/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1028 by gross, Wed Mar 14 00:15:24 2007 UTC revision 1705 by ksteube, Thu Aug 14 05:56:40 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
23    
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25    #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    #include "paso/PasoUtil.h"
28    
29  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
30   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
31    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
32   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
33   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
35   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
36   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
37    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
38   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
39   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
40   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
41   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
42   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
43      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
44   Notable Notables:    dest_in_use+=strlen(chunk); \
  the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference  
 */  
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
45  }  }
46    
47  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
48                             Finley_Mesh *mesh_p,
49                             const dim_t num_data,
50                             char* *names_p,
51                             escriptDataC* *data_pp)
52  {  {
53    int    numPoints,  #ifdef USE_VTK
54    numCells = -1,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
55               myRank,comm,gsize,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
56               numLocal,    size_t txt_buffer_in_use;
57               nDim,    dim_t len_txt_buffer,  max_len_names;
58               shape;    FILE * fileHandle_p = NULL;
59    size_t __n;    int mpi_size, i, j, cellType;
60    int i,j,k,m,n,count;    dim_t i_data;
61    int numGlobalCells = 0;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement;
62    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    dim_t myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd;
63      dim_t shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
64    /* variables associatted with write_celldata/pointdata */    bool_t *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
65    int numPointsPerSample,    bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
66    nComp,    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
67    nCompReqd;    #ifdef PASO_MPI
68    double* values, rtmp;    int ierr;
69      /* int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;  */
70    // Local element info (for debugging)    const int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY | MPI_MODE_UNIQUE_OPEN;
71    size_t numLocalCells,    MPI_File mpi_fileHandle_p;
72    numInternalCells,    MPI_Status mpi_status;
73    numBoundaryCells;    MPI_Request mpi_req;
74      MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
75    int rank;    #endif
76      Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
77    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;    int nodetype=FINLEY_NODES;
   
   comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;  
   myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;  
   gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;  
   
   MPI_File fh;  
   MPI_Status status;  
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
78    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
79    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
80      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
81    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
82      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
   numLocalNodes,  
   numBoundaryNodes,  
   localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain  
   
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element index into the global array  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   
   struct localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
   
   //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[15];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   
   // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)  
   // Note the implicit assumption on the variable "tsz"  
   int __len,__j;  
   char  *zero = "0.000000e+00 ";  
   char  *newline = "\n";  
     
 #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \  
 {                  \  
    __len = strlen(chunk); \  
    __j = -1;      \  
    while(__j++ < __len)  \  
     *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \  
    tsz+=__len;              \  
 }  
83        
84    // Loop over all nodes      
85    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)    /****************************************/
86    {    /*                                      */
87      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /*       tags in the vtk file           */
88      // correspondance between nodes and Degrees of freedom  
89      //TODO: handle periodic BC's    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
90      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
91                        "<UnstructuredGrid>\n" \
92      // Is this node local to the domain ?                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
93      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<Points>\n" \
94      {                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
95        for (j = 0; j < nDim; j++)    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
96        {    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
97          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
98          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
99        }    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
100        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
101        {    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
102          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
103        }    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
   
   nodeCache.size=numNodesOutput;  
104    
105    largebuf[tsz] = '\0';    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
106    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    /* if there is no mesh we just return */
107    MEMFREE(largebuf);    if (mesh_p==NULL) return;
   
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
   
   // form distribution info on who output which nodes  
   vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );  
   vtxdist[0]=0;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
   }  
108    
109    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
110    // send local info    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
111    forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
     
112    
113        if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
114    MEMFREE(vtxdist);          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
115    MEMFREE(DOFNodes);          return;  
   MEMFREE(backwardBuffer);  
   MEMFREE(forwardBuffer);  
   
