/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 903 by gross, Fri Nov 17 01:59:49 2006 UTC revision 1669 by gross, Thu Jul 24 01:10:04 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
23    
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25    #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    #include "paso/PasoUtil.h"
28    
29  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
30   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
31    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
32   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
33   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
35   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
36   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
37    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
38   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
39   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
40   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
41   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
42   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
43      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
44   Notable Notables:    dest_in_use+=strlen(chunk); \
  the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference  
 */  
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
45  }  }
46    
47  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
48                             Finley_Mesh *mesh_p,
49                             const dim_t num_data,
50                             char* *names_p,
51                             escriptDataC* *data_pp)
52  {  {
53    int    numPoints,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
54    numCells = -1,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
55               myRank,comm,gsize,    size_t txt_buffer_in_use;
56               numLocal,    dim_t len_txt_buffer,  max_len_names;
57               nDim,    FILE * fileHandle_p = NULL;
58               shape;    int mpi_size, i, j, cellType;
59    size_t __n;    dim_t i_data;
60    int i,j,k,m,n,count;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement;
61    int numGlobalCells = 0;    dim_t myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd;
62    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    dim_t shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
63      bool_t *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
64    /* variables associatted with write_celldata/pointdata */    bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
65    int numPointsPerSample,    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
66    nComp,    #ifdef PASO_MPI
67    nCompReqd;    int ierr;
68    double* values, rtmp;    /* int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;  */
69      const int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY | MPI_MODE_UNIQUE_OPEN;
70    // Local element info (for debugging)    MPI_File mpi_fileHandle_p;
71    size_t numLocalCells,    MPI_Status mpi_status;
72    numInternalCells,    MPI_Request mpi_req;
73    numBoundaryCells;    MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
74      #endif
75    int rank;    Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
76      int nodetype=FINLEY_NODES;
   int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;  
   
   comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;  
   myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;  
   gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;  
   
   MPI_File fh;  
   MPI_Status status;  
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
77    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
78    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
79      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
80    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
81      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
   numLocalNodes,  
   numBoundaryNodes,  
   localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain  
   
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element index into the global array  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   
   struct localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
   
   //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[15];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   
   // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)  
   // Note the implicit assumption on the variable "tsz"  
   int __len,__j;  
   char  *zero = "0.000000e+00 ";  
   char  *newline = "\n";  
     
 #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \  
 {                  \  
    __len = strlen(chunk); \  
    __j = -1;      \  
    while(__j++ < __len)  \  
     *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \  
    tsz+=__len;              \  
 }  
82        
83    // Loop over all nodes      
84    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)    /****************************************/
85    {    /*                                      */
86      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /*       tags in the vtk file           */
87      // correspondance between nodes and Degrees of freedom  
88      //TODO: handle periodic BC's    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
89      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
90                        "<UnstructuredGrid>\n" \
91      // Is this node local to the domain ?                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
92      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<Points>\n" \
93      {                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
94        for (j = 0; j < nDim; j++)    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
95        {    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
96          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
97          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
98        }    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
99        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
100        {    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
101          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
102        }    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
   
   nodeCache.size=numNodesOutput;  
103    
104    largebuf[tsz] = '\0';    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
105    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    /* if there is no mesh we just return */
106    MEMFREE(largebuf);    if (mesh_p==NULL) return;
   
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
   
   // form distribution info on who output which nodes  
   vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );  
   vtxdist[0]=0;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
   }  
107    
108    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
109    // send local info    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
110    forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
     
111    
112        if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
113    MEMFREE(vtxdist);          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
114    MEMFREE(DOFNodes);          return;  
   MEMFREE(backwardBuffer);  
   MEMFREE(forwardBuffer);  
   
   if( myRank == 0)  
   {  
     char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \  
                  "format=\"ascii\">\n" ;  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
115    }    }
116    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    /*************************************************************************************/
   
