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revision 1401 by gross, Fri Jan 25 04:31:18 2008 UTC revision 1812 by ksteube, Fri Sep 26 00:19:18 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
 /* $Id:$ */  
1    
2  /*******************************************************  /*******************************************************
3   *  *
4   *       Copyright 2007 by University of Queensland  * Copyright (c) 2003-2008 by University of Queensland
5   *  * Earth Systems Science Computational Center (ESSCC)
6   *                http://esscc.uq.edu.au  * http://www.uq.edu.au/esscc
7   *        Primary Business: Queensland, Australia  *
8   *  Licensed under the Open Software License version 3.0  * Primary Business: Queensland, Australia
9   *     http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php  * Licensed under the Open Software License version 3.0
10   *  * http://www.opensource.org/licenses/osl-3.0.php
11   *******************************************************/  *
12    *******************************************************/
13    
14    
15  /**************************************************************/  /**************************************************************/
16    
17  /* Paso: Flux correction transport solver  /* Paso: Flux correction transport solver
18   *   *
19   * solves Mu_t=Du+Ku+q   * solves Mu_t=Ku+q
20   *   *        u(0) >=0
  *  where is D is diffusive (not checked)  
  *          - D is symmetric  
  *          - row sums are equal to zero.  
  *  and  K is the advective part.  
  *  
  *        u(0) >= 0  
21   *   *
22   * intially fctp->transport_matrix defines the diffusive part   * Warning: the program assums sum_{j} k_{ij}=0!!!
  * but the matrix is updated by the adevctive part + artificial diffusion  
23   *   *
24  */  */
25  /**************************************************************/  /**************************************************************/
# Line 37  Line 31 
31  #include "Paso.h"  #include "Paso.h"
32  #include "Solver.h"  #include "Solver.h"
33  #include "SolverFCT.h"  #include "SolverFCT.h"
34    #include "PasoUtil.h"
35  #include "escript/blocktimer.h"  #include "escript/blocktimer.h"
36  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
37  #include <omp.h>  #include <omp.h>
# Line 45  Line 40 
40  #include <mpi.h>  #include <mpi.h>
41  #endif  #endif
42    
43  /***********************************************************************************  /*
44     * inserts the source term into the problem
45          solve (until convergence)   */
46    void Paso_FCT_setSource(const dim_t n,const double *source, double* sourceN, double* sourceP)
47          (*)  [M-theta*dt*L] du = M*u_last + (1-theta)*dt*F(u_last) - M*u + theta*dt F(u)  {
48               u <- u+du     dim_t i;
49       register double rtmp;
50          with F(u) =  L u + f_a(u)  (f_a anti-diffusion)     /*
51          and L = D + K + D_K  stored in transport_matrix      * seperate source into positive and negative part:
52              D = Diffusive part (on input stored in transport_matrix)      */
53              K = flux_matrix     #pragma omp parallel for private(i,rtmp)
54              D_K = artificial diffusion introduced by K     for (i = 0; i < n; ++i) {
55              f_a = anti-diffusion introduced by K and u         rtmp=source[i];
56              u_last=u of last time step         if (rtmp <0) {
57              sourceN[i]=-rtmp;
58          For the case theta==0 (explicit case) no iteration is required. One sets            sourceP[i]=0;
59           } else {
60                M*u= M*u_last + dt*b            sourceN[i]= 0;
61              sourceP[i]= rtmp;
62          with b=F(u) =  L u + f_a(u).         }
