/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1028 by gross, Wed Mar 14 00:15:24 2007 UTC revision 1338 by gross, Mon Nov 5 06:32:29 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
23    
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25    #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    
28  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
29   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
30    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
31   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
32   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
33   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
35   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
36    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
37   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
38   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
39   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
40   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
41   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
42      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
43   Notable Notables:    dest_in_use+=strlen(chunk); \
  the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference  
 */  
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
44  }  }
45    
46  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
47                             Finley_Mesh *mesh_p,
48                             const dim_t num_data,
49                             char* *names_p,
50                             escriptDataC* *data_pp)
51  {  {
52    int    numPoints,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
53    numCells = -1,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
54               myRank,comm,gsize,    size_t len_txt_buffer, max_len_names, txt_buffer_in_use;
55               numLocal,    FILE * fileHandle_p = NULL;
56               nDim,    int mpi_size, i_data, i,j , cellType;
57               shape;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement, myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd, shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
58    size_t __n;    bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
59    int i,j,k,m,n,count;    bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
60    int numGlobalCells = 0;    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
61    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    #ifdef PASO_MPI
62      int ierr;
   /* variables associatted with write_celldata/pointdata */  
   int numPointsPerSample,  
   nComp,  
   nCompReqd;  
   double* values, rtmp;  
   
   // Local element info (for debugging)  
   size_t numLocalCells,  
   numInternalCells,  
   numBoundaryCells;  
   
   int rank;  
   
63    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
64      MPI_File mpi_fileHandle_p;
65    comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;    MPI_Status mpi_status;
66    myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;    MPI_Request mpi_req;
67    gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;    MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
68      #endif
69    MPI_File fh;    Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
70    MPI_Status status;    int nodetype=FINLEY_NODES;
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
71    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
72    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
73      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
74    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
75      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
   numLocalNodes,  
   numBoundaryNodes,  
   localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain  
   
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element index into the global array  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   
   struct localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
   
   //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[15];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   
   // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)  
   // Note the implicit assumption on the variable "tsz"  
   int __len,__j;  
   char  *zero = "0.000000e+00 ";  
   char  *newline = "\n";  
     
 #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \  
 {                  \  
    __len = strlen(chunk); \  
    __j = -1;      \  
    while(__j++ < __len)  \  
     *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \  
    tsz+=__len;              \  
 }  
76        
77    // Loop over all nodes      
78    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)    /****************************************/
79    {    /*                                      */
80      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /*       tags in the vtk file           */
81      // correspondance between nodes and Degrees of freedom  
82      //TODO: handle periodic BC's    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
83      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
84                        "<UnstructuredGrid>\n" \
85      // Is this node local to the domain ?                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
86      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<Points>\n" \
87      {                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
88        for (j = 0; j < nDim; j++)    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
89        {    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
90          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
91          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
92        }    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
93        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
94        {    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
95          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
96        }    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
   
   nodeCache.size=numNodesOutput;  
97    
98    largebuf[tsz] = '\0';    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
99    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    /* if there is no mesh we just return */
100    MEMFREE(largebuf);    if (mesh_p==NULL) return;
   
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
   
   // form distribution info on who output which nodes  
   vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );  
   vtxdist[0]=0;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
   }  
101    
102    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
103    // send local info    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
104    forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
     
105    
106        if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
107    MEMFREE(vtxdist);          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
108    MEMFREE(DOFNodes);          return;  
   MEMFREE(backwardBuffer);  
   MEMFREE(forwardBuffer);  
   
   if( myRank == 0)  
   {  
     char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \  
                  "format=\"ascii\">\n" ;  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
109    }    }
110    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    /*************************************************************************************/
   
   /* BEGIN CONNECTIVITY */  
   
   int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */  
111    
112    // Collective    /* open the file and check handle */
   MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")  
113    
114    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    if (mpi_size > 1) {
115    largebuf = MEMALLOC(sz,char);          #ifdef PASO_MPI
116    largebuf[0] = '\0';            /* Collective Call */
117    tsz=0;            #ifdef MPIO_HINTS
118    pos = 0;              MPI_Info_create(&mpi_info);
119    // numCells?              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
120    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
121    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
122    {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
123      for (i = 0; i < numCells; i++)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
124      {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
125                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
126        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )            
127        {              /*XFS only */
128          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)              /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
129          {            #endif
130            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);            ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
131            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)            if (! ierr) {
132          }                sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
133          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)                Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
134          elementCache.values[pos++]=i;            } else {
135        }               MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
136      }            }
137            #endif
138      } else {
139            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
140            if (fileHandle_p==NULL) {
141               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
142               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
143             }
144    }    }
145    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)    if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
146    {    /*************************************************************************************/
     char tmpbuf2[20*20*2];  
   
