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revision 2712 by artak, Wed Oct 7 00:22:43 2009 UTC revision 2832 by artak, Thu Jan 7 05:16:50 2010 UTC
# Line 51  void Paso_Solver_AMG_System_free(Paso_So Line 51  void Paso_Solver_AMG_System_free(Paso_So
51    
52  void Paso_Solver_AMG_free(Paso_Solver_AMG * in) {  void Paso_Solver_AMG_free(Paso_Solver_AMG * in) {
53       if (in!=NULL) {       if (in!=NULL) {
54          Paso_Solver_Jacobi_free(in->GS);          
55          MEMFREE(in->inv_A_FF);          if(in->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
56          MEMFREE(in->A_FF_pivot);              Paso_Solver_Jacobi_free(in->Smoother->Jacobi);
57            else if (in->Smoother->ID==PASO_GS)    
58                Paso_Solver_GS_free(in->Smoother->GS);
59            MEMFREE(in->Smoother);
60                
61          Paso_SparseMatrix_free(in->A_FC);          Paso_SparseMatrix_free(in->A_FC);
62            Paso_SparseMatrix_free(in->A_FF);
63            Paso_SparseMatrix_free(in->W_FC);
64          Paso_SparseMatrix_free(in->A_CF);          Paso_SparseMatrix_free(in->A_CF);
65            Paso_SparseMatrix_free(in->P);
66            Paso_SparseMatrix_free(in->R);
67          Paso_SparseMatrix_free(in->A);          Paso_SparseMatrix_free(in->A);
68          if(in->coarsest_level==TRUE) {          if(in->coarsest_level==TRUE) {
69          #ifdef MKL          #ifdef MKL
# Line 76  void Paso_Solver_AMG_free(Paso_Solver_AM Line 84  void Paso_Solver_AMG_free(Paso_Solver_AM
84          MEMFREE(in->x_C);          MEMFREE(in->x_C);
85          MEMFREE(in->b_C);          MEMFREE(in->b_C);
86          in->solver=NULL;          in->solver=NULL;
87          Paso_Solver_AMG_free(in->AMG_of_Schur);          Paso_Solver_AMG_free(in->AMG_of_Coarse);
88          MEMFREE(in->b_C);          MEMFREE(in->b_C);
89          MEMFREE(in);          MEMFREE(in);
90       }       }
# Line 103  to Line 111  to
111  */  */
112  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso_SparseMatrix *A_p,dim_t level,Paso_Options* options) {  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso_SparseMatrix *A_p,dim_t level,Paso_Options* options) {
113    Paso_Solver_AMG* out=NULL;    Paso_Solver_AMG* out=NULL;
114    Paso_Pattern* temp1=NULL;    /*
115       Paso_Pattern* temp1=NULL;
116    Paso_Pattern* temp2=NULL;    Paso_Pattern* temp2=NULL;
117      */
118    bool_t verbose=options->verbose;    bool_t verbose=options->verbose;
119      bool_t timing=0;
120      
121    dim_t n=A_p->numRows;    dim_t n=A_p->numRows;
122    dim_t n_block=A_p->row_block_size;    dim_t n_block=A_p->row_block_size;
123    index_t* mis_marker=NULL;      index_t* mis_marker=NULL;  
124    index_t* counter=NULL;    index_t* counter=NULL;
125    index_t iPtr,*index, *where_p, iPtr_s;    /*index_t iPtr,*index, *where_p;*/
126    dim_t i,j;    dim_t i;
127    Paso_SparseMatrix * schur=NULL;    Paso_SparseMatrix * A_c=NULL;
128    Paso_SparseMatrix * schur_withFillIn=NULL;    double time0=0;
129    double S=0;    Paso_SparseMatrix * Atemp=NULL;
130      double sparsity=0;
131      
132      /*
133      double *temp,*temp_1;
134      double S;
135      index_t iptr;
136      */
137      /*char filename[8];*/
138      /*sprintf(filename,"AMGLevel%d",level);
139      
140      Paso_SparseMatrix_saveMM(A_p,filename);
141      */
142        
143    /*Make sure we have block sizes 1*/    /*Make sure we have block sizes 1*/
144    if (A_p->col_block_size>1) {    if (A_p->col_block_size>1) {
# Line 126  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 150  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
150       return NULL;       return NULL;
151    }    }
152    out=MEMALLOC(1,Paso_Solver_AMG);    out=MEMALLOC(1,Paso_Solver_AMG);
153      out->Smoother=MEMALLOC(1,Paso_Solver_Smoother);
154    /* identify independend set of rows/columns */    /* identify independend set of rows/columns */
155    mis_marker=TMPMEMALLOC(n,index_t);    mis_marker=TMPMEMALLOC(n,index_t);
156    counter=TMPMEMALLOC(n,index_t);    counter=TMPMEMALLOC(n,index_t);
157    if ( !( Paso_checkPtr(mis_marker) || Paso_checkPtr(counter) || Paso_checkPtr(out)) ) {    if ( !( Paso_checkPtr(mis_marker) || Paso_checkPtr(counter) || Paso_checkPtr(out)) ) {
158       out->AMG_of_Schur=NULL;       out->AMG_of_Coarse=NULL;
159       out->inv_A_FF=NULL;       out->A_FF=NULL;
      out->A_FF_pivot=NULL;  
160       out->A_FC=NULL;       out->A_FC=NULL;
161       out->A_CF=NULL;       out->A_CF=NULL;
162         out->W_FC=NULL;
163         out->P=NULL;
164         out->R=NULL;
165       out->rows_in_F=NULL;       out->rows_in_F=NULL;
