/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/esys2/finley/src/finleyC/Mesh_saveVTK.c revision 123 by jgs, Fri Jul 8 04:08:13 2005 UTC trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c revision 1388 by trankine, Fri Jan 11 07:45:58 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  /* $Id$ */  /* $Id$ */
3    
4    /*******************************************************
5     *
6     *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   writes data and mesh in a vtk file */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19    /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
 /*   Copyrights by ACcESS, Australia 2004 */  
 /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  
23    
 /**************************************************************/  
   
 #include "Finley.h"  
 #include "Common.h"  
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25  #include "escript/Data/DataC.h"  #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    
28  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, escriptDataC* data_p) {  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
29    #define INT_FORMAT "%d "
30    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
31    #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
32    #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
33    #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
34    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
35    #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
36    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
37    #define NEWLINE "\n"
38    #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
39    #define NCOMP_MAX 9
40    #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
41    {                  \
42      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
43      dest_in_use+=strlen(chunk); \
44    }
45    
46    void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
47                             Finley_Mesh *mesh_p,
48                             const dim_t num_data,
49                             char* *names_p,
50                             escriptDataC* *data_pp)
51    {
52      char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
53      double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
54      size_t len_txt_buffer, max_len_names, txt_buffer_in_use;
55      FILE * fileHandle_p = NULL;
56      int mpi_size, i_data, i,j , cellType;
57      dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement, myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd, shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
58      bool_t do_write, *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
59      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
60      index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
61      #ifdef PASO_MPI
62      int ierr;
63      int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
64      MPI_File mpi_fileHandle_p;
65      MPI_Status mpi_status;
66      MPI_Request mpi_req;
67      MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
68      #endif
69      Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
70      int nodetype=FINLEY_NODES;
71      int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
72      char elemTypeStr[32];
73      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
74      Finley_ElementFile* elements=NULL;
75      ElementTypeId TypeId;
76      
77    
78      /****************************************/
79      /*                                      */
80      /*       tags in the vtk file           */
81    
82      char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
83                        "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
84                        "<UnstructuredGrid>\n" \
85                        "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
86                        "<Points>\n" \
87                        "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
88      char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
89      char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
90      char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
91      char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
92      char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
93      char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
94      char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
95      char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
96      char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
97    
98      int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
99    /* if there is no mesh we just return */    /* if there is no mesh we just return */
100    if (mesh_p==NULL) return;    if (mesh_p==NULL) return;
101    Finley_ElementFile* elements=NULL;  
102    char elemTypeStr[32];    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
103    int i, j, k, numVTKNodesPerElement, isCellCentered=FALSE, nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
104    double* values, rtmp;    nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
105    int nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
106      if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
107    /* get a pointer to the relevant mesh component */          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
108    if (isEmpty(data_p)) {          return;  
     elements=mesh_p->Elements;  
   } else {  
     switch(getFunctionSpaceType(data_p)) {  
     case(FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM):  
       nodetype = FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
       isCellCentered = FALSE;  
       elements = mesh_p->Elements;  
       break;  
     case(FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM):  
       Finley_ErrorCode=VALUE_ERROR;  
       sprintf(Finley_ErrorMsg,  
           "Reduced degrees of freedom is not yet "  
           "implemented for saving vtk files\n");  
       return;  
     case(FINLEY_NODES):  
       nodetype=FINLEY_NODES;  
       isCellCentered=FALSE;  
       elements=mesh_p->Elements;  
       break;  
     case(FINLEY_ELEMENTS):  
       isCellCentered=TRUE;  
       elements=mesh_p->Elements;  
       break;  
     case(FINLEY_FACE_ELEMENTS):  
       isCellCentered=TRUE;  
       elements=mesh_p->FaceElements;  
       break;  
     case(FINLEY_POINTS):  
       isCellCentered=TRUE;  
       elements=mesh_p->Points;  
       break;  
     case(FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1):  
     case(FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2):  
       isCellCentered=TRUE;  
       elements=mesh_p->ContactElements;  
       break;  
     default:  
       Finley_ErrorCode=TYPE_ERROR;  
       sprintf(Finley_ErrorMsg,  
           "Finley does not know anything about function space type %d",  
           getFunctionSpaceType(data_p));  
       return;  
     }  
109    }    }
110      /*************************************************************************************/
111    
112    /* the number of points */    /* open the file and check handle */
   int numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
113    
114    /* the number of cells */    if (mpi_size > 1) {
115    if (elements == NULL) {          #ifdef PASO_MPI
116      Finley_ErrorCode = VALUE_ERROR;            /* Collective Call */
117      sprintf(Finley_ErrorMsg,            #ifdef MPIO_HINTS
118          "elements object is NULL; cannot proceed");              MPI_Info_create(&mpi_info);
119      return;              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
120                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
121                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
122                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
123                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
124                /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
125                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
126              
127                /*XFS only */
128                /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
129              #endif
