/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 794 by dhawcroft, Sun Jul 30 03:45:01 2006 UTC revision 903 by gross, Fri Nov 17 01:59:49 2006 UTC
# Line 42  Line 42 
42   Individual process data is copied to a buffer before being written   Individual process data is copied to a buffer before being written
43   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural
44   ordering i.e 0 to maxProcs-1.   ordering i.e 0 to maxProcs-1.
45    
46     Notable Notables:
47     the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference
48  */  */
49    
50  #ifdef PASO_MPI  #ifdef PASO_MPI
# Line 66  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 68  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
68               numLocal,               numLocal,
69               nDim,               nDim,
70               shape;               shape;
71      size_t __n;
   int* failSend;  
72    int i,j,k,m,n,count;    int i,j,k,m,n,count;
73    int numGlobalCells = 0;    int numGlobalCells = 0;
74    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK
# Line 80  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 81  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
81    
82    // Local element info (for debugging)    // Local element info (for debugging)
83    size_t numLocalCells,    size_t numLocalCells,
84          numInternalCells,    numInternalCells,
85          numBoundaryCells;    numBoundaryCells;
86    
87    int rank;    int rank;
88    
# Line 115  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 116  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
116    
117    // Local node info    // Local node info
118    int numInternalNodes,    int numInternalNodes,
119        numLocalNodes,    numLocalNodes,
120        numBoundaryNodes,    numBoundaryNodes,
121        localDOF;    localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain
122          
123    
124    nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;    nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;
125    
# Line 138  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 139  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
139    infoHints = MPI_INFO_NULL;    infoHints = MPI_INFO_NULL;
140  #endif  #endif
141    
142    // Holds a local node/element values to help minimize the number of times we need to loop & test    // Holds a local node/element index into the global array
143    struct localIndexCache    struct localIndexCache
144    {    {
145      index_t *values;      index_t *values;
146      int size;      int size;
147    };    };
   typedef struct localIndexCache localIndexCache;  
148    
149    localIndexCache nodeCache,    struct localIndexCache nodeCache,
150            elementCache;            elementCache;
151    
152    // Collective Call    // Collective Call
# Line 452  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 452  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
452              "<UnstructuredGrid>\n" \              "<UnstructuredGrid>\n" \
453              "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \              "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
454              "<Points>\n" \              "<Points>\n" \
455              "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n"              "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"
456              ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));              ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));
457    
458    
# Line 463  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 463  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
463    MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")    MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")
464    
465    numLocalNodes=localDOF;    numLocalNodes=localDOF;
466      
467    //  values vary from 13-14 chars hence the strlen()    //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()
468    char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*14*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);    char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);
469    largebuf[0] = '\0';    largebuf[0] = '\0';
470    char tmpbuf[14];    char tmpbuf[15];
471    int tsz=0;    int tsz=0;
472    int numNodesOutput=0;    int numNodesOutput=0;
473    index_t pos=0;    index_t pos=0;
# Line 475  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 475  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
475    index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;    index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;
476    
477    DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);    DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);
478    nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);    nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);
479    index_t bc_pos = 0;    index_t bc_pos = 0;
480    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
481      // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)
482      // Note the implicit assumption on the variable "tsz"
483      int __len,__j;
484      char  *zero = "0.000000e+00 ";
485      char  *newline = "\n";
486      
487    #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \
488    {                  \
489       __len = strlen(chunk); \
490       __j = -1;      \
491       while(__j++ < __len)  \
492        *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \
493       tsz+=__len;              \
494    }
495        
496      // Loop over all nodes    
497      for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)
498    {    {
499      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one
500      // correspondance between nodes and Degrees of freedom      // correspondance between nodes and Degrees of freedom
501        //TODO: handle periodic BC's
502      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;
503        
504      /* local node ?*/      // Is this node local to the domain ?
