/[escript]/trunk/ripley/src/Brick.cpp
ViewVC logotype

Diff of /trunk/ripley/src/Brick.cpp

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 4277 by caltinay, Wed Mar 6 01:30:41 2013 UTC revision 4334 by caltinay, Thu Mar 21 06:00:14 2013 UTC
# Line 17  Line 17 
17  extern "C" {  extern "C" {
18  #include <paso/SystemMatrix.h>  #include <paso/SystemMatrix.h>
19  }  }
20    #include <esysUtils/esysFileWriter.h>
21    
22  #ifdef USE_NETCDF  #ifdef USE_NETCDF
23  #include <netcdfcpp.h>  #include <netcdfcpp.h>
# Line 32  extern "C" { Line 33  extern "C" {
33  #include <iomanip>  #include <iomanip>
34    
35  using namespace std;  using namespace std;
36    using esysUtils::FileWriter;
37    
38  namespace ripley {  namespace ripley {
39    
40  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, double x0, double y0, double z0,
41               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :               double x1, double y1, double z1, int d0, int d1, int d2) :
42      RipleyDomain(3),      RipleyDomain(3)
     m_x0(x0),  
     m_y0(y0),  
     m_z0(z0),  
     m_l0(x1-x0),  
     m_l1(y1-y0),  
     m_l2(z1-z0)  
43  {  {
44      // ignore subdivision parameters for serial run      // ignore subdivision parameters for serial run
45      if (m_mpiInfo->size == 1) {      if (m_mpiInfo->size == 1) {
# Line 137  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 133  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
133          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);          d2=m_mpiInfo->size/(d0*d1);
134      }      }
135    
     m_NX=d0;  
     m_NY=d1;  
     m_NZ=d2;  
   
136      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed      // ensure number of subdivisions is valid and nodes can be distributed
137      // among number of ranks      // among number of ranks
138      if (m_NX*m_NY*m_NZ != m_mpiInfo->size)      if (d0*d1*d2 != m_mpiInfo->size)
139          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");          throw RipleyException("Invalid number of spatial subdivisions");
140    
141      if (warn) {      if (warn) {
# Line 151  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou Line 143  Brick::Brick(int n0, int n1, int n2, dou
143              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;              << d1 << ", d2=" << d2 << "). This may not be optimal!" << endl;
144      }      }
145    
146      if ((n0+1)%m_NX > 0) {      double l0 = x1-x0;
147          double Dx=m_l0/n0;      double l1 = y1-y0;
148        double l2 = z1-z0;
149        m_dx[0] = l0/n0;
150        m_dx[1] = l1/n1;
151        m_dx[2] = l2/n2;
152    
153        if ((n0+1)%d0 > 0) {
154          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;          n0=(int)round((float)(n0+1)/d0+0.5)*d0-1;
155          m_l0=Dx*n0;          l0=m_dx[0]*n0;
156          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N0="
157              << n0 << ", l0=" << m_l0 << endl;              << n0 << ", l0=" << l0 << endl;
158      }      }
159      if ((n1+1)%m_NY > 0) {      if ((n1+1)%d1 > 0) {
         double Dy=m_l1/n1;  
160          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;          n1=(int)round((float)(n1+1)/d1+0.5)*d1-1;
161          m_l1=Dy*n1;          l1=m_dx[1]*n1;
162          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N1="
163              << n1 << ", l1=" << m_l1 << endl;              << n1 << ", l1=" << l1 << endl;
164      }      }
165      if ((n2+1)%m_NZ > 0) {      if ((n2+1)%d2 > 0) {
         double Dz=m_l2/n2;  
166          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;          n2=(int)round((float)(n2+1)/d2+0.5)*d2-1;
167          m_l2=Dz*n2;          l2=m_dx[2]*n2;
168          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="          cout << "Warning: Adjusted number of elements and length. N2="
169              << n2 << ", l2=" << m_l2 << endl;              << n2 << ", l2=" << l2 << endl;
170      }      }
171    
172      m_gNE0=n0;      if ((d0 > 1 && (n0+1)/d0<2) || (d1 > 1 && (n1+1)/d1<2) || (d2 > 1 && (n2+1)/d2<2))
     m_gNE1=n1;  
     m_gNE2=n2;  
   