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
147    
148      for (i = 0; i < numCells; i++)    /* find the mesh type to be written */
149      {  
150        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
151        {    max_len_names=0;
152          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
153          {       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
154            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);       elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
155            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
156          }         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
157          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
158          elementCache.values[pos++]=i;           case FINLEY_NODES:
159        }             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
160      }             isCellCentered[i_data]=FALSE;
161    }             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
162    else               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
163    {             } else {
164      for(i = 0;i  < numCells ; i++)               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
165      {             }
166        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)             break;
167        {           case FINLEY_REDUCED_NODES:
168          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)             nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
169          {             isCellCentered[i_data]=FALSE;
170            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
171            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
172               } else {
173                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
174               }
175               break;
176             case FINLEY_ELEMENTS:
177             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
178               isCellCentered[i_data]=TRUE;
179               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
180                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
181               } else {
182                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
183               }
184               break;
185             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
186             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
187               isCellCentered[i_data]=TRUE;
188               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
189                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
190               } else {
191                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
192               }
193               break;
194             case FINLEY_POINTS:
195               isCellCentered[i_data]=TRUE;
196               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
197                 elementtype=FINLEY_POINTS;
198               } else {
199                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
200               }
201               break;
202             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
203             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
204               isCellCentered[i_data]=TRUE;
205               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
206                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
207               } else {
208                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
209               }
210               break;
211             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
212             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
213               isCellCentered[i_data]=TRUE;
214               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
215                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
216               } else {
217                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
218               }
219               break;
220             default:
221               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
222               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
223             }
224             if (isCellCentered[i_data]) {
225               write_celldata=TRUE;
226             } else {
227               write_pointdata=TRUE;
228             }
229             max_len_names =MAX(max_len_names,strlen(names_p[i_data]));
230           }
231         }
232         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
233      }
234      if (Finley_noError()) {
235    
236         /***************************************/
237    
238         /* select number of points and the mesh component */
239      
240         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
241            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
242            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
243            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
244            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
245         } else {
246            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
247            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
248            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
249            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
250         }
251         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
252         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
253         switch(elementtype) {
254           case FINLEY_ELEMENTS:
255              elements=mesh_p->Elements;
256              break;
257            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
258              elements=mesh_p->FaceElements;
259              break;
260            case FINLEY_POINTS:
261              elements=mesh_p->Points;
262              break;
263            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
264              elements=mesh_p->ContactElements;
265              break;
266         }
267         if (elements==NULL) {
268           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
269         } else {
270           /* map finley element type to VTK element type */
271           numCells = elements->numElements;
272           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
273           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
274           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
275           NN = elements->numNodes;
276           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES || nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
277              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
278           } else {
279              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
280           }
281           switch(TypeId) {
282            case Point1:
283            case Line2Face:
284            case Line3Face:
285            case Point1_Contact:
286            case Line2Face_Contact:
287            case Line3Face_Contact:
288              numCellFactor=1;
289              cellType = VTK_VERTEX;
290              numVTKNodesPerElement = 1;
291              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
292              break;
293          
294            case Line2:
295            case Tri3Face:
296            case Rec4Face:
297            case Line2_Contact:
298            case Tri3_Contact:
299            case Tri3Face_Contact:
300            case Rec4Face_Contact:
301              numCellFactor=1;
302              cellType = VTK_LINE;
303              numVTKNodesPerElement = 2;
304              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
305              break;
306          
307            case Tri3:
308            case Tet4Face:
309            case Tet4Face_Contact:
310              numCellFactor=1;
311              cellType = VTK_TRIANGLE;
312              numVTKNodesPerElement = 3;
313              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
314              break;
315          
316            case Rec4:
317            case Hex8Face:
318            case Rec4_Contact:
319            case Hex8Face_Contact:
320              numCellFactor=1;
321              cellType = VTK_QUAD;
322              numVTKNodesPerElement = 4;
323              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
324              break;
325          
326            case Tet4:
327              numCellFactor=1;
328              cellType = VTK_TETRA;
329              numVTKNodesPerElement = 4;
330              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
331              break;
332          
333            case Hex8:
334              numCellFactor=1;
335              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
336              numVTKNodesPerElement = 8;
337              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
338              break;
339          
340            case Line3:
341            case Tri6Face:
342            case Rec8Face:
343            case Line3_Contact:
344            case Tri6Face_Contact:
345            case Rec8Face_Contact:
346              numCellFactor=1;
347              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
348              numVTKNodesPerElement = 3;
349              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
350              break;
351          
352            case Tri6:
353            case Tet10Face:
354            case Tri6_Contact:
355            case Tet10Face_Contact:
356              numCellFactor=1;
357              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
358              numVTKNodesPerElement = 6;
359              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
360              break;
361          
362            case Rec8:
363            case Hex20Face:
364            case Rec8_Contact:
365            case Hex20Face_Contact:
366              numCellFactor=1;
367              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
368              numVTKNodesPerElement = 8;
369              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
370              break;
371          
372            case Tet10:
373              numCellFactor=1;
374              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
375              numVTKNodesPerElement = 10;
376              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
377              break;
378          
379            case Hex20:
380              numCellFactor=1;
381              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
382              numVTKNodesPerElement = 20;
383              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
384              break;
385          
386            default:
387              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
388              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
389          }          }
390          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)       }
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
391    }    }
392      /***************************************/
393    
394    elementCache.size = pos;    /***************************************/
395      /*                                     */
396      /*   allocate text buffer              */
397      /*                                     */
398      max_name_len=0;
399      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,strlen(names_p[i_data]));
400      len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
401      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
402      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
403      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
404      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
405      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
406      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
407      txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
408      Finley_checkPtr(txt_buffer);
409      
410      if (Finley_noError()) {
411    
412    largebuf[tsz] = '\0';       /* select number of points and the mesh component */
   MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);  
   MEMFREE(largebuf);  
   MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")  
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     // allocate an upper bound on number of bytes needed    
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;    
     tsz = 0;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // re-using buffer!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
413    
414    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
415    
416    // Write Cell data header Tags        if (mpi_size > 1) {
417    if(myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
418    {              #ifdef PASO_MPI