505      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )
506      {      {
507        for (j = 0; j < nDim; j++)        for (j = 0; j < nDim; j++)
508        {        {
509          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );
510          tsz += strlen(tmpbuf);          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
         strcat(largebuf,tmpbuf);  
511        }        }
512        for (k=0; k<3-nDim; k++)        for (k=0; k<3-nDim; k++)
513        {        {
514          strcat(largebuf,"0.000000e+00 ");          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
         tsz+=13;  
515        }        }
516        strcat(largebuf,"\n");        __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
       tsz += 1;  
517        nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;        nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;
518      }      }
519    }    }
520    
521    nodeCache.size=numNodesOutput;    nodeCache.size=numNodesOutput;
522    
523      largebuf[tsz] = '\0';
524    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
525    MEMFREE(largebuf);    MEMFREE(largebuf);
526    
527    nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);    nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);
528    
529    // form distribution info on who output which nodes    // form distribution info on who output which nodes
# Line 552  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 567  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
567      {      {
568        Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));        Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));
569        Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );        Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );
570          /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */
571        for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )        for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )
572          nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];          nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];
573      }      }
574    }    }
575      
576    
577      
578    MEMFREE(vtxdist);    MEMFREE(vtxdist);
579    MEMFREE(DOFNodes);    MEMFREE(DOFNodes);
580    MEMFREE(backwardBuffer);    MEMFREE(backwardBuffer);
# Line 577  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 595  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
595    
596    // Collective    // Collective
597    MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")    MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")
598      
   // TODO: Improve on upper bound  
599    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;
600    char *cellBuf = MEMALLOC(sz,char);    largebuf = MEMALLOC(sz,char);
601    cellBuf[0] = '\0';    largebuf[0] = '\0';
602    tsz=0;    tsz=0;
603    pos = 0;    pos = 0;
604    // numCells?    // numCells?
# Line 590  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 607  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
607    {    {
608      for (i = 0; i < numCells; i++)      for (i = 0; i < numCells; i++)
609      {      {
610    
611        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
612        {        {
613          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
614          {          {
615            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);
616            tsz+=strlen(tmpbuf);            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
           strcat(largebuf,tmpbuf);  
617          }          }
618          strcat(largebuf, "\n");          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
         tsz+=1;  
   
619          elementCache.values[pos++]=i;          elementCache.values[pos++]=i;
620        }        }
621      }      }
622    }    }
623    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)
624    {    {
625      char tmpbuf2[20*20];      char tmpbuf2[20*20*2];
626    
627      for (i = 0; i < numCells; i++)      for (i = 0; i < numCells; i++)
628      {      {
   
629        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
630        {        {
631          sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",          sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",
# Line 634  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 649  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
649                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],
650                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],
651                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);                  nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);
652          tsz+=strlen(tmpbuf2);          __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)
         strcat(largebuf,tmpbuf2);  
653          elementCache.values[pos++]=i;          elementCache.values[pos++]=i;
654        }        }
655      }      }
656    }    }
657    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)
658    {    {
659    
660      for (i = 0; i < numCells; i++)      for (i = 0; i < numCells; i++)
661      {      {
662        for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )
663        {        {
664          sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
665          tsz+=strlen(tmpbuf);          {
666          strcat(largebuf,tmpbuf);            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);
667              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
668            }
669            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
670            elementCache.values[pos++]=i;
671        }        }
       strcat(largebuf, "\n");  
       tsz+=1;  
       elementCache.values[pos++]=i;  
672      }      }
673    }    }
674    else    else
675      {
676      for(i = 0;i  < numCells ; i++)      for(i = 0;i  < numCells ; i++)
677      {      {
       // is this element in domain of process with "myRank"  
678        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)
679        {        {
680          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)
681          {          {
682            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );
683            tsz += strlen(tmpbuf);            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
           strcat(cellBuf,tmpbuf);  
684          }          }
685          strcat(cellBuf,"\n");          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
         tsz+=1;  
686          elementCache.values[pos++]=i;          elementCache.values[pos++]=i;
687        }        }
688      }      }
689      }
690    
691    elementCache.size = pos;    elementCache.size = pos;
692      
693    MPI_File_write_ordered(fh, cellBuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    largebuf[tsz] = '\0';
694    MEMFREE(cellBuf);    MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);