   if( myRank == 0)  
   {  
     char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \  
                  "format=\"ascii\">\n" ;  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
116    }    }
117    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    /*************************************************************************************/
118    
119    /* BEGIN CONNECTIVITY */    /* open the file and check handle */
120    
121    int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */    if (mpi_size > 1) {
122            #ifdef PASO_MPI
123              /* Collective Call */
124              #ifdef MPIO_HINTS
125                MPI_Info_create(&mpi_info);
126                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
127                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
128                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
129                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
130                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
131                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
132                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
133              
134                /*XFS only */
135                /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
136              #endif
137              if ( my_mpi_rank == 0) {
138                  if  (Paso_fileExists(filename_p)) remove(filename_p);
139              }
140              ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
141              if (ierr != MPI_SUCCESS) {
142              perror(filename_p);
143                  sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing in parallel.", filename_p);
144                  Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
145              } else {
146                 MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
147              }
148            #endif
149      } else {
150            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
151            if (fileHandle_p==NULL) {
152               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
153               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
154             }
155      }
156      if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
157      /*************************************************************************************/
158    
159    // Collective    /* find the mesh type to be written */
   MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")  
160    
161    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
162    largebuf = MEMALLOC(sz,char);    max_len_names=0;
163    largebuf[0] = '\0';    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
164    tsz=0;       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
165    pos = 0;       elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
166    // numCells?       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
167    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
168    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
169    {           case FINLEY_NODES:
170      for (i = 0; i < numCells; i++)             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
171      {             isCellCentered[i_data]=FALSE;
172               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
173        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
174        {             } else {
175          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
176          {             }
177            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);             break;
178            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)           case FINLEY_REDUCED_NODES:
179               nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
180               isCellCentered[i_data]=FALSE;
181               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
182                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
183               } else {
184                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
185               }
186               break;
187             case FINLEY_ELEMENTS:
188             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
189               isCellCentered[i_data]=TRUE;
190               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
191                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
192               } else {
193                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
194               }
195               break;
196             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
197             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
198               isCellCentered[i_data]=TRUE;
199               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
200                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
201               } else {
202                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
203               }
204               break;
205             case FINLEY_POINTS:
206               isCellCentered[i_data]=TRUE;
207               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
208                 elementtype=FINLEY_POINTS;
209               } else {
210                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
211               }
212               break;
213             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
214             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
215               isCellCentered[i_data]=TRUE;
216               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
217                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
218               } else {
219                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
220               }
221               break;
222             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
223             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
224               isCellCentered[i_data]=TRUE;
225               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
226                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
227               } else {
228                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
229               }
230               break;
231             default:
232               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
233               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
234             }
235             if (isCellCentered[i_data]) {
236               write_celldata=TRUE;
237             } else {
238               write_pointdata=TRUE;
239             }
