/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1062 by gross, Mon Mar 26 06:17:53 2007 UTC revision 1312 by ksteube, Mon Sep 24 06:18:44 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
# Line 29  Line 25 
25  #include "Assemble.h"  #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    
28  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
29   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
30    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
31   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
32   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
33   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
35   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
36    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
37   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
38   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
39   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
40   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
41   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
42      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
43   Notable Notables:    dest_in_use+=strlen(chunk); \
  the struct localIndexCache: stores local domain indices for faster  reference  
 */  
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
44  }  }
45    
46  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
47                             Finley_Mesh *mesh_p,
48                             const dim_t num_data,
49                             char* *names_p,
50                             escriptDataC* *data_pp)
51  {  {
52    int    numPoints,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
53    numCells = -1,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
54               myRank,comm,gsize,    size_t len_txt_buffer, max_len_names, txt_buffer_in_use;
55               numLocal,    FILE * fileHandle_p = NULL;
56               nDim,    int mpi_size, i_data, i,j , cellType;
57               shape;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement, myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd, shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
58    size_t __n;    bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
59    int i,j,k,m,n,count;    bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
60    int numGlobalCells = 0;    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
61    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    #ifdef PASO_MPI
62      int ierr;
   /* variables associatted with write_celldata/pointdata */  
   int numPointsPerSample,  
   nComp,  
   nCompReqd;  
   double* values, rtmp;  
   
   // Local element info (for debugging)  
   size_t numLocalCells,  
   numInternalCells,  
   numBoundaryCells;  
   
   int rank;  
   
63    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
64      MPI_File mpi_fileHandle_p;
65    comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;    MPI_Status mpi_status;
66    myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;    MPI_Request mpi_req;
67    gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;    MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
68      #endif
69    MPI_File fh;    Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
70    MPI_Status status;    int nodetype=FINLEY_NODES;
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
71    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
72    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
73      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
74    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
75      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
   numLocalNodes,  
   numBoundaryNodes,  
   localDOF;  // equals to  (DOF of Internal Nodes) +  (DOF of Boundary Nodes) of local domain  
   
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element index into the global array  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   
   struct localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
       case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
       case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
       case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
       case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM || nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
   
   //  we will be writing values which vary from 13-15 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*15*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[15];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   
   // Custom string concat:  avoids expensive strlen(3) call by strcat(3)  
   // Note the implicit assumption on the variable "tsz"  
   int __len,__j;  
   char  *zero = "0.000000e+00 ";  
   char  *newline = "\n";  
     
 #define __STRCAT(dest,chunk,tsz)  \  
 {                  \  
    __len = strlen(chunk); \  
    __j = -1;      \  
    while(__j++ < __len)  \  
     *(dest+tsz+__j)=*(chunk+__j); \  
    tsz+=__len;              \  
 }  
76        
77    // Loop over all nodes      
78    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)    /****************************************/
79    {    /*                                      */
80      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /*       tags in the vtk file           */
81      // correspondance between nodes and Degrees of freedom  
82      //TODO: handle periodic BC's    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
83      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
84                        "<UnstructuredGrid>\n" \
85      // Is this node local to the domain ?                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
86      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<Points>\n" \
87      {                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
88        for (j = 0; j < nDim; j++)    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
89        {    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
90          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
91          __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
92        }    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
93        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
94        {    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
95          __STRCAT(largebuf,zero,tsz)    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
96        }    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
   
   nodeCache.size=numNodesOutput;  
97    
98    largebuf[tsz] = '\0';    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
99    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    /* if there is no mesh we just return */
100    MEMFREE(largebuf);    if (mesh_p==NULL) return;
   
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
   
   // form distribution info on who output which nodes  
   vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );  
   vtxdist[0]=0;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
   }  
101    
102    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
103    // send local info    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
104    forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       /* TODO: voodoo to handle perdiodic  BC's */  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
     
105    
106        if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
107    MEMFREE(vtxdist);          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
108    MEMFREE(DOFNodes);          return;  
   MEMFREE(backwardBuffer);  
   MEMFREE(forwardBuffer);  
   
   if( myRank == 0)  
   {  
     char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \  
                  "format=\"ascii\">\n" ;  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
109    }    }
110    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    /*************************************************************************************/
   