130              ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
131              if (! ierr) {
132              perror(filename_p);
133                  sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing in parallel.", filename_p);
134                  Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
135              } else {
136                 MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
137              }
138            #endif
139      } else {
140            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
141            if (fileHandle_p==NULL) {
142               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
143               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
144             }
145    }    }
146    int numCells = elements->numElements;      if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
147        /*************************************************************************************/
148    /* open the file and check handle */  
149    FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");    /* find the mesh type to be written */
150    if (fileHandle_p==NULL) {  
151      Finley_ErrorCode=IO_ERROR;    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
152      sprintf(Finley_ErrorMsg,    max_len_names=0;
153          "File %s could not be opened for writing.", filename_p);    if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
154      return;       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
155         elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
156         for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
157           if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
158             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
159             case FINLEY_NODES:
160               nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
161               isCellCentered[i_data]=FALSE;
162               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
163                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
164               } else {
165                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
166               }
167               break;
168             case FINLEY_REDUCED_NODES:
169               nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
170               isCellCentered[i_data]=FALSE;
171               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
172                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
173               } else {
174                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
175               }
176               break;
177             case FINLEY_ELEMENTS:
178             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
179               isCellCentered[i_data]=TRUE;
180               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
181                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
182               } else {
183                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
184               }
185               break;
186             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
187             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
188               isCellCentered[i_data]=TRUE;
189               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
190                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
191               } else {
192                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
193               }
194               break;
195             case FINLEY_POINTS:
196               isCellCentered[i_data]=TRUE;
197               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
198                 elementtype=FINLEY_POINTS;
199               } else {
200                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
201               }
202               break;
203             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
204             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
205               isCellCentered[i_data]=TRUE;
206               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
207                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
208               } else {
209                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
210               }
211               break;
212             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
213             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
214               isCellCentered[i_data]=TRUE;
215               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
216                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
217               } else {
218                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
219               }
220               break;
221             default:
222               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
223               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
224             }
225             if (isCellCentered[i_data]) {
226               write_celldata=TRUE;
227             } else {
228               write_pointdata=TRUE;
229             }
230             max_len_names =MAX(max_len_names,strlen(names_p[i_data]));
231           }
232         }
233         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
234    }    }
235    /* xml header */    if (Finley_noError()) {
236    fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
237    fprintf(fileHandle_p,       /***************************************/
238        "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
239         /* select number of points and the mesh component */
240    /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */    
241    fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");       if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
242            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
243    /* is there only one "piece" to the data?? */          myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
244    fprintf(fileHandle_p, "<Piece "          globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
245        "NumberOfPoints=\"%d\" "          globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
246        "NumberOfCells=\"%d\">\n",       } else {
247        numPoints, numCells);          myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
248            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
249    /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */          globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
250    /* "The points element explicitly defines coordinates for each point          globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
251     * individually.  It contains one DataArray element describing an array       }
252     * with three components per value, each specifying the coordinates of one       myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
253     * point" - from Vtk User's Guide       if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
254     */       switch(elementtype) {
255    fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");         case FINLEY_ELEMENTS:
256    /*            elements=mesh_p->Elements;
257     * the reason for this if statement is explained in the long comment below            break;
258     */          case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
259    if (nDim < 3) {            elements=mesh_p->FaceElements;
260      fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "            break;
261          "NumberOfComponents=\"3\" "          case FINLEY_POINTS:
262          "type=\"Float32\" "            elements=mesh_p->Points;
263          "format=\"ascii\">\n");            break;
264    } else {          case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
265      fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "            elements=mesh_p->ContactElements;
266          "NumberOfComponents=\"%d\" "            break;
267          "type=\"Float32\" "       }
268          "format=\"ascii\">\n",       if (elements==NULL) {
269          nDim);         Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
270         } else {