166       out->rows_in_C=NULL;       out->rows_in_C=NULL;
167       out->mask_F=NULL;       out->mask_F=NULL;
# Line 143  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 170  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
170       out->b_F=NULL;       out->b_F=NULL;
171       out->x_C=NULL;       out->x_C=NULL;
172       out->b_C=NULL;       out->b_C=NULL;
      out->GS=NULL;  
173       out->A=Paso_SparseMatrix_getReference(A_p);       out->A=Paso_SparseMatrix_getReference(A_p);
      out->GS=NULL;  
174       out->solver=NULL;       out->solver=NULL;
175         out->Smoother->ID=options->smoother;
176         out->Smoother->Jacobi=NULL;
177         out->Smoother->GS=NULL;
178       /*out->GS=Paso_Solver_getGS(A_p,verbose);*/       /*out->GS=Paso_Solver_getGS(A_p,verbose);*/
179       out->level=level;       out->level=level;
180       out->n=n;       out->n=n;
181       out->n_F=0;       out->n_F=n+1;
182       out->n_block=n_block;       out->n_block=n_block;
183         out->post_sweeps=options->post_sweeps;
184         out->pre_sweeps=options->pre_sweeps;
185        
186         sparsity=(A_p->len*1.)/(1.*A_p->numRows*A_p->numCols);
187            
188         if (verbose) fprintf(stdout,"Stats: Sparsity of the Coarse Matrix with %d non-zeros (%d,%d) in level %d is %.6f\n",A_p->len,A_p->numRows,A_p->numCols,level,sparsity);
189        
190        
191         /*if(sparsity>0.01) {
192          level=0;
193         }
194         */
195            
196       if (level==0 || n<=options->min_coarse_matrix_size) {       if (level==0 || n<=options->min_coarse_matrix_size) {
197           out->coarsest_level=TRUE;           out->coarsest_level=TRUE;
198             /*out->GS=Paso_Solver_getJacobi(A_p);*/
199            
200           #ifdef MKL           #ifdef MKL
201                    out->AOffset1=Paso_SparseMatrix_alloc(MATRIX_FORMAT_BLK1 + MATRIX_FORMAT_OFFSET1, out->A->pattern,1,1, FALSE);                    out->AOffset1=Paso_SparseMatrix_alloc(MATRIX_FORMAT_BLK1 + MATRIX_FORMAT_OFFSET1, out->A->pattern,1,1, FALSE);
202                    #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                    #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
# Line 164  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 206  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
206           #else           #else
207              #ifdef UMFPACK              #ifdef UMFPACK
208              #else              #else
209                  out->GS=Paso_Solver_getJacobi(A_p);                if (options->smoother == PASO_JACOBI)
210                    out->Smoother->Jacobi=Paso_Solver_getJacobi(A_p);
211                  else if (options->smoother == PASO_GS)
212                    out->Smoother->GS=Paso_Solver_getGS(A_p,verbose);
213              #endif              #endif
214           #endif           #endif
215            
216       } else {       } else {
217           out->coarsest_level=FALSE;           out->coarsest_level=FALSE;
218           out->GS=Paso_Solver_getJacobi(A_p);          
219            if (options->smoother == PASO_JACOBI)
220                    out->Smoother->Jacobi=Paso_Solver_getJacobi(A_p);
221            else if (options->smoother == PASO_GS)
222                    out->Smoother->GS=Paso_Solver_getGS(A_p,verbose);
223    
224           /* identify independend set of rows/columns */           /* identify independend set of rows/columns */
225           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
226           for (i=0;i<n;++i) mis_marker[i]=-1;           for (i=0;i<n;++i) mis_marker[i]=-1;
227    
228              /*mesuring coarsening time */
229              time0=Paso_timer();
230              
231           if (options->coarsening_method == PASO_YAIR_SHAPIRA_COARSENING) {           if (options->coarsening_method == PASO_YAIR_SHAPIRA_COARSENING) {
232                Paso_Pattern_YS(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);                Paso_Pattern_YS(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);
233           }           }
# Line 184  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 237  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
237           else if (options->coarsening_method == PASO_AGGREGATION_COARSENING) {           else if (options->coarsening_method == PASO_AGGREGATION_COARSENING) {
238               Paso_Pattern_Aggregiation(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);               Paso_Pattern_Aggregiation(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);
239          }          }