   /* BEGIN CONNECTIVITY */  
111    
112    int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */    /* open the file and check handle */
   
   // Collective  
   MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")  
113    
114    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;    if (mpi_size > 1) {
115    largebuf = MEMALLOC(sz,char);          #ifdef PASO_MPI
116    largebuf[0] = '\0';            /* Collective Call */
117    tsz=0;            #ifdef MPIO_HINTS
118    pos = 0;              MPI_Info_create(&mpi_info);
119    // numCells?              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
120    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
121    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
122    {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
123      for (i = 0; i < numCells; i++)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
124      {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
125                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
126        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )            
127        {              /*XFS only */
128          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)              /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
129          {            #endif
130            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);            ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
131            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)            if (! ierr) {
132          }                sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
133          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)                Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
134          elementCache.values[pos++]=i;            } else {
135        }               MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
136      }            }
137            #endif
138      } else {
139            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
140            if (fileHandle_p==NULL) {
141               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
142               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
143             }
144    }    }
145    else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)    if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
146    {    /*************************************************************************************/
     char tmpbuf2[20*20*2];  
   
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         __STRCAT(largebuf,tmpbuf2,tsz)  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
147    
148      for (i = 0; i < numCells; i++)    /* find the mesh type to be written */
149      {  
150        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
151        {    max_len_names=0;
152          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
153          {       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
154            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);         elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
155            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)         nodetype=FINLEY_NODES;
156          }         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
157          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
158          elementCache.values[pos++]=i;           case FINLEY_NODES:
159        }             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
160      }             isCellCentered[i_data]=FALSE;
161    }             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
162    else               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
163    {             } else {
164      for(i = 0;i  < numCells ; i++)               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
165      {             }
166        if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)             break;
167        {           case FINLEY_REDUCED_NODES:
168          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)             nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
169          {             isCellCentered[i_data]=FALSE;
170            sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
171            __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
172               } else {
173                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
174               }
175               break;
176             case FINLEY_ELEMENTS:
177             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
178               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES :FINLEY_NODES;
179               isCellCentered[i_data]=TRUE;
180               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
181                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
182               } else {
183                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
184               }
185               break;
186             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
187             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
188               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES :FINLEY_NODES;
189               isCellCentered[i_data]=TRUE;
190               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
191                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
192               } else {
193                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
194               }
195               break;
196             case FINLEY_POINTS:
197               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
198               isCellCentered[i_data]=TRUE;
199               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
200                 elementtype=FINLEY_POINTS;
201               } else {
202                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
203               }
204               break;
205             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
206             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
207               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES :FINLEY_NODES;
208               isCellCentered[i_data]=TRUE;
209               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
210                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
211               } else {
212                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
213               }
214               break;
215             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
216             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
217               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES :FINLEY_NODES;
218               isCellCentered[i_data]=TRUE;
219               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
220                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
221               } else {
222                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
223               }
224               break;
225             default:
226               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
227               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
228             }
229             if (isCellCentered[i_data]) {
230               write_celldata=TRUE;
231             } else {
232               write_pointdata=TRUE;
233             }
234             max_len_names =MAX(max_len_names,strlen(names_p[i_data]));
235           }
236         }
237      }
238      if (Finley_noError()) {
239    
240         /***************************************/
241    
242         /* select number of points and the mesh component */
243      
244         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
245            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
246            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
247            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
248            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
249         } else {
250            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
251            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
252            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
253            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
254         }
255         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
256         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
257         switch(elementtype) {
258           case FINLEY_ELEMENTS:
259              elements=mesh_p->Elements;
260              break;
261            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
262              elements=mesh_p->FaceElements;
263              break;
264            case FINLEY_POINTS:
265              elements=mesh_p->Points;
266              break;
267            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
268              elements=mesh_p->ContactElements;
269              break;
270         }
271         if (elements==NULL) {
272           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
273         } else {
274           /* map finley element type to VTK element type */
275           numCells = elements->numElements;
276           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
277           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
278           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
279           NN = elements->numNodes;
280           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES || nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