   /* BEGIN CONNECTIVITY */  
   
   int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */  
117    
118    // Collective    /* open the file and check handle */
   MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")  
119    
120    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    if (mpi_size > 1) {
121    largebuf = MEMALLOC(sz,char);          #ifdef PASO_MPI
122    largebuf[0] = '\0';            /* Collective Call */
123    tsz=0;            #ifdef MPIO_HINTS
124    pos = 0;              MPI_Info_create(&mpi_info);
125    // numCells?              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
126    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
127    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
128    {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
129      for (i = 0; i < numCells; i++)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
130      {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
131                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
132        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )            
133        {              /*XFS only */
134          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)              /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
135          {            #endif
136            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);            if ( my_mpi_rank == 0) {
137            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)                if  (Paso_fileExists(filename_p)) remove(filename_p);
138          }            }
139          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)            ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
140          elementCache.values[pos++]=i;            if (ierr != MPI_SUCCESS) {
141        }            perror(filename_p);
142      }                sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing in parallel.", filename_p);
143    }                Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
144    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)            } else {
145    {               MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
146      char tmpbuf2[20*20*2];            }
147            #endif
148      for (i = 0; i < numCells; i++)    } else {
149      {          fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
150        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)          if (fileHandle_p==NULL) {
151        {             sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
152          sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",             Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
153                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],           }
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
154    }    }
155    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)    if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
156    {    /*************************************************************************************/
157    
158      for (i = 0; i < numCells; i++)    /* find the mesh type to be written */
159      {  
160        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
161        {    max_len_names=0;
162          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
163          {       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
164            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);       elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
165            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
166          }         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
167          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
168          elementCache.values[pos++]=i;           case FINLEY_NODES:
169        }             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
170      }             isCellCentered[i_data]=FALSE;
171    }             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
172    else               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
173    {             } else {
174      for(i = 0;i  < numCells ; i++)               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
175      {             }
176        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)             break;
177        {           case FINLEY_REDUCED_NODES:
178          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)             nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
179          {             isCellCentered[i_data]=FALSE;
180            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
181            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
182               } else {
183                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
184               }
185               break;
186             case FINLEY_ELEMENTS:
187             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
188               isCellCentered[i_data]=TRUE;
189               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
190                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
191               } else {
192                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
193               }
194               break;
195             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
196             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
197               isCellCentered[i_data]=TRUE;
198               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
199                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
200               } else {
201                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
202               }
203               break;
204             case FINLEY_POINTS:
205               isCellCentered[i_data]=TRUE;
206               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
207                 elementtype=FINLEY_POINTS;
208               } else {
209                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
210               }
211               break;
212             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
213             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
214               isCellCentered[i_data]=TRUE;
215               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
216                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
217               } else {
218                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
219               }
220               break;
221             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
222             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
223               isCellCentered[i_data]=TRUE;
224               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
225                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
226               } else {
227                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
228               }
229               break;
230             default:
231               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
232               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
233             }
234             if (isCellCentered[i_data]) {
235               write_celldata=TRUE;
236             } else {
237               write_pointdata=TRUE;
238             }
239             max_len_names =MAX(max_len_names,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
240           }
241         }
242         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
243      }
244      if (Finley_noError()) {
245    
246         /***************************************/
247    
248         /* select number of points and the mesh component */
249      
250         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
251            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
252            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
253            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
254            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
255         } else {
256            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
257            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
258            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
259            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
260         }
261         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
262         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
263         switch(elementtype) {
264           case FINLEY_ELEMENTS:
265              elements=mesh_p->Elements;
266              break;
267            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
268              elements=mesh_p->FaceElements;
269              break;
270            case FINLEY_POINTS:
271              elements=mesh_p->Points;
272              break;
273            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
274              elements=mesh_p->ContactElements;
275              break;
276         }
277         if (elements==NULL) {
278           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
279         } else {
280           /* map finley element type to VTK element type */
281           numCells = elements->numElements;
282           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
283           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
284           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
285           NN = elements->numNodes;