695      MEMFREE(largebuf);
696    MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")    MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")
697    MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")    MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")
698    
# Line 691  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 707  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
707    
708      int n = numVTKNodesPerElement;      int n = numVTKNodesPerElement;
709    
710        // allocate an upper bound on number of bytes needed  
711      int sz=0;      int sz=0;
712      int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;      int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;
713      sz += numGlobalCells*lg;      sz += numGlobalCells*lg;
714      sz += numGlobalCells;      sz += numGlobalCells;  
715        tsz = 0;
716    
717      char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);      char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);
718      largebuf[0] ='\0';      largebuf[0] ='\0';
719      char tmp[10];      char tmp[10];
720      strcat(largebuf,tag1);      __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)
     int tsz = strlen(tag1) + strlen(tag2);  
721      for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)      for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)
722      {      {
723        sprintf(tmp,"%d\n", i);        sprintf(tmp,"%d\n", i);
724        tsz += strlen(tmp);        __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
       strcat(largebuf,tmp);  
725      }      }
726      strcat(largebuf,tag2);      __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)
727        largebuf[tsz] = '\0';
728      MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);      MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);
729      MPI_Wait(&req,&status);      MPI_Wait(&req,&status);
730    
731      // Re-using buffer!!      // re-using buffer!
732      largebuf[0] = '\0';      largebuf[0] = '\0';
733      tsz = 0;      tsz = 0;
734      strcat(largebuf,tag3);      __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)
735      for (i=0; i<numGlobalCells; i++)      for (i=0; i<numGlobalCells; i++)
736      {      {
737        sprintf(tmp, "%d\n", cellType);        sprintf(tmp, "%d\n", cellType);
738        tsz+=strlen(tmp);        __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)
       strcat(largebuf,tmp);  
739      }      }
740      strcat(largebuf,tag4);      __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)
741      MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz+strlen(tag3)+strlen(tag4),MPI_CHAR,&req);      largebuf[tsz] = '\0';
742        MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);
743      MPI_Wait(&req,&status);      MPI_Wait(&req,&status);
744      MEMFREE(largebuf);      MEMFREE(largebuf);
745    }    }
746    
747    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")
748    
749    // Write Point Data Header Tags    // Write Cell data header Tags
750    if( myRank == 0)    if(myRank == 0)
751    {    {
752      char header[600];      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")
753      char tmpBuf[50];      if( write_celldata)
   
     if (write_pointdata)  
754      {      {
755        MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")        char tmpBuf[80];
756          char header[600];
757        // mark the active data arrays        // mark the active data arrays
758        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
759        sprintf(header, "<PointData");        sprintf(tmpBuf, "<CellData");
760          strcat(header,tmpBuf);
761        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
762        {        {
763          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
764          {          {
765            // if the rank == 0:   --> scalar data            // if the rank == 0:   --> scalar data
766            // if the rank == 1:   --> vector data            // if the rank == 1:   --> vector data
# Line 763  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 780  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
780              if (! set_vector)              if (! set_vector)
781              {              {
782                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
783                strcat(header,tmpBuf);            strcat(header,tmpBuf);
784                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
785              }              }
786              break;              break;
# Line 771  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 788  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
788              if (! set_tensor)              if (! set_tensor)
789              {              {
790                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
791                strcat(header,tmpBuf);            strcat(header,tmpBuf);
792                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
793              }              }
794              break;              break;
# Line 788  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 805  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
805      }      }
806    }    }
807    
808    // write actual data    // write actual data (collective)
809    if(write_pointdata)    if(write_celldata)
810    {    {
811      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
812      {      {
813        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])
814        {        {
815          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
816          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
# Line 828  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 845  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
845          if( myRank == 0)          if( myRank == 0)
846          {          {
847            char header[250];            char header[250];
848            sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);            sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
849            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
850            MPI_Wait(&req,&status);            MPI_Wait(&req,&status);
851          }          }
         // write out the data  
         // if the number of required components is more than the number  
         // of actual components, pad with zeros  
852    
853          char tmpbuf[14];          // Write the actual data
854          char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*14 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 14,char);          char tmpbuf[15];
855            char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
856          largebuf[0] = '\0';          largebuf[0] = '\0';
         bool_t do_write=TRUE;  
857          size_t tsz = 0;          size_t tsz = 0;
858    
859          for(k=0;k < nodeCache.size;k++)          double sampleAvg[nComp];