240             max_len_names =MAX(max_len_names,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
241           }
242         }
243         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
244      }
245      if (Finley_noError()) {
246    
247         /***************************************/
248    
249         /* select number of points and the mesh component */
250      
251         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
252            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
253            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
254            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
255            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
256         } else {
257            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
258            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
259            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
260            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
261         }
262         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
263         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
264         switch(elementtype) {
265           case FINLEY_ELEMENTS:
266              elements=mesh_p->Elements;
267              break;
268            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
269              elements=mesh_p->FaceElements;
270              break;
271            case FINLEY_POINTS:
272              elements=mesh_p->Points;
273              break;
274            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
275              elements=mesh_p->ContactElements;
276              break;
277         }
278         if (elements==NULL) {
279           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
280         } else {
281           /* map finley element type to VTK element type */
282           numCells = elements->numElements;
283           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
284           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
285           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
286           NN = elements->numNodes;
287           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
288              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
289           } else {
290              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
291           }
292           switch(TypeId) {
293            case Point1:
294            case Line2Face:
295            case Line3Face:
296            case Point1_Contact:
297            case Line2Face_Contact:
298            case Line3Face_Contact:
299              numCellFactor=1;
300              cellType = VTK_VERTEX;
301              numVTKNodesPerElement = 1;
302              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
303              break;
304          
305            case Line2:
306            case Tri3Face:
307            case Rec4Face:
308            case Line2_Contact:
309            case Tri3_Contact:
310            case Tri3Face_Contact:
311            case Rec4Face_Contact:
312              numCellFactor=1;
313              cellType = VTK_LINE;
314              numVTKNodesPerElement = 2;
315              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
316              break;
317          
318            case Tri3:
319            case Tet4Face:
320            case Tet4Face_Contact:
321              numCellFactor=1;
322              cellType = VTK_TRIANGLE;
323              numVTKNodesPerElement = 3;
324              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
325              break;
326          
327            case Rec4:
328            case Hex8Face:
329            case Rec4_Contact:
330            case Hex8Face_Contact:
331              numCellFactor=1;
332              cellType = VTK_QUAD;
333              numVTKNodesPerElement = 4;
334              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
335              break;
336          
337            case Tet4:
338              numCellFactor=1;
339              cellType = VTK_TETRA;
340              numVTKNodesPerElement = 4;
341              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
342              break;
343          
344            case Hex8:
345              numCellFactor=1;
346              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
347              numVTKNodesPerElement = 8;
348              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
349              break;
350          
351            case Line3:
352            case Tri6Face:
353            case Rec8Face:
354            case Line3_Contact:
355            case Tri6Face_Contact:
356            case Rec8Face_Contact:
357              numCellFactor=1;
358              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
359              numVTKNodesPerElement = 3;
360              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
361              break;
362          
363            case Tri6:
364            case Tet10Face:
365            case Tri6_Contact:
366            case Tet10Face_Contact:
367              numCellFactor=1;
368              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
369              numVTKNodesPerElement = 6;
370              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
371              break;
372          
373            case Rec8:
374            case Hex20Face:
375            case Rec8_Contact:
376            case Hex20Face_Contact:
377              numCellFactor=1;
378              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
379              numVTKNodesPerElement = 8;
380              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
381              break;
382          
383            case Tet10:
384              numCellFactor=1;
385              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
386              numVTKNodesPerElement = 10;
387              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
388              break;
389          
390            case Hex20:
391              numCellFactor=1;
392              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
393              numVTKNodesPerElement = 20;
394              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
395              break;
396          
397            default:
398              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
399              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
400          }          }
401          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)       }
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
402    }    }
403    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)    /***************************************/
   {  
     char tmpbuf2[20*20*2];  
   