286           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
287              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
288           } else {
289              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
290           }
291           switch(TypeId) {
292            case Point1:
293            case Line2Face:
294            case Line3Face:
295            case Point1_Contact:
296            case Line2Face_Contact:
297            case Line3Face_Contact:
298              numCellFactor=1;
299              cellType = VTK_VERTEX;
300              numVTKNodesPerElement = 1;
301              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
302              break;
303          
304            case Line2:
305            case Tri3Face:
306            case Rec4Face:
307            case Line2_Contact:
308            case Tri3_Contact:
309            case Tri3Face_Contact:
310            case Rec4Face_Contact:
311              numCellFactor=1;
312              cellType = VTK_LINE;
313              numVTKNodesPerElement = 2;
314              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
315              break;
316          
317            case Tri3:
318            case Tet4Face:
319            case Tet4Face_Contact:
320              numCellFactor=1;
321              cellType = VTK_TRIANGLE;
322              numVTKNodesPerElement = 3;
323              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
324              break;
325          
326            case Rec4:
327            case Hex8Face:
328            case Rec4_Contact:
329            case Hex8Face_Contact:
330              numCellFactor=1;
331              cellType = VTK_QUAD;
332              numVTKNodesPerElement = 4;
333              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
334              break;
335          
336            case Tet4:
337              numCellFactor=1;
338              cellType = VTK_TETRA;
339              numVTKNodesPerElement = 4;
340              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
341              break;
342          
343            case Hex8:
344              numCellFactor=1;
345              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
346              numVTKNodesPerElement = 8;
347              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
348              break;
349          
350            case Line3:
351            case Tri6Face:
352            case Rec8Face:
353            case Line3_Contact:
354            case Tri6Face_Contact:
355            case Rec8Face_Contact:
356              numCellFactor=1;
357              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
358              numVTKNodesPerElement = 3;
359              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
360              break;
361          
362            case Tri6:
363            case Tet10Face:
364            case Tri6_Contact:
365            case Tet10Face_Contact:
366              numCellFactor=1;
367              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
368              numVTKNodesPerElement = 6;
369              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
370              break;
371          
372            case Rec8:
373            case Hex20Face:
374            case Rec8_Contact:
375            case Hex20Face_Contact:
376              numCellFactor=1;
377              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
378              numVTKNodesPerElement = 8;
379              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
380              break;
381          
382            case Tet10:
383              numCellFactor=1;
384              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
385              numVTKNodesPerElement = 10;
386              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
387              break;
388          
389            case Hex20:
390              numCellFactor=1;
391              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
392              numVTKNodesPerElement = 20;
393              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
394              break;
395          
396            default:
397              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
398              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
399          }          }
400          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)       }
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
401    }    }
402      /***************************************/
403    
404    elementCache.size = pos;    /***************************************/
405      /*                                     */
406      /*   allocate text buffer              */
407      /*                                     */
408      max_name_len=0;
409      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
410      len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
411      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
412      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
413      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
414      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, (dim_t)strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
415      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
416      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
417      txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
418      Finley_checkPtr(txt_buffer);
419      
420      if (Finley_noError()) {
421    
422    largebuf[tsz] = '\0';       /* select number of points and the mesh component */
   MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);  
   MEMFREE(largebuf);  
   MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")  
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     // allocate an upper bound on number of bytes needed    
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;    
     tsz = 0;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // re-using buffer!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
423    
424    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
425    
426    // Write Cell data header Tags        if (mpi_size > 1) {
427    if(myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
428    {              #ifdef PASO_MPI
429      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
430      if( write_celldata)                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
431      {              #endif
432        char tmpBuf[80];            }
433        char header[600];        } else {
434        // mark the active data arrays           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
435        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        }
436        sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
437        strcat(header,tmpBuf);        /* write the nodes */
438        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
439        {        if (mpi_size > 1) {
440          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
441          {           txt_buffer[0] = '\0';
442            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
443            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
444            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
445                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
446                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
447                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
448                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
449                                        0.);
450                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
451                   }
452                }      
453             } else {
454                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
455                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
456                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
457                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
458                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
459                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
460                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
461                   }
462                }    
463      
464             }
465             #ifdef PASO_MPI
466                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
467             #endif    
468          } else {
469             if (nDim==2) {
470                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
471                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
472                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
473                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
474                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
475                                          0.);
476                   }
477                }      
478             } else {
479                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
480                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
481                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
482                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
483                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
484                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
485                   }
486                }    
487      
488             }
489          }
490    
491          /* close the Points and open connectivity */