240            else if (options->coarsening_method == PASO_STANDARD_COARSENING) {
241                 Paso_Pattern_Standard(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);
242            }
243          else {          else {
244             /*Default coarseneing*/             /*Default coarseneing*/
245              Paso_Pattern_RS(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);              Paso_Pattern_Standard(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);
246                /*Paso_Pattern_Read("RS.spl",n,mis_marker);*/
247              /*Paso_Pattern_YS(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);*/              /*Paso_Pattern_YS(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);*/
248               /*Paso_Pattern_Aggregiation(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);*/              /*Paso_Pattern_greedy_Agg(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);*/
249                /*Paso_Pattern_greedy(A_p->pattern,mis_marker);*/
250                /*Paso_Pattern_Aggregiation(A_p,mis_marker,options->coarsening_threshold);*/
251                
252          }          }
253                    
254            if (timing) fprintf(stdout,"timing: Profilining for level %d:\n",level);
255            
256            time0=Paso_timer()-time0;
257            if (timing) fprintf(stdout,"timing: Coarsening: %e\n",time0);
258    
259          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
260          for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=mis_marker[i];          for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=mis_marker[i];
261            
262          out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);          out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);
263                    
264          if (out->n_F==n) {          if (out->n_F==0) {
265             out->coarsest_level=TRUE;             out->coarsest_level=TRUE;
266               level=0;
267             if (verbose) {             if (verbose) {
268                 printf("AMG coarsening eliminates all unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");                 /*printf("AMG coarsening eliminates all unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");*/
269                   printf("AMG coarsening does not eliminate any of the unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");
270             }             }
271            }
272            else if (out->n_F==n) {
273              out->coarsest_level=TRUE;
274               level=0;
275               if (verbose) {
276                   /*printf("AMG coarsening eliminates all unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");*/
277                   printf("AMG coarsening eliminates all of the unknowns, switching to Jacobi preconditioner.\n");
278              
279                }
280          } else {          } else {
281            
282                if (Paso_noError()) {                if (Paso_noError()) {
# Line 208  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 285  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
285                   for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=mis_marker[i];                   for (i = 0; i < n; ++i) counter[i]=mis_marker[i];
286                   out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);                   out->n_F=Paso_Util_cumsum(n,counter);
287                   */                   */
288                    
289                   out->mask_F=MEMALLOC(n,index_t);                   out->mask_F=MEMALLOC(n,index_t);
290                   out->rows_in_F=MEMALLOC(out->n_F,index_t);                   out->rows_in_F=MEMALLOC(out->n_F,index_t);
291                   out->inv_A_FF=MEMALLOC(n_block*n_block*out->n_F,double);                   if (! (Paso_checkPtr(out->mask_F) || Paso_checkPtr(out->rows_in_F) ) ) {
                  out->A_FF_pivot=NULL; /* later use for block size>3 */  
                  if (! (Paso_checkPtr(out->mask_F) || Paso_checkPtr(out->inv_A_FF) || Paso_checkPtr(out->rows_in_F) ) ) {  
292                      /* creates an index for F from mask */                      /* creates an index for F from mask */
293                      #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                      #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
294                      for (i = 0; i < out->n_F; ++i) out->rows_in_F[i]=-1;                      for (i = 0; i < out->n_F; ++i) out->rows_in_F[i]=-1;
# Line 226  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 302  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
302                         }                         }