63       }
64    }
         For the case theta>0 we solve (*) is the form  
   
             [L-M/theta*dt] du2 =M/(theta*dt)*u_last + ((1-theta)/theta)*F(u_last) - M/(theta*dt)*u + F(u)  
   
         for du2=-du which is solved as  
   
             A du2  = r= b + f(u)  
               
         with  
   
             du=-du2  
             A=L-M/(theta*dt) (stored into transport_matrix)  
             f(u) =-M/(theta*dt)*u + F(u) = - M/(theta*dt)*u + Lu + f_a(u) = f_a(u) + Au  
             F(u)=f(u)+M/(theta*dt)*u  
             b= M/(theta*dt)*u_last+(1-theta)/theta*F(u_last)=  
              = M/(theta*dt)*u_last+(1-theta)/theta*(f(u)+M/(theta*dt)*u_last)  
              = M/(theta*dt)*u_last+(1-theta)/theta*(f(u_last)+M/(theta*dt)*u_last)  
              = M*1./(theta*dt)*(1+(1-theta)/theta)*u_last+(1-theta)/theta*f(u_last)  
65    
66  */  err_t Paso_FCT_setUpRightHandSide(Paso_FCTransportProblem* fctp, const double dt, const double *u_m, Paso_Coupler* u_m_coupler,  double * z_m,
67                                      Paso_SystemMatrix* flux_matrix, Paso_Coupler* uTilde_coupler, const double *b,
68                                      Paso_Coupler* QN_coupler, Paso_Coupler* QP_coupler,
69                                      double *RN_m, Paso_Coupler* RN_m_coupler, double* RP_m, Paso_Coupler* RP_m_coupler, const double *sourceN,
70                                      Paso_Performance* pp)
71    {
72       dim_t i;
73       const dim_t n=Paso_SystemMatrix_getTotalNumRows(fctp->transport_matrix);
74       register double m, rtmp;
75       /* distribute u */
76       Paso_Coupler_startCollect(u_m_coupler,u_m);
77       Paso_Coupler_finishCollect(u_m_coupler);
78       /*
79        *  set the ant diffusion fluxes:
80        *
81        */
82       Paso_FCTransportProblem_setAntiDiffusionFlux(dt,fctp,flux_matrix,u_m_coupler);
83       /*
84        *  apply pre flux-correction: f_{ij}:=0 if f_{ij}*(\tilde{u}[i]- \tilde{u}[j])<=0
85        *
86        */
87       Paso_FCTransportProblem_applyPreAntiDiffusionCorrection(flux_matrix,uTilde_coupler);
88       /*
89        *  set flux limiters RN_m,RP_m
90        *
91        */
92       Paso_FCTransportProblem_setRs(flux_matrix,fctp->lumped_mass_matrix,QN_coupler,QP_coupler,RN_m,RP_m);
93       Paso_Coupler_startCollect(RN_m_coupler,RN_m);
94       Paso_Coupler_startCollect(RP_m_coupler,RP_m);
95        /*
96         * z_m[i]=b[i] - (m_i*u_m[i] - dt*theta*sum_{j<>i} l_{ij} (u_m[j]-u_m[i]) + dt q^-[i])
97         *
98         * note that iteration_matrix stores the negative values of the
99         * low order transport matrix l therefore a=dt*fctp->theta is used.
100         */
101       Paso_SolverFCT_setMuPaLuPbQ(z_m,fctp->lumped_mass_matrix, u_m_coupler,dt*fctp->theta,fctp->iteration_matrix,dt,sourceN);
102       /* z_m=b-z_m */
103       Paso_Update(n,-1.,z_m,1.,b);
104    
105       Paso_Coupler_finishCollect(RN_m_coupler);
106       Paso_Coupler_finishCollect(RP_m_coupler);
107       /* add corrected fluxes into z_m */
108       Paso_FCTransportProblem_addCorrectedFluxes(z_m,flux_matrix,RN_m_coupler,RP_m_coupler);
109       return NO_ERROR;
110    }
111    
112  void Paso_SolverFCT_solve(Paso_FCTransportProblem* fctp, double* u, double dt, double* source, Paso_Options* options) {  void Paso_SolverFCT_solve(Paso_FCTransportProblem* fctp, double* u, double dt, double* source, Paso_Options* options) {
113       const dim_t FAILURES_MAX=5;
114     index_t i, j;     err_t error_code;
115     int n_substeps,n, iter;     dim_t m,n_substeps, i_substeps, Failed, i, iter;
116     double fac, fac2, *b=NULL, *f=NULL, *du=NULL;     err_t errorCode;
