/[escript]/trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c
ViewVC logotype

Diff of /trunk/finley/src/Mesh_saveVTK.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 794 by dhawcroft, Sun Jul 30 03:45:01 2006 UTC revision 1665 by gross, Wed Jul 23 03:23:03 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /*  
 ************************************************************  
 *          Copyright 2006 by ACcESS MNRF                   *  
 *                                                          *  
 *              http://www.access.edu.au                    *  
 *       Primary Business: Queensland, Australia            *  
 *  Licensed under the Open Software License version 3.0    *  
 *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php       *  
 *                                                          *  
 ************************************************************  
 */  
1    
2    /* $Id$ */
3    
4  /**************************************************************/  /*******************************************************
5     *
6  /*   writes data and mesh in a vtk file */   *           Copyright 2003-2007 by ACceSS MNRF
7     *       Copyright 2007 by University of Queensland
8     *
9     *                http://esscc.uq.edu.au
10     *        Primary Business: Queensland, Australia
11     *  Licensed under the Open Software License version 3.0
12     *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
13     *
14     *******************************************************/
15    
16  /**************************************************************/  /**************************************************************/
17    
18  /*   Author: Paul Cochrane, cochrane@esscc.uq.edu.au */  /*   writes data and mesh in a vtk file */
19  /*   MPI-IO version: Derick Hawcroft, d.hawcroft@uq.edu.au         */  /*   nodal data needs to be given on FINLEY_NODES or FINLEY_REDUCED_NODES */
   
 /*   Version: $Id$ */  
20    
21  /**************************************************************/  /**************************************************************/
22    
23    
24  #include "Mesh.h"  #include "Mesh.h"
25    #include "Assemble.h"
26  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */  #include "vtkCellType.h"  /* copied from vtk source directory !!! */
27    
28  /*  #define LEN_PRINTED_INT_FORMAT (9+1)
29   MPI version notes:  #define INT_FORMAT "%d "
30    #define INT_NEWLINE_FORMAT "%d\n"
31   ******************************************************************************  #define FLOAT_SCALAR_FORMAT "%12.6e\n"
32   ***                                                                       ****  #define FLOAT_VECTOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e\n"
33   *** WARNING: Won't work for meshes with peridodic boundary conditions yet ****  #define FLOAT_TENSOR_FORMAT "%12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e %12.6e\n"
34   ***                                                                       ****    #define LEN_PRINTED_FLOAT_SCALAR_FORMAT (12+1)
35   ******************************************************************************  #define LEN_PRINTED_FLOAT_VECTOR_FORMAT (3*(12+1)+1)
36    #define LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT (9*(12+1)+1)
37   In this version, the rank==0 process writes *all* opening and closing  #define NEWLINE "\n"
38   XML tags.  #define LEN_TMP_BUFFER LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT+(MAX_numNodes*LEN_PRINTED_INT_FORMAT+1)+2
39   Individual process data is copied to a buffer before being written  #define NCOMP_MAX 9
40   out. The  routines are collectively called and will be called in the natural  #define __STRCAT(dest,chunk,dest_in_use)  \
41   ordering i.e 0 to maxProcs-1.  {                  \
42      strcpy(&dest[dest_in_use], chunk); \
43  */    dest_in_use+=strlen(chunk); \
   
 #ifdef PASO_MPI  
   
   
 //#define MPIO_HINTS  
   
   
   
 #define MPIO_DEBUG(str) \  
 { \  
     if(myRank == 0) \  
     printf("==== MPI-IO => %s \n", str); \  
44  }  }
45    
46  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p,
47                             Finley_Mesh *mesh_p,
48                             const dim_t num_data,
49                             char* *names_p,
50                             escriptDataC* *data_pp)
51  {  {
52    int    numPoints,    char error_msg[LenErrorMsg_MAX], *txt_buffer=NULL, tmp_buffer[LEN_TMP_BUFFER];
53    numCells = -1,    double sampleAvg[NCOMP_MAX], *values, rtmp;
54               myRank,comm,gsize,    size_t txt_buffer_in_use;
55               numLocal,    dim_t len_txt_buffer,  max_len_names;
56               nDim,    FILE * fileHandle_p = NULL;
57               shape;    int mpi_size, i, j, cellType;
58      dim_t i_data;
59    int* failSend;    dim_t nDim, globalNumPoints, numCells, globalNumCells, numVTKNodesPerElement;
60    int i,j,k,m,n,count;    dim_t myNumPoints, numPointsPerSample, rank, nComp, nCompReqd;
61    int numGlobalCells = 0;    dim_t shape, NN, numCellFactor, myNumCells, max_name_len;
62    index_t  *nodesGlobal=NULL;   // used to get the connectivity  right for VTK    bool_t *isCellCentered=NULL,write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;
63      bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
64    /* variables associatted with write_celldata/pointdata */    index_t myFirstNode, myLastNode, *globalNodeIndex, k, *node_index, myFirstCell;
65    int numPointsPerSample,    #ifdef PASO_MPI
66    nComp,    int ierr;
67    nCompReqd;    int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;
68    double* values, rtmp;    MPI_File mpi_fileHandle_p;
69      MPI_Status mpi_status;
70    // Local element info (for debugging)    MPI_Request mpi_req;
71    size_t numLocalCells,    MPI_Info mpi_info=MPI_INFO_NULL;
72          numInternalCells,    #endif
73          numBoundaryCells;    Paso_MPI_rank my_mpi_rank;
74      int nodetype=FINLEY_NODES;
   int rank;  
   
   int amode = MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY |  MPI_MODE_SEQUENTIAL;  
   
   comm   = mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm;  
   myRank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;  
   gsize  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;  
   
   MPI_File fh;  
   MPI_Status status;  
   MPI_Request req;  
   MPI_Info infoHints;  
   
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   
   int i_data;  
   
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
75    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;    int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   
   ElementTypeId TypeId;  
   
   int numVTKNodesPerElement;  
   int cellType;  
76    char elemTypeStr[32];    char elemTypeStr[32];
77      Finley_NodeMapping *nodeMapping=NULL;
78    Finley_ElementFile* elements=NULL;    Finley_ElementFile* elements=NULL;
79      ElementTypeId TypeId;
   
   // Local node info  
   int numInternalNodes,  
       numLocalNodes,  
       numBoundaryNodes,  
       localDOF;  
         
   
   nDim  = mesh_p->Nodes->numDim;  
   
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_create(&infoHints);  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_unit",        "424288");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "striping_factor",      "16");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "collective_buffering", "true");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_block_size",        "131072");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_buffer_size",       "1048567");  
   //  MPI_Info_set(infoHints, "cb_nodes",             "8");  
   //    MPI_Info_set(infoHints, "access_style", "write_once, sequential");  
   
   //XFS only  
   //   MPI_Info_set(infoHints, "direct_write",          "true");  
 #else  
   infoHints = MPI_INFO_NULL;  
 #endif  
   
   // Holds a local node/element values to help minimize the number of times we need to loop & test  
   struct localIndexCache  
   {  
     index_t *values;  
     int size;  
   };  
   typedef struct localIndexCache localIndexCache;  
   
   localIndexCache nodeCache,  
           elementCache;  
   
   // Collective Call  
   MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,infoHints, &fh);  
   MPI_File_set_view(fh,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , infoHints);  
   
   MPIO_DEBUG(" ***** Enter saveVTK ******")  
   
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]) )  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return ;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           return;  
   
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         return;  
   
       }  
   
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   
   Finley_NodeDistribution *dist;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   else  
   {  
     dist = mesh_p->Nodes->degreeOfFreedomDistribution;  
   }  
   
   numInternalNodes = dist->numInternal;  
   numBoundaryNodes = dist->numBoundary;  
   
   localDOF =  dist->numLocal;  
   
   numPoints        = dist->numGlobal;  
   
   if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     return ;  
   }  
   
   numCells =  elements->numElements;  
   numGlobalCells = elements->elementDistribution->vtxdist[gsize];  
   numLocalCells    = elements->elementDistribution->numLocal;  
   numInternalCells = elements->elementDistribution->numInternal;  
   numBoundaryCells = elements->elementDistribution->numBoundary;  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   
   /* Write XML Header */  
   if(myRank == 0)  
   {  
     char header[400];  
   
     sprintf(header,"<?xml version=\"1.0\"?>\n" \  
             "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \  
             "<UnstructuredGrid>\n" \  
             "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \  
             "<Points>\n" \  
             "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n"  
             ,numPoints,numGlobalCells,MAX(3,nDim));  
   