860    
861            for (k=0; k<elementCache.size; k++)
862          {          {
863            i = nodeCache.values[k];            i = elementCache.values[k];
864    
865            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)            values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
866              // averaging over the number of points in the sample
867              for (n=0; n<nComp; n++)
868            {            {
869              if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)              if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
870              {                 rtmp = 0.;
871                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                 for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];
872                {                 sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;
873                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:              } else {
874                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                 sampleAvg[n] = values[n];
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
875              }              }
876            }            }
877            else            // if the number of required components is more than the number
878              // of actual components, pad with zeros
879    
880              // probably only need to get shape of first element
881              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
882              if (nCompReqd == 1)
883            {            {
884              do_write=TRUE;              sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);
885              switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))              __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
886            }            }
887            // write the data different ways for scalar, vector and tensor            else if (nCompReqd == 3)
           if (do_write)  
888            {            {
889              if (nCompReqd == 1)              // write out the data
890                for (m=0; m<shape; m++)
891              {              {
892                sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);                sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);
893                tsz+=strlen(tmpbuf);                __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
               strcat(largebuf,tmpbuf);  
894              }              }
895              else if (nCompReqd == 3)              for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
896              {              {
897                for (m=0; m<shape; m++)                __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
               {  
                 sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);  
                 tsz += strlen(tmpbuf);  
                 strcat(largebuf,tmpbuf);  
               }  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
               {  
                 tsz+=13;  
                 strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
               }  
898              }              }
899              else if (nCompReqd == 9)            }
900              else if (nCompReqd == 9)
901              {
902                // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
903                // of 9 data points
904                count = 0;
905                for (m=0; m<shape; m++)
906              {              {
907                // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row                for (n=0; n<shape; n++)
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
908                {                {
909                  for (n=0; n<shape; n++)                  sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);
910                  {                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
911                    sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);                  count++;
                   tsz+=strlen(tmpbuf);  
                   strcat(largebuf,tmpbuf);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   tsz+13;  
                   strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
                 }  
912                }                }
913                for (m=0; m<3-shape; m++)                for (n=0; n<3-shape; n++)
914                {                {
915                  for (n=0; n<3; n++)                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
                 {  
                   tsz+=13;  
                   strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
                 }  
916                }                }
917              }              }
918              strcat(largebuf,"\n");              for (m=0; m<3-shape; m++)
919              tsz+=1;                for (n=0; n<3; n++)
920                  {
921                    __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
922                  }
923            }            }
924              __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
925          }          }
926          // Write out local data          largebuf[tsz] = '\0';
927          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
928          MEMFREE(largebuf);          MEMFREE(largebuf);
929          if( myRank == 0)          if( myRank == 0)
# Line 948  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 932  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
932            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
933            MPI_Wait(&req,&status);            MPI_Wait(&req,&status);
934          }          }
935    
936        }        }
937      }      }
938      // Finish off with closing tag      // closing celldata tag
939      if(myRank == 0)      if(myRank == 0)
940      {      {
941        char* tag =  "</PointData>\n";        char* tag =  "</CellData>\n";
942        MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);        MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
943        MPI_Wait(&req,&status);        MPI_Wait(&req,&status);
944      }      }
945      MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
946        MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")
947    }    }
   // end write_pointdata  
948    
949    // Write Cell data header Tags  
950    if(myRank == 0)    // Write Point Data Header Tags
951      if( myRank == 0)
952    {    {
953      if( write_celldata)      char header[600];
954        char tmpBuf[50];
955    
956        if (write_pointdata)
957      {      {
958        char tmpBuf[80];        MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")
       char header[600];  
959        // mark the active data arrays        // mark the active data arrays
960        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
961        sprintf(tmpBuf, "<CellData");        sprintf(header, "<PointData");