271           /* map finley element type to VTK element type */
272           numCells = elements->numElements;
273           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
274           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
275           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
276           NN = elements->numNodes;
277           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES || nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
278              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
279           } else {
280              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
281           }
282           switch(TypeId) {
283            case Point1:
284            case Line2Face:
285            case Line3Face:
286            case Point1_Contact:
287            case Line2Face_Contact:
288            case Line3Face_Contact:
289              numCellFactor=1;
290              cellType = VTK_VERTEX;
291              numVTKNodesPerElement = 1;
292              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
293              break;
294          
295            case Line2:
296            case Tri3Face:
297            case Rec4Face:
298            case Line2_Contact:
299            case Tri3_Contact:
300            case Tri3Face_Contact:
301            case Rec4Face_Contact:
302              numCellFactor=1;
303              cellType = VTK_LINE;
304              numVTKNodesPerElement = 2;
305              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
306              break;
307          
308            case Tri3:
309            case Tet4Face:
310            case Tet4Face_Contact:
311              numCellFactor=1;
312              cellType = VTK_TRIANGLE;
313              numVTKNodesPerElement = 3;
314              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
315              break;
316          
317            case Rec4:
318            case Hex8Face:
319            case Rec4_Contact:
320            case Hex8Face_Contact:
321              numCellFactor=1;
322              cellType = VTK_QUAD;
323              numVTKNodesPerElement = 4;
324              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
325              break;
326          
327            case Tet4:
328              numCellFactor=1;
329              cellType = VTK_TETRA;
330              numVTKNodesPerElement = 4;
331              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
332              break;
333          
334            case Hex8:
335              numCellFactor=1;
336              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
337              numVTKNodesPerElement = 8;
338              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
339              break;
340          
341            case Line3:
342            case Tri6Face:
343            case Rec8Face:
344            case Line3_Contact:
345            case Tri6Face_Contact:
346            case Rec8Face_Contact:
347              numCellFactor=1;
348              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
349              numVTKNodesPerElement = 3;
350              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
351              break;
352          
353            case Tri6:
354            case Tet10Face:
355            case Tri6_Contact:
356            case Tet10Face_Contact:
357              numCellFactor=1;
358              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
359              numVTKNodesPerElement = 6;
360              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
361              break;
362          
363            case Rec8:
364            case Hex20Face:
365            case Rec8_Contact:
366            case Hex20Face_Contact:
367              numCellFactor=1;
368              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
369              numVTKNodesPerElement = 8;
370              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
371              break;
372          
373            case Tet10:
374              numCellFactor=1;
375              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
376              numVTKNodesPerElement = 10;
377              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
378              break;
379          
380            case Hex20:
381              numCellFactor=1;
382              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
383              numVTKNodesPerElement = 20;
384              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
385              break;
386          
387            default:
388              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
389              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
390            }
391         }
392    }    }
393    for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {    /***************************************/
394      fprintf(fileHandle_p,  
395          "%e", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)]);    /***************************************/
396      for (j = 1; j < nDim; j++) {    /*                                     */
397        fprintf(fileHandle_p,    /*   allocate text buffer              */
398            " %f",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);    /*                                     */
399        /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate    max_name_len=0;
400         * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if    for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,strlen(names_p[i_data]));
401         * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third    len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
402         * dimension, and keep the visualisers happy.    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
403         * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
404         * that the total number of dims is 3.    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
405         */    len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
406        if (nDim < 3) {    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
407      for (k=0; k<3-nDim; k++) {    if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
408        fprintf(fileHandle_p, " 0");    txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
409      }    Finley_checkPtr(txt_buffer);
410      
411      if (Finley_noError()) {
412    
413         /* select number of points and the mesh component */
414    
415         sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
416    
417          if (mpi_size > 1) {
418              if ( my_mpi_rank == 0) {
419                #ifdef PASO_MPI
420                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
421                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
422                #endif
423              }
424          } else {
425             fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
426          }
427    
428          /* write the nodes */
429          
430          if (mpi_size > 1) {
431    
432             txt_buffer[0] = '\0';
433             txt_buffer_in_use=0;
434             if (nDim==2) {
435                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
436                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
437                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
438                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
439                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
440                                        0.);
441                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
442                   }
443                }      
444             } else {
445                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
446                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
447                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
448                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
449                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
450                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
451                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
452                   }
453                }    