   
     MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MPIO_DEBUG(" Writing Coordinate Points... ")  
   
   numLocalNodes=localDOF;  
     
   //  values vary from 13-14 chars hence the strlen()  
   char* largebuf = MEMALLOC( numLocalNodes*14*nDim + numLocalNodes*2 + 1 ,char);  
   largebuf[0] = '\0';  
   char tmpbuf[14];  
   int tsz=0;  
   int numNodesOutput=0;  
   index_t pos=0;  
   
   index_t *vtxdist = NULL, *DOFNodes=NULL,*forwardBuffer=NULL,*backwardBuffer=NULL;  
   
   DOFNodes   = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes,index_t);  
   nodeCache.values = MEMALLOC( numLocalNodes, index_t);  
   index_t bc_pos = 0;  
   for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
80        
81    {  
82      // This is the bit that will break for periodic BCs because it assumes that there is a one to one    /****************************************/
83      // correspondance between nodes and Degrees of freedom    /*                                      */
84      DOFNodes[mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]] = i;    /*       tags in the vtk file           */
85        
86      /* local node ?*/    char* tags_header="<?xml version=\"1.0\"?>\n" \
87      if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i] < localDOF )                      "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n" \
88      {                      "<UnstructuredGrid>\n" \
89        for (j = 0; j < nDim; j++)                      "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n" \
90        {                      "<Points>\n" \
91          sprintf(tmpbuf,"%e ", mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)] );                      "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float64\" format=\"ascii\">\n";
92          tsz += strlen(tmpbuf);    char *tag_End_DataArray = "</DataArray>\n";
93          strcat(largebuf,tmpbuf);    char* tag_End_PointData =  "</PointData>\n";
94        }    char* tag_End_CellData =  "</CellData>\n";
95        for (k=0; k<3-nDim; k++)    char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>\n";
96        {    char* tags_End_Points_and_Start_Conn = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n" ;
97          strcat(largebuf,"0.000000e+00 ");    char* tags_End_Conn_and_Start_Offset = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";
98          tsz+=13;    char* tags_End_Offset_and_Start_Type = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";
99        }    char* tag_Float_DataArray="<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float64\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n";
100        strcat(largebuf,"\n");    char *tags_End_Type_And_Cells = "</DataArray>\n</Cells>\n";
       tsz += 1;  
       nodeCache.values[numNodesOutput++]=i;  
     }  
   }  
101    
102    nodeCache.size=numNodesOutput;    int VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX[] = { 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 12, 13, 14, 15 };
103      /* if there is no mesh we just return */
104      if (mesh_p==NULL) return;
105    
106    MPI_File_write_ordered(fh, largebuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    my_mpi_rank = mesh_p->Nodes->MPIInfo->rank;
107    MEMFREE(largebuf);    mpi_size  = mesh_p->Nodes->MPIInfo->size;
108      nDim = mesh_p->Nodes->numDim;
   nodesGlobal = MEMALLOC(mesh_p->Nodes->numNodes ,index_t);  
109    
110    // form distribution info on who output which nodes    if (! ( (nDim ==2) || (nDim == 3) ) ) {
111    vtxdist = MEMALLOC( gsize+1, index_t );          Finley_setError(IO_ERROR, "saveVTK: spatial dimension 2 or 3 is supported only.");
112    vtxdist[0]=0;          return;  
   MPI_Allgather(&numNodesOutput,1,MPI_INT,vtxdist+1,1,MPI_INT,comm);  
   for( i=0; i<gsize; i++ )  
     vtxdist[i+1]+=vtxdist[i];  
   