303                      }                      }
304                                            
                     /* Compute row-sum for getting rs(A_FF)^-1*/  
                     #pragma omp parallel for private(i,iPtr,j,S) schedule(static)  
                     for (i = 0; i < out->n_F; ++i) {  
                       S=0;  
       /*printf("[%d ]: [%d] -> ",i, out->rows_in_F[i]);*/  
                       for (iPtr=A_p->pattern->ptr[out->rows_in_F[i]];iPtr<A_p->pattern->ptr[out->rows_in_F[i] + 1]; ++iPtr) {  
                        j=A_p->pattern->index[iPtr];  
       /*if (j==out->rows_in_F[i]) printf("diagonal %e",A_p->val[iPtr]);*/  
                        if (mis_marker[j])  
                            S+=A_p->val[iPtr];  
                       }  
       /*printf("-> %e \n",S);*/  
                       out->inv_A_FF[i]=1./S;  
                     }  
305                   }                   }
306                }                }
307                        
308                  /* if(level==1) {
309                       printf("##TOTAL: %d, ELIMINATED: %d\n",n,out->n_F);
310                       for (i = 0; i < n; ++i) {
311                        printf("##%d %d\n",i,!mis_marker[i]);
312                       }
313                    }
314                  */
315                  
316                /*check whether coarsening process actually makes sense to continue.                /*check whether coarsening process actually makes sense to continue.
317                if coarse matrix at least smaller by 30% then continue, otherwise we stop.*/                if coarse matrix at least smaller by 30% then continue, otherwise we stop.*/
318                if ((out->n_F*100/n)<30) {                if ((out->n_F*100/n)<30) {
# Line 250  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 320  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
320                  }                  }
321                            
322                if ( Paso_noError()) {                if ( Paso_noError()) {
                     /* if there are no nodes in the coarse level there is no more work to do */  
323                      out->n_C=n-out->n_F;                      out->n_C=n-out->n_F;
                     
                    /*if (out->n_F>500) */  
324                      out->rows_in_C=MEMALLOC(out->n_C,index_t);                      out->rows_in_C=MEMALLOC(out->n_C,index_t);
325                      out->mask_C=MEMALLOC(n,index_t);                      out->mask_C=MEMALLOC(n,index_t);
326                      if (! (Paso_checkPtr(out->mask_C) || Paso_checkPtr(out->rows_in_C) ) ) {                      if (! (Paso_checkPtr(out->mask_C) || Paso_checkPtr(out->rows_in_C) ) ) {
# Line 275  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 342  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
342                      }                      }
343                }                }
344                if ( Paso_noError()) {                if ( Paso_noError()) {
345                        /* get A_CF block: */                        /* get A_FF block: */
346                          /*
347                           out->A_FF=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_F,out->rows_in_F,out->mask_F);
348                        out->A_CF=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_C,out->n_F,out->rows_in_C,out->mask_F);                        out->A_CF=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_C,out->n_F,out->rows_in_C,out->mask_F);
                       /* get A_FC block: */  
349                        out->A_FC=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_C,out->rows_in_F,out->mask_C);                        out->A_FC=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_C,out->rows_in_F,out->mask_C);
350                        /* get A_CC block: */                        */
351                        schur=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_C,out->n_C,out->rows_in_C,out->mask_C);                        
352                                /*Compute W_FC*/
353                }                        /*initialy W_FC=A_FC*/
354                if ( Paso_noError()) {                        out->W_FC=Paso_SparseMatrix_getSubmatrix(A_p,out->n_F,out->n_C,out->rows_in_F,out->mask_C);
355                       /*find the pattern of the schur complement with fill in*/                        
356                      temp1=Paso_Pattern_multiply(PATTERN_FORMAT_DEFAULT,out->A_CF->pattern,out->A_FC->pattern);                        /*sprintf(filename,"W_FCbefore_%d",level);
