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revision 3259 by jfenwick, Mon Oct 11 01:48:14 2010 UTC revision 3323 by gross, Thu Oct 28 09:53:46 2010 UTC
# Line 18  Line 18 
18    
19  /**************************************************************/  /**************************************************************/
20    
21  /* Author: artak@uq.edu.au                                */  /* Author: artak@uq.edu.au, l.gross@uq.edu.au                                */
22    
23  /**************************************************************/  /**************************************************************/
24    
25    #define SHOW_TIMING FALSE
26    
27  #include "Paso.h"  #include "Paso.h"
28  #include "Preconditioner.h"  #include "Preconditioner.h"
29  #include "Options.h"  #include "Options.h"
30  #include "PasoUtil.h"  #include "PasoUtil.h"
31  #include "UMFPACK.h"  #include "UMFPACK.h"
32  #include "MKL.h"  #include "MKL.h"
 #include "Coarsening.h"  
33    
34  /**************************************************************/  /**************************************************************/
35    
# Line 37  Line 38 
38  void Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(Paso_Preconditioner_LocalAMG * in) {  void Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(Paso_Preconditioner_LocalAMG * in) {
39       if (in!=NULL) {       if (in!=NULL) {
40      Paso_Preconditioner_LocalSmoother_free(in->Smoother);      Paso_Preconditioner_LocalSmoother_free(in->Smoother);
41        Paso_SparseMatrix_free(in->P);
42        Paso_SparseMatrix_free(in->R);
43        Paso_SparseMatrix_free(in->A_C);
44        Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(in->AMG_C);
45        MEMFREE(in->r);
46        MEMFREE(in->x_C);
47        MEMFREE(in->b_C);
48    
49      /*=========================*/      
50          Paso_SparseMatrix_free(in->A_FC);      MEMFREE(in);
         Paso_SparseMatrix_free(in->A_FF);  
         Paso_SparseMatrix_free(in->W_FC);  
         Paso_SparseMatrix_free(in->A_CF);  
         Paso_SparseMatrix_free(in->P);  
         Paso_SparseMatrix_free(in->R);  
         Paso_SparseMatrix_free(in->A);  
         if(in->coarsest_level==TRUE) {  
         #ifdef MKL  
           Paso_MKL_free1(in->AOffset1);  
           Paso_SparseMatrix_free(in->AOffset1);  
           Paso_SparseMatrix_free(in->AUnrolled);  
         #else  
           #ifdef UMFPACK  
           Paso_UMFPACK1_free((Paso_UMFPACK_Handler*)(in->solver));  
           Paso_SparseMatrix_free(in->AUnrolled);  
           #endif  
         #endif  
         }  
         MEMFREE(in->rows_in_F);  
         MEMFREE(in->rows_in_C);  
         MEMFREE(in->mask_F);  
         MEMFREE(in->mask_C);  
         MEMFREE(in->x_F);  
         MEMFREE(in->b_F);  
         MEMFREE(in->x_C);  
         MEMFREE(in->b_C);  
         in->solver=NULL;  
         Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(in->AMG_of_Coarse);  
         MEMFREE(in->b_C);  
         MEMFREE(in);  
51       }       }
52  }  }
53    
54  /**************************************************************/  /*****************************************************************
   
 /*   constructs the block-block factorization of  
   
         [ A_FF A_FC ]  
    A_p=  
         [ A_CF A_FF ]  
   
 to  
   
   [      I         0  ]  [ A_FF 0 ] [ I    invA_FF*A_FF ]    
   [ A_CF*invA_FF   I  ]  [   0  S ] [ 0          I      ]  
55    
56       constructs AMG
57     where S=A_FF-ACF*invA_FF*A_FC within the shape of S    
58    ******************************************************************/
    then AMG is applied to S again until S becomes empty  
   
 */  
59  Paso_Preconditioner_LocalAMG* Paso_Preconditioner_LocalAMG_alloc(Paso_SparseMatrix *A_p,dim_t level,Paso_Options* options) {  Paso_Preconditioner_LocalAMG* Paso_Preconditioner_LocalAMG_alloc(Paso_SparseMatrix *A_p,dim_t level,Paso_Options* options) {
60    
61    Paso_Preconditioner_LocalAMG* out=NULL;    Paso_Preconditioner_LocalAMG* out=NULL;
   /*  
    Paso_Pattern* temp1=NULL;  
   Paso_Pattern* temp2=NULL;  
   */  
62    bool_t verbose=options->verbose;    bool_t verbose=options->verbose;
   bool_t timing=0;  
63        
64      Paso_SparseMatrix *Atemp=NULL, *A_C=NULL;
65    const dim_t n=A_p->numRows;    const dim_t n=A_p->numRows;
66    const dim_t n_block=A_p->row_block_size;    const dim_t n_block=A_p->row_block_size;
67        index_t* split_marker=NULL, *counter=NULL, *mask_C=NULL, *rows_in_F=NULL, *S=NULL, *degree=NULL;
68        dim_t n_F=0, n_C=0, i;
   index_t* mis_marker=NULL;    
   index_t* counter=NULL;  
   /*index_t iPtr,*index, *where_p;*/  
   dim_t i,j;  
   Paso_SparseMatrix * A_c=NULL;  
69    double time0=0;    double time0=0;
70    Paso_SparseMatrix * Atemp=NULL;    const double theta = options->coarsening_threshold;
71    double sparsity=0;    const double tau = options->diagonal_dominance_threshold;
     