419      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
420      if( write_celldata)                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
421      {              #endif
422        char tmpBuf[80];            }
423        char header[600];        } else {
424        // mark the active data arrays           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
425        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        }
426        sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
427        strcat(header,tmpBuf);        /* write the nodes */
428        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
429        {        if (mpi_size > 1) {
430          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
431          {           txt_buffer[0] = '\0';
432            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
433            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
434            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
435                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
436                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
437                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
438                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
439                                        0.);
440                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
441                   }
442                }      
443             } else {
444                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
445                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
446                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
447                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
448                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
449                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
450                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
451                   }
452                }    
453      
454             }
455             #ifdef PASO_MPI
456                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
457             #endif    
458          } else {
459             if (nDim==2) {
460                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
461                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
462                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
463                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
464                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
465                                          0.);
466                   }
467                }      
468             } else {
469                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
470                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
471                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
472                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
473                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
474                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
475                   }
476                }    
477      
478             }
479          }
480    
481          /* close the Points and open connectivity */
482    
483          if (mpi_size > 1) {
484              if ( my_mpi_rank == 0) {
485                 #ifdef PASO_MPI
486                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
487                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
488                 #endif
489              }
490          } else {
491             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
492          }
493    
494         /* write the cells */
495         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
496            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
497         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
498            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
499         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
500            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
501         } else {
502            node_index=NULL;
503         }
504    
505         if ( mpi_size > 1) {
506            txt_buffer[0] = '\0';
507            txt_buffer_in_use=0;
508            if (node_index == NULL) {
509               for (i = 0; i < numCells; i++) {
510                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
511                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
512                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
513                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
514                     }
515                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
516                  }
517               }
518            } else {
519               for (i = 0; i < numCells; i++) {
520                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
521                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
522                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
523                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
524                     }
525                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
526                  }
527               }
528            }
529            #ifdef PASO_MPI
530               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
531            #endif    
532         } else {
533            if (node_index == NULL) {
534               for (i = 0; i < numCells; i++) {
535                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
536                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
537                   }
538                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
539               }
540            } else {
541               for (i = 0; i < numCells; i++) {
542                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
543                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
544                   }
545                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
546               }
547            }
548    
549         }
550        
551         /* finalize the connection and start the offset section */
552         if (mpi_size > 1) {
553            if( my_mpi_rank == 0) {
554               #ifdef PASO_MPI
555                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
556                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
557               #endif
558            }
559         } else {
560            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
561         }
562    
563        /* write the offsets */
564          
565         if ( mpi_size > 1) {
566            txt_buffer[0] = '\0';
567            txt_buffer_in_use=0;
568            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
569               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
570               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
571             }
572             #ifdef PASO_MPI
573                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
574             #endif    
575         } else {
576            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
577               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
578            }
579        
580         }
581         /* finalize the offset section and start the type section */
582         if ( mpi_size > 1) {
583            if ( my_mpi_rank == 0) {
584               #ifdef PASO_MPI
585                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
586                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
587               #endif
588            }
589        } else {
590           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
591        }
592        
593          
594         /* write element type */
595         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
596         if ( mpi_size > 1) {
597            txt_buffer[0] = '\0';
598            txt_buffer_in_use=0;
599            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
600             #ifdef PASO_MPI
601                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
602             #endif    
603         } else {
604            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
605         }
606         /* finalize cell information */
607         if ( mpi_size > 1) {
608            if ( my_mpi_rank == 0) {
609               #ifdef PASO_MPI
610                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
611                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
612               #endif
613            }
614        } else {
615           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
616        }
617     }
618    
619     /* Write cell data */
620     if (write_celldata && Finley_noError()) {
621          /* mark the active data arrays */
622          txt_buffer[0] = '\0';
623          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
624          strcat(txt_buffer, "<CellData");
625          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
626            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
627              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
628              /* if the rank == 1:   --> vector data */
629              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
630    
631            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
632            case 0:            case 0:
633              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
634              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
635                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
636                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
637                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
638              }              }
639              break;              break;
640            case 1:            case 1:
641              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
642              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
643                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
644            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
645                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
646              }              }
647              break;              break;
648            case 2:            case 2:
649              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
650              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
651                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
652            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
653                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
654              }              }
655              break;              break;
# Line 799  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 660  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
660            }            }
661          }          }
662        }        }
663        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
664        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
665        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
666      }             #ifdef PASO_MPI
667    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
668                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
669    // write actual data (collective)             #endif
670    if(write_celldata)          }
671    {        } else {
672      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
673      {        }
674        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
675        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
676          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
677          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
678          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
679          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
680          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
681          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
682          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
683            nCompReqd = 1;              shape=0;
684          }              if (rank == 0) {
685          else if (rank == 1)                nCompReqd = 1;
686          {              } else if (rank == 1) {
687            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
688            if  (shape>3)                if  (shape>3) {
689            {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
         // Write the actual data  
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         size_t tsz = 0;  
   