281              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
282           } else {
283              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
284           }
285           switch(TypeId) {
286            case Point1:
287            case Line2Face:
288            case Line3Face:
289            case Point1_Contact:
290            case Line2Face_Contact:
291            case Line3Face_Contact:
292              numCellFactor=1;
293              cellType = VTK_VERTEX;
294              numVTKNodesPerElement = 1;
295              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
296              break;
297          
298            case Line2:
299            case Tri3Face:
300            case Rec4Face:
301            case Line2_Contact:
302            case Tri3_Contact:
303            case Tri3Face_Contact:
304            case Rec4Face_Contact:
305              numCellFactor=1;
306              cellType = VTK_LINE;
307              numVTKNodesPerElement = 2;
308              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
309              break;
310          
311            case Tri3:
312            case Tet4Face:
313            case Tet4Face_Contact:
314              numCellFactor=1;
315              cellType = VTK_TRIANGLE;
316              numVTKNodesPerElement = 3;
317              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
318              break;
319          
320            case Rec4:
321            case Hex8Face:
322            case Rec4_Contact:
323            case Hex8Face_Contact:
324              numCellFactor=1;
325              cellType = VTK_QUAD;
326              numVTKNodesPerElement = 4;
327              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
328              break;
329          
330            case Tet4:
331              numCellFactor=1;
332              cellType = VTK_TETRA;
333              numVTKNodesPerElement = 4;
334              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
335              break;
336          
337            case Hex8:
338              numCellFactor=1;
339              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
340              numVTKNodesPerElement = 8;
341              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
342              break;
343          
344            case Line3:
345            case Tri6Face:
346            case Rec8Face:
347            case Line3_Contact:
348            case Tri6Face_Contact:
349            case Rec8Face_Contact:
350              numCellFactor=1;
351              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
352              numVTKNodesPerElement = 3;
353              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
354              break;
355          
356            case Tri6:
357            case Tet10Face:
358            case Tri6_Contact:
359            case Tet10Face_Contact:
360              numCellFactor=1;
361              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
362              numVTKNodesPerElement = 6;
363              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
364              break;
365          
366            case Rec8:
367            case Hex20Face:
368            case Rec8_Contact:
369            case Hex20Face_Contact:
370              numCellFactor=1;
371              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
372              numVTKNodesPerElement = 8;
373              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
374              break;
375          
376            case Tet10:
377              numCellFactor=1;
378              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
379              numVTKNodesPerElement = 10;
380              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
381              break;
382          
383            case Hex20:
384              numCellFactor=1;
385              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
386              numVTKNodesPerElement = 20;
387              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
388              break;
389          
390            default:
391              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
392              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
393          }          }
394          __STRCAT(largebuf,newline,tsz)       }
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
395    }    }
396      /***************************************/
397    
398    elementCache.size = pos;    /***************************************/
399      /*                                     */
400      /*   allocate text buffer              */
401      /*                                     */
402      max_name_len=0;
403      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,strlen(names_p[i_data]));
404      len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
405      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
406      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
407      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
408      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
409      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
410      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
411      txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
412      Finley_checkPtr(txt_buffer);
413      
414      if (Finley_noError()) {
415    
416    largebuf[tsz] = '\0';       /* select number of points and the mesh component */
   MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);  
   MEMFREE(largebuf);  
   MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")  
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     // allocate an upper bound on number of bytes needed    
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;    
     tsz = 0;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     __STRCAT(largebuf,tag1,tsz)  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag2,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // re-using buffer!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     __STRCAT(largebuf,tag3,tsz)  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       __STRCAT(largebuf,tmp,tsz)  
     }  
     __STRCAT(largebuf,tag4,tsz)  
     largebuf[tsz] = '\0';  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
417    
418    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
419    
420    // Write Cell data header Tags        if (mpi_size > 1) {
421    if(myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
422    {              #ifdef PASO_MPI
423      MPIO_DEBUG(" Writing Cell Data ...")                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
424      if( write_celldata)                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
425      {              #endif
426        char tmpBuf[80];            }
427        char header[600];        } else {
428        // mark the active data arrays           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
429        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;        }
430        sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
431        strcat(header,tmpBuf);        /* write the nodes */
432        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
433        {        if (mpi_size > 1) {
434          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
435          {           txt_buffer[0] = '\0';
436            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
437            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
438            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
439                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
440                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
441                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
442                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
443                                        0.);
444                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
445                   }
446                }      
447             } else {
448                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
449                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
450                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
451                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
452                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
453                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
454                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
455                   }
456                }    
457      
458             }
459             #ifdef PASO_MPI
460                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
461             #endif    
462          } else {
463             if (nDim==2) {
464                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
465                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
466                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
467                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
468                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
469                                          0.);
470                   }
471                }      
472             } else {
473                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
474                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
475                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
476                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
477                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