357                      temp2=Paso_Pattern_binop(PATTERN_FORMAT_DEFAULT, schur->pattern, temp1);                        Paso_SparseMatrix_saveMM(out->W_FC,filename);
358                      schur_withFillIn=Paso_SparseMatrix_alloc(A_p->type,temp2,1,1, TRUE);                        */
359                      Paso_Pattern_free(temp1);                        /* for (i = 0; i < n; ++i) {
360                      Paso_Pattern_free(temp2);                                    printf("##mis_marker[%d]=%d\n",i,mis_marker[i]);
361                           }
362                          */                    
363                          time0=Paso_timer();
364                          Paso_SparseMatrix_updateWeights(A_p,out->W_FC,mis_marker);
365                          time0=Paso_timer()-time0;
366                          if (timing) fprintf(stdout,"timing: updateWeights: %e\n",time0);
367            
368                          
369                          /*sprintf(filename,"W_FCafter_%d",level);
370                          Paso_SparseMatrix_saveMM(out->W_FC,filename);
371                          */
372                          
373                          /* get Prolongation and Restriction */
374                          time0=Paso_timer();
375                          out->P=Paso_SparseMatrix_getProlongation(out->W_FC,mis_marker);
376                          time0=Paso_timer()-time0;
377                          if (timing) fprintf(stdout,"timing: getProlongation: %e\n",time0);
378                          /*out->P=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("P1.mtx");*/
379                          
380                          
381                          /*sprintf(filename,"P_%d",level);
382                          Paso_SparseMatrix_saveMM(out->P,filename);
383                          */
384                          
385                          time0=Paso_timer();
386                          out->R=Paso_SparseMatrix_getRestriction(out->P);
387                          time0=Paso_timer()-time0;
388                          if (timing) fprintf(stdout,"timing: getRestriction: %e\n",time0);
389                          /*out->R=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("R1.mtx");*/
390                          
391                          /*
392                          sprintf(filename,"R_%d",level);
393                          Paso_SparseMatrix_saveMM(out->R,filename);
394                          */
395                        
396                }                }
397                if ( Paso_noError()) {                if ( Paso_noError()) {
398                      /* copy values over*/                      
399                      #pragma omp parallel for private(i,iPtr,j,iPtr_s,index,where_p) schedule(static)                      time0=Paso_timer();
400                      for (i = 0; i < schur_withFillIn->numRows; ++i) {                      
401                        for (iPtr=schur_withFillIn->pattern->ptr[i];iPtr<schur_withFillIn->pattern->ptr[i + 1]; ++iPtr) {                      Atemp=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(A_p,out->P);
402                           j=schur_withFillIn->pattern->index[iPtr];                      
403                           iPtr_s=schur->pattern->ptr[i];                      A_c=Paso_SparseMatrix_MatrixMatrix(out->R,Atemp);
404                           index=&(schur->pattern->index[iPtr_s]);                      
405                           where_p=(index_t*)bsearch(&j,                      /*A_c=Paso_SparseMatrix_loadMM_toCSR("A_C1.mtx");*/
406                                                index,                      
407                                                schur->pattern->ptr[i + 1]-schur->pattern->ptr[i],                      Paso_SparseMatrix_free(Atemp);
408                                                sizeof(index_t),                      
409                                                Paso_comparIndex);                      /*A_c=Paso_Solver_getCoarseMatrix(A_p,out->R,out->P);*/
410                           if (where_p!=NULL) {                      time0=Paso_timer()-time0;
411                                  schur_withFillIn->val[iPtr]=schur->val[iPtr_s+(index_t)(where_p-index)];                      if (timing) fprintf(stdout,"timing: getCoarseMatrix: %e\n",time0);
412                           }                      
413                         }                                          
414                      }                      /*Paso_Solver_getCoarseMatrix(A_c, A_p,out->R,out->P);*/