117     double dt2=fctp->dt_max, dt2_loc, rtmp,rtmp2,t;     double *z_m=NULL, *b_n=NULL, *sourceP=NULL, *sourceN=NULL, *uTilde_n=NULL, *QN_n=NULL, *QP_n=NULL, *RN_m=NULL, *RP_m=NULL, *du_m=NULL;
118     double local_norm[2],norm[2],local_norm_u,local_norm_du,norm_u,norm_du, tolerance;     Paso_Coupler *QN_n_coupler=NULL, *QP_n_coupler=NULL, *RN_m_coupler=NULL, *RP_m_coupler=NULL, *uTilde_n_coupler=NULL, *u_m_coupler=NULL;
119     dim_t n_rows=Paso_SystemMatrix_getTotalNumRows(fctp->flux_matrix);     Paso_SystemMatrix *flux_matrix_m=NULL;
120     bool_t converged;     double dt_max, dt2,t, norm_u_m, omega, norm_du_m, tol;
121       register double mass, rtmp;
122       const dim_t n=Paso_SystemMatrix_getTotalNumRows(fctp->transport_matrix);
123       dim_t blockSize=Paso_FCTransportProblem_getBlockSize(fctp);
124       const double atol=options->absolute_tolerance;  
125       const double rtol=options->tolerance;
126       const dim_t max_m=options->iter_max;
127       Paso_Performance pp;
128       bool_t converged=FALSE, max_m_reached=FALSE;
129     if (dt<=0.) {     if (dt<=0.) {
130         Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_SolverFCT_solve: dt must be positive.");         Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_SolverFCT_solve: dt must be positive.");
131     }     }
132     if (! fctp->valid_matrices) {     dt_max=Paso_FCTransportProblem_getSafeTimeStepSize(fctp);
133       /*
134        *  allocate memory
135        *
136        */
137       z_m=TMPMEMALLOC(n,double);
138       Paso_checkPtr(z_m);
139       du_m=TMPMEMALLOC(n,double);
140       Paso_checkPtr(du_m);
141       b_n=TMPMEMALLOC(n,double);
142       Paso_checkPtr(b_n);
143       sourceP=TMPMEMALLOC(n,double);
144       Paso_checkPtr(sourceP);
145       sourceN=TMPMEMALLOC(n,double);
146       Paso_checkPtr(sourceN);
147       uTilde_n=TMPMEMALLOC(n,double);
148       Paso_checkPtr(uTilde_n);
149       QN_n=TMPMEMALLOC(n,double);
150       Paso_checkPtr(QN_n);
151       QP_n=TMPMEMALLOC(n,double);
152       Paso_checkPtr(QP_n);
153       RN_m=TMPMEMALLOC(n,double);
154       Paso_checkPtr(RN_m);
155       RP_m=TMPMEMALLOC(n,double);
156       Paso_checkPtr(RP_m);
157       QN_n_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
158       QP_n_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
159       RN_m_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
160       RP_m_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
161       uTilde_n_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
162       u_m_coupler=Paso_Coupler_alloc(Paso_FCTransportProblem_borrowConnector(fctp),blockSize);
163       flux_matrix_m=Paso_SystemMatrix_alloc(fctp->transport_matrix->type,
164                                                     fctp->transport_matrix->pattern,
165                                                     fctp->transport_matrix->row_block_size,
166                                                     fctp->transport_matrix->col_block_size);
167    
168          /* extract the row sum of the advective part */     if (Paso_noError()) {
169          Paso_SystemMatrix_rowSum(fctp->flux_matrix,fctp->row_sum_flux_matrix);         /*
170          /* add the advective part + artificial diffusion to the diffusive part = transport-matrix */          *    Preparation:
171          Paso_FCTransportProblem_addAdvectivePart(fctp,1.);          *
172          /* create a copy of the main diagonal entires of the transport-matrix */          */
173          #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)         Paso_FCT_setSource(n, source, sourceN, sourceP);
174          for (i=0;i<n_rows;++i) {         /*
175                 fctp->transport_matrix_diagonal[i]=          * let the show begin!!!!