478                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
479                   }
480                }    
481      
482             }
483          }
484    
485          /* close the Points and open connectivity */
486    
487          if (mpi_size > 1) {
488              if ( my_mpi_rank == 0) {
489                 #ifdef PASO_MPI
490                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
491                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
492                 #endif
493              }
494          } else {
495             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
496          }
497    
498         /* write the cells */
499         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
500            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
501         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
502            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
503         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
504            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
505         } else {
506            node_index=NULL;
507         }
508    
509         if ( mpi_size > 1) {
510            txt_buffer[0] = '\0';
511            txt_buffer_in_use=0;
512            if (node_index == NULL) {
513               for (i = 0; i < numCells; i++) {
514                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
515                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
516                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
517                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
518                     }
519                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
520                  }
521               }
522            } else {
523               for (i = 0; i < numCells; i++) {
524                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
525                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
526                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
527                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
528                     }
529                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
530                  }
531               }
532            }
533            #ifdef PASO_MPI
534               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
535            #endif    
536         } else {
537            if (node_index == NULL) {
538               for (i = 0; i < numCells; i++) {
539                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
540                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
541                   }
542                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
543               }
544            } else {
545               for (i = 0; i < numCells; i++) {
546                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
547                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
548                   }
549                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
550               }
551            }
552    
553         }
554        
555         /* finalize the connection and start the offset section */
556         if (mpi_size > 1) {
557            if( my_mpi_rank == 0) {
558               #ifdef PASO_MPI
559                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
560                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
561               #endif
562            }
563         } else {
564            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
565         }
566    
567        /* write the offsets */
568          
569         if ( mpi_size > 1) {
570            txt_buffer[0] = '\0';
571            txt_buffer_in_use=0;
572            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
573               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
574               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
575             }
576             #ifdef PASO_MPI
577                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
578             #endif    
579         } else {
580            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
581               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
582            }
583        
584         }
585         /* finalize the offset section and start the type section */
586         if ( mpi_size > 1) {
587            if ( my_mpi_rank == 0) {
588               #ifdef PASO_MPI
589                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
590                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
591               #endif
592            }
593        } else {
594           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
595        }
596        
597          
598         /* write element type */
599         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
600         if ( mpi_size > 1) {
601            txt_buffer[0] = '\0';
602            txt_buffer_in_use=0;
603            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
604             #ifdef PASO_MPI
605                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
606             #endif    
607         } else {
608            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
609         }
610         /* finalize cell information */
611         if ( mpi_size > 1) {
612            if ( my_mpi_rank == 0) {
613               #ifdef PASO_MPI
614                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
615                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
616               #endif
617            }
618        } else {
619           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
620        }
621     }
622    
623     /* Write cell data */
624     if (write_celldata && Finley_noError()) {
625          /* mark the active data arrays */
626          txt_buffer[0] = '\0';
627          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
628          strcat(txt_buffer, "<CellData");
629          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
630            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
631              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
632              /* if the rank == 1:   --> vector data */
633              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
634    
635            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
636            case 0:            case 0:
637              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
638              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
639                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
640                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
641                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
642              }              }
643              break;              break;
644            case 1:            case 1:
645              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
646              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
647                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
648            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
649                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
650              }              }
651              break;              break;
652            case 2:            case 2:
653              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
654              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
655                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
656            strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
657                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
658              }              }
659              break;              break;
# Line 804  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 664  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
664            }            }
665          }          }
666        }        }
667        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
668        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
669        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
670      }             #ifdef PASO_MPI
671    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
672                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
673    // write actual data (collective)             #endif
674    if(write_celldata)          }
675    {        } else {
676      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
677      {        }
678        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
679        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
680          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
681          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
682          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
683          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
684          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
685          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
686          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
687            nCompReqd = 1;              shape=0;
688          }              if (rank == 0) {
689          else if (rank == 1)                nCompReqd = 1;
690          {              } else if (rank == 1) {
691            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
692            if  (shape>3)                if  (shape>3) {
693            {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
   
