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");    case Hex20Face_Contact:
1487        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
1488        numVTKNodesPerElement = 8;
1489      case Tet10:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
1490        cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;      break;
1491        numVTKNodesPerElement = 10;  
1492        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");    case Tet10:
1493        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
1494        numVTKNodesPerElement = 10;
1495      case Hex20:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
1496        cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;      break;
1497        numVTKNodesPerElement = 20;  
1498        strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");    case Hex20:
1499        break;      cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
1500        numVTKNodesPerElement = 20;
1501      default:      strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
1502        sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);      break;
1503        Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
1504        fclose(fileHandle_p);    default:
1505        return;      sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
1506    }      Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1507        fclose(fileHandle_p);
1508        return;
1509      }
1510    /* xml header */    /* xml header */
1511    fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");
1512    fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");    fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");
# Line 304  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1518  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1518    fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);    fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);
1519    /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */    /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */
1520    /* "The points element explicitly defines coordinates for each point    /* "The points element explicitly defines coordinates for each point
1521     * individually.  It contains one DataArray element describing an array    * individually.  It contains one DataArray element describing an array
1522     * with three components per value, each specifying the coordinates of one    * with three components per value, each specifying the coordinates of one
1523     * point" - from Vtk User's Guide    * point" - from Vtk User's Guide
1524     */    */
1525    fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");
1526    /*    /*
1527     * the reason for this if statement is explained in the long comment below    * the reason for this if statement is explained in the long comment below
1528     */    */
1529    int nDim = mesh_p->Nodes->numDim;    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
1530    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));
1531    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate
1532       * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if    * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if
1533       * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third    * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third
1534       * dimension, and keep the visualisers happy.    * dimension, and keep the visualisers happy.
1535       * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so    * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so
1536       * that the total number of dims is 3.    * that the total number of dims is 3.
1537    */    */
1538    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1539       for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {    {
1540         if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0) {      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1541            for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);      {
1542            for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);        if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1543            fprintf(fileHandle_p, "\n");        {
1544         }          for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);
1545       }          for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);
1546    } else {          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1547       for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {        }
1548         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);      }
1549         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);    }
1550         fprintf(fileHandle_p, "\n");    else
1551       }    {
1552    }      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1553        {
1554    
1555          for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);
1556          for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);
1557          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1558        }
1559    
1560      }
1561    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1562    fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");
1563    
# Line 345  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1567  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1567    fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");    fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");
1568    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");
1569    
1570    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {    if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1571       for (i = 0; i < numCells; i++) {    {
1572          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)      for (i = 0; i < numCells; i++)
1573               fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);      {
1574          fprintf(fileHandle_p, "\n");        for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
1575       }          fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);
1576    } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {        fprintf(fileHandle_p, "\n");
1577       for (i = 0; i < numCells; i++) {      }
1578            fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",    }
1579                               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)
1580                               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],    {
1581                               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],      for (i = 0; i < numCells; i++)
1582                               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],      {
1583                               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],        fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",
1584                               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],
1585                               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],
1586                               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],
1587                               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],
1588                               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],
1589                               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],
1590                               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],
1591                               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],
1592                               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],
1593                               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],
1594                               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],
1595                               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],
1596                               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],
1597                               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],                elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],
1598                               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);                elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],
1599       }                elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],
1600    } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {                elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],
1601       for (i = 0; i < numCells; i++) {                elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],
1602          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);                elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],
1603          fprintf(fileHandle_p, "\n");                elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);
1604       }      }
1605    } else {    }
1606       for (i = 0; i < numCells; i++) {    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)
1607          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);    {
1608          fprintf(fileHandle_p, "\n");      for (i = 0; i < numCells; i++)
1609       }      {
1610    }        for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);
1611          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1612        }
1613      }
1614      else
1615      {
1616        for (i = 0; i < numCells; i++)
1617        {
1618          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);
1619          fprintf(fileHandle_p, "\n");
1620        }
1621      }
1622    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1623    
1624    /* write out the DataArray element for the offsets */    /* write out the DataArray element for the offsets */
# Line 402  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1635  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1635    fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");
1636    
1637    /* cell data */    /* cell data */
1638    if (write_celldata) {    if (write_celldata)
1639         /* mark the active data arrays */    {
1640         bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;      /* mark the active data arrays */
1641         fprintf(fileHandle_p, "<CellData");      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
1642         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {      fprintf(fileHandle_p, "<CellData");
1643              if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1644                  /* if the rank == 0:   --> scalar data      {
1645                   * if the rank == 1:   --> vector data        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
1646                   * if the rank == 2:   --> tensor data        {
1647                   */          /* if the rank == 0:   --> scalar data