   // will not work for periodic boundary conditions  
   // calculate the local nodes file positions  
   pos = 0;  
   for( i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++ )  
   {  
     if( mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]< localDOF )  
     {  
       nodesGlobal[i] = vtxdist[myRank] + pos++;  
     }  
     else  
       nodesGlobal[i] = -1;  
113    }    }
114      /*************************************************************************************/
115    
116    // communicate the local Nodes file position to the interested parties    /* open the file and check handle */
   // send local info  
   forwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if(  dist->edges[n]->numForward)  
     {  
       for( i=0; i < dist->edges[n]->numForward; i++ )  
         forwardBuffer[i] = nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexForward[i] ]];  
       Paso_CommBuffer_pack( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, forwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       Paso_CommBuffer_send( mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t) );  
     }  
   }  
   // receive external info  
   backwardBuffer = MEMALLOC( mesh_p->Nodes->numNodes, index_t );  
   for( n=0; n < dist->numNeighbours; n++ )  
   {  
     if( dist->edges[n]->numBackward )  
     {  
       Paso_CommBuffer_recv(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], sizeof(index_t));  
       Paso_CommBuffer_unpack(mesh_p->Nodes->CommBuffer, dist->neighbours[n], NULL, backwardBuffer, sizeof(index_t), 0 );  
       for( i=0; i<dist->edges[n]->numBackward; i++ )  
         nodesGlobal[DOFNodes[dist->edges[n]->indexBackward[i] ]] = backwardBuffer[i];  
     }  
   }  
117    
118    MEMFREE(vtxdist);    if (mpi_size > 1) {
119    MEMFREE(DOFNodes);          #ifdef PASO_MPI
120    MEMFREE(backwardBuffer);            /* Collective Call */
121    MEMFREE(forwardBuffer);            #ifdef MPIO_HINTS
122                MPI_Info_create(&mpi_info);
123    if( myRank == 0)              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_unit",        "424288"); */
124    {              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "striping_factor",      "16"); */
125      char* tags = "</DataArray>\n</Points>\n<Cells>\n<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" " \              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "collective_buffering", "true"); */
126                   "format=\"ascii\">\n" ;              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_block_size",        "131072"); */
127      MPI_File_iwrite_shared(fh,tags,strlen(tags),MPI_CHAR,&req);              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_buffer_size",       "1048567"); */
128      MPI_Wait(&req,&status);              /*  MPI_Info_set(mpi_info, "cb_nodes",             "8"); */
129                /*    MPI_Info_set(mpi_info, "access_style", "write_once, sequential"); */
130              
131                /*XFS only */
132                /*   MPI_Info_set(mpi_info, "direct_write",          "true"); */
133              #endif
134              ierr=MPI_File_open(mesh_p->Nodes->MPIInfo->comm, (char*)filename_p, amode,mpi_info, &mpi_fileHandle_p);
135              if (ierr != MPI_SUCCESS) {
136              perror(filename_p);
137                  sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing in parallel.", filename_p);
138                  Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
139              } else {
140                 MPI_File_set_view(mpi_fileHandle_p,MPI_DISPLACEMENT_CURRENT,MPI_CHAR, MPI_CHAR, "native" , mpi_info);
141              }
142            #endif
143      } else {
144            fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");
145            if (fileHandle_p==NULL) {
146               sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);
147               Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);
148             }
149    }    }
150    MPIO_DEBUG(" Done Writing Coordinate Points ")    if (! Paso_MPIInfo_noError(mesh_p->Nodes->MPIInfo) ) return;
151      /*************************************************************************************/
   /* BEGIN CONNECTIVITY */  
152    
153    int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes; /* num Nodes holding ref-element */    /* find the mesh type to be written */
154    
155    // Collective    isCellCentered=TMPMEMALLOC(num_data,bool_t);
156    MPIO_DEBUG(" Writing Connectivity... ")    max_len_names=0;
157        if (!Finley_checkPtr(isCellCentered)) {
158    // TODO: Improve on upper bound       nodetype=FINLEY_UNKNOWN;
159    size_t sz = numLocalCells*6*numVTKNodesPerElement + numLocalCells;       elementtype=FINLEY_UNKNOWN;
160    char *cellBuf = MEMALLOC(sz,char);       for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data) {
161    cellBuf[0] = '\0';         if (! isEmpty(data_pp[i_data])) {
162    tsz=0;           switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) ) {
163    pos = 0;           case FINLEY_NODES:
164    // numCells?             nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) ? FINLEY_REDUCED_NODES : FINLEY_NODES;
165    elementCache.values = MEMALLOC(numLocalCells,index_t);             isCellCentered[i_data]=FALSE;
166    if (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
167    {               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
168      for (i = 0; i < numCells; i++)             } else {
169      {               Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
170        if (elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[i] &&  elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[i+1] - 1 )             }
171        {             break;
172          for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)           case FINLEY_REDUCED_NODES:
173          {             nodetype = FINLEY_REDUCED_NODES;
174            sprintf(tmpbuf,"%d ",nodesGlobal[mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]]);             isCellCentered[i_data]=FALSE;
175            tsz+=strlen(tmpbuf);             if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
176            strcat(largebuf,tmpbuf);               elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
177               } else {
178                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
179               }
180               break;
181             case FINLEY_ELEMENTS:
182             case FINLEY_REDUCED_ELEMENTS:
183               isCellCentered[i_data]=TRUE;
184               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS) {
185                 elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
186               } else {
187                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
188               }
189               break;
190             case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
191             case FINLEY_REDUCED_FACE_ELEMENTS:
192               isCellCentered[i_data]=TRUE;
193               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS) {
194                 elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;
195               } else {
196                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
197               }
198               break;
199             case FINLEY_POINTS:
200               isCellCentered[i_data]=TRUE;
201               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS) {
202                 elementtype=FINLEY_POINTS;
203               } else {
204                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
205               }
206               break;
207             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
208             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_1:
209               isCellCentered[i_data]=TRUE;
210               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
211                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
212               } else {
213                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
214               }
215               break;
216             case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:
217             case FINLEY_REDUCED_CONTACT_ELEMENTS_2:
218               isCellCentered[i_data]=TRUE;
219               if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1) {
220                 elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;
221               } else {
222                 Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");
223               }
224               break;
225             default:
226               sprintf(error_msg,"saveVTK: unknown function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));
227               Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);
228             }
229             if (isCellCentered[i_data]) {
230               write_celldata=TRUE;
231             } else {
232               write_pointdata=TRUE;
233             }
234             max_len_names =MAX(max_len_names,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
235           }
236         }
237         nodetype = (nodetype == FINLEY_UNKNOWN) ? FINLEY_NODES : nodetype;
238      }
239      if (Finley_noError()) {
240    
241         /***************************************/
242    
243         /* select number of points and the mesh component */
244      
245         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
246            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstReducedNode(mesh_p->Nodes);
247            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastReducedNode(mesh_p->Nodes);
248            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumReducedNodes(mesh_p->Nodes);
249            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalReducedNodesIndex(mesh_p->Nodes);
250         } else {
251            myFirstNode = Finley_NodeFile_getFirstNode(mesh_p->Nodes);
252            myLastNode = Finley_NodeFile_getLastNode(mesh_p->Nodes);
253            globalNumPoints = Finley_NodeFile_getGlobalNumNodes(mesh_p->Nodes);
254            globalNodeIndex= Finley_NodeFile_borrowGlobalNodesIndex(mesh_p->Nodes);
255         }
256         myNumPoints = myLastNode - myFirstNode;
257         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;
258         switch(elementtype) {
259           case FINLEY_ELEMENTS:
260              elements=mesh_p->Elements;
261              break;
262            case FINLEY_FACE_ELEMENTS:
263              elements=mesh_p->FaceElements;
264              break;
265            case FINLEY_POINTS:
266              elements=mesh_p->Points;
267              break;
268            case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:
269              elements=mesh_p->ContactElements;
270              break;
271         }
272         if (elements==NULL) {
273           Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");
274         } else {
275           /* map finley element type to VTK element type */
276           numCells = elements->numElements;
277           globalNumCells = Finley_ElementFile_getGlobalNumElements(elements);
278           myNumCells= Finley_ElementFile_getMyNumElements(elements);
279           myFirstCell= Finley_ElementFile_getFirstElement(elements);
280           NN = elements->numNodes;
281           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_NODES) {
282              TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;
283           } else {
284              TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;
285           }
286           switch(TypeId) {
287            case Point1:
288            case Line2Face:
289            case Line3Face:
290            case Point1_Contact:
291            case Line2Face_Contact:
292            case Line3Face_Contact:
293              numCellFactor=1;
294              cellType = VTK_VERTEX;
295              numVTKNodesPerElement = 1;
296              strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");
297              break;
298          
299            case Line2:
300            case Tri3Face:
301            case Rec4Face:
302            case Line2_Contact:
303            case Tri3_Contact:
304            case Tri3Face_Contact:
305            case Rec4Face_Contact:
306              numCellFactor=1;
307              cellType = VTK_LINE;
308              numVTKNodesPerElement = 2;
309              strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");
310              break;
311          
312            case Tri3:
313            case Tet4Face:
314            case Tet4Face_Contact:
315              numCellFactor=1;
316              cellType = VTK_TRIANGLE;
317              numVTKNodesPerElement = 3;
318              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");
319              break;
320          
321            case Rec4:
322            case Hex8Face:
323            case Rec4_Contact:
324            case Hex8Face_Contact:
325              numCellFactor=1;
326              cellType = VTK_QUAD;
327              numVTKNodesPerElement = 4;
328              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");
329              break;
330          
331            case Tet4:
332              numCellFactor=1;
333              cellType = VTK_TETRA;
334              numVTKNodesPerElement = 4;
335              strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");
336              break;
337          
338            case Hex8:
339              numCellFactor=1;
340              cellType = VTK_HEXAHEDRON;
341              numVTKNodesPerElement = 8;
342              strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");
343              break;
344          
345            case Line3:
346            case Tri6Face:
347            case Rec8Face:
348            case Line3_Contact:
349            case Tri6Face_Contact:
350            case Rec8Face_Contact:
351              numCellFactor=1;
352              cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;
353              numVTKNodesPerElement = 3;
354              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");
355              break;
356          
357            case Tri6:
358            case Tet10Face:
359            case Tri6_Contact:
360            case Tet10Face_Contact:
361              numCellFactor=1;
362              cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;
363              numVTKNodesPerElement = 6;
364              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");
365              break;
366          
367            case Rec8:
368            case Hex20Face:
369            case Rec8_Contact:
370            case Hex20Face_Contact:
371              numCellFactor=1;
372              cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;
373              numVTKNodesPerElement = 8;
374              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");
375              break;
376          
377            case Tet10:
378              numCellFactor=1;
379              cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;
380              numVTKNodesPerElement = 10;
381              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");
382              break;
383          
384            case Hex20:
385              numCellFactor=1;
386              cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;
387              numVTKNodesPerElement = 20;
388              strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");
389              break;
390          
391            default:
392              sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);
393              Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);
394          }          }
395          strcat(largebuf, "\n");       }
         tsz+=1;  
   
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     char tmpbuf2[20*20];  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
   
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         sprintf(tmpbuf2,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)]],  
                 nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]]);  
         tsz+=strlen(tmpbuf2);  
         strcat(largebuf,tmpbuf2);  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
396    }    }
397    else if (numVTKNodesPerElement!=NN)    /***************************************/
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
       {  
         sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]]);  
         tsz+=strlen(tmpbuf);  
         strcat(largebuf,tmpbuf);  
       }  
       strcat(largebuf, "\n");  
       tsz+=1;  
       elementCache.values[pos++]=i;  
     }  
   }  
   else  
     for(i = 0;i  < numCells ; i++)  
     {  
       // is this element in domain of process with "myRank"  
       if( elements->Id[i] >= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank] && elements->Id[i] <= elements->elementDistribution->vtxdist[myRank+1]-1)  
       {  
         for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         {  
           sprintf(tmpbuf,"%d ", nodesGlobal[ elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN) ] ] );  
           tsz += strlen(tmpbuf);  
           strcat(cellBuf,tmpbuf);  
         }  
         strcat(cellBuf,"\n");  
         tsz+=1;  
         elementCache.values[pos++]=i;  
       }  
     }  
398    
399    elementCache.size = pos;    /***************************************/
400      /*                                     */
401      /*   allocate text buffer              */
402      /*                                     */
403      max_name_len=0;
404      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) max_name_len=MAX(max_name_len,(dim_t)strlen(names_p[i_data]));
405      len_txt_buffer= strlen(tags_header) + 3 * LEN_PRINTED_INT_FORMAT + (30+3*max_name_len); /* header */
406      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints * LEN_TMP_BUFFER);
407      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*(LEN_PRINTED_INT_FORMAT*numVTKNodesPerElement+1));
408      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer,200+3*max_len_names);
409      len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, (dim_t)strlen(tag_Float_DataArray) + LEN_PRINTED_INT_FORMAT + max_len_names);
410      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, numCellFactor*myNumCells*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
411      if (mpi_size > 1) len_txt_buffer=MAX(len_txt_buffer, myNumPoints*LEN_PRINTED_FLOAT_TENSOR_FORMAT);
412      txt_buffer=TMPMEMALLOC(len_txt_buffer+1,char);
413      Finley_checkPtr(txt_buffer);
414        
415    MPI_File_write_ordered(fh, cellBuf,tsz, MPI_CHAR, &status);    if (Finley_noError()) {
416    MEMFREE(cellBuf);  
417    MPIO_DEBUG(" Done Writing Connectivity ")       /* select number of points and the mesh component */
   MPIO_DEBUG(" Writing Offsets & Types... ")  
   