492    
493          if (mpi_size > 1) {
494              if ( my_mpi_rank == 0) {
495                 #ifdef PASO_MPI
496                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
497                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
498                 #endif
499              }
500          } else {
501             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
502          }
503    
504         /* write the cells */
505         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
506            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
507         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
508            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
509         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
510            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
511         } else {
512            node_index=NULL;
513         }
514    
515         if ( mpi_size > 1) {
516            txt_buffer[0] = '\0';
517            txt_buffer_in_use=0;
518            if (node_index == NULL) {
519               for (i = 0; i < numCells; i++) {
520                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
521                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
522                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
523                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
524                     }
525                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
526                  }
527               }
528            } else {
529               for (i = 0; i < numCells; i++) {
530                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
531                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
532                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
533                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
534                     }
535                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
536                  }
537               }
538            }
539            #ifdef PASO_MPI
540               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
541            #endif    
542         } else {
543            if (node_index == NULL) {
544               for (i = 0; i < numCells; i++) {
545                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
546                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
547                   }
548                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
549               }
550            } else {
551               for (i = 0; i < numCells; i++) {
552                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
553                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
554                   }
555                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
556               }
557            }
558    
559         }
560        
561         /* finalize the connection and start the offset section */
562         if (mpi_size > 1) {
563            if( my_mpi_rank == 0) {
564               #ifdef PASO_MPI
565                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
566                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
567               #endif
568            }
569         } else {
570            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
571         }
572    
573        /* write the offsets */
574          
575         if ( mpi_size > 1) {
576            txt_buffer[0] = '\0';
577            txt_buffer_in_use=0;
578            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
579               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
580               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
581             }
582             #ifdef PASO_MPI
583                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
584             #endif    
585         } else {
586            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
587               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
588            }
589        
590         }
591         /* finalize the offset section and start the type section */
592         if ( mpi_size > 1) {
593            if ( my_mpi_rank == 0) {
594               #ifdef PASO_MPI
595                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
596                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
597               #endif
598            }
599        } else {
600           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
601        }
602         /* write element type */
603         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
604         if ( mpi_size > 1) {
605            txt_buffer[0] = '\0';
606            txt_buffer_in_use=0;
607            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
608             #ifdef PASO_MPI
609                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
610             #endif    
611         } else {
612            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
613         }
614         /* finalize cell information */
615         if ( mpi_size > 1) {
616            if ( my_mpi_rank == 0) {
617               #ifdef PASO_MPI
618                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
619                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
620               #endif
621            }
622        } else {
623           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
624        }
625     }
626    
627     /* Write cell data */
628     if (write_celldata && Finley_noError()) {
629          /* mark the active data arrays */
630          txt_buffer[0] = '\0';
631          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
632          strcat(txt_buffer, "<CellData");
633          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
634            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
635              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
636              /* if the rank == 1:   --> vector data */
637              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
638    
639            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
640            case 0:            case 0:
641              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
642              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
643                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
644                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
645                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
646              }              }
647              break;              break;
648            case 1:            case 1:
649              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
650              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
651                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
652            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
653                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
654              }              }
655              break;              break;
656            case 2:            case 2:
657              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
658              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
659                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
660            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
661                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
662              }              }
663              break;              break;
# Line 799  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 668  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
668            }            }
669          }          }
670        }        }
671        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
672        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
673        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
674      }             #ifdef PASO_MPI
675    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
676                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
677    // write actual data (collective)             #endif
678    if(write_celldata)          }
679    {        } else {
680      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
681      {        }
682        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
683        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
684          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
685          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
686          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
687          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
688          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
689          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
690          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
691            nCompReqd = 1;              shape=0;
692          }              if (rank == 0) {
693          else if (rank == 1)                nCompReqd = 1;
694          {              } else if (rank == 1) {
695            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
696            if  (shape>3)                if  (shape>3) {
697            {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
         // Write the actual data  
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         size_t tsz = 0;  
   