   /*  
   double *temp,*temp_1;  
   double S;  
   index_t iptr;  
   */  
     
   /*char filename[8];*/  
72        
   /*    
   sprintf(filename,"AMGLevel%d",level);  
73        
74    Paso_SparseMatrix_saveMM(A_p,filename);    /*
75          is the input matrix A suitable for coarsening
76          
77    */    */
78        if ( (A_p->pattern->len >= options->min_coarse_sparsity * n * n ) || (n <= options->min_coarse_matrix_size) || (level > options->level_max) ) {
79    /*Make sure we have block sizes 1*/       if (verbose) printf("Paso_Solver: AMG level %d (limit = %d) stopped. sparsity = %e (limit = %e), unknowns = %d (limit = %d)\n",
80    /*if (A_p->col_block_size>1) {      level,  options->level_max, A_p->pattern->len/(1.*n * n), options->min_coarse_sparsity, n, options->min_coarse_matrix_size  );  
      Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_Solver_getAMG: AMG requires column block size 1.");  
      return NULL;  
   }  
   if (A_p->row_block_size>1) {  
      Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_Solver_getAMG: AMG requires row block size 1.");  
81       return NULL;       return NULL;
82    }*/    }
83    out=MEMALLOC(1,Paso_Preconditioner_LocalAMG);       /* Start Coarsening : */
84    
85           split_marker=TMPMEMALLOC(n,index_t);
86    /* identify independend set of rows/columns */       counter=TMPMEMALLOC(n,index_t);
87    mis_marker=TMPMEMALLOC(n,index_t);       degree=TMPMEMALLOC(n, dim_t);
88    counter=TMPMEMALLOC(n,index_t);       S=TMPMEMALLOC(A_p->pattern->len, index_t);
89    if ( !( Esys_checkPtr(mis_marker) || Esys_checkPtr(counter) || Esys_checkPtr(out)) ) {       if ( !( Esys_checkPtr(split_marker) || Esys_checkPtr(counter) || Esys_checkPtr(degree) || Esys_checkPtr(S) ) ) {
90             /*
91                  set splitting of unknows:
92       out->post_sweeps=options->post_sweeps;        
93       out->pre_sweeps=options->pre_sweeps;           */
94             time0=Esys_timer();
95       out->AMG_of_Coarse=NULL;       if (n_block>1) {
96       out->A_FF=NULL;             Paso_Preconditioner_AMG_setStrongConnections_Block(A_p, degree, S, theta,tau);
97       out->A_FC=NULL;       } else {
98       out->A_CF=NULL;             Paso_Preconditioner_AMG_setStrongConnections(A_p, degree, S, theta,tau);
99       out->W_FC=NULL;       }
100       out->P=NULL;       Paso_Preconditioner_AMG_RungeStuebenSearch(n, A_p->pattern->ptr, degree, S, split_marker);
101       out->R=NULL;       options->coarsening_selection_time=Esys_timer()-time0 + MAX(0, options->coarsening_selection_time);
102       out->rows_in_F=NULL;      
103       out->rows_in_C=NULL;       if (Esys_noError() ) {
104       out->mask_F=NULL;          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
105       out->mask_C=NULL;          for (i = 0; i < n; ++i) split_marker[i]= (split_marker[i] == PASO_AMG_IN_F);
106       out->x_F=NULL;      
107       out->b_F=NULL;          /*
108       out->x_C=NULL;             count number of unkowns to be eliminated:
109       out->b_C=NULL;          */
110       out->A=Paso_SparseMatrix_getReference(A_p);          n_F=Paso_Util_cumsum_maskedTrue(n,counter, split_marker);
111       out->AUnrolled=NULL;          n_C=n-n_F;
112       out->AOffset1=NULL;          if (verbose) printf("Paso_Solver: AMG level %d: %d unknowns are flagged for elimination. %d left.\n",level,n_F,n-n_F);
113       out->solver=NULL;      
114       out->Smoother=NULL;          if ( n_F == 0 ) {  /*  is a nasty case. a direct solver should be used, return NULL */
115       out->level=level;             out = NULL;
116       out->n=n;          } else {
117       out->n_F=n+1;             out=MEMALLOC(1,Paso_Preconditioner_LocalAMG);
118       out->n_block=n_block;             if (! Esys_checkPtr(out)) {
119              out->level = level;
120                  out->n = n;
121       sparsity=(A_p->len*1.)/(1.*A_p->numRows*A_p->numCols);            out->n_F = n_F;
122                  out->n_block = n_block;
123       if (verbose) fprintf(stdout,"Stats: Sparsity of the Coarse Matrix with %d non-zeros (%d,%d) in level %d is %.6f\n",A_p->len,A_p->numRows,A_p->numCols,level,sparsity);            out->A_C = NULL;
124                  out->P = NULL;  
125                  out->R = NULL;          
126       if(sparsity>0.05) {            out->post_sweeps = options->post_sweeps;
127        level=0;            out->pre_sweeps  = options->pre_sweeps;
128       }            out->r = NULL;
129                  out->x_C = NULL;
130                      out->b_C = NULL;
131       if (level==0 || n<=options->min_coarse_matrix_size) {            out->AMG_C = NULL;
132           out->coarsest_level=TRUE;            out->Smoother=NULL;
133           #ifdef MKL             }
134                    out->AUnrolled=Paso_SparseMatrix_unroll(A_p);             mask_C=TMPMEMALLOC(n,index_t);
135                    out->AOffset1=Paso_SparseMatrix_alloc(MATRIX_FORMAT_BLK1 + MATRIX_FORMAT_OFFSET1, out->AUnrolled->pattern,1,1, FALSE);             rows_in_F=TMPMEMALLOC(n_F,index_t);
136                    #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)             Esys_checkPtr(mask_C);
137                    for (i=0;i<out->A->len;++i) {             Esys_checkPtr(rows_in_F);
138                         out->AOffset1->val[i]=out->AUnrolled->val[i];             if ( Esys_noError() ) {