176                          fctp->transport_matrix->mainBlock->val[fctp->main_iptr[i]];          *
177            */
178            t=0;
179            i_substeps=0;
180            Paso_Copy(n,u,fctp->u);
181            norm_u_m=Paso_lsup(n,u, fctp->mpi_info);
182            /* while(i_substeps<n_substeps && Paso_noError()) { */
183            if (fctp->dt_max < LARGE_POSITIVE_FLOAT) {
184                dt2=MIN(dt_max,dt);
185            } else {
186                 dt2=dt;
187          }          }
188            while(t<dt && Paso_noError()) {
189                printf("substep step %d at t=%e (step size= %e)\n",i_substeps+1,t+dt2,dt2);
190                Paso_FCT_setUp(fctp,dt2,sourceN,sourceP,b_n,uTilde_n,uTilde_n_coupler,QN_n,QN_n_coupler,QP_n,QP_n_coupler,
191                               options,&pp);
192                /* now the iteration starts */
193                m=0;
194                converged=FALSE;
195                max_m_reached=FALSE;
196                /* tolerance? */
197                while ( (!converged) && (! max_m_reached) && Paso_noError()) {
198                        /* set z_m */
199                        Paso_FCT_setUpRightHandSide(fctp,dt2,u,u_m_coupler,z_m,flux_matrix_m,uTilde_n_coupler,b_n,
200                                      QN_n_coupler,QP_n_coupler,RN_m,RN_m_coupler,RP_m,RP_m_coupler,sourceN,&pp);
201                        /*
202                         * now we solve the linear system to get the correction dt:
203                         *
204                         */
205                         if (fctp->theta > 0) {
206                              omega=1./(dt2*fctp->theta);
207                              Paso_Solver_solvePreconditioner(fctp->iteration_matrix,du_m,z_m);  
208                              Paso_Update(n,1.,u,omega,du_m);
209                         } else {
210                              omega=1;
211                              #pragma omp parallel for private(i,mass,rtmp)
212                              for (i = 0; i < n; ++i) {
213                                  mass=fctp->lumped_mass_matrix[i];
214                                  if (ABS(mass)>0.) {
215                                      rtmp=z_m[i]/mass;
216                                  } else {
217                                      rtmp=0;
218                                  }
219                                  du_m[i]=rtmp;
220                                  u[i]+=rtmp;
221                              }
222                       }
223                       norm_u_m=Paso_lsup(n,u, fctp->mpi_info);
224                       norm_du_m=Paso_lsup(n,du_m, fctp->mpi_info)*omega;
225                       printf("iteration step %d completed: norm increment= %e (tolerance = %e)\n",m+1, norm_du_m, rtol * norm_u_m + atol);
226    
227                       max_m_reached=(m>max_m);
228                       converged=(norm_du_m <= rtol * norm_u_m + atol);
229                       m++;
230                }
231                if (converged) {
232                        Failed=0;
233                        /* #pragma omp parallel for schedule(static) private(i) */
234                        Paso_Copy(n,fctp->u,u);
235                        i_substeps++;
236                        t+=dt2;
237                        if (fctp->dt_max < LARGE_POSITIVE_FLOAT) {
238                           dt2=MIN3(dt_max,dt2*1.5,dt-t);
239                        } else {
240                           dt2=MIN(dt2*1.5,dt-t);
241                        }
242                } else if (max_m_reached) {
243                        /* if FAILURES_MAX failures in a row: give up */
244                        if (Failed > FAILURES_MAX) {
245                           Paso_setError(VALUE_ERROR,"Paso_SolverFCT_solve: no convergence after time step reduction.");
246                        } else {
247                           printf("no convergence in Paso_Solver_NewtonGMRES: Trying smaller time step size.");
248                           dt2=dt*0.5;
249                           Failed++;
250                        }
251                }
252            
253          }
254          /*
255           *  clean-up:
256           *
257           */
258          MEMFREE(z_m);
259          MEMFREE(du_m);
260          TMPMEMFREE(b_n);
261          Paso_SystemMatrix_free(flux_matrix_m);
262          TMPMEMFREE(sourceP);
263          TMPMEMFREE(sourceN);
264          TMPMEMFREE(uTilde_n);
265          TMPMEMFREE(QN_n);
266          TMPMEMFREE(QP_n);
267          TMPMEMFREE(RN_m);
268          TMPMEMFREE(RP_m);
269          Paso_Coupler_free(QN_n_coupler);
270          Paso_Coupler_free(QP_n_coupler);
271          Paso_Coupler_free(RN_m_coupler);
272          Paso_Coupler_free(RP_m_coupler);
273          Paso_Coupler_free(uTilde_n_coupler);
274          Paso_Coupler_free(u_m_coupler);
275          options->absolute_tolerance=atol;
276          options->tolerance=rtol;
277       }
278    }