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
404    
405      for (i = 0; i < numCells; i++)    /***************************************/
406      {    /*                                     */
407        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )    /*   allocate text buffer              */
408        {    /*                                     */
409          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)    max_name_len=0;
410          {    for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
411            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);    len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
412            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
413          }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
414          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
415          elementCache.values[pos++]=i;    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, (dim_t)strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
416        }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
417      }    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
418    }    txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
419    else    Finley_checkPtr(txt_buffer);
420    {    
421      for(i = 0;i  < numCells ; i++)    if (Finley_noError()) {
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         {  
           sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );  
           __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
         }  
         __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   
   elementCache.size = pos;  
422    
423    largebuf[tsz] = '\0';       /* select number of points and the mesh component */
   MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);  
   MEMFREE(largebuf);  
   MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")  
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     // allocate an upper bound on number of bytes needed    
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;    
     tsz = 0;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // re-using buffer!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
424    
425    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
426    
427    // Write Cell data header Tags        if (mpi_size > 1) {
428    if(myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
429    {              #ifdef PASO_MPI
430      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
431      if( write_celldata)                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
432      {              #endif
433        char tmpBuf[80];            }
434        char header[600];        } else {
435        // mark the active data arrays           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
436        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        }
437        sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
438        strcat(header,tmpBuf);        /* write the nodes */
439        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
440        {        if (mpi_size > 1) {
441          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
442          {           txt_buffer[0] = '\0';
443            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
444            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
445            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
446                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
447                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
448                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
449                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
450                                        0.);
451                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
452                   }
453                }      
454             } else {
455                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
456                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
457                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
458                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
459                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
460                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
461                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
462                   }
463                }    
464      
465             }
466             #ifdef PASO_MPI
467                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
468             #endif    
469          } else {
470             if (nDim==2) {
471                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
472                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
473                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
474                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
475                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
476                                          0.);
477                   }
478                }      
479             } else {
480                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
481                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
482                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
483                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
484                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
485                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
486                   }
487                }    
488      
489             }
490          }
491    
492          /* close the Points and open connectivity */
493    
494          if (mpi_size > 1) {
495              if ( my_mpi_rank == 0) {
496                 #ifdef PASO_MPI
497                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
498                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
499                 #endif
500              }
501          } else {
502             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
503          }
504    
505         /* write the cells */
506         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
507            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
508         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
509            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
510         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
511            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
512         } else {
513            node_index=NULL;
514         }
515    
516         if ( mpi_size > 1) {
517            txt_buffer[0] = '\0';
518            txt_buffer_in_use=0;
519            if (node_index == NULL) {
520               for (i = 0; i < numCells; i++) {
521                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
522                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
523                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
524                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
525                     }
526                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
527                  }
528               }
529            } else {
530               for (i = 0; i < numCells; i++) {
531                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
532                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
533                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
534                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
535                     }
536                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
537                  }
538               }
539            }
540            #ifdef PASO_MPI
541               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
542            #endif    
543         } else {
544            if (node_index == NULL) {
545               for (i = 0; i < numCells; i++) {
546                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
547                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
548                   }
549                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
550               }
551            } else {
552               for (i = 0; i < numCells; i++) {
553                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
554                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
555                   }
556                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
557               }
558            }
559    
560         }
561        
562         /* finalize the connection and start the offset section */
563         if (mpi_size > 1) {
564            if( my_mpi_rank == 0) {
565               #ifdef PASO_MPI
566                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
567                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
568               #endif
569            }
570         } else {
571            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
572         }
573    
574        /* write the offsets */
575          
576         if ( mpi_size > 1) {
577            txt_buffer[0] = '\0';
578            txt_buffer_in_use=0;
579            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=(myFirstCell+myNumCells)*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
580                sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
581                __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
582             }
583             #ifdef PASO_MPI
584                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
585             #endif    
586         } else {
587            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
588               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
589            }
590        
591         }
592         /* finalize the offset section and start the type section */
593         if ( mpi_size > 1) {
594            if ( my_mpi_rank == 0) {
595               #ifdef PASO_MPI
596                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
597                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
598               #endif
599            }
600        } else {
601           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
602        }
603         /* write element type */
604         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
605         if ( mpi_size > 1) {
606            txt_buffer[0] = '\0';
607            txt_buffer_in_use=0;
608            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
609             #ifdef PASO_MPI
610                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
611             #endif    
612         } else {
613            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
614         }
615         /* finalize cell information */
616         if ( mpi_size > 1) {
617            if ( my_mpi_rank == 0) {
618               #ifdef PASO_MPI
619                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
620                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
621               #endif
622            }
623        } else {
624           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
625        }
626     }
627    
628     /* Write cell data */
629     if (write_celldata && Finley_noError()) {
630          /* mark the active data arrays */
631          txt_buffer[0] = '\0';
632          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
633          strcat(txt_buffer, "<CellData");
634          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
635            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
636              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
637              /* if the rank == 1:   --> vector data */
638              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
639    
640            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
641            case 0:            case 0:
642              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
643              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
644                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
645                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
646                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
647              }              }
648              break;              break;
649            case 1:            case 1:
650              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
651              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
652                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
653            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
654                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
655              }              }
656              break;              break;
657            case 2:            case 2:
658              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
659              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
660                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
661            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
662                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
663              }              }
664              break;              break;
# Line 799  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 669  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
669            }            }
670          }          }
671        }        }
672        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
673        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
674        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
675      }             #ifdef PASO_MPI
676    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
677                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
678    // write actual data (collective)             #endif
679    if(write_celldata)          }
680    {        } else {
681      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
682      {        }
683        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
684        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
685          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
686          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
687          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
688          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
689          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
690          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
691          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
692            nCompReqd = 1;              shape=0;
693          }              if (rank == 0) {
694          else if (rank == 1)                nCompReqd = 1;
695          {              } else if (rank == 1) {
696            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
697            if  (shape>3)                if  (shape>3) {
698            {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
         // Write the actual data  
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         size_t tsz = 0;  
   