         double sampleAvg[nComp];  
   
         for (k=0; k<elementCache.size; k++)  
         {  
           i = elementCache.values[k];  
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (n=0; n<nComp; n++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];  
                sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;  
             } else {  
                sampleAvg[n] = values[n];  
             }  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             // write out the data  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
             {  
               __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
             }  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             // of 9 data points  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                 count++;  
690                }                }
691                for (n=0; n<3-shape; n++)                nCompReqd = 3;
692                {              } else {
693                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
694                }                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
695              }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
696              for (m=0; m<3-shape; m++)                }
697                for (n=0; n<3; n++)                nCompReqd = 9;
698                {              }
699                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)              if (Finley_noError()) {
700                }                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
701            }                 if ( mpi_size > 1) {
702            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)                   if ( my_mpi_rank == 0) {
703          }                      #ifdef PASO_MPI
704          largebuf[tsz] = '\0';                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
705          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
706          MEMFREE(largebuf);                      #endif
707          if( myRank == 0)                   }
708          {                 } else {
709            char *tag = "</DataArray>\n";                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
710            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);                 }
711            MPI_Wait(&req,&status);                 for (i=0; i<numCells; i++) {
712                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
713                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
714                          /* averaging over the number of points in the sample */
715                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
716                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
717                               rtmp = 0.;
718                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
719                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
720                            } else {
721                               sampleAvg[k] = values[k];
722                            }
723                          }
724                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
725                          * of actual components, pad with zeros
726                          */
727                          /* probably only need to get shape of first element */
728                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
729                          if (nCompReqd == 1) {
730                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
731                          } else if (nCompReqd == 3) {
732                            if (shape==1) {
733                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
734                            } else if (shape==2) {
735                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
736                            } else if (shape==3) {
737                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
738                            }
739                          } else if (nCompReqd == 9) {
740                            if (shape==1) {
741                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
742                                                                    0.,0.,0.,
743                                                                    0.,0.,0.);
744                            } else if (shape==2) {
745                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
746                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
747                                                                    0.,0.,0.);
748                            } else if (shape==3) {
749                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
750                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
751                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
752                            }
753                          }
754                          if ( mpi_size > 1) {
755                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
756                          } else {
757                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
758                          }
759                      }
760                   }
761                   if ( mpi_size > 1) {
762                         #ifdef PASO_MPI
763                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
764                         #endif    
765                         if ( my_mpi_rank == 0) {
766                            #ifdef PASO_MPI
767                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
768                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
769                            #endif
770                         }
771                   } else {
772                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
773                   }
774                }
775             }
776          }
777          if ( mpi_size > 1) {
778            if ( my_mpi_rank == 0) {
779               #ifdef PASO_MPI
780                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
781                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
782               #endif
783          }          }
784          } else {
785              fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
786        }        }
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")  
787    }    }
788      /* point data */
789      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
790          /* mark the active data arrays */
791          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
792          txt_buffer[0] = '\0';
793          strcat(txt_buffer, "<PointData");
794          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
795            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
796              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
797              /* if the rank == 1:   --> vector data */
798              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
799    
800              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
   // Write Point Data Header Tags  
   if( myRank == 0)  
   {  
     char header[600];  
     char tmpBuf[50];  
   