279    double Paso_FCTransportProblem_getSafeTimeStepSize(Paso_FCTransportProblem* fctp)
280    {
281       dim_t i, n;
282       double dt_max, dt_max_loc;
283       register double l_ii,m;
284       n=Paso_SystemMatrix_getTotalNumRows(fctp->transport_matrix);
285       if (! fctp->valid_matrices) {
286            fctp->dt_max=LARGE_POSITIVE_FLOAT;
287            /* extract the row sum of the advective part */
288            Paso_SystemMatrix_rowSum(fctp->mass_matrix,fctp->lumped_mass_matrix);
289    
290   /* Paso_SystemMatrix_saveMM(fctp->flux_matrix,"flux.mm");          /* set low order transport operator */
291   Paso_SystemMatrix_saveMM(fctp->transport_matrix,"trans.mm");  */          Paso_FCTransportProblem_setLowOrderOperator(fctp);
292          /*=================================================================== *          /*
          *  
293           *  calculate time step size:                                                     *  calculate time step size:                                          
294           */          */
295          dt2=LARGE_POSITIVE_FLOAT;          dt_max=LARGE_POSITIVE_FLOAT;
296          if (fctp->theta < 1.) {          if (fctp->theta < 1.) {
297              #pragma omp parallel private(dt2_loc)              #pragma omp parallel private(dt_max_loc)
298              {              {
299                 dt2_loc=LARGE_POSITIVE_FLOAT;                 dt_max_loc=LARGE_POSITIVE_FLOAT;
300                 #pragma omp for schedule(static) private(i,rtmp,rtmp2)                 #pragma omp for schedule(static) private(i,l_ii,m)
301                 for (i=0;i<n_rows;++i) {                 for (i=0;i<n;++i) {
302                      rtmp=fctp->transport_matrix_diagonal[i];                      l_ii=fctp->main_diagonal_low_order_transport_matrix[i];
303                      rtmp2=fctp->lumped_mass_matrix[i];                      m=fctp->lumped_mass_matrix[i];
304                      if ( (rtmp<0 && rtmp2>=0.) || (rtmp>0 && rtmp2<=0.) ) {                      if ( (l_ii<0 && m>0.) || (l_ii>0 && m<0) ) {
305                          dt2_loc=MIN(dt2_loc,-rtmp2/rtmp);                          dt_max_loc=MIN(dt_max_loc,-m/l_ii);
306                      }                      }
307                  }                  }
308                  #pragma omp critical                  #pragma omp critical
309                  {                  {
310                      dt2=MIN(dt2,dt2_loc);                      dt_max=MIN(dt_max,dt_max_loc);
311                  }                  }
312              }              }
313              #ifdef PASO_MPI              #ifdef PASO_MPI
314                 dt2_loc = dt2;                 dt_max_loc = dt_max;
315             MPI_Allreduce(&dt2_loc, &dt2, 1, MPI_DOUBLE, MPI_MIN, fctp->mpi_info->comm);             MPI_Allreduce(&dt_max_loc, &dt_max, 1, MPI_DOUBLE, MPI_MIN, fctp->mpi_info->comm);
316              #endif               #endif
317              if (dt2<LARGE_POSITIVE_FLOAT) dt2*=1./(1.-fctp->theta);               if (dt_max<LARGE_POSITIVE_FLOAT) dt_max*=1./(1.-fctp->theta);
318          }           }
319          if (dt2 <= 0.) {           if (dt_max <= 0.)  {
320              Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_SolverFCT_solve: dt must be positive.");              Paso_setError(TYPE_ERROR,"Paso_SolverFCT_solve: dt must be positive.");
321          } else {           } else {
322             if (dt2<LARGE_POSITIVE_FLOAT) printf("minimum time step size is %e (theta = %e).\n",dt2,fctp->theta);               if (dt_max<LARGE_POSITIVE_FLOAT) printf("maximum time step size is %e (theta = %e).\n",dt_max,fctp->theta);  
323          }          }
324          fctp->dt=dt2;          fctp->dt_max=dt_max;
         fctp->dt_max=dt2; /* FIXME: remove*/  
325          fctp->valid_matrices=Paso_noError();          fctp->valid_matrices=Paso_noError();
326     }     }
327       return fctp->dt_max;
328     /* */  }
329     Paso_SystemMatrix_allocBuffer(fctp->transport_matrix);  void Paso_FCT_setUp(Paso_FCTransportProblem* fctp, const double dt, const double *sourceN, const double *sourceP, double* b, double* uTilde,
330     /*                       Paso_Coupler* uTilde_coupler, double *QN, Paso_Coupler* QN_coupler, double *QP, Paso_Coupler* QP_coupler,
331      * allocate memory:                       Paso_Options* options, Paso_Performance* pp)
332    {
333       dim_t i;
334       const dim_t n=Paso_SystemMatrix_getTotalNumRows(fctp->transport_matrix);
335       double omega, factor;
336       register double m, u_tilde_i, rtmp4;
337       /* distribute u */
338       Paso_Coupler_startCollect(fctp->u_coupler,fctp->u);
339       Paso_Coupler_finishCollect(fctp->u_coupler);
340       /*
341        * b^n[i]=m u^n[i] + dt*(1-theta) sum_{j <> i} l_{ij}*(u^n[j]-u^n[i]) + dt*sourceP[i]
342        *
343        * note that iteration_matrix stores the negative values of the
344        * low order transport matrix l therefore a=-dt*(1-fctp->theta) is used.