         // Write the actual data  
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*15 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         size_t tsz = 0;  
   
         double sampleAvg[nComp];  
   
         for (k=0; k<elementCache.size; k++)  
         {  
           i = elementCache.values[k];  
   
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           // averaging over the number of points in the sample  
           for (n=0; n<nComp; n++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(n,j,nComp)];  
                sampleAvg[n] = rtmp/numPointsPerSample;  
             } else {  
                sampleAvg[n] = values[n];  
             }  
           }  
           // if the number of required components is more than the number  
           // of actual components, pad with zeros  
   
           // probably only need to get shape of first element  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);  
             __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             // write out the data  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
             {  
               __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
             }  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             // of 9 data points  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
694                }                }
695              }                nCompReqd = 3;
696              for (m=0; m<3-shape; m++)              } else {
697                for (n=0; n<3; n++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
698                {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
699                  __STRCAT(largebuf,zero,tsz)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
700                }                }
701            }                nCompReqd = 9;
702            __STRCAT(largebuf,newline,tsz)              }
703          }              if (Finley_noError()) {
704          largebuf[tsz] = '\0';                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
705          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);                 if ( mpi_size > 1) {
706          MEMFREE(largebuf);                   if ( my_mpi_rank == 0) {
707          if( myRank == 0)                      #ifdef PASO_MPI
708          {                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
709            char *tag = "</DataArray>\n";                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
710            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);                      #endif
711            MPI_Wait(&req,&status);                   }
712                   } else {
713                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
714                   }
715                   for (i=0; i<numCells; i++) {
716                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
717                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
718                          /* averaging over the number of points in the sample */
719                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
720                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
721                               rtmp = 0.;
722                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
723                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
724                            } else {
725                               sampleAvg[k] = values[k];
726                            }
727                          }
728                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
729                          * of actual components, pad with zeros
730                          */
731                          /* probably only need to get shape of first element */
732                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
733                          if (nCompReqd == 1) {
734                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
735                          } else if (nCompReqd == 3) {
736                            if (shape==1) {
737                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
738                            } else if (shape==2) {
739                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
740                            } else if (shape==3) {
741                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
742                            }
743                          } else if (nCompReqd == 9) {
744                            if (shape==1) {
745                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
746                                                                    0.,0.,0.,
747                                                                    0.,0.,0.);
748                            } else if (shape==2) {
749                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
750                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
751                                                                    0.,0.,0.);
752                            } else if (shape==3) {
753                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
754                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
755                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
756                            }
757                          }
758                          if ( mpi_size > 1) {
759                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
760                          } else {
761                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
762                          }
763                      }
764                   }
765                   if ( mpi_size > 1) {
766                         #ifdef PASO_MPI
767                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
768                         #endif    
769                         if ( my_mpi_rank == 0) {
770                            #ifdef PASO_MPI
771                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
772                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
773                            #endif
774                         }
775                   } else {
776                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
777                   }
778                }
779             }
780          }
781          if ( mpi_size > 1) {
782            if ( my_mpi_rank == 0) {
783               #ifdef PASO_MPI
784                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
785                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
786               #endif
787          }          }
788          } else {
789              fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
790        }        }
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Cell Data ")  
791    }    }
792      /* point data */
793      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
794          /* mark the active data arrays */
795          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
796          txt_buffer[0] = '\0';
797          strcat(txt_buffer, "<PointData");
798          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
799            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
800              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
801              /* if the rank == 1:   --> vector data */
802              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
803    
804              switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
   // Write Point Data Header Tags  
   if( myRank == 0)  
   {  
     char header[600];  
     char tmpBuf[50];  
   