     if (write_pointdata)  
     {  
       MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")  
       // mark the active data arrays  
       bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
       sprintf(header, "<PointData");  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
   
           switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
           {  
801            case 0:            case 0:
802              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
803              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
804                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
805                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
806                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
807              }              }
808              break;              break;
809            case 1:            case 1:
810              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
811              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
812                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
813                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
814                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
815              }              }
816              break;              break;
817            case 2:            case 2:
818              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
819              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
820                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
821                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
822                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
823              }              }
824              break;              break;
# Line 1000  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 829  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
829            }            }
830          }          }
831        }        }
832        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
833        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
834        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
835      }             #ifdef PASO_MPI
836    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
837                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
838    // write actual data             #endif
839    if(write_pointdata)          }
840    {        } else {
841      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
842      {        }
843        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
844        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
845          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
846          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
847          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
848          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
849          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
850          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
851          {              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
852            nCompReqd = 1;                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
         // write out the data  
         // if the number of required components is more than the number  
         // of actual components, pad with zeros  
   
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         bool_t do_write=TRUE;  
         size_t tsz = 0;  
   
         for(k=0;k < nodeCache.size;k++)  
         {  
           i = nodeCache.values[k];  
   
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
   
                 sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
               }  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);  
                   __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
             }  
             __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
   
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
       }  
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
   }  
   // end write_pointdata  
   
   // tag and bag...    
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS  
 #endif  
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 #undef __STRCAT  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   #define NCOMP_MAX 9  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   double sampleAvg[NCOMP_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd, NN;  
   index_t j2;  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   FILE * fileHandle_p = NULL;  
   bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   Finley_ElementFile* elements=NULL;  
   ElementTypeId TypeId;  
   
 printf("ddsafddfdafdf\n");  
   /* open the file and check handle */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);  
   
   
   if (Finley_checkPtr(isCellCentered)) {  
      fclose(fileHandle_p);  
      return;  
   }  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   }  
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
853              } else {              } else {
854                 sampleAvg[k] = values[k];                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
             }  
   