139                    }  
140           #else            out->Smoother = Paso_Preconditioner_LocalSmoother_alloc(A_p, (options->smoother == PASO_JACOBI), verbose);
141              #ifdef UMFPACK        
142                  out->AUnrolled=Paso_SparseMatrix_unroll(A_p);            if ( n_F < n ) { /* if nothing is been removed we have a diagonal dominant matrix and we just run a few steps of the smoother */
143                  /*Paso_SparseMatrix_saveMM(out->AUnrolled,"AUnroll.mat");    
144                  Paso_SparseMatrix_saveMM(A_p,"Aorg.mat");              /* allocate helpers :*/
145                  */              out->x_C=MEMALLOC(n_block*n_C,double);
146              #else              out->b_C=MEMALLOC(n_block*n_C,double);
147                out->Smoother=Paso_Preconditioner_LocalSmoother_alloc(A_p, (options->smoother == PASO_JACOBI), verbose);              out->r=MEMALLOC(n_block*n,double);
148              #endif              
149           #endif              Esys_checkPtr(out->r);
150                        Esys_checkPtr(out->x_C);
151       } else {              Esys_checkPtr(out->b_C);
152           out->coarsest_level=FALSE;              
153       out->Smoother=Paso_Preconditioner_LocalSmoother_alloc(A_p, (options->smoother == PASO_JACOBI), verbose);              if ( Esys_noError() ) {
154                   /* creates index for F:*/
155           /* Start Coarsening : */                 #pragma omp parallel private(i)
156           time0=Esys_timer();                 {
157       Paso_Coarsening_Local(mis_marker, A_p, options->coarsening_threshold, options->coarsening_method);                    #pragma omp for schedule(static)
158           time0=Esys_timer()-time0;                    for (i = 0; i < n; ++i) {
159       if (timing) fprintf(stdout,"Level %d: timing: Coarsening: %e\n",level,time0);                   if  (split_marker[i]) rows_in_F[counter[i]]=i;
160                      }
161          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                 }
162          for (i = 0; i < n; ++i) {                 /*  create mask of C nodes with value >-1 gives new id */
163         mis_marker[i]=(mis_marker[i]== PASO_COARSENING_IN_F);                 i=Paso_Util_cumsum_maskedFalse(n,counter, split_marker);
164         counter[i]=mis_marker[i];  
165          }                 #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
166          out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);                 for (i = 0; i < n; ++i) {
167                              if  (split_marker[i]) {
168          if (out->n_F==0) {                   mask_C[i]=-1;
169             out->coarsest_level=TRUE;                    } else {
170             level=0;                   mask_C[i]=counter[i];;
171             if (verbose) {                    }
172                 /*printf("AMG coarsening eliminates all unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");*/                 }
173                 printf("AMG coarsening does not eliminate any of the unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");                 /*
174             }                    get Restriction :  
175          }                 */                  
176          else if (out->n_F==n) {                 time0=Esys_timer();
177            out->coarsest_level=TRUE;                 out->P=Paso_Preconditioner_AMG_getDirectProlongation(A_p,degree,S,n_C,mask_C);
178             level=0;                 if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d: getProlongation: %e\n",level, Esys_timer()-time0);
179             if (verbose) {              }
180                 /*printf("AMG coarsening eliminates all unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");*/              /*      
181                 printf("AMG coarsening eliminates all of the unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");                 construct Prolongation operator as transposed of restriction operator:
182                          */
183              }              if ( Esys_noError()) {
184          } else {                 time0=Esys_timer();
185                       out->R=Paso_SparseMatrix_getTranspose(out->P);
186                if (Esys_noError()) {                 if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d: Paso_SparseMatrix_getTranspose: %e\n",level,Esys_timer()-time0);
187                                }      
188                   /*#pragma omp parallel for private(i) schedule(static)              /*
189                   for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=mis_marker[i];              construct coarse level matrix:
190                   out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);              */
191                   */              if ( Esys_noError()) {
192                                   time0=Esys_timer();
193                   out->mask_F=MEMALLOC(n,index_t);                 Atemp=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(A_p,out->P);
194                   out->rows_in_F=MEMALLOC(out->n_F,index_t);                 A_C=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(out->R,Atemp);
195                   if (! (Esys_checkPtr(out->mask_F) || Esys_checkPtr(out->rows_in_F) ) ) {                 Paso_SparseMatrix_free(Atemp);
196                      /* creates an index for F from mask */                 if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d : construct coarse matrix: %e\n",level,Esys_timer()-time0);            