454      
455             }
456             #ifdef PASO_MPI
457                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
458             #endif    
459          } else {
460             if (nDim==2) {
461                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
462                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
463                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
464                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
465                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
466                                          0.);
467                   }
468                }      
469             } else {
470                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
471                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
472                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
473                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
474                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
475                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
476                   }
477                }    
478      
479             }
480        }        }
481    
482          /* close the Points and open connectivity */
483    
484          if (mpi_size > 1) {
485              if ( my_mpi_rank == 0) {
486                 #ifdef PASO_MPI
487                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
488                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
489                 #endif
490              }
491          } else {
492             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
493          }
494    
495         /* write the cells */
496         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
497            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
498         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
499            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
500         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
501            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
502         } else {
503            node_index=NULL;
504         }
505    
506         if ( mpi_size > 1) {
507            txt_buffer[0] = '\0';
508            txt_buffer_in_use=0;
509            if (node_index == NULL) {
510               for (i = 0; i < numCells; i++) {
511                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
512                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
513                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
514                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
515                     }
516                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
517                  }
518               }
519            } else {
520               for (i = 0; i < numCells; i++) {
521                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
522                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
523                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
524                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
525                     }
526                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
527                  }
528               }
529            }
530            #ifdef PASO_MPI
531               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
532            #endif    
533         } else {
534            if (node_index == NULL) {
535               for (i = 0; i < numCells; i++) {
536                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
537                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
538                   }
539                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
540               }
541            } else {
542               for (i = 0; i < numCells; i++) {
543                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
544                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
545                   }
546                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
547               }
548            }
549    
550         }
551        
552         /* finalize the connection and start the offset section */
553         if (mpi_size > 1) {
554            if( my_mpi_rank == 0) {
555               #ifdef PASO_MPI
556                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
557                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
558               #endif
559            }
560         } else {
561            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
562         }
563    
564        /* write the offsets */
565          
566         if ( mpi_size > 1) {
567            txt_buffer[0] = '\0';
568            txt_buffer_in_use=0;
569            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
570               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
571               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
572             }
573             #ifdef PASO_MPI
574                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
575             #endif    
576         } else {
577            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
578               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
579            }
580        
581         }
582         /* finalize the offset section and start the type section */
583         if ( mpi_size > 1) {
584            if ( my_mpi_rank == 0) {
585               #ifdef PASO_MPI
586                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
587                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
588               #endif
589            }
590        } else {
591           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
592      }      }
593      fprintf(fileHandle_p, "\n");      
594    }        
595    fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");       /* write element type */
596    fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");       sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
597         if ( mpi_size > 1) {
598    /* connections */          txt_buffer[0] = '\0';
599    /* now for the cells */          txt_buffer_in_use=0;
600    /* "The Cells element defines cells explicitly by specifying point          for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
601     * connectivity and cell types.  It contains three DataArray elements.  The           #ifdef PASO_MPI
602     * first array specifies the point connectivity.  All cells' point lists              MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
603     * are concatenated together.  The second array specifies th eoffset into           #endif    
604     * the connectivity array for the end of each cell.  The third array       } else {
605     * specifies the type of each cell.          for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
606     */       }
607    /* if no element table is present jump over the connection table */       /* finalize cell information */
608    int cellType;       if ( mpi_size > 1) {
609    if (elements!=NULL) {          if ( my_mpi_rank == 0) {
610      fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");             #ifdef PASO_MPI
611      ElementTypeId TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
612      switch(TypeId) {                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
613      case Point1:             #endif
614        cellType = VTK_VERTEX;          }
615        break;      } else {
616      case Line2:         fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Line3:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Tri3:  
       cellType = VTK_TRIANGLE;  
       break;  
     case Tri6:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
       break;  
     case Rec4:  
       cellType = VTK_QUAD;  
       break;  
     case Rec8:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
       break;  
     case Tet4:  
       cellType = VTK_TETRA;  
       break;  
     case Tet10:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
       break;  
     case Hex8:  
       cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
       break;  
     case Hex20:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
       break;  
     case Line2Face:  
       cellType = VTK_VERTEX;  
       break;  
     case Line3Face:  
       cellType = VTK_VERTEX;  
       break;  
     case Tri3Face:  
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Tri6Face:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Rec4Face:  
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Rec8Face:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Tet4Face:  
       cellType = VTK_TRIANGLE;  
       break;  
     case Tet10Face:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
       break;  
     case Hex8Face:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
       break;  
     case Hex20Face:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
       break;  
     case Point1_Contact:  
       cellType = VTK_VERTEX;  
       break;  
     case Line2_Contact:  
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Line3_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Tri3_Contact:  
       cellType = VTK_TRIANGLE;  
       break;  
     case Tri6_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
       break;  
     case Rec4_Contact:  
       cellType = VTK_QUAD;  
       break;  
     case Rec8_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
       break;  
     case Line2Face_Contact:  
       cellType = VTK_VERTEX;  
       break;  
     case Line3Face_Contact:  
       cellType = VTK_VERTEX;  
       break;  
     case Tri3Face_Contact:  
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Tri6Face_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Rec4Face_Contact:  
       cellType = VTK_LINE;  
       break;  
     case Rec8Face_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
       break;  
     case Tet4Face_Contact:  
       cellType = VTK_TRIANGLE;  
       break;  
     case Tet10Face_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
       break;  
     case Hex8Face_Contact:  
       cellType = VTK_QUAD;  
       break;  
     case Hex20Face_Contact:  
       cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
       break;  
     default:  
       Finley_ErrorCode=VALUE_ERROR;  
       sprintf(Finley_ErrorMsg,  
           "Element type %s is not supported by VTK",  
           elements->ReferenceElement->Type->Name);  
       return;  
     }  
   
     switch(cellType) {  
     case VTK_VERTEX:  
       numVTKNodesPerElement = 1;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
       break;  
     case VTK_LINE:  
       numVTKNodesPerElement = 2;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
       break;  
     case VTK_TRIANGLE:  
       numVTKNodesPerElement = 3;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
       break;  
     case VTK_QUAD:  
       numVTKNodesPerElement = 4;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
       break;  
     case VTK_TETRA:  
       numVTKNodesPerElement = 4;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
       break;  
     case VTK_HEXAHEDRON:  
       numVTKNodesPerElement = 8;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
       break;  
     case VTK_QUADRATIC_EDGE:  
       numVTKNodesPerElement = 3;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
       break;  
     case VTK_QUADRATIC_TRIANGLE:  
       numVTKNodesPerElement = 6;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
       break;  
     case VTK_QUADRATIC_QUAD:  
       numVTKNodesPerElement = 8;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
       break;  
     case VTK_QUADRATIC_TETRA:  
       numVTKNodesPerElement = 10;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
       break;  
     case VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON:  
       numVTKNodesPerElement = 20;  
       strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
       break;  
     default:  
       Finley_ErrorCode = VALUE_ERROR;  
       sprintf(Finley_ErrorMsg,  
           "Cell type %d is not supported by VTK", cellType);  
       return;  
617      }      }
618     }
619    
620      /* write out the DataArray element for the connectivity */   /* Write cell data */
621      fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "   if (write_celldata && Finley_noError()) {
622          "Name=\"connectivity\" "        /* mark the active data arrays */
623          "type=\"Int32\" "        txt_buffer[0] = '\0';
624          "format=\"ascii\">\n");        set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
625      int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;        strcat(txt_buffer, "<CellData");
626      int counter = 0;        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
627      for (i = 0; i < numCells; i++) {          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
628        fprintf(fileHandle_p, "%d ",            /* if the rank == 0:   --> scalar data */
629            mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]);            /* if the rank == 1:   --> vector data */
630        counter++; /* counter for the number of connectivity points written */            /* if the rank == 2:   --> tensor data */
631        /* if the counter gets too big (i.e. the line gets too long),  
632         * then add a newline and reset */            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
633        if (counter > 19) {            case 0:
634        fprintf(fileHandle_p, "\n");              if (! set_scalar) {
635        counter = 0;                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
636                  strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
637                  strcat(txt_buffer,"\"");
638                  set_scalar=TRUE;
639                }
640                break;
641              case 1:
642                if (! set_vector) {
643                  strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
644                  strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
645                  strcat(txt_buffer,"\"");
646                  set_vector=TRUE;
647                }
648                break;
649              case 2:
650                if (! set_tensor) {
651                  strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
652                  strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
653                  strcat(txt_buffer,"\"");
654                  set_tensor=TRUE;
655                }
656                break;
657              default:
658                sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
659                Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
660                return;
661              }
662            }
663        }        }
664        for (j = 1; j < numVTKNodesPerElement; j++) {        strcat(txt_buffer, ">\n");
665      fprintf(fileHandle_p,"%d ", mesh_p->Elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);        if ( mpi_size > 1) {
666      counter++;          if ( my_mpi_rank == 0) {
667      /* if the counter gets too big (i.e. the line gets too long),             #ifdef PASO_MPI
668       * then add a newline and reset */                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
669      if (counter > 19) {                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
670          fprintf(fileHandle_p, "\n");             #endif
671          counter = 0;          }
672      }        } else {
673              fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
674        }        }
675      }        /* write the arrays */
676      fprintf(fileHandle_p, "\n");        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
677      fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
678                txt_buffer[0] = '\0';
679      /* write out the DataArray element for the offsets */              txt_buffer_in_use=0;
680      fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
681          "Name=\"offsets\" "              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
682          "type=\"Int32\" "              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
683          "format=\"ascii\">\n");              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