         double sampleAvg[nComp];  
   
         for (k=0; k<elementCache.size; k++)  
         {  
           i = elementCache.values[k];  
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (n=0; n<nComp; n++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];  
                sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;  
             } else {  
                sampleAvg[n] = values[n];  
             }  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             // write out the data  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
             {  
               __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
             }  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             // of 9 data points  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
698                }                }
699              }                nCompReqd = 3;
700              for (m=0; m<3-shape; m++)              } else {
701                for (n=0; n<3; n++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
702                {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
703                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
704                }                }
705            }                nCompReqd = 9;
706            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)              }
707          }              if (Finley_noError()) {
708          largebuf[tsz] = '\0';                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
709          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);                 if ( mpi_size > 1) {
710          MEMFREE(largebuf);                   if ( my_mpi_rank == 0) {
711          if( myRank == 0)                      #ifdef PASO_MPI
712          {                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
713            char *tag = "</DataArray>\n";                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
714            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);                      #endif
715            MPI_Wait(&req,&status);                   }
716                   } else {
717                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
718                   }
719                   for (i=0; i<numCells; i++) {
720                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
721                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
722                          /* averaging over the number of points in the sample */
723                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
724                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
725                               rtmp = 0.;
726                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
727                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
728                            } else {
729                               sampleAvg[k] = values[k];
730                            }
731                          }
732                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
733                          * of actual components, pad with zeros
734                          */
735                          /* probably only need to get shape of first element */
736                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
737                          if (nCompReqd == 1) {
738                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
739                          } else if (nCompReqd == 3) {
740                            if (shape==1) {
741                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
742                            } else if (shape==2) {
743                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
744                            } else if (shape==3) {
745                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
746                            }
747                          } else if (nCompReqd == 9) {
748                            if (shape==1) {
749                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
750                                                                    0.,0.,0.,
751                                                                    0.,0.,0.);
752                            } else if (shape==2) {
753                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
754                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
755                                                                    0.,0.,0.);
756                            } else if (shape==3) {
757                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
758                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
759                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
760                            }
761                          }
762                          if ( mpi_size > 1) {
763                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
764                          } else {
765                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
766                          }
767                      }
768                   }
769                   if ( mpi_size > 1) {
770                         #ifdef PASO_MPI
771                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
772                         #endif    
773                         if ( my_mpi_rank == 0) {
774                            #ifdef PASO_MPI
775                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
776                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
777                            #endif
778                         }
779                   } else {
780                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
781                   }
782                }
783             }
784          }
785          if ( mpi_size > 1) {
786            if ( my_mpi_rank == 0) {
787               #ifdef PASO_MPI
788                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
789                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
790               #endif
791          }          }
792          } else {
793              fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
794        }        }
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")  
795    }    }
796      /* point data */
797      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
798          /* mark the active data arrays */
799          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
800          txt_buffer[0] = '\0';
801          strcat(txt_buffer, "<PointData");
802          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
803            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
804              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
805              /* if the rank == 1:   --> vector data */
806              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
807    
808              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
   // Write Point Data Header Tags  
   if( myRank == 0)  
   {  
     char header[600];  
     char tmpBuf[50];  
   
     if (write_pointdata)  
     {  
       MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")  
       // mark the active data arrays  
       bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
       sprintf(header, "<PointData");  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
   
           switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
           {  
809            case 0:            case 0:
810              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
811              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
812                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
813                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
814                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
815              }              }
816              break;              break;
817            case 1:            case 1:
818              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
819              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
820                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
821                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
822                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
823              }              }
824              break;              break;
825            case 2:            case 2:
826              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
827              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
828                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
829                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
830                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
831              }              }
832              break;              break;
# Line 1000  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 837  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
837            }            }
838          }          }
839        }        }
840        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
841        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
842        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
843      }             #ifdef PASO_MPI
844    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
845                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
846    // write actual data             #endif
847    if(write_pointdata)          }
848    {        } else {
849      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
850      {        }
851        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
852        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
853          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
854          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
855          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
856          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
857          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
858          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
859          {              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
860            nCompReqd = 1;                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
         // write out the data  
         // if the number of required components is more than the number  
         // of actual components, pad with zeros  
   
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         bool_t do_write=TRUE;  
         size_t tsz = 0;  
   
         for(k=0;k < nodeCache.size;k++)  
         {  
           i = nodeCache.values[k];  
   
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
   
                 sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
               }  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);  
                   __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
             }  
             __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
   
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
       }  
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
   }  
   // end write_pointdata  
   
   // tag and bag...    
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS  
 #endif  
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 #undef __STRCAT  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd;  
   
   index_t j2;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   
   /* open the file and check handle */  
   
   FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   }  
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   Finley_ElementFile* elements=NULL;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   ElementTypeId TypeId;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         double sampleAvg[nComp];  
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<nComp; k++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
861              } else {              } else {
862                 sampleAvg[k] = values[k];                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
863              }              }
864                nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
865            }              shape=0;
866            /* if the number of required components is more than the number              if (rank == 0) {
867            * of actual components, pad with zeros                nCompReqd = 1;
868            */              } else if (rank == 1) {
869            /* probably only need to get shape of first element */                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
870            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */                if  (shape>3) {
871            if (nCompReqd == 1)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
872                }                }
873                for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                nCompReqd = 3;
874              }              } else {
875              for (m=0; m<3-shape; m++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
876                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
877            }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
878            fprintf(fileHandle_p, "\n");                }
879          }                nCompReqd = 9;
880          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");              }
881        }              if (Finley_noError()) {
882      }                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
883      fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");                 if ( mpi_size > 1) {
884    }                   if ( my_mpi_rank == 0) {
885    /* point data */                      #ifdef PASO_MPI
886    if (write_pointdata)                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
887    {                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
888      /* mark the active data arrays */                      #endif
889      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;                   }
890      fprintf(fileHandle_p, "<PointData");                 } else {
891      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
892      {                 }
893        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])                 for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
894        {                    k=globalNodeIndex[i];
895          /* if the rank == 0:   --> scalar data                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
896          * if the rank == 1:   --> vector data                       values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
897          * if the rank == 2:   --> tensor data                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
898          */                       * of actual components, pad with zeros
899          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))                       */
900          {                       /* probably only need to get shape of first element */
901          case 0:                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
902            if (! set_scalar)                       if (nCompReqd == 1) {
903            {                         sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
904              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                       } else if (nCompReqd == 3) {
905              set_scalar=TRUE;                         if (shape==1) {
906            }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
907            break;                         } else if (shape==2) {
908          case 1:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
909            if (! set_vector)                         } else if (shape==3) {
910            {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
911              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                         }
912              set_vector=TRUE;                       } else if (nCompReqd == 9) {
913            }                         if (shape==1) {
914            break;                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
915          case 2:                                                                 0.,0.,0.,
916            if (! set_tensor)                                                                 0.,0.,0.);
917            {                         } else if (shape==2) {
918              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
919              set_tensor=TRUE;                                                                 values[2],values[3],0.,
920            }                                                                 0.,0.,0.);
921            break;                         } else if (shape==3) {
922          default:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
923            sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);                                                                 values[3],values[4],values[5],
924            Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                                                                 values[6],values[7],values[8]);
925            fclose(fileHandle_p);                         }
926            return;                       }
927          }                       if ( mpi_size > 1) {
928        }                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
929      }                       } else {
930      fprintf(fileHandle_p, ">\n");                         fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
931      /* write the arrays */                       }
932      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)                    }
933      {                 }
934        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])                 if ( mpi_size > 1) {
935        {                     #ifdef PASO_MPI
936          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;                       MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
937          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);                     #endif    
938          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);                     if ( my_mpi_rank == 0) {
939          nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */                        #ifdef PASO_MPI
940          shape=0;                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
941          if (rank == 0)                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
942          {                        #endif
943            nCompReqd = 1;                     }
944          }                 } else {
945          else if (rank == 1)                    fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
946          {                 }
947            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              }
948            if  (shape>3)            }
949            {          }
950              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");          if ( mpi_size > 1) {
951              fclose(fileHandle_p);            if ( my_mpi_rank == 0) {
952              return;               #ifdef PASO_MPI
953            }                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_PointData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
954            nCompReqd = 3;                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
955          }               #endif
956          else            }
957          {          } else {
958            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
959            if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))          }
960            {    }
961              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");    if (Finley_noError()) {
962              fclose(fileHandle_p);       if ( mpi_size > 1) {
963              return;         if ( my_mpi_rank == 0) {
964            }            #ifdef PASO_MPI
965            nCompReqd = 9;               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
966          }               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
967          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);               #ifdef MPIO_HINTS
968          /* write out the data */                 MPI_Info_free(&mpi_info);
969          /* if the number of required components is more than the number                 #undef MPIO_HINTS
970          * of actual components, pad with zeros               #endif
971          */            #endif
972          bool_t do_write=TRUE;          }
973          for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)          #ifdef PASO_MPI
974          {             MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
975            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)          #endif
976            {       } else {
977              if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)           fprintf(fileHandle_p,footer);
978              {           fclose(fileHandle_p);
979                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))       }
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               * of 9 data points */  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
                 for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             fprintf(fileHandle_p, "\n");  
           }  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
980    }    }
981    /* finish off the piece */    TMPMEMFREE(isCellCentered);
982    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");    TMPMEMFREE(txt_buffer);
   
   fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");  
   /* write the xml footer */  
   fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");  
   /* close the file */  
   fclose(fileHandle_p);  
983    return;    return;
984  }  }
 #endif  
   

Legend:
Removed from v.903  
changed lines
  Added in v.1669

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26