345      *      *
346      */      */
347     b=MEMALLOC(n_rows,double);      Paso_SolverFCT_setMuPaLuPbQ(b,fctp->lumped_mass_matrix,fctp->u_coupler,
348     Paso_checkPtr(b);                                 -dt*(1-fctp->theta),fctp->iteration_matrix,dt,sourceP);
349     if (fctp->theta>0) {     /*
350         b=MEMALLOC(n_rows,double);      *   uTilde[i]=b[i]/m[i]
351         du=MEMALLOC(n_rows,double);      *
352         f=MEMALLOC(n_rows,double);      *   fctp->iteration_matrix[i,i]=m[i]/(dt theta) + \frac{1}{\theta} \frac{q^-[i]}-l[i,i]
353         Paso_checkPtr(du);      *
354         Paso_checkPtr(f);      */
355     }      if (fctp->theta > 0) {
356     if (Paso_noError()) {           Paso_solve_free(fctp->iteration_matrix);
357         /*           omega=1./(dt*fctp->theta);
358          *    Preparation:           factor=dt*omega;
359          *           #pragma omp parallel for private(i,m,u_tilde_i,rtmp4)
360          */           for (i = 0; i < n; ++i) {
361                      m=fctp->lumped_mass_matrix[i];
362         /* decide on substepping */                if (ABS(m)>0.) {
363         if (fctp->dt < LARGE_POSITIVE_FLOAT) {                   u_tilde_i=b[i]/m;
364            n_substeps=ceil(dt/fctp->dt);                } else {
365         } else {                   u_tilde_i=fctp->u[i];
366            n_substeps=1.;                }
367         }                rtmp4=m*omega-fctp->main_diagonal_low_order_transport_matrix[i];
368         dt2=dt/n_substeps;                if (ABS(u_tilde_i)>0) rtmp4+=sourceN[i]*factor/u_tilde_i;
369         printf("%d time steps of size is %e (theta = %e, dt_max=%e).\n",n_substeps, dt2,fctp->theta,fctp->dt);                fctp->iteration_matrix->mainBlock->val[fctp->main_iptr[i]]=rtmp4;
370                          uTilde[i]=u_tilde_i;
371         /*           }
372          *  implicit case:           Performance_startMonitor(pp,PERFORMANCE_PRECONDITIONER_INIT);
373          *           Paso_Solver_setPreconditioner(fctp->iteration_matrix,options);
374          *   A=L-M/(theta*dt) (stored into transport_matrix)           Performance_stopMonitor(pp,PERFORMANCE_PRECONDITIONER_INIT);
375          *      } else {
376          * b= M/(theta*dt)*u_last+(1-theta)/theta)*F(u_last)            #pragma omp parallel for private(i,m,u_tilde_i)
377          *          for (i = 0; i < n; ++i) {
378          */              m=fctp->lumped_mass_matrix[i];
379         if (fctp->theta>0) {              if (ABS(m)>0.) {
380            Paso_solve_free(fctp->transport_matrix);                  u_tilde_i=b[i]/m;
381            fac=1./(fctp->theta*dt2);              } else {
382            fac2=(1.-fctp->theta)/fctp->theta;                  u_tilde_i=fctp->u[i];
383            #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)              }
384            for (i=0;i<n_rows;++i) {              uTilde[i]=u_tilde_i;
                 fctp->transport_matrix->mainBlock->val[fctp->main_iptr[i]]=  
                                             fctp->transport_matrix_diagonal[i]-fctp->lumped_mass_matrix[i]*fac;  
           }  
        }  
        #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
        for (i=0;i<n_rows;++i) {  
          u[i]=fctp->u[i];  
 /* printf("A %d : %e %e\n",i,u[i],fctp->u[i]); */  
        }  
        /*  
         * now the show can begin:  
         *  
         */  
         t=dt2;  
         n=0;  
         tolerance=options->tolerance;  
         while(n<n_substeps && Paso_noError()) {  
             printf("substep step %d at t=%e\n",n+1,t);  
             if (fctp->theta>0.) {  
                 /*  
                  * implicit scheme:  
                  *  
                  */  
                 if (fctp->theta<1.) {  
                    Paso_FCTransportProblem_setFlux(fctp,u,b);  /* b=f(u_last) */  
                    #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
                    for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                         b[i]=fctp->lumped_mass_matrix[i]*fac*(1.+fac2)*u[i]+fac2*b[i];  
                     }  
                 } else {  
                    #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