   // Non-Collective  
   if( myRank == 0)  
   {  
     // write out the DataArray element for the offsets  
     char* tag1 = "</DataArray>\n<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n";  
     char* tag2 = "</DataArray>\n";  
     char *tag3 =  "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n";  
     char *tag4 = "</DataArray>\n</Cells>\n";  
   
     int n = numVTKNodesPerElement;  
   
     int sz=0;  
     int lg = log10(numGlobalCells * n) + 1;  
     sz += numGlobalCells*lg;  
     sz += numGlobalCells;  
   
     char* largebuf = MEMALLOC(sz  + strlen(tag1) + strlen(tag2) + strlen(tag3) + strlen(tag4),char);  
     largebuf[0] ='\0';  
     char tmp[10];  
     strcat(largebuf,tag1);  
     int tsz = strlen(tag1) + strlen(tag2);  
     for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numGlobalCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement)  
     {  
       sprintf(tmp,"%d\n", i);  
       tsz += strlen(tmp);  
       strcat(largebuf,tmp);  
     }  
     strcat(largebuf,tag2);  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf, tsz,MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   
     // Re-using buffer!!  
     largebuf[0] = '\0';  
     tsz = 0;  
     strcat(largebuf,tag3);  
     for (i=0; i<numGlobalCells; i++)  
     {  
       sprintf(tmp, "%d\n", cellType);  
       tsz+=strlen(tmp);  
       strcat(largebuf,tmp);  
     }  
     strcat(largebuf,tag4);  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,largebuf,tsz+strlen(tag3)+strlen(tag4),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
     MEMFREE(largebuf);  
   }  
418    
419    MPIO_DEBUG(" Done Writing Offsets & Types ")       sprintf(txt_buffer,tags_header,globalNumPoints,numCellFactor*globalNumCells,3);
420    
421    // Write Point Data Header Tags        if (mpi_size > 1) {
422    if( myRank == 0)            if ( my_mpi_rank == 0) {
423    {              #ifdef PASO_MPI
424      char header[600];                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
425      char tmpBuf[50];                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
426                #endif
427      if (write_pointdata)            }
428      {        } else {
429        MPIO_DEBUG(" Writing Pointdata... ")           fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
430        // mark the active data arrays        }
431        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
432        sprintf(header, "<PointData");        /* write the nodes */
433        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)        
434        {        if (mpi_size > 1) {
435          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
436          {           txt_buffer[0] = '\0';
437            // if the rank == 0:   --> scalar data           txt_buffer_in_use=0;
438            // if the rank == 1:   --> vector data           if (nDim==2) {
439            // if the rank == 2:   --> tensor data              for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
440                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
441                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
442                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
443                                        mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
444                                        0.);
445                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
446                   }
447                }      
448             } else {
449                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
450                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
451                     sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
452                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
453                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
454                                                      mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
455                     __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
456                   }
457                }    
458      
459             }
460             #ifdef PASO_MPI
461                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p, txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
462             #endif    
463          } else {
464             if (nDim==2) {
465                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
466                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
467                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
468                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
469                                          mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
470                                          0.);
471                   }
472                }      
473             } else {
474                for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
475                   if ( (myFirstNode <= globalNodeIndex[i]) && (globalNodeIndex[i] < myLastNode) ) {
476                     fprintf(fileHandle_p,FLOAT_VECTOR_FORMAT,
477                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(0, i, nDim)],
478                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(1, i, nDim)],
479                                                  mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(2, i, nDim)]);
480                   }
481                }    
482      
483             }
484          }
485    
486          /* close the Points and open connectivity */
487    
488          if (mpi_size > 1) {
489              if ( my_mpi_rank == 0) {
490                 #ifdef PASO_MPI
491                    MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p, tags_End_Points_and_Start_Conn, strlen(tags_End_Points_and_Start_Conn), MPI_CHAR, &mpi_req);
492                    MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
493                 #endif
494              }
495          } else {
496             fprintf(fileHandle_p,tags_End_Points_and_Start_Conn);
497          }
498    
499         /* write the cells */
500         if (nodetype == FINLEY_REDUCED_NODES) {
501            node_index=elements->ReferenceElement->Type->linearNodes;
502         } else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType) {
503            node_index=VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON_INDEX;
504         } else if (numVTKNodesPerElement!=NN) {
505            node_index=elements->ReferenceElement->Type->geoNodes;
506         } else {
507            node_index=NULL;
508         }
509    
510         if ( mpi_size > 1) {
511            txt_buffer[0] = '\0';
512            txt_buffer_in_use=0;
513            if (node_index == NULL) {
514               for (i = 0; i < numCells; i++) {
515                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
516                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
517                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
518                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
519                     }
520                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
521                  }
522               }
523            } else {
524               for (i = 0; i < numCells; i++) {
525                  if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
526                     for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
527                         sprintf(tmp_buffer,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
528                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use)
529                     }
530                     __STRCAT(txt_buffer,NEWLINE,txt_buffer_in_use)
531                  }
532               }
533            }
534            #ifdef PASO_MPI
535               MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
536            #endif    
537         } else {
538            if (node_index == NULL) {
539               for (i = 0; i < numCells; i++) {
540                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
541                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]]);
542                   }
543                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
544               }
545            } else {
546               for (i = 0; i < numCells; i++) {
547                  for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) {
548                     fprintf(fileHandle_p,INT_FORMAT,globalNodeIndex[elements->Nodes[INDEX2(node_index[j], i, NN)]]);
549                   }
550                  fprintf(fileHandle_p,NEWLINE);
551               }
552            }
553    
554         }
555        
556         /* finalize the connection and start the offset section */
557         if (mpi_size > 1) {
558            if( my_mpi_rank == 0) {
559               #ifdef PASO_MPI
560                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset,strlen(tags_End_Conn_and_Start_Offset),MPI_CHAR,&mpi_req);
561                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
562               #endif
563            }
564         } else {
565            fprintf(fileHandle_p,tags_End_Conn_and_Start_Offset);
566         }
567    
568        /* write the offsets */
569          
570         if ( mpi_size > 1) {
571            txt_buffer[0] = '\0';
572            txt_buffer_in_use=0;
573            for (i=numVTKNodesPerElement*(myFirstCell*numCellFactor+1); i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
574               sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
575               __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
576             }
577             #ifdef PASO_MPI
578                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
579             #endif    
580         } else {
581            for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement*numCellFactor; i+=numVTKNodesPerElement) {
582               fprintf(fileHandle_p, INT_NEWLINE_FORMAT, i);
583            }
584        
585         }
586         /* finalize the offset section and start the type section */
587         if ( mpi_size > 1) {
588            if ( my_mpi_rank == 0) {
589               #ifdef PASO_MPI
590                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type,strlen(tags_End_Offset_and_Start_Type),MPI_CHAR,&mpi_req);
591                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
592               #endif
593            }
594        } else {
595           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Offset_and_Start_Type);
596        }
597         /* write element type */
598         sprintf(tmp_buffer, INT_NEWLINE_FORMAT, cellType);
599         if ( mpi_size > 1) {
600            txt_buffer[0] = '\0';
601            txt_buffer_in_use=0;
602            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
603             #ifdef PASO_MPI
604                MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
605             #endif    
606         } else {
607            for (i=0; i<numCells*numCellFactor; i++) fprintf(fileHandle_p, tmp_buffer);
608         }
609         /* finalize cell information */
610         if ( mpi_size > 1) {
611            if ( my_mpi_rank == 0) {
612               #ifdef PASO_MPI
613                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells,strlen(tags_End_Type_And_Cells),MPI_CHAR,&mpi_req);
614                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
615               #endif
616            }
617        } else {
618           fprintf(fileHandle_p,tags_End_Type_And_Cells);
619        }
620     }
621    
622     /* Write cell data */
623     if (write_celldata && Finley_noError()) {
624          /* mark the active data arrays */
625          txt_buffer[0] = '\0';
626          set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
627          strcat(txt_buffer, "<CellData");
628          for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
629            if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
630              /* if the rank == 0:   --> scalar data */
631              /* if the rank == 1:   --> vector data */