197                      #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)              }
198                      for (i = 0; i < out->n_F; ++i) out->rows_in_F[i]=-1;  
199                      #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)              
200                      for (i = 0; i < n; ++i) {              /*
201                 if  (mis_marker[i]) {                 constructe courser level:
202                                out->rows_in_F[counter[i]]=i;                
203                                out->mask_F[i]=counter[i];              */
204                         } else {              if ( Esys_noError()) {
205                                out->mask_F[i]=-1;                 out->AMG_C=Paso_Preconditioner_LocalAMG_alloc(A_C,level+1,options);
206                         }              }
207                      }              if ( Esys_noError()) {
208                                       if ( out->AMG_C == NULL ) {
209                   }                    out->reordering = options->reordering;
210                }                    out->refinements = options->coarse_matrix_refinements;
211                                    /* no coarse level matrix has been constructed. use direct solver */
212                /* if(level==1) {                    #ifdef MKL
213                     printf("##TOTAL: %d, ELIMINATED: %d\n",n,out->n_F);                      out->A_C=Paso_SparseMatrix_unroll(MATRIX_FORMAT_BLK1 + MATRIX_FORMAT_OFFSET1, A_C);
214                     for (i = 0; i < n; ++i) {                      Paso_SparseMatrix_free(A_C);
215                      printf("##%d %d\n",i,!mis_marker[i]);                      out->A_C->solver_package = PASO_MKL;
216                     }                      if (verbose) printf("Paso_Solver: AMG: use MKL direct solver on the coarsest level (number of unknowns = %d).\n",n_C);
217                  }                    #else
218                */                      #ifdef UMFPACK
219                                         out->A_C=Paso_SparseMatrix_unroll(MATRIX_FORMAT_BLK1 + MATRIX_FORMAT_CSC, A_C);
220                /*check whether coarsening process actually makes sense to continue.                         Paso_SparseMatrix_free(A_C);
221                if coarse matrix at least smaller by 30% then continue, otherwise we stop.*/                         out->A_C->solver_package = PASO_UMFPACK;
222                if ((out->n_F*100/n)<30) {                         if (verbose) printf("Paso_Solver: AMG: use UMFPACK direct solver on the coarsest level (number of unknowns = %d).\n",n_C);
223                      level=1;                      #else
224                  }                         out->A_C=A_C;
225                                       out->A_C->solver_p=Paso_Preconditioner_LocalSmoother_alloc(out->A_C, (options->smoother == PASO_JACOBI), verbose);
226                if ( Esys_noError()) {                         out->A_C->solver_package = PASO_SMOOTHER;
227                      out->n_C=n-out->n_F;                         if (verbose) printf("Paso_Solver: AMG: use smoother on the coarsest level (number of unknowns = %d).\n",n_C);
228                      out->rows_in_C=MEMALLOC(out->n_C,index_t);                      #endif
229                      out->mask_C=MEMALLOC(n,index_t);                    #endif
230                      if (! (Esys_checkPtr(out->mask_C) || Esys_checkPtr(out->rows_in_C) ) ) {                 } else {
231                           /* creates an index for C from mask */                    /* finally we set some helpers for the solver step */
232                           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                    out->A_C=A_C;
233                           for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=! mis_marker[i];                 }
234                           Paso_Util_cumsum(n,counter);              }        
235                           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)            }
236                           for (i = 0; i < out->n_C; ++i) out->rows_in_C[i]=-1;             }
237                           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)             TMPMEMFREE(mask_C);
238                           for (i = 0; i < n; ++i) {             TMPMEMFREE(rows_in_F);
239                  if  (! mis_marker[i]) {          }
240                                        out->rows_in_C[counter[i]]=i;       }
                                       out->mask_C[i]=counter[i];  
                                    } else {  
                                       out->mask_C[i]=-1;  
                                    }  
                          }  
                     }  
               }  
               if ( Esys_noError()) {  
                       /* get A_FF block: */  
                       /*  
                        out->A_FF=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_F,out->rows_in_F,out->mask_F);  
                       out->A_CF=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_C,out->n_F,out->rows_in_C,out->mask_F);  
                       out->A_FC=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_C,out->rows_in_F,out->mask_C);  
                       */  
                         