684      counter = 0;  /* counter for the number of offsets written to file */              shape=0;
685      for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) {              if (rank == 0) {
686        fprintf(fileHandle_p, "%d ", i);                nCompReqd = 1;
687        counter++;              } else if (rank == 1) {
688        /* if the counter gets too big (i.e. the line gets too long),                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
689         * then add a newline and reset */                if  (shape>3) {
690        if (counter > 19) {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
691        counter = 0;                }
692        fprintf(fileHandle_p, "\n");                nCompReqd = 3;
693                } else {
694                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
695                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
696                    Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
697                  }
698                  nCompReqd = 9;
699                }
700                if (Finley_noError()) {
701                   sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
702                   if ( mpi_size > 1) {
703                     if ( my_mpi_rank == 0) {
704                        #ifdef PASO_MPI
705                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
706                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
707                        #endif
708                     }
709                   } else {
710                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
711                   }
712                   for (i=0; i<numCells; i++) {
713                       if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
714                          values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
715                          /* averaging over the number of points in the sample */
716                          for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
717                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
718                               rtmp = 0.;
719                               for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
720                               sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
721                            } else {
722                               sampleAvg[k] = values[k];
723                            }
724                          }
725                          /* if the number of mpi_required components is more than the number
726                          * of actual components, pad with zeros
727                          */
728                          /* probably only need to get shape of first element */
729                          /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
730                          if (nCompReqd == 1) {
731                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
732                          } else if (nCompReqd == 3) {
733                            if (shape==1) {
734                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
735                            } else if (shape==2) {
736                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
737                            } else if (shape==3) {
738                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
739                            }
740                          } else if (nCompReqd == 9) {
741                            if (shape==1) {
742                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
743                                                                    0.,0.,0.,
744                                                                    0.,0.,0.);
745                            } else if (shape==2) {
746                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
747                                                                    sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
748                                                                    0.,0.,0.);
749                            } else if (shape==3) {
750                             sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
751                                                                    sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
752                                                                    sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
753                            }
754                          }
755                          if ( mpi_size > 1) {
756                            __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
757                          } else {
758                            fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
759                          }
760                      }
761                   }
762                   if ( mpi_size > 1) {
763                         #ifdef PASO_MPI
764                            MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
765                         #endif    
766                         if ( my_mpi_rank == 0) {
767                            #ifdef PASO_MPI
768                               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
769                               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
770                            #endif
771                         }
772                   } else {
773                       fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
774                   }
775                }
776             }
777        }        }
778      }        if ( mpi_size > 1) {
779      fprintf(fileHandle_p, "\n");          if ( my_mpi_rank == 0) {
780      fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");             #ifdef PASO_MPI
781                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
782      /* write out the DataArray element for the types */                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
783      counter = 0; /* counter for the number of types written to file */             #endif
784      fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "          }
785          "Name=\"types\" "        } else {
786          "type=\"UInt8\" "            fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
         "format=\"ascii\">\n");  
     for (i=0; i<numCells; i++) {  
       fprintf(fileHandle_p, "%d ", cellType);  
       counter++;  
       /* if the counter gets too big (i.e. the line gets too long),  
        * then add a newline and reset */  
       if (counter > 30) {  
       counter = 0;  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
787        }        }
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
     /* finish off the <Cells> element */  
     fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
788    }    }
789      /* point data */
790    /* data */    if (write_pointdata && Finley_noError()) {
791    if (!isEmpty(data_p)) {        /* mark the active data arrays */
792      int rank = getDataPointRank(data_p);        set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
793      int nComp = getDataPointSize(data_p);        txt_buffer[0] = '\0';
794      /* barf if rank is greater than two */        strcat(txt_buffer, "<PointData");
795      if (rank > 2) {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
796        Finley_ErrorCode = VALUE_ERROR;          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
797        sprintf(Finley_ErrorMsg,            /* if the rank == 0:   --> scalar data */
798            "Vtk can't handle objects with rank greater than 2\n"            /* if the rank == 1:   --> vector data */
799            "object rank = %d\n", rank);            /* if the rank == 2:   --> tensor data */
800        return;  
801      }            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
802      /* if the rank == 0:   --> scalar data            case 0:
803       * if the rank == 1:   --> vector data              if (! set_scalar) {
804       * if the rank == 2:   --> tensor data                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