632              /* if the rank == 2:   --> tensor data */
633    
634            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
635            case 0:            case 0:
636              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
637              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
638                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
639                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
640                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
641              }              }
642              break;              break;
643            case 1:            case 1:
644              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
645              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
646                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
647                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
648                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
649              }              }
650              break;              break;
651            case 2:            case 2:
652              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
653              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
654                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
655                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
656                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
657              }              }
658              break;              break;
# Line 782  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 663  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
663            }            }
664          }          }
665        }        }
666        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
667        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
668        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
669      }             #ifdef PASO_MPI
670    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
671                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
672    // write actual data             #endif
673    if(write_pointdata)          }
674    {        } else {
675      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
676      {        }
677        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
678        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
679          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data]) {
680          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
681          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
682          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
683          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
684          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
685          {              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
686            nCompReqd = 1;              shape=0;
687          }              if (rank == 0) {
688          else if (rank == 1)                nCompReqd = 1;
689          {              } else if (rank == 1) {
690            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
691            if  (shape>3)                if  (shape>3) {
692            {                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
693              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");                }
694              return;                nCompReqd = 3;
695            }              } else {
696            nCompReqd = 3;                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
697          }                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
698          else                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
699          {                }
700            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);                nCompReqd = 9;
701            if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))              }
702            {              if (Finley_noError()) {
703              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");                 sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
704              return;                 if ( mpi_size > 1) {
705            }                   if ( my_mpi_rank == 0) {
706            nCompReqd = 9;                      #ifdef PASO_MPI
707          }                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
708                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
709          if( myRank == 0)                      #endif
710          {                   }
711            char header[250];                 } else {
712            sprintf(header, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
713            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);                 }
714            MPI_Wait(&req,&status);                 for (i=0; i<numCells; i++) {
715          }                     if (elements->Owner[i] == my_mpi_rank) {
716          // write out the data                        values = getSampleData(data_pp[i_data], i);
717          // if the number of required components is more than the number                        /* averaging over the number of points in the sample */
718          // of actual components, pad with zeros                        for (k=0; k<MIN(nComp,NCOMP_MAX); k++) {
719                             if (isExpanded(data_pp[i_data])) {
720          char tmpbuf[14];                             rtmp = 0.;
721          char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalNodes*14 + numLocal*nCompReqd + nCompReqd + 14,char);                             for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];
722          largebuf[0] = '\0';                             sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;
723          bool_t do_write=TRUE;                          } else {
724          size_t tsz = 0;                             sampleAvg[k] = values[k];
725                            }
726          for(k=0;k < nodeCache.size;k++)                        }
727          {                        /* if the number of mpi_required components is more than the number
728            i = nodeCache.values[k];                        * of actual components, pad with zeros
729                          */
730            if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)                        /* probably only need to get shape of first element */
731            {                        /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
732              if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)                        if (nCompReqd == 1) {
733              {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,sampleAvg[0]);
734                switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                        } else if (nCompReqd == 3) {
735                {                          if (shape==1) {
736                case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.);
737                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                          } else if (shape==2) {
738                  break;                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.);
739                case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:                          } else if (shape==3) {
740                  values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2]);
741                  break;                          }
742                case FINLEY_NODES:                        } else if (nCompReqd == 9) {
743                  values = getSampleData(data_pp[i_data],i);                          if (shape==1) {
744                  break;                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],0.,0.,
745                }                                                                  0.,0.,0.,
746                do_write=TRUE;                                                                  0.,0.,0.);
747              }                          } else if (shape==2) {
748              else                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],0.,
749              {                                                                  sampleAvg[2],sampleAvg[3],0.,
750                do_write=FALSE;                                                                  0.,0.,0.);
751              }                          } else if (shape==3) {
752            }                           sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,sampleAvg[0],sampleAvg[1],sampleAvg[2],
753            else                                                                  sampleAvg[3],sampleAvg[4],sampleAvg[5],
754            {                                                                  sampleAvg[6],sampleAvg[7],sampleAvg[8]);
755              do_write=TRUE;                          }
756              switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))                        }
757              {                        if ( mpi_size > 1) {
758              case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:                          __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
759                values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);                        } else {
760                break;                          fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
761              case FINLEY_NODES:                        }
762                values = getSampleData(data_pp[i_data],i);                    }
763                break;                 }
764              }                 if ( mpi_size > 1) {
765            }                       #ifdef PASO_MPI
766            // write the data different ways for scalar, vector and tensor                          MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
767            if (do_write)                       #endif    
768            {                       if ( my_mpi_rank == 0) {
769              if (nCompReqd == 1)                          #ifdef PASO_MPI
770              {                             MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
771                sprintf(tmpbuf," %e", values[0]);                             MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
772                tsz+=strlen(tmpbuf);                          #endif
773                strcat(largebuf,tmpbuf);                       }
774              }                 } else {
775              else if (nCompReqd == 3)                     fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
776              {                 }
777                for (m=0; m<shape; m++)              }
778                {           }
779                  sprintf(tmpbuf," %e",values[m]);        }
780                  tsz += strlen(tmpbuf);        if ( mpi_size > 1) {
781                  strcat(largebuf,tmpbuf);          if ( my_mpi_rank == 0) {
782                }             #ifdef PASO_MPI
783                for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_CellData,strlen(tag_End_CellData),MPI_CHAR,&mpi_req);
784                {                MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
785                  tsz+=13;             #endif
                 strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
               }  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               //  of 9 data points  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   sprintf(tmpbuf," %e", values[count]);  
                   tsz+=strlen(tmpbuf);  
                   strcat(largebuf,tmpbuf);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++)  
                 {  
                   tsz+13;  
                   strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
                 }  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<3; n++)  
                 {  
                   tsz+=13;  
                   strcat(largebuf," 0.000000e+00");  
                 }  
               }  
             }  
             strcat(largebuf,"\n");  
             tsz+=1;  
           }  
   