415                      Paso_Solver_updateIncompleteSchurComplement(schur_withFillIn,out->A_CF,out->inv_A_FF,out->A_FF_pivot,out->A_FC);                      
416                      out->AMG_of_Schur=Paso_Solver_getAMG(schur_withFillIn,level-1,options);                      /*
417                        sprintf(filename,"A_C_%d",level);
418                        Paso_SparseMatrix_saveMM(A_c,filename);
419                        */
420                        
421                        out->AMG_of_Coarse=Paso_Solver_getAMG(A_c,level-1,options);
422                }                }
423    
424                /* allocate work arrays for AMG application */                /* allocate work arrays for AMG application */
425                if (Paso_noError()) {                if (Paso_noError()) {
426                           out->x_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);                           /*
427                              out->x_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);
428                           out->b_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);                           out->b_F=MEMALLOC(n_block*out->n_F,double);
429                             */
430                           out->x_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);                           out->x_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);
431                           out->b_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);                           out->b_C=MEMALLOC(n_block*out->n_C,double);
432                
433                           if (! (Paso_checkPtr(out->x_F) || Paso_checkPtr(out->b_F) || Paso_checkPtr(out->x_C) || Paso_checkPtr(out->b_C) ) ) {                           /*if (! (Paso_checkPtr(out->x_F) || Paso_checkPtr(out->b_F) || Paso_checkPtr(out->x_C) || Paso_checkPtr(out->b_C) ) ) {*/
434                               #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                           if ( ! ( Paso_checkPtr(out->x_C) || Paso_checkPtr(out->b_C) ) ) {
435                                
436                                 /*
437                                  #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
438                               for (i = 0; i < out->n_F; ++i) {                               for (i = 0; i < out->n_F; ++i) {
439                                           out->x_F[i]=0.;                                           out->x_F[i]=0.;
440                                           out->b_F[i]=0.;                                           out->b_F[i]=0.;
441                                }                                }
442                                 */
443                                
444                                #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)                                #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
445                                for (i = 0; i < out->n_C; ++i) {                                for (i = 0; i < out->n_C; ++i) {
446                                       out->x_C[i]=0.;                                       out->x_C[i]=0.;
# Line 332  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso Line 448  Paso_Solver_AMG* Paso_Solver_getAMG(Paso
448                                }                                }
449                           }                           }
450                }                }
451              Paso_SparseMatrix_free(schur);              Paso_SparseMatrix_free(A_c);
             Paso_SparseMatrix_free(schur_withFillIn);  
452           }           }
453       }       }
454    }    }
# Line 379  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM Line 494  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM
494       dim_t i;       dim_t i;
495       double time0=0;       double time0=0;
496       double *r=NULL, *x0=NULL;       double *r=NULL, *x0=NULL;
497       bool_t verbose=0;       bool_t timing=0;
498        
499         dim_t post_sweeps=amg->post_sweeps;
500         dim_t pre_sweeps=amg->pre_sweeps;
501        
502       #ifdef UMFPACK       #ifdef UMFPACK
503            Paso_UMFPACK_Handler * ptr=NULL;            Paso_UMFPACK_Handler * ptr=NULL;
504       #endif       #endif
505              
506       r=MEMALLOC(amg->n,double);       r=MEMALLOC(amg->n,double);
507       x0=MEMALLOC(amg->n,double);       x0=MEMALLOC(amg->n,double);
508            
# Line 390  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM Line 510  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM
510                