       strcat(header,tmpBuf);  
962        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
963        {        {
964          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
965          {          {
966            // if the rank == 0:   --> scalar data            // if the rank == 0:   --> scalar data
967            // if the rank == 1:   --> vector data            // if the rank == 1:   --> vector data
# Line 994  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 981  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
981              if (! set_vector)              if (! set_vector)
982              {              {
983                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);
984                  strcat(header,tmpBuf);
985                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
986              }              }
987              break;              break;
# Line 1001  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 989  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
989              if (! set_tensor)              if (! set_tensor)
990              {              {
991                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);
992                  strcat(header,tmpBuf);
993                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
994              }              }
995              break;              break;
# Line 1017  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 1006  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
1006      }      }
1007    }    }
1008    
1009    // write actual data (collective)    // write actual data
1010    if(write_celldata)    if(write_pointdata)
1011    {    {
1012      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)
1013      {      {
1014        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])
1015        {        {
1016          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;
1017          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
# Line 1057  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 1046  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
1046          if( myRank == 0)          if( myRank == 0)
1047          {          {
1048            char header[250];            char header[250];
1049            sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);            sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1050            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);
1051            MPI_Wait(&req,&status);            MPI_Wait(&req,&status);
1052          }          }
1053            // write out the data
1054            // if the number of required components is more than the number
1055            // of actual components, pad with zeros
1056    
1057          // Write the actual data */          char tmpbuf[15];
1058          char tmpbuf[14];          char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*14 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 14,char);  
1059          largebuf[0] = '\0';          largebuf[0] = '\0';
1060            bool_t do_write=TRUE;
1061          size_t tsz = 0;          size_t tsz = 0;
1062    
1063          double sampleAvg[nComp];          for(k=0;k < nodeCache.size;k++)
   
         for (k=0; i<elementCache.size; k++)  
1064          {          {
1065            i = elementCache.values[k];            i = nodeCache.values[k];
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (k=0; k<nComp; k++)  
           {  
             rtmp = 0.;  
             for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
             sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             tsz+=strlen(tmpbuf);  
             strcat(largebuf,tmpbuf);  
1066    
1067            }            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)
           else if (nCompReqd == 3)  
1068            {            {
1069              // write out the data              if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)
             for (m=0; m<shape; m++)  
1070              {              {
1071                sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
1072                tsz+=strlen(tmpbuf);                {
1073                strcat(largebuf,tmpbuf);                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1074                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1075                    break;
1076                  case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:
1077                    values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);
1078                    break;
1079                  case FINLEY_NODES:
1080                    values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1081                    break;
1082                  }
1083                  do_write=TRUE;
1084              }              }
1085              for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)              else
1086              {              {
1087                tsz+=13;                do_write=FALSE;
               strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
   
1088              }              }
1089            }            }
1090            else if (nCompReqd == 9)            else
1091            {            {
1092              // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row              do_write=TRUE;
1093              // of 9 data points              switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
1094              {              {
1095                for (n=0; n<shape; n++)              case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:
1096                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);
1097                  break;
1098                case FINLEY_NODES:
1099                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);
1100                  break;
1101                }
1102              }
1103              // write the data different ways for scalar, vector and tensor
1104              if (do_write)
1105              {
1106                if (nCompReqd == 1)
1107                {
1108                  sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);
1109                  __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1110                }
1111                else if (nCompReqd == 3)
1112                {
1113                  for (m=0; m<shape; m++)
1114                {                {
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 tsz+=strlen(tmpbuf);  
                 strcat(largebuf,tmpbuf);  
1115    
1116                  count++;                  sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);
1117                    __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1118                }                }
1119                for (n=0; n<3-shape; n++)                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)
1120                {                {