805       */                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
806      char dataNameStr[31], dataTypeStr[63];                strcat(txt_buffer,"\"");
807      int nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */                set_scalar=TRUE;
808      if (rank == 0) {              }
809        strcpy(dataNameStr, "escript_scalar_data");              break;
810        sprintf(dataTypeStr, "Scalars=\"%s\"", dataNameStr);            case 1:
811        nCompReqd = 1;              if (! set_vector) {
812      }                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
813      else if (rank == 1) {                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
814        strcpy(dataNameStr, "escript_vector_data");                strcat(txt_buffer,"\"");
815        sprintf(dataTypeStr, "Vectors=\"%s\"", dataNameStr);                set_vector=TRUE;
816        nCompReqd = 3;              }
817      }              break;
818      else if (rank == 2) {            case 2:
819        strcpy(dataNameStr, "escript_tensor_data");              if (! set_tensor) {
820        sprintf(dataTypeStr, "Tensors=\"%s\"", dataNameStr);                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
821        nCompReqd = 9;                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
822      }                strcat(txt_buffer,"\"");
823      /* if have cell centred data then use CellData element,                set_tensor=TRUE;
824       * if have node centred data, then use PointData element              }
825       */              break;
826      if (isCellCentered) {            default:
827        /* now for the cell data */              sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);
828        fprintf(fileHandle_p, "<CellData %s>\n", dataTypeStr);              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
829        fprintf(fileHandle_p,              return;
830            "<DataArray "            }
831            "Name=\"%s\" "          }
           "type=\"Float32\" "  
           "NumberOfComponents=\"%d\" "  
           "format=\"ascii\">\n",  
           dataNameStr, nCompReqd);  
       int numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
       if (numPointsPerSample) {  
     for (i=0; i<numCells; i++) {  
       values = getSampleData(data_p, i);  
       double sampleAvg[nComp];  
       for (k=0; k<nComp; k++) {  
         /* averaging over the number of points in the sample */  
         rtmp = 0.;  
         for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) {  
           rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
         }  
         sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
       }  
       /* if the number of required components is more than the number  
        * of actual components, pad with zeros  
        */  
       /* probably only need to get shape of first element */  
       int shape = getDataPointShape(data_p, 0);  
       if (shape > 3) {  
         Finley_ErrorCode = VALUE_ERROR;  
         sprintf(Finley_ErrorMsg,  
             "shape should be 1, 2, or 3; I got %d\n", shape);  
         return;  
       }  
       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
       if (nCompReqd == 1) {  
         fprintf(fileHandle_p, " %f", sampleAvg[0]);  
       }  
       else if (nCompReqd == 3) {  
         int shape = getDataPointShape(data_p, 0);  
         /* write out the data */  
         for (int m=0; m<shape; m++) {  
           fprintf(fileHandle_p, " %f", sampleAvg[m]);  
         }  
         /* pad with zeros */  
         for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) {  
           fprintf(fileHandle_p, " 0");  
         }  
       }  
       else if (nCompReqd == 9) {  
         /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
          * of 9 data points */  
         int count = 0;  
         int elems = 0;  
         for (int m=0; m<shape; m++) {  
           for (int n=0; n<shape; n++) {  
         fprintf(fileHandle_p, " %f", sampleAvg[count]);  
         count++;  
         elems++;  
           }  
           for (int n=0; n<3-shape; n++) {  
         fprintf(fileHandle_p, " 0");  
         elems++;  
           }  
         }  
         for (int m=0; m<nCompReqd-elems; m++) {  
           fprintf(fileHandle_p, " 0");  
         }  
       }  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
832        }        }
833        fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
834        fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");        if ( mpi_size > 1) {
835      } else {          if ( my_mpi_rank == 0) {
836        /* now for the point data */             #ifdef PASO_MPI
837        fprintf(fileHandle_p, "<PointData %s>\n", dataTypeStr);                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
838        fprintf(fileHandle_p, "<DataArray "                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
839            "Name=\"%s\" "             #endif
840            "type=\"Float32\" "          }
841            "NumberOfComponents=\"%d\" "        } else {
842            "format=\"ascii\">\n",            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
           dataNameStr, nCompReqd);  
       for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {  
     switch (nodetype) {  
     case(FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM):  
       values = getSampleData(data_p,  
                  mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
       break;  
     case(FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM):  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0) {  
         values = getSampleData(data_p,  
                    mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
       }  
       break;  
     case(FINLEY_NODES):  
       values = getSampleData(data_p,i);  
       break;  
     }  
     /* write out the data */  
     /* if the number of required components is more than the number  
      * of actual components, pad with zeros  
      */  
     /* probably only need to get shape of first element */  
     int shape = getDataPointShape(data_p, 0);  
     if (shape > 3) {  
       Finley_ErrorCode = VALUE_ERROR;  
       sprintf(Finley_ErrorMsg,  
           "shape should be 1, 2, or 3; I got %d\n", shape);  
       return;  
     }  
     /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
     if (nCompReqd == 1) {  
       fprintf(fileHandle_p, " %f", values[0]);  
     }  
     else if (nCompReqd == 3) {  
       int shape = getDataPointShape(data_p, 0);  
       /* write out the data */  
       for (int m=0; m<shape; m++) {  
         fprintf(fileHandle_p, " %f", values[m]);  
       }  
       /* pad with zeros */  
       for (int m=0; m<nCompReqd-shape; m++) {  
         fprintf(fileHandle_p, " 0");  
       }  
     }  
     else if (nCompReqd == 9) {  
       /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
        * of 9 data points */  
       int count = 0;  
       int elems = 0;  
       for (int m=0; m<shape; m++) {  
         for (int n=0; n<shape; n++) {  
           fprintf(fileHandle_p, " %f", values[count]);  
           count++;  
           elems++;  
         }  
         for (int n=0; n<3-shape; n++) {  
           fprintf(fileHandle_p, " 0");  
           elems++;  
         }  
       }  
       for (int m=0; m<nCompReqd-elems; m++) {  
         fprintf(fileHandle_p, " 0");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "\n");  
843        }        }
844        fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");        /* write the arrays */
845        fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
846      }           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
847                txt_buffer[0] = '\0';
848                txt_buffer_in_use=0;
849                numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
850                rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
851                nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
852                if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
853                   nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
854                } else {
855                   nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