511        time0=Paso_timer();        time0=Paso_timer();
512        /*If all unknown are eliminated then Jacobi is the best preconditioner*/        /*If all unknown are eliminated then Jacobi is the best preconditioner*/
513        if (amg->n_F==amg->n) {  
514          Paso_Solver_solveJacobi(amg->GS,x,b);        if (amg->n_F==0 || amg->n_F==amg->n) {
515            if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
516                Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x,b);
517            else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
518                Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x,b);
519        }        }
520         else {         else {
521         #ifdef MKL         #ifdef MKL
# Line 399  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM Line 523  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM
523         #else         #else
524            #ifdef UMFPACK            #ifdef UMFPACK
525               ptr=(Paso_UMFPACK_Handler *)(amg->solver);               ptr=(Paso_UMFPACK_Handler *)(amg->solver);
526               Paso_UMFPACK1(&ptr,amg->A,x,b,verbose);               Paso_UMFPACK1(&ptr,amg->A,x,b,timing);
527               amg->solver=(void*) ptr;               amg->solver=(void*) ptr;
528            #else                  #else      
529               Paso_Solver_solveJacobi(amg->GS,x,b);             if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
530                 Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x,b);
531              else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
532                Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x,b);
533           #endif           #endif
534         #endif         #endif
535         }         }
536          
537         time0=Paso_timer()-time0;         time0=Paso_timer()-time0;
538         if (verbose) fprintf(stderr,"timing: DIRECT SOLVER: %e\n",time0);         if (timing) fprintf(stdout,"timing: DIRECT SOLVER: %e\n",time0);
539                
540       } else {       } else {
541          /* presmoothing */          /* presmoothing */
542           time0=Paso_timer();           time0=Paso_timer();
543           Paso_Solver_solveJacobi(amg->GS,x,b);           if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
544           time0=Paso_timer()-time0;              Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x,b);
545           if (verbose) fprintf(stderr,"timing: Presmooting: %e\n",time0);          else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
546          /* end of presmoothing */              Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x,b);
547                    
548            /***********/
549            if (pre_sweeps>1) {
550                #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
551                for (i=0;i<amg->n;++i) r[i]=b[i];
552            }
553      
554            while(pre_sweeps>1) {
555               #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
556               for (i=0;i<amg->n;++i) r[i]+=b[i];
557              
558                /* Compute the residual r=r-Ax*/
559               Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);
560               /* Go round again*/
561              
562               if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
563                Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x,r);
564               else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
565                Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x,r);
566              
567               pre_sweeps-=1;
568            }
569             /***********/
570            
571             time0=Paso_timer()-time0;
572             if (timing) fprintf(stdout,"timing: Presmooting: %e\n",time0);
573             /* end of presmoothing */
574                    
575           time0=Paso_timer();           time0=Paso_timer();
576           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)           #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
# Line 424  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM Line 578  void Paso_Solver_solveAMG(Paso_Solver_AM
578                    
579           /*r=b-Ax*/           /*r=b-Ax*/
580           Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);           Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);
581                  
582          /* b->[b_F,b_C]     */          /* b_c = R*r  */
583          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)           Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(1.,amg->R,r,0.,amg->b_C);