     if (write_pointdata)  
     {  
       MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")  
       // mark the active data arrays  
       bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
       sprintf(header, "<PointData");  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
   
           switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
           {  
805            case 0:            case 0:
806              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
807              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
808                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
809                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
810                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
811              }              }
812              break;              break;
813            case 1:            case 1:
814              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
815              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
816                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
817                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
818                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
819              }              }
820              break;              break;
821            case 2:            case 2:
822              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
823              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
824                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
825                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
826                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
827              }              }
828              break;              break;
# Line 1005  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 833  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
833            }            }
834          }          }
835        }        }
836        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
837        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
838        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
839      }             #ifdef PASO_MPI
840    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
841                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
842    // write actual data             #endif
843    if(write_pointdata)          }
844    {        } else {
845      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
846      {        }
847        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
848        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
849          if (Finley_Assemble_reducedIntegrationOrder(data_pp[i_data])) {           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
850             numPointsPerSample=elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;              txt_buffer[0] = '\0';
851          } else {              txt_buffer_in_use=0;
852             numPointsPerSample=elements->ReferenceElement->numQuadNodes;              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
853          }              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
854          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
855          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
856          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
   
         if( myRank == 0)  
         {  
           char header[250];  
           sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
         // write out the data  
         // if the number of required components is more than the number  
         // of actual components, pad with zeros  
   
         char tmpbuf[15];  
         char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*15 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 15,char);  
         largebuf[0] = '\0';  
         bool_t do_write=TRUE;  
         size_t tsz = 0;  
   
         for(k=0;k < nodeCache.size;k++)  
         {  
           i = nodeCache.values[k];  
   
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           // write the data different ways for scalar, vector and tensor  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);  
               __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
   
                 sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);  
                 __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
               }  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)  
               {  
                 __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
               }  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);  
                   __STRCAT(largebuf,tmpbuf,tsz)  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   __STRCAT(largebuf,zero,tsz)  
                 }  
               }  
             }  
             __STRCAT(largebuf,newline,tsz)  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
   
         largebuf[tsz] = '\0';  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
         }  
       }  
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
   }  
   // end write_pointdata  
   
   // tag and bag...    
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS  
 #endif  
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 #undef __STRCAT  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   #define NCOMP_MAX 9  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   double sampleAvg[NCOMP_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd, NN;  
   index_t j2;  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   FILE * fileHandle_p = NULL;  
   bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   Finley_ElementFile* elements=NULL;  
   ElementTypeId TypeId;  
   
   /* open the file and check handle */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);  
   