           }  
           /* if the number of required components is more than the number  
           * of actual components, pad with zeros  
           */  
           /* probably only need to get shape of first element */  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
855              }              }
856              for (m=0; m<3-shape; m++)              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
857                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);              shape=0;
858            }              if (rank == 0) {
859            fprintf(fileHandle_p, "\n");                nCompReqd = 1;
860          }              } else if (rank == 1) {
861          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
862        }                if  (shape>3) {
863      }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
     fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");  
   }  
   /* point data */  
   if (write_pointdata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<PointData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
         /* write out the data */  
         /* if the number of required components is more than the number  
         * of actual components, pad with zeros  
         */  
         do_write=TRUE;  
         for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
         {  
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
864                }                }
865                do_write=TRUE;                nCompReqd = 3;
866              }              } else {
867              else                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
868              {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
869                do_write=FALSE;                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
870              }                }
871            }                nCompReqd = 9;
872            else              }
873            {              if (Finley_noError()) {
874              do_write=TRUE;                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
875              switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                 if ( mpi_size > 1) {
876              {                   if ( my_mpi_rank == 0) {
877              case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:                      #ifdef PASO_MPI
878                values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
879                break;                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
880              case FINLEY_NODES:                      #endif
881                values = getSampleData(data_pp[i_data],i);                   }
882                break;                 } else {
883              }                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
884            }                 }
885            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */                 for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
886            if (do_write)                    k=globalNodeIndex[i];
887            {                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
888              if (nCompReqd == 1)                       values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
889              {                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
890                fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);                       * of actual components, pad with zeros
891              }                       */
892              else if (nCompReqd == 3)                       /* probably only need to get shape of first element */
893              {                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
894                for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);                       if (nCompReqd == 1) {
895                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                         sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
896              }                       } else if (nCompReqd == 3) {
897              else if (nCompReqd == 9)                         if (shape==1) {
898              {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
899                /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row                         } else if (shape==2) {
900                * of 9 data points */                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
901                count = 0;                         } else if (shape==3) {
902                for (m=0; m<shape; m++)                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
903                {                         }
904                  for (n=0; n<shape; n++)                       } else if (nCompReqd == 9) {
905                  {                         if (shape==1) {
906                    fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
907                    count++;                                                                 0.,0.,0.,
908                  }                                                                 0.,0.,0.);
909                  for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                         } else if (shape==2) {
910                }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
911                for (m=0; m<3-shape; m++)                                                                 values[2],values[3],0.,
912                  for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                                                                 0.,0.,0.);
913              }                         } else if (shape==3) {
914              fprintf(fileHandle_p, "\n");                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
915            }                                                                 values[3],values[4],values[5],
916          }                                                                 values[6],values[7],values[8]);
917          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");                         }
918        }                       }
919      }                       if ( mpi_size > 1) {
920      fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
921                         } else {
922                           fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
923                         }
924                      }
925                   }
926                   if ( mpi_size > 1) {
927                       #ifdef PASO_MPI
928                         MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
929                       #endif    
930                       if ( my_mpi_rank == 0) {
931                          #ifdef PASO_MPI
932                             MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
933                             MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
934                          #endif
935                       }
936                   } else {
937                      fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
938                   }
939                }
940              }
941            }
942            if ( mpi_size > 1) {
943              if ( my_mpi_rank == 0) {
944                 #ifdef PASO_MPI
945                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
946                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
947                 #endif
948              }
949            } else {
950                fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
951            }
952      }
953      if (Finley_noError()) {
954         if ( mpi_size > 1) {
955           if ( my_mpi_rank == 0) {
956              #ifdef PASO_MPI
957                 MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
958                 MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
959                 #ifdef MPIO_HINTS
960                   MPI_Info_free(&mpi_info);
961                   #undef MPIO_HINTS
962                 #endif
963                 MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
964              #endif
965            }
966         } else {
967             fprintf(fileHandle_p,footer);
968             fclose(fileHandle_p);
969         }
970    }    }
   /* finish off the piece */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");  
   
   fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");  
   /* write the xml footer */  
   fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");  
   /* close the file */  
   fclose(fileHandle_p);  
971    TMPMEMFREE(isCellCentered);    TMPMEMFREE(isCellCentered);
972      TMPMEMFREE(txt_buffer);
973    return;    return;
974  }  }
 #endif  
   

Legend:
Removed from v.1028  
changed lines
  Added in v.1338

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26