         }  
         // Write out local data  
         MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);  
         MEMFREE(largebuf);  
         if( myRank == 0)  
         {  
           char *tag = "</DataArray>\n";  
           MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
           MPI_Wait(&req,&status);  
786          }          }
787          } else {
788              fprintf(fileHandle_p,tag_End_CellData);
789        }        }
     }  
     // Finish off with closing tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</PointData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
     MPIO_DEBUG(" Done Writing Pointdata ")  
790    }    }
791    // end write_pointdata    /* point data */
792      if (write_pointdata && Finley_noError()) {
793    // Write Cell data header Tags        /* mark the active data arrays */
794    if(myRank == 0)        set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;
795    {        txt_buffer[0] = '\0';
796      if( write_celldata)        strcat(txt_buffer, "<PointData");
797      {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
798        char tmpBuf[80];          if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
799        char header[600];            /* if the rank == 0:   --> scalar data */
800        // mark the active data arrays            /* if the rank == 1:   --> vector data */
801        bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;            /* if the rank == 2:   --> tensor data */
       sprintf(tmpBuf, "<CellData");  
       strcat(header,tmpBuf);  
       for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
       {  
         if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
         {  
           // if the rank == 0:   --> scalar data  
           // if the rank == 1:   --> vector data  
           // if the rank == 2:   --> tensor data  
802    
803            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))            switch(getDataPointRank(data_pp[i_data])) {
           {  
804            case 0:            case 0:
805              if (! set_scalar)              if (! set_scalar) {
806              {                strcat(txt_buffer," Scalars=\"");
807                sprintf(tmpBuf," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
808                strcat(header,tmpBuf);                strcat(txt_buffer,"\"");
809                set_scalar=TRUE;                set_scalar=TRUE;
810              }              }
811              break;              break;
812            case 1:            case 1:
813              if (! set_vector)              if (! set_vector) {
814              {                strcat(txt_buffer," Vectors=\"");
815                sprintf(tmpBuf," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
816                  strcat(txt_buffer,"\"");
817                set_vector=TRUE;                set_vector=TRUE;
818              }              }
819              break;              break;
820            case 2:            case 2:
821              if (! set_tensor)              if (! set_tensor) {
822              {                strcat(txt_buffer," Tensors=\"");
823                sprintf(tmpBuf," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);                strcat(txt_buffer,names_p[i_data]);
824                  strcat(txt_buffer,"\"");
825                set_tensor=TRUE;                set_tensor=TRUE;
826              }              }
827              break;              break;
# Line 1011  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char Line 832  void Finley_Mesh_saveVTK_MPIO(const char
832            }            }
833          }          }
834        }        }
835        strcat(header, ">\n");        strcat(txt_buffer, ">\n");
836        MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);        if ( mpi_size > 1) {
837        MPI_Wait(&req,&status);          if ( my_mpi_rank == 0) {
838      }             #ifdef PASO_MPI
839    }                MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
840                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
841    // write actual data (collective)             #endif
842    if(write_celldata)          }
843    {        } else {
844      for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)            fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
845      {        }
846        if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])        /* write the arrays */
847        {        for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data) {
848          numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;           if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data]) {
849          rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);              txt_buffer[0] = '\0';
850          nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);              txt_buffer_in_use=0;
851          nCompReqd=1;   // the number of components required by vtk              numPointsPerSample=getNumDataPointsPerSample(data_pp[i_data]);
852          shape=0;              rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);
853          if (rank == 0)              nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);
854          {              if (getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]) == FINLEY_REDUCED_NODES) {
855            nCompReqd = 1;                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->reducedNodesMapping;
856          }              } else {
857          else if (rank == 1)                 nodeMapping=mesh_p->Nodes->nodesMapping;
858          {              }
859            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              nCompReqd=1;   /* the number of components mpi_required by vtk */
860            if  (shape>3)              shape=0;
861            {              if (rank == 0) {
862              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");                nCompReqd = 1;
863              return;              } else if (rank == 1) {
864            }                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
865            nCompReqd = 3;                if  (shape>3) {
866          }                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");
867          else                }
868          {                nCompReqd = 3;
869            shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);              } else {
870            if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))                shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);
871            {                if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1)) {
872              Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");                  Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");
873              return;                }
874            }                nCompReqd = 9;
875            nCompReqd = 9;              }
876          }              if (Finley_noError()) {
877                   sprintf(txt_buffer,tag_Float_DataArray,names_p[i_data], nCompReqd);
878          if( myRank == 0)                 if ( mpi_size > 1) {
879          {                   if ( my_mpi_rank == 0) {
880            char header[250];                      #ifdef PASO_MPI
881            sprintf(header,"<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);                         MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,strlen(txt_buffer),MPI_CHAR,&mpi_req);
882            MPI_File_iwrite_shared(fh,header,strlen(header),MPI_CHAR,&req);                         MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
883            MPI_Wait(&req,&status);                      #endif
884          }                   }
885                   } else {
886          // Write the actual data */                     fprintf(fileHandle_p,txt_buffer);
887          char tmpbuf[14];                 }
888          char* largebuf = MEMALLOC(nCompReqd*numLocalCells*14 + numLocalCells*nCompReqd + nCompReqd + 14,char);                 for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++) {
889          largebuf[0] = '\0';                    k=globalNodeIndex[i];
890          size_t tsz = 0;                    if ( (myFirstNode <= k) && (k < myLastNode) ) {
891                         values = getSampleData(data_pp[i_data], nodeMapping->target[i]);
892          double sampleAvg[nComp];                       /* if the number of mpi_required components is more than the number
893                         * of actual components, pad with zeros
894          for (k=0; i<elementCache.size; k++)                       */
895          {                       /* probably only need to get shape of first element */
896            i = elementCache.values[k];                       /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */
897                         if (nCompReqd == 1) {
898            values = getSampleData(data_pp[i_data], i);                         sprintf(tmp_buffer,FLOAT_SCALAR_FORMAT,values[0]);
899            // averaging over the number of points in the sample                       } else if (nCompReqd == 3) {
900            for (k=0; k<nComp; k++)                         if (shape==1) {
901            {                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],0.,0.);
902              rtmp = 0.;                         } else if (shape==2) {
903              for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],0.);
904              sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;                         } else if (shape==3) {
905            }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_VECTOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2]);
906            // if the number of required components is more than the number                         }
907            // of actual components, pad with zeros                       } else if (nCompReqd == 9) {
908                           if (shape==1) {
909            // probably only need to get shape of first element                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],0.,0.,
910            // write the data different ways for scalar, vector and tensor                                                                 0.,0.,0.,
911            if (nCompReqd == 1)                                                                 0.,0.,0.);
912            {                         } else if (shape==2) {
913              sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[0]);                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],0.,
914              tsz+=strlen(tmpbuf);                                                                 values[2],values[3],0.,
915              strcat(largebuf,tmpbuf);                                                                 0.,0.,0.);
916                           } else if (shape==3) {
917            }                          sprintf(tmp_buffer,FLOAT_TENSOR_FORMAT,values[0],values[1],values[2],
918            else if (nCompReqd == 3)                                                                 values[3],values[4],values[5],
919            {                                                                 values[6],values[7],values[8]);
920              // write out the data                         }
921              for (m=0; m<shape; m++)                       }
922              {                       if ( mpi_size > 1) {
923                sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[m]);                         __STRCAT(txt_buffer,tmp_buffer,txt_buffer_in_use);
924                tsz+=strlen(tmpbuf);                       } else {
925                strcat(largebuf,tmpbuf);                         fprintf(fileHandle_p,tmp_buffer);
926                         }
927              }                    }
928              for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++)                 }
929              {                 if ( mpi_size > 1) {
930                tsz+=13;                     #ifdef PASO_MPI
931                strcat(largebuf," 0.000000e+00");                       MPI_File_write_ordered(mpi_fileHandle_p,txt_buffer,txt_buffer_in_use, MPI_CHAR, &mpi_status);
932                       #endif    
933              }                     if ( my_mpi_rank == 0) {
934            }                        #ifdef PASO_MPI
935            else if (nCompReqd == 9)                           MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_DataArray,strlen(tag_End_DataArray),MPI_CHAR,&mpi_req);
936            {                           MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
937              // tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row                        #endif
938              // of 9 data points                     }
939              count = 0;                 } else {
940              for (m=0; m<shape; m++)                    fprintf(fileHandle_p,tag_End_DataArray);
941              {                 }
942                for (n=0; n<shape; n++)              }
943                {            }
944                  sprintf(tmpbuf, " %e", sampleAvg[count]);          }
945                  tsz+=strlen(tmpbuf);          if ( mpi_size > 1) {
946                  strcat(largebuf,tmpbuf);            if ( my_mpi_rank == 0) {
947                 #ifdef PASO_MPI
948                  count++;                  MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,tag_End_PointData,strlen(tag_End_PointData),MPI_CHAR,&mpi_req);
949                }                  MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
950                for (n=0; n<3-shape; n++)               #endif
951                {            }
952                  tsz+=13;          } else {
953                  strcat(largebuf," 0.000000e+00");              fprintf(fileHandle_p,tag_End_PointData);
954            }
955                }    }
956              }    if (Finley_noError()) {
957              for (m=0; m<3-shape; m++)       if ( mpi_size > 1) {
958                for (n=0; n<3; n++)         if ( my_mpi_rank == 0) {
959                {            #ifdef PASO_MPI
960                  tsz+=13;               MPI_File_iwrite_shared(mpi_fileHandle_p,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&mpi_req);
961                  strcat(largebuf," 0.000000e+00");               MPI_Wait(&mpi_req,&mpi_status);
962                }               #ifdef MPIO_HINTS
963            }                 MPI_Info_free(&mpi_info);
964            strcat(largebuf,"\n");                 #undef MPIO_HINTS
965            tsz+=1;               #endif
966          }            #endif
967          MPI_File_write_ordered(fh,largebuf,tsz,MPI_CHAR,&status);          }
968          MEMFREE(largebuf);          #ifdef PASO_MPI
969          if( myRank == 0)             MPI_File_close(&mpi_fileHandle_p);
970          {          #endif
971            char *tag = "</DataArray>\n";       } else {
972            MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);           fprintf(fileHandle_p,footer);
973            MPI_Wait(&req,&status);           fclose(fileHandle_p);
974          }       }
   