                       /*Compute W_FC*/  
                       /*initialy W_FC=A_FC*/  
                       out->W_FC=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_C,out->rows_in_F,out->mask_C);  
                         
                       /*sprintf(filename,"W_FCbefore_%d",level);  
                       Paso_SparseMatrix_saveMM(out->W_FC,filename);  
                       */  
                       /* for (i = 0; i < n; ++i) {  
                                   printf("##mis_marker[%d]=%d\n",i,mis_marker[i]);  
                        }  
                       */                    
                       time0=Esys_timer();  
                       Paso_SparseMatrix_updateWeights(A_p,out->W_FC,mis_marker);  
                       time0=Esys_timer()-time0;  
                       if (timing) fprintf(stdout,"timing: updateWeights: %e\n",time0);  
           
                       /*  
                       sprintf(filename,"W_FCafter_%d",level);  
                       Paso_SparseMatrix_saveMM(out->W_FC,filename);  
                       */  
                         
                       /* get Prolongation and Restriction */  
                       time0=Esys_timer();  
                       out->P=Paso_SparseMatrix_getProlongation(out->W_FC,mis_marker);  
                       time0=Esys_timer()-time0;  
                       if (timing) fprintf(stdout,"timing: getProlongation: %e\n",time0);  
                       /*out->P=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("P1.mtx");*/  
                         
                       /*  
                       sprintf(filename,"P_%d",level);  
                       Paso_SparseMatrix_saveMM(out->P,filename);  
                       */  
                         
                       time0=Esys_timer();  
                       out->R=Paso_SparseMatrix_getRestriction(out->P);  
                       time0=Esys_timer()-time0;  
                       if (timing) fprintf(stdout,"timing: getRestriction: %e\n",time0);  
                       /*out->R=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("R1.mtx");*/  
                         
                       /*  
                       sprintf(filename,"R_%d",level);  
                       Paso_SparseMatrix_saveMM(out->R,filename);  
                       */  
                       
               }  
               if ( Esys_noError()) {  
                       
                     time0=Esys_timer();  
                       
                     Atemp=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(A_p,out->P);  
                       
                     A_c=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(out->R,Atemp);  
                       
                     /*A_c=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("A_C1.mtx");*/  
                       
                     Paso_SparseMatrix_free(Atemp);  
                       
                     /*A_c=Paso_Solver_getCoarseMatrix(A_p,out->R,out->P);*/  
                     time0=Esys_timer()-time0;  
                     if (timing) fprintf(stdout,"timing: getCoarseMatrix: %e\n",time0);  
                       
                                           
                     /*Paso_Solver_getCoarseMatrix(A_c, A_p,out->R,out->P);*/  
                     /*                      
                     sprintf(filename,"A_C_%d",level);  
                     Paso_SparseMatrix_saveMM(A_c,filename);  
                     */  
                                           
             out->AMG_of_Coarse=Paso_Preconditioner_LocalAMG_alloc(A_c,level-1,options);  
               }  
   
               /* allocate work arrays for AMG application */  
               if (Esys_noError()) {  
                          /*  
                           out->x_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);  
                          out->b_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);  
                          */  
                          out->x_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);  
                          out->b_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);  
         
                          /*if (! (Esys_checkPtr(out->x_F) || Esys_checkPtr(out->b_F) || Esys_checkPtr(out->x_C) || Esys_checkPtr(out->b_C) ) ) {*/  
                          if ( ! ( Esys_checkPtr(out->x_C) || Esys_checkPtr(out->b_C) ) ) {  
                               
                              /*  
                               #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)  
                              for (i = 0; i < out->n_F; ++i) {  
                                          out->x_F[i]=0.;  
                                          out->b_F[i]=0.;  
                               }  
                              */  
                               