1648                  switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {          * if the rank == 1:   --> vector data
1649                     case 0:          * if the rank == 2:   --> tensor data
1650                         if (! set_scalar) {          */
1651                               fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
1652                               set_scalar=TRUE;          {
1653                         }          case 0:
1654                         break;            if (! set_scalar)
1655                     case 1:            {
1656                         if (! set_vector) {              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
1657                               fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);              set_scalar=TRUE;
1658                               set_vector=TRUE;            }
1659                         }            break;
1660                         break;          case 1:
1661                     case 2:            if (! set_vector)
1662                         if (! set_tensor) {            {
1663                               fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1664                               set_tensor=TRUE;              set_vector=TRUE;
1665                         }            }
1666                         break;            break;
1667                     default:          case 2:
1668                         sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);            if (! set_tensor)
1669                         Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);            {
1670                         fclose(fileHandle_p);              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1671                         return;              set_tensor=TRUE;
1672                  }            }
1673              break;
1674            default:
1675              sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
1676              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1677              fclose(fileHandle_p);
1678              return;
1679            }
1680          }
1681        }
1682        fprintf(fileHandle_p, ">\n");
1683        /* write the arrays */
1684        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1685        {
1686          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
1687          {
1688            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1689            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1690            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1691            nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */
1692            shape=0;
1693            if (rank == 0)
1694            {
1695              nCompReqd = 1;
1696            }
1697            else if (rank == 1)
1698            {
1699              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1700              if  (shape>3)
1701              {
1702                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1703                fclose(fileHandle_p);
1704                return;
1705              }
1706              nCompReqd = 3;
1707            }
1708            else
1709            {
1710              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1711              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1712              {
1713                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1714                fclose(fileHandle_p);
1715                return;
1716              }
1717              nCompReqd = 9;
1718            }
1719            fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1720    
1721            double sampleAvg[nComp];
1722            for (i=0; i<numCells; i++)
1723            {
1724              values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
1725              /* averaging over the number of points in the sample */
1726              for (k=0; k<nComp; k++)
1727              {
1728                if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
1729                   rtmp = 0.;
1730                   for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
1731                   sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
1732                } else {
1733                   sampleAvg[k] = values[k];
1734              }              }
1735         }  
1736         fprintf(fileHandle_p, ">\n");            }
1737         /* write the arrays */            /* if the number of required components is more than the number
1738         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {            * of actual components, pad with zeros
1739            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {            */
1740               int numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;            /* probably only need to get shape of first element */
1741               int rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
1742               int nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);            if (nCompReqd == 1)
1743               int nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */            {
1744               int shape=0;              fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);
1745               if (rank == 0) {            }
1746                  nCompReqd = 1;            else if (nCompReqd == 3)
1747               } else if (rank == 1) {            {
1748                   shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              /* write out the data */
1749                   if  (shape>3) {              for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);
1750                       Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");              for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1751                       fclose(fileHandle_p);            }
1752                       return;            else if (nCompReqd == 9)
1753                   }            {
1754                   nCompReqd = 3;              /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1755               } else {              * of 9 data points */
1756                   shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              count = 0;
1757                   if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {              for (m=0; m<shape; m++)
1758                       Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");              {
1759                       fclose(fileHandle_p);                for (n=0; n<shape; n++)
1760                       return;                {
1761                   }                  fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);
1762                   nCompReqd = 9;                  count++;
1763               }                }
1764               fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);                for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1765                  }
1766           double sampleAvg[nComp];              for (m=0; m<3-shape; m++)
1767           for (i=0; i<numCells; i++) {                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1768              values = getSampleData(data_pp[i_data], i);            }
1769              /* averaging over the number of points in the sample */            fprintf(fileHandle_p, "\n");
1770              for (k=0; k<nComp; k++) {          }
1771                 rtmp = 0.;          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1772                 for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];        }
1773                 sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;      }
1774               }      fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");
              /* if the number of required components is more than the number  
               * of actual components, pad with zeros  
               */  
              /* probably only need to get shape of first element */  
              /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
              if (nCompReqd == 1) {  
                fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
              } else if (nCompReqd == 3) {  
                /* write out the data */  
                for (int m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
                for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
              } else if (nCompReqd == 9) {  
                /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
                 * of 9 data points */  
                 int count = 0;  
                 for (int m=0; m<shape; m++) {  
                   for (int n=0; n<shape; n++) {  
                      fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                      count++;  
                   }  
                   for (int n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
                 for (int m=0; m<3-shape; m++)  
                    for (int n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
               fprintf(fileHandle_p, "\n");  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
          }  
        }  
        fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");  
1775    }    }
1776    /* point data */    /* point data */
1777    if (write_pointdata) {    if (write_pointdata)
1778         /* mark the active data arrays */    {
1779         bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;      /* mark the active data arrays */
1780         fprintf(fileHandle_p, "<PointData");      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
1781         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {      fprintf(fileHandle_p, "<PointData");
1782              if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1783                  /* if the rank == 0:   --> scalar data      {
1784                   * if the rank == 1:   --> vector data        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1785                   * if the rank == 2:   --> tensor data        {
1786                   */          /* if the rank == 0:   --> scalar data
1787                  switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {          * if the rank == 1:   --> vector data
1788                     case 0:          * if the rank == 2:   --> tensor data
1789                         if (! set_scalar) {          */
1790                               fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))
1791                               set_scalar=TRUE;          {
1792                         }          case 0:
1793                         break;            if (! set_scalar)
1794                     case 1:            {
1795                         if (! set_vector) {              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);
1796                               fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);              set_scalar=TRUE;