         double sampleAvg[nComp];  
   
         for (k=0; k<elementCache.size; k++)  
         {  
           i = elementCache.values[k];  
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (n=0; n<nComp; n++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];  
                sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;  
             } else {  
                sampleAvg[n] = values[n];  
             }  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             // write out the data  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
             {  
               __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
             }  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             // of 9 data points  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
699                }                }
700              }                nCompReqd = 3;
701              for (m=0; m<3-shape; m++)              } else {
702                for (n=0; n<3; n++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
703                {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
704                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
705                }                }
706            }                nCompReqd = 9;
707            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)              }
708          }              if (Finley_noError()) {
709          largebuf[tsz] = '\0';                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
710          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);                 if ( mpi_size > 1) {
711          MEMFREE(largebuf);                   if ( my_mpi_rank == 0) {
712          if( myRank == 0)                      #ifdef PASO_MPI
713          {                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
714            char *tag = "</DataArray>\n";                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
715            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);                      #endif
716            MPI_Wait(&req,&status);                   }
717                   } else {
718                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
719                   }
720                   for (i=0; i<numCells; i++) {
721                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
722                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
723                          /* averaging over the number of points in the sample */
724                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
725                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
726                               rtmp = 0.;
727                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
728                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
729                            } else {
730                               sampleAvg[k] = values[k];
731                            }
732                          }
733                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
734                          * of actual components, pad with zeros
735                          */
736                          /* probably only need to get shape of first element */
737                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
738                          if (nCompReqd == 1) {
739                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
740                          } else if (nCompReqd == 3) {
741                            if (shape==1) {
742                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
743                            } else if (shape==2) {
744                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
745                            } else if (shape==3) {
746                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
747                            }
748                          } else if (nCompReqd == 9) {
749                            if (shape==1) {
750                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
751                                                                    0.,0.,0.,
752                                                                    0.,0.,0.);
753                            } else if (shape==2) {
754                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
755                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
756                                                                    0.,0.,0.);
757                            } else if (shape==3) {
758                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
759                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
760                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
761                            }
762                          }
763                          if ( mpi_size > 1) {
764                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
765                          } else {
766                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
767                          }
768                      }
769                   }
770                   if ( mpi_size > 1) {
771                         #ifdef PASO_MPI
772                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
773                         #endif    
774                         if ( my_mpi_rank == 0) {
775                            #ifdef PASO_MPI
776                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
777                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
778                            #endif
779                         }
780                   } else {
781                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
782                   }
783                }
784             }
785          }
786          if ( mpi_size > 1) {
787            if ( my_mpi_rank == 0) {
788               #ifdef PASO_MPI
789                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
790                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
791               #endif
792          }          }
793          } else {
794              fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
795        }        }
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")  
796    }    }
797      /* point data */
798      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
799          /* mark the active data arrays */
800          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
801          txt_buffer[0] = '\0';
802          strcat(txt_buffer, "<PointData");
803          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
804            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
805              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
806              /* if the rank == 1:   --> vector data */
807              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
808    
809              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
   // Write Point Data Header Tags  
   if( myRank == 0)  
   {  
     char header[600];  
     char tmpBuf[50];  
   
     if (write_pointdata)  
     {  
       MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")  
       // mark the active data arrays  
       bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
       sprintf(header, "<PointData");  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
   
           switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
           {  
810            case 0:            case 0:
811              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
812              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
813                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
814                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
815                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
816              }              }
817              break;              break;
818            case 1:            case 1:
819              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
820              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
821                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
822                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
823                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
824              }              }
825              break;              break;
826            case 2:            case 2:
827              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
828              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
829                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
830                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
831                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
832              }              }
833              break;              break;
# Line 1000  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 838  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
838            }            }
839          }          }
840        }        }
841        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
842        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
843        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
844      }             #ifdef PASO_MPI
845    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
846                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
847    // write actual data             #endif
848    if(write_pointdata)          }
849    {        } else {
850      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
851      {        }
852        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
853        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
854          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
855          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
856          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
857          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
858          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
859          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
860          {              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
861            nCompReqd = 1;                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
         // write out the data  
         // if the number of required components is more than the number  
         // of actual components, pad with zeros  
   
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         bool_t do_write=TRUE;  
         size_t tsz = 0;  
   
         for(k=0;k < nodeCache.size;k++)  
         {  
           i = nodeCache.values[k];  
   
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
   
                 sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
               }  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);  
                   __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
             }  
             __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
   
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
       }  
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
   }  
   // end write_pointdata  
   
   // tag and bag...    
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS  
 #endif  
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 #undef __STRCAT  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   #define NCOMP_MAX 9  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   double sampleAvg[NCOMP_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd, NN;  
   index_t j2;  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   FILE * fileHandle_p = NULL;  
   bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   Finley_ElementFile* elements=NULL;  
   ElementTypeId TypeId;  
   
 printf("ddsafddfdafdf\n");  
   /* open the file and check handle */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);  
   