                               #pragma omp parallel for private(i,j) schedule(static)  
                               for (i = 0; i < out->n_C; ++i) {  
                                      for(j=0;j<n_block;++j) {  
                                         out->x_C[i*n_block+j]=0.;  
                                         out->b_C[i*n_block+j]=0.;  
                                      }  
                               }  
                          }  
               }  
             Paso_SparseMatrix_free(A_c);  
          }  
      }  
241    }    }
   TMPMEMFREE(mis_marker);  
242    TMPMEMFREE(counter);    TMPMEMFREE(counter);
243      TMPMEMFREE(split_marker);
244      TMPMEMFREE(degree);
245      TMPMEMFREE(S);
246    
247    if (Esys_noError()) {    if (Esys_noError()) {
       if (verbose && level>0 && !out->coarsest_level) {  
          printf("AMG: level: %d: %d unknowns eliminated. %d left.\n",level, out->n_F,out->n_C);  
      }  
248       return out;       return out;
249    } else  {    } else  {
250       Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(out);       Paso_Preconditioner_LocalAMG_free(out);
# Line 428  Paso_Preconditioner_LocalAMG* Paso_Preco Line 252  Paso_Preconditioner_LocalAMG* Paso_Preco
252    }    }
253  }  }
254    
 /**************************************************************/  
255    
256  /* apply AMG precondition b-> x                                void Paso_Preconditioner_LocalAMG_solve(Paso_SparseMatrix* A, Paso_Preconditioner_LocalAMG * amg, double * x, double * b) {
257         const dim_t n = amg->n * amg->n_block;
258         double time0=0;
259         const dim_t post_sweeps=amg->post_sweeps;
260         const dim_t pre_sweeps=amg->pre_sweeps;
261    
262       in fact it solves       /* presmoothing */
263         time0=Esys_timer();
264         Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(A, amg->Smoother, x, b, pre_sweeps, FALSE);
265         time0=Esys_timer()-time0;
266         if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d: Presmooting: %e\n",amg->level, time0);
267         /* end of presmoothing */
268        
269         if (amg->n_F < amg->n) { /* is there work on the coarse level? */
270             time0=Esys_timer();
271         Paso_Copy(n, amg->r, b);                            /*  r <- b */
272         Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,A,x,1.,amg->r); /*r=r-Ax*/
273         Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0_DIAG(1.,amg->R,amg->r,0.,amg->b_C);  /* b_c = R*r  */
274             time0=Esys_timer()-time0;
275         /* coarse level solve */
276         if ( amg->AMG_C == NULL) {
277            time0=Esys_timer();
278            /*  A_C is the coarsest level */
279            switch (amg->A_C->solver_package) {
280               case (PASO_MKL):
281              Paso_MKL(amg->A_C, amg->x_C,amg->b_C, amg->reordering, amg->refinements, SHOW_TIMING);
282              break;
283               case (PASO_UMFPACK):
284              Paso_UMFPACK(amg->A_C, amg->x_C,amg->b_C, amg->refinements, SHOW_TIMING);
285              break;
286               case (PASO_SMOOTHER):
287              Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(amg->A_C, amg->Smoother,amg->x_C,amg->b_C,pre_sweeps, FALSE);
288              break;
289            }
290            if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d: DIRECT SOLVER: %e\n",amg->level,Esys_timer()-time0);
291         } else {
292            Paso_Preconditioner_LocalAMG_solve(amg->A_C, amg->AMG_C,amg->x_C,amg->b_C); /* x_C=AMG(b_C)     */
293         }  
294         time0=time0+Esys_timer();
295         Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0_DIAG(1.,amg->P,amg->x_C,1.,x); /* x = x + P*x_c */    
296        
297             /*postsmoothing*/
298          
299            /*solve Ax=b with initial guess x */
300            time0=Esys_timer();
301            Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(A, amg->Smoother, x, b, post_sweeps, TRUE);
302            time0=Esys_timer()-time0;
303            if (SHOW_TIMING) printf("timing: level %d: Postsmoothing: %e\n",amg->level,time0);
304            /*end of postsmoothing*/
305        
306         }
307         return;
308    }
309    
310    [      I         0  ]  [ A_FF 0 ] [ I    invA_FF*A_FC ]  [ x_F ]  = [b_F]  /* theta = threshold for strong connections */
311    [ A_CF*invA_FF   I  ]  [   0  S ] [ 0          I      ]  [ x_C ]  = [b_C]  /* tau = threshold for diagonal dominance */
312    
313   in the form  /*S_i={j \in N_i; i strongly coupled to j}
314    
315     b->[b_F,b_C]  in the sense that |A_{ij}| >= theta * max_k |A_{ik}|
316     x_F=invA_FF*b_F  */
    b_C=b_C-A_CF*x_F  
    x_C=AMG(b_C)  
    b_F=b_F-A_FC*x_C  
    x_F=invA_FF*b_F  
    x<-[x_F,x_C]  
317    
318   should be called within a parallel region                                                void Paso_Preconditioner_AMG_setStrongConnections(Paso_SparseMatrix* A,
319   barrier synconization should be performed to make sure that the input vector available                        dim_t *degree, index_t *S,
320                          const double theta, const double tau)
321    {
322       const dim_t n=A->numRows;
323       index_t iptr, i,j;
324       dim_t kdeg;
325       double max_offdiagonal, threshold, sum_row, main_row, fnorm;
326    
 */  
327    
328  void Paso_Preconditioner_LocalAMG_solve(Paso_Preconditioner_LocalAMG * amg, double * x, double * b) {        #pragma omp parallel for private(i,iptr,max_offdiagonal, threshold,j, kdeg, sum_row, main_row, fnorm) schedule(static)
329       dim_t i,j;        for (i=0;i<n;++i) {
      double time0=0;  
      double *r=NULL, *x0=NULL;  
      bool_t timing=0;  
       
      dim_t post_sweeps=amg->post_sweeps;  
      dim_t pre_sweeps=amg->pre_sweeps;  
       