                    for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                        b[i]=fctp->lumped_mass_matrix[i]*fac*u[i];  
                    }  
                 }  
                 /*  
                  * Enter iteration on a time step :  
                  *  
                  */  
                  iter=0;  
                  converged=FALSE;  
                  while ( (!converged) && (iter<50) && Paso_noError()) {  
                     printf("iteration step %d\n",iter+1);  
                     Paso_FCTransportProblem_setFlux(fctp,u,f);  
                     #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
                     for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                        f[i]+=b[i];  
                     }  
                     options->tolerance=1.e-3;  
                     Paso_solve(fctp->transport_matrix,du,f,options);  
                     /* update u and calculate norms */  
                     norm_u=0.;  
                     norm_du=0.;  
                     #pragma omp parallel private(local_norm_u,local_norm_du)  
                     {  
                         local_norm_u=0.;  
                         local_norm_du=0.;  
                         #pragma omp for schedule(static) private(i)  
                         for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                              u[i]-=du[i];  
                              local_norm_u=MAX(local_norm_u,ABS(u[i]));  
                              local_norm_du=MAX(local_norm_du,ABS(du[i]));  
                         }  
                         #pragma omp critical  
                         {  
                             norm_u=MAX(norm_u,local_norm_u);  
                             norm_du=MAX(norm_du,local_norm_du);  
                         }  
                     }  
                     #ifdef PASO_MPI  
                        local_norm[0]=norm_u;  
                        local_norm[1]=norm_du;  
                    MPI_Allreduce(local_norm,norm, 2, MPI_DOUBLE, MPI_MAX, fctp->mpi_info->comm);  
                        norm_u=norm[0];  
                        norm_du=norm[1];  
                     #endif  
                     converged=(norm_du <= tolerance * norm_u);  
                     iter++;  
                     printf("iteration step %d: norm u and du : %e %e\n",iter,norm_u,norm_du);  
                  }  
              } else {  
                 /*  
                   * explicit scheme:  
                   *  
                  */  
                 #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
                 for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                     u[i]+=dt2*b[i]/fctp->lumped_mass_matrix[i];  
                 }  
              }  
              /* and the next time step */  
              t+=dt2;  
              n++;  
         }  
         /*  
          * save last u  
          *  
          */  
         if (Paso_noError()) {  
              #pragma omp parallel for schedule(static) private(i)  
              for (i=0;i<n_rows;++i) {  
                  fctp->u[i]=u[i];  
              }  
385          }          }
386      }          /* no update of iteration_matrix required! */
387      /*      } /* end (fctp->theta > 0) */
388       *  
389       * clean-up      /* distribute uTilde: */
390        Paso_Coupler_startCollect(uTilde_coupler,uTilde);
391        Paso_Coupler_finishCollect(uTilde_coupler);
392        /*
393         * calculate QP[i] max_{j} (\tilde{u}[j]- \tilde{u}[i] )
394         *           QN[i] min_{j} (\tilde{u}[j]- \tilde{u}[i] )
395       *       *
396       */       */
397      if (fctp->theta>0) {       Paso_SolverFCT_setQs(uTilde_coupler,QN,QP,fctp->iteration_matrix);
398              MEMFREE(b);       Paso_Coupler_startCollect(QN_coupler,QN);
399              MEMFREE(du);       Paso_Coupler_startCollect(QP_coupler,QP);
400              MEMFREE(f);       Paso_Coupler_finishCollect(QN_coupler);
401      }       Paso_Coupler_finishCollect(QP_coupler);
402  }  }

Legend:
Removed from v.1401  
changed lines
  Added in v.1812

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