856                }
857                nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
858                shape=0;
859                if (rank == 0) {
860                  nCompReqd = 1;
861                } else if (rank == 1) {
862                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
863                  if  (shape>3) {
864                    Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
865                  }
866                  nCompReqd = 3;
867                } else {
868                  shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
869                  if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
870                    Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
871                  }
872                  nCompReqd = 9;
873                }
874                if (Finley_noError()) {
875                   sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
876                   if ( mpi_size > 1) {
877                     if ( my_mpi_rank == 0) {
878                        #ifdef PASO_MPI
879                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
880                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
881                        #endif
882                     }
883                   } else {
884                       fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
885                   }
886                   for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
887                      k=globalNodeIndex[i];
888                      if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
889                         values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
890                         /* if the number of mpi_required components is more than the number
891                         * of actual components, pad with zeros
892                         */
893                         /* probably only need to get shape of first element */
894                         /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
895                         if (nCompReqd == 1) {
896                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
897                         } else if (nCompReqd == 3) {
898                           if (shape==1) {
899                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
900                           } else if (shape==2) {
901                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
902                           } else if (shape==3) {
903                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
904                           }
905                         } else if (nCompReqd == 9) {
906                           if (shape==1) {
907                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
908                                                                   0.,0.,0.,
909                                                                   0.,0.,0.);
910                           } else if (shape==2) {
911                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
912                                                                   values[2],values[3],0.,
913                                                                   0.,0.,0.);
914                           } else if (shape==3) {
915                            sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
916                                                                   values[3],values[4],values[5],
917                                                                   values[6],values[7],values[8]);
918                           }
919                         }
920                         if ( mpi_size > 1) {
921                           __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
922                         } else {
923                           fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
924                         }
925                      }
926                   }
927                   if ( mpi_size > 1) {
928                       #ifdef PASO_MPI
929                         MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
930                       #endif    
931                       if ( my_mpi_rank == 0) {
932                          #ifdef PASO_MPI
933                             MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
934                             MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
935                          #endif
936                       }
937                   } else {
938                      fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
939                   }
940                }
941              }
942            }
943            if ( mpi_size > 1) {
944              if ( my_mpi_rank == 0) {
945                 #ifdef PASO_MPI
946                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
947                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
948                 #endif
949              }
950            } else {
951                fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
952            }
953    }    }
954      if (Finley_noError()) {
955    /* finish off the piece */       if ( mpi_size > 1) {
956    fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");         if ( my_mpi_rank == 0) {
957              #ifdef PASO_MPI
958    fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
959    /* write the xml footer */               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
960    fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");               #ifdef MPIO_HINTS
961    /* close the file */                 MPI_Info_free(&mpi_info);
962    fclose(fileHandle_p);                 #undef MPIO_HINTS
963                 #endif
964                 MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
965              #endif
966            }
967         } else {
968             fprintf(fileHandle_p,footer);
969             fclose(fileHandle_p);
970         }
971      }
972      TMPMEMFREE(isCellCentered);
973      TMPMEMFREE(txt_buffer);
974    return;    return;
975  }  }
   
 /*  
  * $Log$  
  * Revision 1.5  2005/07/08 04:07:55  jgs  
  * Merge of development branch back to main trunk on 2005-07-08  
  *  
  * Revision 1.4  2005/05/06 04:26:15  jgs  
  * Merge of development branch back to main trunk on 2005-05-06  
  *  
  * Revision 1.1.2.7  2005/06/29 02:34:54  gross  
  * some changes towards 64 integers in finley  
  *  
  * Revision 1.1.2.6  2005/05/06 01:17:19  cochrane  
  * Fixed incorrect reporting of number of components in PointData arrays for  
  * vector data.  
  *  
  * Revision 1.1.2.5  2005/05/05 05:38:44  cochrane  
  * Improved formatting of VTK file output.  
  *  
  * Revision 1.1.2.4  2005/02/22 10:03:54  cochrane  
  * Implementation of writing of vtk xml files from finley.  This function will  
  * require more testing, but on the cases that I have tried (and with the help  
  * of Lutz and mayavi), it looks like it's producing the correct output.  Testing  
  * with more realistic data would be good.  I'm at least confident enough to  
  * commit my changes.  
  *  
  * Revision 1.1.2.3  2005/02/17 05:53:26  gross  
  * some bug in saveDX fixed: in fact the bug was in  
  * DataC/getDataPointShape  
  *  
  * Revision 1.1.2.2  2005/02/10 01:34:22  cochrane  
  * Quick fix to make sure that saveVTK compiles so that finley is still buildable.  Apologies to those this has affected.  
  *  
  * Revision 1.1.2.1  2005/02/09 06:53:15  cochrane  
  * Initial import to repository.  This is the file to implement saving finley/escript meshes out to vtk formatted files.  It is basically just a hack of the opendx equivalent, with a lot of the opendx stuff still in the file, so it doesn't actually work just yet, but it probably needs to be added to the cvs.  
  *  
  * Revision 1.1.1.1  2004/10/26 06:53:57  jgs  
  * initial import of project esys2  
  *  
  * Revision 1.1  2004/07/27 08:27:11  gross  
  * Finley: saveDX added: now it is possible to write data on boundary and contact elements  
  *  
  */  

Legend:
Removed from v.123  
changed lines
  Added in v.1388

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26