         for (i=0;i<amg->n_F;++i) amg->b_F[i]=r[amg->rows_in_F[i]];  
           
         #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)  
         for (i=0;i<amg->n_C;++i) amg->b_C[i]=r[amg->rows_in_C[i]];  
   
         /* x_F=invA_FF*b_F  */  
         Paso_Solver_applyBlockDiagonalMatrix(1,amg->n_F,amg->inv_A_FF,amg->A_FF_pivot,amg->x_F,amg->b_F);  
           
         /* b_C=b_C-A_CF*x_F */  
         Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A_CF,amg->x_F,1.,amg->b_C);  
584                    
585          time0=Paso_timer()-time0;          time0=Paso_timer()-time0;
586          if (verbose) fprintf(stderr,"timing: Before next level: %e\n",time0);          if (timing) fprintf(stdout,"timing: Before next level: %e\n",time0);
587                    
588          /* x_C=AMG(b_C)     */          /* x_C=AMG(b_C)     */
589          Paso_Solver_solveAMG(amg->AMG_of_Schur,amg->x_C,amg->b_C);          Paso_Solver_solveAMG(amg->AMG_of_Coarse,amg->x_C,amg->b_C);
590                    
591          time0=Paso_timer();          time0=Paso_timer();
592          /* b_F=b_F-A_FC*x_C */          
593          Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A_FC,amg->x_C,1.,amg->b_F);          /* x_0 = P*x_c */
594          /* x_F=invA_FF*b_F  */          Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(1.,amg->P,amg->x_C,0.,x0);
595          Paso_Solver_applyBlockDiagonalMatrix(1,amg->n_F,amg->inv_A_FF,amg->A_FF_pivot,amg->x_F,amg->b_F);          
596          /* x<-[x_F,x_C]     */          /* x=x+x0 */
   
597          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)          #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
598          for (i=0;i<amg->n;++i) {          for (i=0;i<amg->n;++i) x[i]+=x0[i];
             if (amg->mask_C[i]>-1) {  
                  x[i]=amg->x_C[amg->mask_C[i]];  
             } else {  
                  x[i]=amg->x_F[amg->mask_F[i]];  
             }  
         }  
599                    
600          time0=Paso_timer()-time0;        /*postsmoothing*/
         if (verbose) fprintf(stderr,"timing: After next level: %e\n",time0);  
601    
602       /*postsmoothing*/        time0=Paso_timer();
603       time0=Paso_timer();        #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
604       #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)        for (i=0;i<amg->n;++i) r[i]=b[i];
605       for (i=0;i<amg->n;++i) r[i]=b[i];        
606              /*r=b-Ax */
607       /*r=b-Ax */        Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);
608       Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);        if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
609       Paso_Solver_solveJacobi(amg->GS,x0,r);              Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x0,r);
610              else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
611       #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)              Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x0,r);
612       for (i=0;i<amg->n;++i) x[i]+=x0[i];        
613              #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
614       time0=Paso_timer()-time0;        for (i=0;i<amg->n;++i)  {
615       if (verbose) fprintf(stderr,"timing: Postsmoothing: %e\n",time0);         x[i]+=x0[i];
616          }
617       /*end of postsmoothing*/        
618            /***************/
619            while(post_sweeps>1) {
620              
621               #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
622               for (i=0;i<amg->n;++i) r[i]=b[i];
623              
624               Paso_SparseMatrix_MatrixVector_CSR_OFFSET0(-1.,amg->A,x,1.,r);
625              
626               if(amg->Smoother->ID==PASO_JACOBI)
627                  Paso_Solver_solveJacobi(amg->Smoother->Jacobi,x0,r);
628               else if (amg->Smoother->ID==PASO_GS)    
629                  Paso_Solver_solveGS(amg->Smoother->GS,x0,r);
630                  
631               #pragma omp parallel for private(i) schedule(static)
632                for (i=0;i<amg->n;++i)  {
633                 x[i]+=x0[i];
634                }
635               post_sweeps-=1;
636            }
637            /**************/
638          
639          time0=Paso_timer()-time0;
640          if (timing) fprintf(stdout,"timing: Postsmoothing: %e\n",time0);
641    
642          /*end of postsmoothing*/
643            
644       }       }
645       MEMFREE(r);       MEMFREE(r);
646       MEMFREE(x0);       MEMFREE(x0);
647    
648       return;       return;
649  }  }

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