      #ifdef UMFPACK  
           Paso_UMFPACK_Handler * ptr=NULL;  
      #endif  
330                        
331       r=MEMALLOC(amg->n*amg->n_block,double);       max_offdiagonal = 0.;
332       x0=MEMALLOC(amg->n*amg->n_block,double);       sum_row=0;
333             main_row=0;
334       if (amg->coarsest_level) {       #pragma ivdep
335               for (iptr=A->pattern->ptr[i];iptr<A->pattern->ptr[i+1]; ++iptr) {
336        time0=Esys_timer();          j=A->pattern->index[iptr];
337        /*If all unknown are eliminated then Jacobi is the best preconditioner*/          fnorm=ABS(A->val[iptr]);
338            
339        if (amg->n_F==0 || amg->n_F==amg->n) {          if( j != i) {
340         Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(amg->A, amg->Smoother,x,b,1, FALSE);             max_offdiagonal = MAX(max_offdiagonal,fnorm);
341               sum_row+=fnorm;
342            } else {
343               main_row=fnorm;
344            }
345         }
346         threshold = theta*max_offdiagonal;
347         kdeg=0;
348         if (tau*main_row < sum_row) { /* no diagonal domainance */
349            #pragma ivdep
350            for (iptr=A->pattern->ptr[i];iptr<A->pattern->ptr[i+1]; ++iptr) {
351               j=A->pattern->index[iptr];
352               if(ABS(A->val[iptr])>threshold && i!=j) {
353              S[A->pattern->ptr[i]+kdeg] = j;
354              kdeg++;
355               }
356            }
357         }
358         degree[i]=kdeg;
359        }        }
360         else {  
361         #ifdef MKL  }
362            Paso_MKL1(amg->AOffset1,x,b,timing);  
363         #else  /* theta = threshold for strong connections */
364            #ifdef UMFPACK  /* tau = threshold for diagonal dominance */
365               ptr=(Paso_UMFPACK_Handler *)(amg->solver);  /*S_i={j \in N_i; i strongly coupled to j}
366               Paso_UMFPACK1(&ptr,amg->AUnrolled,x,b,timing);  
367               amg->solver=(void*) ptr;  in the sense that |A_{ij}|_F >= theta * max_k |A_{ik}|_F
368            #else        */
369            Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(amg->A, amg->Smoother,x,b,1, FALSE);  void Paso_Preconditioner_AMG_setStrongConnections_Block(Paso_SparseMatrix* A,
370           #endif                              dim_t *degree, index_t *S,
371         #endif                              const double theta, const double tau)
372         }  
373    {
374       const dim_t n_block=A->row_block_size;
375       const dim_t n=A->numRows;
376       index_t iptr, i,j, bi;
377       dim_t kdeg, max_deg;
378       register double max_offdiagonal, threshold, fnorm, sum_row, main_row;
379       double *rtmp;
380      
381      
382          #pragma omp parallel private(i,iptr,max_offdiagonal, kdeg, threshold,j, max_deg, fnorm, sum_row, main_row, rtmp)
383          {
384         max_deg=0;
385         #pragma omp for schedule(static)
386         for (i=0;i<n;++i) max_deg=MAX(max_deg, A->pattern->ptr[i+1]-A->pattern->ptr[i]);
387                
388         time0=Esys_timer()-time0;       rtmp=TMPMEMALLOC(max_deg, double);
389         if (timing) fprintf(stdout,"timing: DIRECT SOLVER: %e\n",time0);        
390               #pragma omp for schedule(static)
391       } else {       for (i=0;i<n;++i) {
         /* presmoothing */  
          time0=Esys_timer();  
      Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(amg->A, amg->Smoother, x, b, pre_sweeps, FALSE);  
          time0=Esys_timer()-time0;  
          if (timing) fprintf(stdout,"timing: Presmooting: %e\n",time0);  
392            
393           /* end of presmoothing */          max_offdiagonal = 0.;
394                    sum_row=0;
395           time0=Esys_timer();          main_row=0;
396            #pragma omp parallel for private(i,j) schedule(static)          for (iptr=A->pattern->ptr[i];iptr<A->pattern->ptr[i+1]; ++iptr) {
397             for (i=0;i<amg->n;++i) {             j=A->pattern->index[iptr];
398              for (j=0;j<amg->n_block;++j) {             fnorm=0;
399                r[i*amg->n_block+j]=b[i*amg->n_block+j];               #pragma ivdep
400              }             for(bi=0;bi<n_block*n_block;++bi) fnorm+=A->val[iptr*n_block*n_block+bi]*A->val[iptr*n_block*n_block+bi];
401             }             fnorm=sqrt(fnorm);
402                       rtmp[iptr-A->pattern->ptr[i]]=fnorm;
403           /*r=b-Ax*/             if( j != i) {
404           Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);            max_offdiagonal = MAX(max_offdiagonal,fnorm);
405                      sum_row+=fnorm;
406          /* b_c = R*r  */             } else {
407           Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(1.,amg->R,r,0.,amg->b_C);            main_row=fnorm;
408                       }
409          time0=Esys_timer()-time0;          }
410          if (timing) fprintf(stdout,"timing: Before next level: %e\n",time0);          threshold = theta*max_offdiagonal;
           
         /* x_C=AMG(b_C)     */  
     Paso_Preconditioner_LocalAMG_solve(amg->AMG_of_Coarse,amg->x_C,amg->b_C);  
           
         time0=Esys_timer();  
           
         /* x_0 = P*x_c */  
         Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(1.,amg->P,amg->x_C,0.,x0);  
           
         /* x=x+x0 */  
          #pragma omp parallel for private(i,j) schedule(static)  
            for (i=0;i<amg->n;++i) {  
             for (j=0;j<amg->n_block;++j) {  
               x[i*amg->n_block+j]+=x0[i*amg->n_block+j];    
             }  
            }  
           