1797                               set_vector=TRUE;            }
1798                         }            break;
1799                         break;          case 1:
1800                     case 2:            if (! set_vector)
1801                         if (! set_tensor) {            {
1802                               fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1803                               set_tensor=TRUE;              set_vector=TRUE;
1804                         }            }
1805                         break;            break;
1806                     default:          case 2:
1807                         sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);            if (! set_tensor)
1808                         Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);            {
1809                         fclose(fileHandle_p);              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
1810                         return;              set_tensor=TRUE;
1811              }
1812              break;
1813            default:
1814              sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
1815              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
1816              fclose(fileHandle_p);
1817              return;
1818            }
1819          }
1820        }
1821        fprintf(fileHandle_p, ">\n");
1822        /* write the arrays */
1823        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1824        {
1825          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1826          {
1827            numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1828            rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
1829            nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
1830            nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */
1831            shape=0;
1832            if (rank == 0)
1833            {
1834              nCompReqd = 1;
1835            }
1836            else if (rank == 1)
1837            {
1838              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1839              if  (shape>3)
1840              {
1841                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
1842                fclose(fileHandle_p);
1843                return;
1844              }
1845              nCompReqd = 3;
1846            }
1847            else
1848            {
1849              shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
1850              if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))
1851              {
1852                Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
1853                fclose(fileHandle_p);
1854                return;
1855              }
1856              nCompReqd = 9;
1857            }
1858            fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1859            /* write out the data */
1860            /* if the number of required components is more than the number
1861            * of actual components, pad with zeros
1862            */
1863            bool_t do_write=TRUE;
1864            for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
1865            {
1866              if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
1867              {
1868                if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
1869                {
1870                  switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1871                  {
1872                  case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1873                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1874                    break;
1875                  case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1876                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);
1877                    break;
1878                  case FINLEY_NODES:
1879                    values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1880                    break;
1881                  }
1882                  do_write=TRUE;
1883                }
1884                else
1885                {
1886                  do_write=FALSE;
1887                }
1888              }
1889              else
1890              {
1891                do_write=TRUE;
1892                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1893                {
1894                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1895                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1896                  break;
1897                case FINLEY_NODES:
1898                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1899                  break;
1900                }
1901              }
1902              /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
1903              if (do_write)
1904              {
1905                if (nCompReqd == 1)
1906                {
1907                  fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);
1908                }
1909                else if (nCompReqd == 3)
1910                {
1911                  for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);
1912                  for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1913                }
1914                else if (nCompReqd == 9)
1915                {
1916                  /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1917                  * of 9 data points */
1918                  count = 0;
1919                  for (m=0; m<shape; m++)
1920                  {
1921                    for (n=0; n<shape; n++)
1922                    {
1923                      fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);
1924                      count++;
1925                  }                  }
1926                    for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1927                  }
1928                  for (m=0; m<3-shape; m++)
1929                    for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);
1930              }              }
1931         }              fprintf(fileHandle_p, "\n");
1932         fprintf(fileHandle_p, ">\n");            }
1933         /* write the arrays */          }
1934         for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");
1935            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {        }
1936               int numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;      }
1937               int rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);      fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");
              int nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
              int nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
              int shape=0;  
              if (rank == 0) {  
                 nCompReqd = 1;  
              } else if (rank == 1) {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 3;  
              } else {  
                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {  
                      Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
                      fclose(fileHandle_p);  
                      return;  
                  }  
                  nCompReqd = 9;  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
          /* write out the data */  
          /* if the number of required components is more than the number  
           * of actual components, pad with zeros  
                */  
              bool_t do_write=TRUE;  
              for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {  
                if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) {  
                 if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0) {  
                        switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {  
                           case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                              values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                              break;  
                           case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                              values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                              break;  
                           case FINLEY_NODES:  
                          values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                              break;  
                        }  
                        do_write=TRUE;  
                     } else {  
                        do_write=FALSE;  
                     }  
                } else {  
                     do_write=TRUE;  
                     switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data])) {  
                        case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                       values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                           break;  
                        case FINLEY_NODES:  
                       values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                           break;  
                     }  
                }  
            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
                if (do_write) {  
               if (nCompReqd == 1) {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
               } else if (nCompReqd == 3) {  
                 for (int m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
                 for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               } else if (nCompReqd == 9) {  
                 /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
                  * of 9 data points */  
                 int count = 0;  
                 for (int m=0; m<shape; m++) {  
                   for (int n=0; n<shape; n++) {  
                     fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                     count++;  
                   }  
                   for (int n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
                 }  
                 for (int m=0; m<3-shape; m++)    
                     for (int n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
                   fprintf(fileHandle_p, "\n");  
                }  
              }  
              fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
            }  
        }  
        fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
1938    }    }
1939    /* finish off the piece */    /* finish off the piece */
1940    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");
# Line 650  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1946  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1946    fclose(fileHandle_p);    fclose(fileHandle_p);
1947    return;    return;
1948  }  }
1949    #endif
1950    

Legend:
Removed from v.155  
changed lines
  Added in v.903

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26