   
   if (Finley_checkPtr(isCellCentered)) {  
      fclose(fileHandle_p);  
      return;  
   }  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   }  
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
862              } else {              } else {
863                 sampleAvg[k] = values[k];                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
864              }              }
865                nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
866            }              shape=0;
867            /* if the number of required components is more than the number              if (rank == 0) {
868            * of actual components, pad with zeros                nCompReqd = 1;
869            */              } else if (rank == 1) {
870            /* probably only need to get shape of first element */                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
871            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */                if  (shape>3) {
872            if (nCompReqd == 1)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
873                }                }
874                for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                nCompReqd = 3;
875              }              } else {
876              for (m=0; m<3-shape; m++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
877                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
878            }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
879            fprintf(fileHandle_p, "\n");                }
880          }                nCompReqd = 9;
881          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");              }
882        }              if (Finley_noError()) {
883      }                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
884      fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");                 if ( mpi_size > 1) {
885    }                   if ( my_mpi_rank == 0) {
886    /* point data */                      #ifdef PASO_MPI
887    if (write_pointdata)                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
888    {                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
889      /* mark the active data arrays */                      #endif
890      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;                   }
891      fprintf(fileHandle_p, "<PointData");                 } else {
892      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
893      {                 }
894        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])                 for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
895        {                    k=globalNodeIndex[i];
896          /* if the rank == 0:   --> scalar data                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
897          * if the rank == 1:   --> vector data                       values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
898          * if the rank == 2:   --> tensor data                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
899          */                       * of actual components, pad with zeros
900          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))                       */
901          {                       /* probably only need to get shape of first element */
902          case 0:                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
903            if (! set_scalar)                       if (nCompReqd == 1) {
904            {                         sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
905              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                       } else if (nCompReqd == 3) {
906              set_scalar=TRUE;                         if (shape==1) {
907            }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
908            break;                         } else if (shape==2) {
909          case 1:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
910            if (! set_vector)                         } else if (shape==3) {
911            {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
912              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                         }
913              set_vector=TRUE;                       } else if (nCompReqd == 9) {
914            }                         if (shape==1) {
915            break;                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
916          case 2:                                                                 0.,0.,0.,
917            if (! set_tensor)                                                                 0.,0.,0.);
918            {                         } else if (shape==2) {
919              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
920              set_tensor=TRUE;                                                                 values[2],values[3],0.,
921            }                                                                 0.,0.,0.);
922            break;                         } else if (shape==3) {
923          default:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
924            sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);                                                                 values[3],values[4],values[5],
925            Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);                                                                 values[6],values[7],values[8]);
926            fclose(fileHandle_p);                         }
927            TMPMEMFREE(isCellCentered);                       }
928            return;                       if ( mpi_size > 1) {
929          }                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
930        }                       } else {
931      }                         fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
932      fprintf(fileHandle_p, ">\n");                       }
933      /* write the arrays */                    }
934      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)                 }
935      {                 if ( mpi_size > 1) {
936        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])                     #ifdef PASO_MPI
937        {                       MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
938          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;                     #endif    
939          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);                     if ( my_mpi_rank == 0) {
940          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);                        #ifdef PASO_MPI
941          nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
942          shape=0;                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
943          if (rank == 0)                        #endif
944          {                     }
945            nCompReqd = 1;                 } else {
946          }                    fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
947          else if (rank == 1)                 }
948          {              }
949            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);            }
950            if  (shape>3)          }
951            {          if ( mpi_size > 1) {
952              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");            if ( my_mpi_rank == 0) {
953              fclose(fileHandle_p);               #ifdef PASO_MPI
954              TMPMEMFREE(isCellCentered);                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_PointData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
955              return;                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
956            }               #endif
957            nCompReqd = 3;            }
958          }          } else {
959          else              fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
960          {          }
961            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);    }
962            if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))    if (Finley_noError()) {
963            {       if ( mpi_size > 1) {
964              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");         if ( my_mpi_rank == 0) {
965              fclose(fileHandle_p);            #ifdef PASO_MPI
966              TMPMEMFREE(isCellCentered);               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
967              return;               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
968            }               #ifdef MPIO_HINTS
969            nCompReqd = 9;                 MPI_Info_free(&mpi_info);
970          }                 #undef MPIO_HINTS
971          fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);               #endif
972          /* write out the data */            #endif
973          /* if the number of required components is more than the number          }
974          * of actual components, pad with zeros          #ifdef PASO_MPI
975          */             MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
976          do_write=TRUE;          #endif
977          for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)       } else {
978          {           fprintf(fileHandle_p,footer);
979            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)           fclose(fileHandle_p);
980            {       }
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               * of 9 data points */  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
                 for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             fprintf(fileHandle_p, "\n");  
           }  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
981    }    }
   /* finish off the piece */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");  
   
   fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");  
   /* write the xml footer */  
   fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");  
   /* close the file */  
   fclose(fileHandle_p);  
982    TMPMEMFREE(isCellCentered);    TMPMEMFREE(isCellCentered);
983      TMPMEMFREE(txt_buffer);
984    return;    return;
985  }  #else
986      /* Don't kill the job if saveVTK() doesn't work */
987      fprintf(stderr, "\n\nsaveVTK warning: VTK is not available\n\n\n");
988  #endif  #endif
989    }

Legend:
Removed from v.1028  
changed lines
  Added in v.1705

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26