       /*postsmoothing*/  
411                
412        /*solve Ax=b with initial guess x */          kdeg=0;
413        time0=Esys_timer();          if (tau*main_row < sum_row) { /* no diagonal domainance */
414        Paso_Preconditioner_LocalSmoother_solve(amg->A, amg->Smoother, x, b, post_sweeps, TRUE);             #pragma ivdep
415        time0=Esys_timer()-time0;             for (iptr=A->pattern->ptr[i];iptr<A->pattern->ptr[i+1]; ++iptr) {
416        if (timing) fprintf(stdout,"timing: Postsmoothing: %e\n",time0);            j=A->pattern->index[iptr];
417              if(rtmp[iptr-A->pattern->ptr[i]] > threshold && i!=j) {
418                 S[A->pattern->ptr[i]+kdeg] = j;
419                 kdeg++;
420              }
421               }
422            }
423            degree[i]=kdeg;
424         }      
425         TMPMEMFREE(rtmp);
426          } /* end of parallel region */
427    
428        /*end of postsmoothing*/  }  
       
      }  
      MEMFREE(r);  
      MEMFREE(x0);  
429    
430       return;  /* the runge stueben coarsening algorithm: */
431    void Paso_Preconditioner_AMG_RungeStuebenSearch(const dim_t n, const index_t* offset,
432                             const dim_t* degree, const index_t* S,
433                             index_t*split_marker)
434    {
435       index_t *lambda=NULL, j, *ST=NULL;
436       dim_t i,k, p, q, *degreeT=NULL, itmp;
437       double time0=0;
438      
439       if (n<=0) return; /* make sure that the return of Paso_Util_arg_max is not pointing to nirvana */
440      
441       lambda=TMPMEMALLOC(n, index_t);
442       degreeT=TMPMEMALLOC(n, dim_t);
443       ST=TMPMEMALLOC(offset[n], index_t);
444      
445       if (! ( Esys_checkPtr(lambda) || Esys_checkPtr(degreeT) || Esys_checkPtr(ST) ) ) {
446    time0=Esys_timer();
447    
448          /* initialize  split_marker and split_marker :*/
449          /* those unknows which are not influenced go into F, the rest is available for F or C */
450          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
451          for (i=0;i<n;++i) {
452         degreeT[i]=0;
453         if (degree[i]>0) {
454            lambda[i]=0;
455            split_marker[i]=PASO_AMG_UNDECIDED;
456         } else {
457            split_marker[i]=PASO_AMG_IN_F;
458            lambda[i]=-1;
459         }
460          }
461          /* create transpose :*/
462          for (i=0;i<n;++i) {
463            for (p=0; p<degree[i]; ++p) {
464               j=S[offset[i]+p];
465               ST[offset[j]+degreeT[j]]=i;
466               degreeT[j]++;
467            }
468          }
469          /* lambda[i] = |undecided k in ST[i]| + 2 * |F-unknown in ST[i]| */
470          #pragma omp parallel for private(i, j, itmp) schedule(static)
471          for (i=0;i<n;++i) {
472         if (split_marker[i]==PASO_AMG_UNDECIDED) {
473            itmp=lambda[i];
474            for (p=0; p<degreeT[i]; ++p) {
475               j=ST[offset[i]+p];
476               if (split_marker[j]==PASO_AMG_UNDECIDED) {
477              itmp++;
478               } else {  /* at this point there are no C points */
479              itmp+=2;
480               }
481            }
482            lambda[i]=itmp;
483         }
484          }
485          /* printf("timing: %e\n",Esys_timer()-time0); */
486          time0=Esys_timer();
487          /* start search :*/
488          i=Paso_Util_arg_max(n,lambda);
489          while (lambda[i]>-1) { /* is there any undecided unknowns? */
490        
491         /* the unknown i is moved to C */
492         split_marker[i]=PASO_AMG_IN_C;
493         lambda[i]=-1;  /* lambda fro unavailable unknowns is set to -1 */
494        
495         /* all undecided unknown strongly coupled to i are moved to F */
496         for (p=0; p<degreeT[i]; ++p) {
497            j=ST[offset[i]+p];
498        
499            if (split_marker[j]==PASO_AMG_UNDECIDED) {
500          
501               split_marker[j]=PASO_AMG_IN_F;
502               lambda[j]=-1;
503          
504               for (q=0; q<degreeT[j]; ++q) {
505              k=ST[offset[j]+q];
506              if (split_marker[k]==PASO_AMG_UNDECIDED) lambda[k]++;
507               }
508    
509            }
510         }
511         for (p=0; p<degree[i]; ++p) {
512            j=S[offset[i]+p];
513            if(split_marker[j]==PASO_AMG_UNDECIDED) lambda[j]--;
514         }
515        
516         i=Paso_Util_arg_max(n,lambda);
517          }
518       }
519       /* printf("timing: %e\n",Esys_timer()-time0); */
520       TMPMEMFREE(lambda);
521       TMPMEMFREE(ST);
522       TMPMEMFREE(degreeT);
523  }  }

Legend:
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changed lines
  Added in v.3323

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