1121                  tsz+=13;                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
                 strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
   
1122                }                }
1123              }              }
1124              for (m=0; m<3-shape; m++)              else if (nCompReqd == 9)
1125                for (n=0; n<3; n++)              {
1126                  // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row
1127                  //  of 9 data points
1128                  count = 0;
1129                  for (m=0; m<shape; m++)
1130                {                {
1131                  tsz+=13;                  for (n=0; n<shape; n++)
1132                  strcat(largebuf," 0.000000e+00");                  {
1133                      sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);
1134                      __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)
1135                      count++;
1136                    }
1137                    for (n=0; n<3-shape; n++)
1138                    {
1139                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1140                    }
1141                }                }
1142                  for (m=0; m<3-shape; m++)
1143                  {
1144                    for (n=0; n<3; n++)
1145                    {
1146                      __STRCAT(largebuf,zero,tsz)
1147                    }
1148                  }
1149                }
1150                __STRCAT(largebuf,newline,tsz)
1151            }            }
1152            strcat(largebuf,"\n");  
           tsz+=1;  
1153          }          }
1154            // Write out local data
1155    
1156            largebuf[tsz] = '\0';
1157          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);
1158          MEMFREE(largebuf);          MEMFREE(largebuf);
1159          if( myRank == 0)          if( myRank == 0)
# Line 1151  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 1162  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
1162            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1163            MPI_Wait(&req,&status);            MPI_Wait(&req,&status);
1164          }          }
   
1165        }        }
1166      }      }
1167      // closing celldata tag      // Finish off with closing tag
1168      if(myRank == 0)      if(myRank == 0)
1169      {      {
1170        char* tag =  "</CellData>\n";        char* tag =  "</PointData>\n";
1171        MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);        MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);
1172        MPI_Wait(&req,&status);        MPI_Wait(&req,&status);
1173      }      }
1174        MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")
1175    }    }
1176      // end write_pointdata
1177    
1178    /* tag and bag... */    // tag and bag...  
1179    if (myRank == 0)    if (myRank == 0)
1180    {    {
1181      char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";      char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";
# Line 1176  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 1188  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
1188    MEMFREE(elementCache.values);    MEMFREE(elementCache.values);
1189  #ifdef MPIO_HINTS  #ifdef MPIO_HINTS
1190    MPI_Info_free(&infoHints);    MPI_Info_free(&infoHints);
1191  #undef MPIO_HINTS    #undef MPIO_HINTS
1192  #endif  #endif
   
1193    MPI_File_close(&fh);    MPI_File_close(&fh);
1194    MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")    MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")
1195    #undef __STRCAT
1196  }  }
1197    
1198  #undef MPIO_DEBUG  #undef MPIO_DEBUG
# Line 1515  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1527  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1527    * the reason for this if statement is explained in the long comment below    * the reason for this if statement is explained in the long comment below
1528    */    */
1529    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
1530    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));    fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));
1531    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate    /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate
1532    * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if    * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if
1533    * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third    * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third
# Line 1704  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1716  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1716            }            }
1717            nCompReqd = 9;            nCompReqd = 9;
1718          }          }
1719          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1720    
1721          double sampleAvg[nComp];          double sampleAvg[nComp];
1722          for (i=0; i<numCells; i++)          for (i=0; i<numCells; i++)
# Line 1713  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1725  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1725            /* averaging over the number of points in the sample */            /* averaging over the number of points in the sample */
1726            for (k=0; k<nComp; k++)            for (k=0; k<nComp; k++)
1727            {            {
1728              rtmp = 0.;              if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
1729              for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];                 rtmp = 0.;
1730              sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;                 for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
1731                   sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
1732                } else {
1733                   sampleAvg[k] = values[k];
1734                }
1735    
1736            }            }
1737            /* if the number of required components is more than the number            /* if the number of required components is more than the number
1738            * of actual components, pad with zeros            * of actual components, pad with zeros
# Line 1838  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi Line 1855  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * fi
1855            }            }
1856            nCompReqd = 9;            nCompReqd = 9;
1857          }          }
1858          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);
1859          /* write out the data */          /* write out the data */
1860          /* if the number of required components is more than the number          /* if the number of required components is more than the number
1861          * of actual components, pad with zeros          * of actual components, pad with zeros

Legend:
Removed from v.794  
changed lines
  Added in v.903

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26