       }  
     }  
     // closing celldata tag  
     if(myRank == 0)  
     {  
       char* tag =  "</CellData>\n";  
       MPI_File_iwrite_shared(fh,tag,strlen(tag),MPI_CHAR,&req);  
       MPI_Wait(&req,&status);  
     }  
   }  
   
   /* tag and bag... */  
   if (myRank == 0)  
   {  
     char *footer = "</Piece>\n</UnstructuredGrid>\n</VTKFile>";  
     MPI_File_iwrite_shared(fh,footer,strlen(footer),MPI_CHAR,&req);  
     MPI_Wait(&req,&status);  
   }  
   
   MEMFREE(nodesGlobal);  
   MEMFREE(nodeCache.values);  
   MEMFREE(elementCache.values);  
 #ifdef MPIO_HINTS  
   MPI_Info_free(&infoHints);  
 #undef MPIO_HINTS    
 #endif  
   
   MPI_File_close(&fh);  
   MPIO_DEBUG(" ***** Exit saveVTK ***** ")  
 }  
   
 #undef MPIO_DEBUG  
 #else  
   
   
   
   
 void Finley_Mesh_saveVTK(const char * filename_p, Finley_Mesh *mesh_p, const dim_t num_data,char* *names_p, escriptDataC* *data_pp)  
 {  
   char error_msg[LenErrorMsg_MAX];  
   /* if there is no mesh we just return */  
   if (mesh_p==NULL) return;  
   
   int i, j, k, numVTKNodesPerElement,i_data,m, count, n, rank,shape, numPoints, cellType, numCells,  
   nDim, numPointsPerSample, nComp, nCompReqd;  
   
   index_t j2;  
   double* values, rtmp;  
   char elemTypeStr[32];  
   
   /* open the file and check handle */  
   
   FILE * fileHandle_p = fopen(filename_p, "w");  
   if (fileHandle_p==NULL)  
   {  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: File %s could not be opened for writing.", filename_p);  
     Finley_setError(IO_ERROR,error_msg);  
     return;  
   }  
   /* find the mesh type to be written */  
   int nodetype=FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
   int elementtype=FINLEY_UNKNOWN;  
   bool_t isCellCentered[num_data],write_celldata=FALSE,write_pointdata=FALSE;  
   for (i_data=0;i_data<num_data;++i_data)  
   {  
     if (! isEmpty(data_pp[i_data]))  
     {  
       switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
       {  
       case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
         nodetype = FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_NODES:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=FALSE;  
         break;  
       case FINLEY_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_FACE_ELEMENTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_FACE_ELEMENTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_POINTS:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_POINTS)  
         {  
           elementtype=FINLEY_POINTS;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_2:  
         nodetype = (nodetype == FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM) ? FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM : FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM;  
         if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN || elementtype==FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1)  
         {  
           elementtype=FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1;  
         }  
         else  
         {  
           Finley_setError(TYPE_ERROR,"saveVTK: cannot write given data in single file.");  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
         isCellCentered[i_data]=TRUE;  
         break;  
       default:  
         sprintf(error_msg,"saveVTK: Finley does not know anything about function space type %d",getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]));  
         Finley_setError(TYPE_ERROR,error_msg);  
         fclose(fileHandle_p);  
         return;  
       }  
       if (isCellCentered[i_data])  
       {  
         write_celldata=TRUE;  
       }  
       else  
       {  
         write_pointdata=TRUE;  
       }  
     }  
   }  
   /* select nomber of points and the mesh component */  
   numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->reducedNumNodes;  
   }  
   else  
   {  
     numPoints = mesh_p->Nodes->numNodes;  
975    }    }
976    if (elementtype==FINLEY_UNKNOWN) elementtype=FINLEY_ELEMENTS;    TMPMEMFREE(isCellCentered);
977    Finley_ElementFile* elements=NULL;    TMPMEMFREE(txt_buffer);
   switch(elementtype)  
   {  
   case FINLEY_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->Elements;  
     break;  
   case FINLEY_FACE_ELEMENTS:  
     elements=mesh_p->FaceElements;  
     break;  
   case FINLEY_POINTS:  
     elements=mesh_p->Points;  
     break;  
   case FINLEY_CONTACT_ELEMENTS_1:  
     elements=mesh_p->ContactElements;  
     break;  
   }  
   if (elements==NULL)  
   {  
     Finley_setError(SYSTEM_ERROR,"saveVTK: undefined element file");  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* map finley element type to VTK element type */  
   numCells = elements->numElements;  
   ElementTypeId TypeId;  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     TypeId = elements->LinearReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   else  
   {  
     TypeId = elements->ReferenceElement->Type->TypeId;  
   }  
   
   switch(TypeId)  
   {  
   case Point1:  
   case Line2Face:  
   case Line3Face:  
   case Point1_Contact:  
   case Line2Face_Contact:  
   case Line3Face_Contact:  
     cellType = VTK_VERTEX;  
     numVTKNodesPerElement = 1;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_VERTEX");  
     break;  
   
   case Line2:  
   case Tri3Face:  
   case Rec4Face:  
   case Line2_Contact:  
   case Tri3_Contact:  
   case Tri3Face_Contact:  
   case Rec4Face_Contact:  
     cellType = VTK_LINE;  
     numVTKNodesPerElement = 2;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_LINE");  
     break;  
   
   case Tri3:  
   case Tet4Face:  
   case Tet4Face_Contact:  
     cellType = VTK_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec4:  
   case Hex8Face:  
   case Rec4_Contact:  
   case Hex8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet4:  
     cellType = VTK_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 4;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex8:  
     cellType = VTK_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   case Line3:  
   case Tri6Face:  
   case Rec8Face:  
   case Line3_Contact:  
   case Tri6Face_Contact:  
   case Rec8Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_EDGE;  
     numVTKNodesPerElement = 3;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_EDGE");  
     break;  
   
   case Tri6:  
   case Tet10Face:  
   case Tri6_Contact:  
   case Tet10Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TRIANGLE;  
     numVTKNodesPerElement = 6;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TRIANGLE");  
     break;  
   
   case Rec8:  
   case Hex20Face:  
   case Rec8_Contact:  
   case Hex20Face_Contact:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_QUAD;  
     numVTKNodesPerElement = 8;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_QUAD");  
     break;  
   
   case Tet10:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_TETRA;  
     numVTKNodesPerElement = 10;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_TETRA");  
     break;  
   
   case Hex20:  
     cellType = VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON;  
     numVTKNodesPerElement = 20;  
     strcpy(elemTypeStr, "VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON");  
     break;  
   
   default:  
     sprintf(error_msg, "saveVTK: Element type %s is not supported by VTK",elements->ReferenceElement->Type->Name);  
     Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
     fclose(fileHandle_p);  
     return;  
   }  
   /* xml header */  
   fprintf(fileHandle_p, "<?xml version=\"1.0\"?>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\">\n");  
   
   /* finley uses an unstructured mesh, so UnstructuredGrid *should* work */  
   fprintf(fileHandle_p, "<UnstructuredGrid>\n");  
   