   
   if (Finley_checkPtr(isCellCentered)) {  
      fclose(fileHandle_p);  
      return;  
   }  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
       case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
       case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
       case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
       case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         TMPMEMFREE(isCellCentered);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   }  
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     TMPMEMFREE(isCellCentered);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         if (Finley_Assemble_reducedIntegrationOrder(data_pp[i_data])) {  
            numPointsPerSample=elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;  
         } else {  
            numPointsPerSample=elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         }  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++)  
           {  
             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {  
                rtmp = 0.;  
                for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
                sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
857              } else {              } else {
858                 sampleAvg[k] = values[k];                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
859              }              }
860                nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
861            }              shape=0;
862            /* if the number of required components is more than the number              if (rank == 0) {
863            * of actual components, pad with zeros                nCompReqd = 1;
864            */              } else if (rank == 1) {
865            /* probably only need to get shape of first element */                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
866            /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */                if  (shape>3) {
867            if (nCompReqd == 1)                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
868                }                }
869                for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                nCompReqd = 3;
870              }              } else {
871              for (m=0; m<3-shape; m++)                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
872                for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
873            }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
874            fprintf(fileHandle_p, "\n");                }
875          }                nCompReqd = 9;
876          fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");              }
877        }              if (Finley_noError()) {
878      }                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
879      fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");                 if ( mpi_size > 1) {
880    }                   if ( my_mpi_rank == 0) {
881    /* point data */                      #ifdef PASO_MPI
882    if (write_pointdata)                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
883    {                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
884      /* mark the active data arrays */                      #endif
885      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;                   }
886      fprintf(fileHandle_p, "<PointData");                 } else {
887      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
888      {                 }
889        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])                 for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
890        {                    k=globalNodeIndex[i];
891          /* if the rank == 0:   --> scalar data                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
892          * if the rank == 1:   --> vector data                       values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
893          * if the rank == 2:   --> tensor data                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
894          */                       * of actual components, pad with zeros
895          switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))                       */
896          {                       /* probably only need to get shape of first element */
897          case 0:                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
898            if (! set_scalar)                       if (nCompReqd == 1) {
899            {                         sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
900              fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                       } else if (nCompReqd == 3) {
901              set_scalar=TRUE;                         if (shape==1) {
902            }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
903            break;                         } else if (shape==2) {
904          case 1:                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
905            if (! set_vector)                         } else if (shape==3) {
906            {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
907              fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                         }
908              set_vector=TRUE;                       } else if (nCompReqd == 9) {
909            }                         if (shape==1) {
910            break;                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
911          case 2:                                                                 0.,0.,0.,
912            if (! set_tensor)                                                                 0.,0.,0.);
913            {                         } else if (shape==2) {
914              fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
915              set_tensor=TRUE;                                                                 values[2],values[3],0.,
916                                                                   0.,0.,0.);
917                           } else if (shape==3) {
918                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
919                                                                   values[3],values[4],values[5],
920                                                                   values[6],values[7],values[8]);
921                           }
922                         }
923                         if ( mpi_size > 1) {
924                           __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
925                         } else {
926                           fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
927                         }
928                      }
929                   }
930                   if ( mpi_size > 1) {
931                       #ifdef PASO_MPI
932                         MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
933                       #endif    
934                       if ( my_mpi_rank == 0) {
935                          #ifdef PASO_MPI
936                             MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
937                             MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
938                          #endif
939                       }
940                   } else {
941                      fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
942                   }
943                }
944              }
945            }
946            if ( mpi_size > 1) {
947              if ( my_mpi_rank == 0) {
948                 #ifdef PASO_MPI
949                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
950                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
951                 #endif
952            }            }
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           TMPMEMFREE(isCellCentered);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         if (Finley_Assemble_reducedIntegrationOrder(data_pp[i_data])) {  
            numPointsPerSample=elements->ReferenceElementReducedOrder->numQuadNodes;  
953          } else {          } else {
954             numPointsPerSample=elements->ReferenceElement->numQuadNodes;              fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
         }  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             TMPMEMFREE(isCellCentered);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
         /* write out the data */  
         /* if the number of required components is more than the number  
         * of actual components, pad with zeros  
         */  
         do_write=TRUE;  
         for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
         {  
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               * of 9 data points */  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
                 for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             fprintf(fileHandle_p, "\n");  
           }  
955          }          }
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
956    }    }
957    /* finish off the piece */    if (Finley_noError()) {
958    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");       if ( mpi_size > 1) {
959           if ( my_mpi_rank == 0) {
960    fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");            #ifdef PASO_MPI
961    /* write the xml footer */               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
962    fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
963    /* close the file */               #ifdef MPIO_HINTS
964    fclose(fileHandle_p);                 MPI_Info_free(&mpi_info);
965                   #undef MPIO_HINTS
966                 #endif
967                 MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
968              #endif
969            }
970         } else {
971             fprintf(fileHandle_p,footer);
972             fclose(fileHandle_p);
973         }
974      }
975    TMPMEMFREE(isCellCentered);    TMPMEMFREE(isCellCentered);
976      TMPMEMFREE(txt_buffer);
977    return;    return;
978  }  }
 #endif  
   

Legend:
Removed from v.1062  
changed lines
  Added in v.1312

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26