   /* is there only one "piece" to the data?? */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Piece NumberOfPoints=\"%d\" NumberOfCells=\"%d\">\n",numPoints, numCells);  
   /* now for the points; equivalent to positions section in saveDX() */  
   /* "The points element explicitly defines coordinates for each point  
   * individually.  It contains one DataArray element describing an array  
   * with three components per value, each specifying the coordinates of one  
   * point" - from Vtk User's Guide  
   */  
   fprintf(fileHandle_p, "<Points>\n");  
   /*  
   * the reason for this if statement is explained in the long comment below  
   */  
   nDim = mesh_p->Nodes->numDim;  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray NumberOfComponents=\"%d\" type=\"Float32\" format=\"ascii\">\n",MAX(3,nDim));  
   /* vtk/mayavi doesn't like 2D data, it likes 3D data with a degenerate  
   * third dimension to handle 2D data (like a sheet of paper).  So, if  
   * nDim is 2, we have to append zeros to the array to get this third  
   * dimension, and keep the visualisers happy.  
   * Indeed, if nDim is less than 3, must pad all empty dimensions, so  
   * that the total number of dims is 3.  
   */  
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
       if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
       {  
         for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
         for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
         fprintf(fileHandle_p, "\n");  
       }  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
     {  
   
       for (j = 0; j < nDim; j++) fprintf(fileHandle_p, " %e",mesh_p->Nodes->Coordinates[INDEX2(j, i, nDim)]);  
       for (k=0; k<3-nDim; k++) fprintf(fileHandle_p, " %e",0.);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "</Points>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the connectivity */  
   
   int NN = elements->ReferenceElement->Type->numNodes;  
   fprintf(fileHandle_p, "<Cells>\n");  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"connectivity\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   
   if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++)  
         fprintf(fileHandle_p,"%d ",mesh_p->Nodes->toReduced[elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->linearNodes[j], i, NN)]]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else if (VTK_QUADRATIC_HEXAHEDRON==cellType)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       fprintf(fileHandle_p,"%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d\n",  
               elements->Nodes[INDEX2(0, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(1, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(2, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(3, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(4, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(5, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(6, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(7, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(8, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(9, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(10, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(11, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(16, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(17, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(18, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(19, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(12, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(13, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(14, i, NN)],  
               elements->Nodes[INDEX2(15, i, NN)]);  
     }  
   }  
   else if (numVTKNodesPerElement!=NN)  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(elements->ReferenceElement->Type->geoNodes[j], i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   else  
   {  
     for (i = 0; i < numCells; i++)  
     {  
       for (j = 0; j < numVTKNodesPerElement; j++) fprintf(fileHandle_p,"%d ", elements->Nodes[INDEX2(j, i, NN)]);  
       fprintf(fileHandle_p, "\n");  
     }  
   }  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the offsets */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"offsets\" type=\"Int32\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=numVTKNodesPerElement; i<=numCells*numVTKNodesPerElement; i+=numVTKNodesPerElement) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", i);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* write out the DataArray element for the types */  
   fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"types\" type=\"UInt8\" format=\"ascii\">\n");  
   for (i=0; i<numCells; i++) fprintf(fileHandle_p, "%d\n", cellType);  
   fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
   
   /* finish off the <Cells> element */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Cells>\n");  
   
   /* cell data */  
   if (write_celldata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<CellData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
   
         double sampleAvg[nComp];  
         for (i=0; i<numCells; i++)  
         {  
           values = getSampleData(data_pp[i_data], i);  
           /* averaging over the number of points in the sample */  
           for (k=0; k<nComp; k++)  
           {  
             rtmp = 0.;  
             for (j=0; j<numPointsPerSample; j++) rtmp += values[INDEX2(k,j,nComp)];  
             sampleAvg[k] = rtmp/numPointsPerSample;  
           }  
           /* if the number of required components is more than the number  
           * of actual components, pad with zeros  
           */  
           /* probably only need to get shape of first element */  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (nCompReqd == 1)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[0]);  
           }  
           else if (nCompReqd == 3)  
           {  
             /* write out the data */  
             for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[m]);  
             for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           else if (nCompReqd == 9)  
           {  
             /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
             * of 9 data points */  
             count = 0;  
             for (m=0; m<shape; m++)  
             {  
               for (n=0; n<shape; n++)  
               {  
                 fprintf(fileHandle_p, " %e", sampleAvg[count]);  
                 count++;  
               }  
               for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             for (m=0; m<3-shape; m++)  
               for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
           }  
           fprintf(fileHandle_p, "\n");  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</CellData>\n");  
   }  
   /* point data */  
   if (write_pointdata)  
   {  
     /* mark the active data arrays */  
     bool_t set_scalar=FALSE,set_vector=FALSE, set_tensor=FALSE;  
     fprintf(fileHandle_p, "<PointData");  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         /* if the rank == 0:   --> scalar data  
         * if the rank == 1:   --> vector data  
         * if the rank == 2:   --> tensor data  
         */  
         switch(getDataPointRank(data_pp[i_data]))  
         {  
         case 0:  
           if (! set_scalar)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Scalars=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_scalar=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 1:  
           if (! set_vector)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Vectors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_vector=TRUE;  
           }  
           break;  
         case 2:  
           if (! set_tensor)  
           {  
             fprintf(fileHandle_p," Tensors=\"%s\"",names_p[i_data]);  
             set_tensor=TRUE;  
           }  
           break;  
         default:  
           sprintf(error_msg, "saveVTK: data %s: Vtk can't handle objects with rank greater than 2.",names_p[i_data]);  
           Finley_setError(VALUE_ERROR,error_msg);  
           fclose(fileHandle_p);  
           return;  
         }  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, ">\n");  
     /* write the arrays */  
     for (i_data =0 ;i_data<num_data;++i_data)  
     {  
       if (! isEmpty(data_pp[i_data]) && !isCellCentered[i_data])  
       {  
         numPointsPerSample = elements->ReferenceElement->numQuadNodes;  
         rank = getDataPointRank(data_pp[i_data]);  
         nComp = getDataPointSize(data_pp[i_data]);  
         nCompReqd=1;   /* the number of components required by vtk */  
         shape=0;  
         if (rank == 0)  
         {  
           nCompReqd = 1;  
         }  
         else if (rank == 1)  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3)  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 1 object must have less then 4 components");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 3;  
         }  
         else  
         {  
           shape=getDataPointShape(data_pp[i_data], 0);  
           if  (shape>3 || shape != getDataPointShape(data_pp[i_data], 1))  
           {  
             Finley_setError(VALUE_ERROR, "saveVTK: rank 2 object must have less then 4x4 components and must have a square shape");  
             fclose(fileHandle_p);  
             return;  
           }  
           nCompReqd = 9;  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "<DataArray Name=\"%s\" type=\"Float32\" NumberOfComponents=\"%d\" format=\"ascii\">\n",names_p[i_data], nCompReqd);  
         /* write out the data */  
         /* if the number of required components is more than the number  
         * of actual components, pad with zeros  
         */  
         bool_t do_write=TRUE;  
         for (i=0; i<mesh_p->Nodes->numNodes; i++)  
         {  
           if (nodetype==FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM)  
           {  
             if (mesh_p->Nodes->toReduced[i]>=0)  
             {  
               switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
               {  
               case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_REDUCED_DEGREES_OF_FREEDOM:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->reducedDegreeOfFreedom[i]);  
                 break;  
               case FINLEY_NODES:  
                 values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
                 break;  
               }  
               do_write=TRUE;  
             }  
             else  
             {  
               do_write=FALSE;  
             }  
           }  
           else  
           {  
             do_write=TRUE;  
             switch(getFunctionSpaceType(data_pp[i_data]))  
             {  
             case FINLEY_DEGREES_OF_FREEDOM:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],mesh_p->Nodes->degreeOfFreedom[i]);  
               break;  
             case FINLEY_NODES:  
               values = getSampleData(data_pp[i_data],i);  
               break;  
             }  
           }  
           /* write the data different ways for scalar, vector and tensor */  
           if (do_write)  
           {  
             if (nCompReqd == 1)  
             {  
               fprintf(fileHandle_p, " %e", values[0]);  
             }  
             else if (nCompReqd == 3)  
             {  
               for (m=0; m<shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", values[m]);  
               for (m=0; m<nCompReqd-shape; m++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             else if (nCompReqd == 9)  
             {  
               /* tensor data, so have a 3x3 matrix to output as a row  
               * of 9 data points */  
               count = 0;  
               for (m=0; m<shape; m++)  
               {  
                 for (n=0; n<shape; n++)  
                 {  
                   fprintf(fileHandle_p, " %e", values[count]);  
                   count++;  
                 }  
                 for (n=0; n<3-shape; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
               }  
               for (m=0; m<3-shape; m++)  
                 for (n=0; n<3; n++) fprintf(fileHandle_p, " %e", 0.);  
             }  
             fprintf(fileHandle_p, "\n");  
           }  
         }  
         fprintf(fileHandle_p, "</DataArray>\n");  
       }  
     }  
     fprintf(fileHandle_p, "</PointData>\n");  
   }  
   /* finish off the piece */  
   fprintf(fileHandle_p, "</Piece>\n");  
   
   fprintf(fileHandle_p, "</UnstructuredGrid>\n");  
   /* write the xml footer */  
   fprintf(fileHandle_p, "</VTKFile>\n");  
   /* close the file */  
   fclose(fileHandle_p);  
978    return;    return;
979  }  }
 #endif  
   

Legend:
Removed from v.794  
changed lines
  Added in v.1665

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26