     if ((m_NX > 1 && (n0+1)/m_NX<2) || (m_NY > 1 && (n1+1)/m_NY<2) || (m_NZ > 1 && (n2+1)/m_NZ<2))  
173          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");          throw RipleyException("Too few elements for the number of ranks");
174    
175        m_gNE[0] = n0;
176        m_gNE[1] = n1;
177        m_gNE[2] = n2;
178        m_origin[0] = x0;
179        m_origin[1] = y0;
180        m_origin[2] = z0;
181        m_length[0] = l0;
182        m_length[1] = l1;
183        m_length[2] = l2;
184        m_NX[0] = d0;
185        m_NX[1] = d1;
186        m_NX[2] = d2;
187    
188      // local number of elements (including overlap)      // local number of elements (including overlap)
189      m_NE0 = m_ownNE0 = (m_NX>1 ? (n0+1)/m_NX : n0);      m_NE[0] = m_ownNE[0] = (d0>1 ? (n0+1)/d0 : n0);
190      if (m_mpiInfo->rank%m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%m_NX<m_NX-1)      if (m_mpiInfo->rank%d0>0 && m_mpiInfo->rank%d0<d0-1)
191          m_NE0++;          m_NE[0]++;
192      else if (m_NX>1 && m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)      else if (d0>1 && m_mpiInfo->rank%d0==d0-1)
193          m_ownNE0--;          m_ownNE[0]--;
194    
195      m_NE1 = m_ownNE1 = (m_NY>1 ? (n1+1)/m_NY : n1);      m_NE[1] = m_ownNE[1] = (d1>1 ? (n1+1)/d1 : n1);
196      if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX>0 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX<m_NY-1)      if (m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0>0 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0<d1-1)
197          m_NE1++;          m_NE[1]++;
198      else if (m_NY>1 && m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)      else if (d1>1 && m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0==d1-1)
199          m_ownNE1--;          m_ownNE[1]--;
200    
201      m_NE2 = m_ownNE2 = (m_NZ>1 ? (n2+1)/m_NZ : n2);      m_NE[2] = m_ownNE[2] = (d2>1 ? (n2+1)/d2 : n2);
202      if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)>0 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)<m_NZ-1)      if (m_mpiInfo->rank/(d0*d1)>0 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)<d2-1)
203          m_NE2++;          m_NE[2]++;
204      else if (m_NZ>1 && m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)      else if (d2>1 && m_mpiInfo->rank/(d0*d1)==d2-1)
205          m_ownNE2--;          m_ownNE[2]--;
206    
207      // local number of nodes      // local number of nodes
208      m_N0 = m_NE0+1;      m_NN[0] = m_NE[0]+1;
209      m_N1 = m_NE1+1;      m_NN[1] = m_NE[1]+1;
210      m_N2 = m_NE2+1;      m_NN[2] = m_NE[2]+1;
211    
212      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh      // bottom-left-front node is at (offset0,offset1,offset2) in global mesh
213      m_offset0 = (n0+1)/m_NX*(m_mpiInfo->rank%m_NX);      m_offset[0] = (n0+1)/d0*(m_mpiInfo->rank%d0);
214      if (m_offset0 > 0)      if (m_offset[0] > 0)
215          m_offset0--;          m_offset[0]--;
216      m_offset1 = (n1+1)/m_NY*(m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX);      m_offset[1] = (n1+1)/d1*(m_mpiInfo->rank%(d0*d1)/d0);
217      if (m_offset1 > 0)      if (m_offset[1] > 0)
218          m_offset1--;          m_offset[1]--;
219      m_offset2 = (n2+1)/m_NZ*(m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY));      m_offset[2] = (n2+1)/d2*(m_mpiInfo->rank/(d0*d1));
220      if (m_offset2 > 0)      if (m_offset[2] > 0)
221          m_offset2--;          m_offset[2]--;
222    
223      populateSampleIds();      populateSampleIds();
224      createPattern();      createPattern();
# Line 236  bool Brick::operator==(const AbstractDom Line 241  bool Brick::operator==(const AbstractDom
241      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);      const Brick* o=dynamic_cast<const Brick*>(&other);
242      if (o) {      if (o) {
243          return (RipleyDomain::operator==(other) &&          return (RipleyDomain::operator==(other) &&
244                  m_gNE0==o->m_gNE0 && m_gNE1==o->m_gNE1 && m_gNE2==o->m_gNE2                  m_gNE[0]==o->m_gNE[0] && m_gNE[1]==o->m_gNE[1] && m_gNE[2]==o->m_gNE[2]
245                  && m_x0==o->m_x0 && m_y0==o->m_y0 && m_z0==o->m_z0                  && m_origin[0]==o->m_origin[0] && m_origin[1]==o->m_origin[1] && m_origin[2]==o->m_origin[2]
246                  && m_l0==o->m_l0 && m_l1==o->m_l1 && m_l2==o->m_l2                  && m_length[0]==o->m_length[0] && m_length[1]==o->m_length[1] && m_length[2]==o->m_length[2]
247                  && m_NX==o->m_NX && m_NY==o->m_NY && m_NZ==o->m_NZ);                  && m_NX[0]==o->m_NX[0] && m_NX[1]==o->m_NX[1] && m_NX[2]==o->m_NX[2]);
248      }      }
249    
250      return false;      return false;
251  }  }
252    
 void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,  
                            const vector<int>& first,  
                            const vector<int>& numValues,  
                            const vector<int>& multiplier) const  
 {  
     // check destination function space  
     int myN0, myN1, myN2;  
     if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {  
         myN0 = m_N0;  
         myN1 = m_N1;  
         myN2 = m_N2;  
     } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||  
                 out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {  
         myN0 = m_NE0;  
         myN1 = m_NE1;  
         myN2 = m_NE2;  
     } else  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");  
   
     if (first.size() != 3)  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");  
   
     if (numValues.size() != 3)  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");  
   
     if (multiplier.size() != 3)  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");  
     for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)  
         if (multiplier[i]<1)  
             throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");  
   
     // check file existence and size  
     ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);  
     if (f.fail()) {  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");  
     }  
     f.seekg(0, ios::end);  
     const int numComp = out.getDataPointSize();  
     const int filesize = f.tellg();  
     const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);  
     if (filesize < reqsize) {  
         f.close();  
         throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");  
     }  
   
     // check if this rank contributes anything  
     if (first[0] >= m_offset0+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset0 ||  
             first[1] >= m_offset1+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset1 ||  
             first[2] >= m_offset2+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset2) {  
         f.close();  
         return;  
     }  
   
     // now determine how much this rank has to write  
   
     // first coordinates in data object to write to  
     const int first0 = max(0, first[0]-m_offset0);  
     const int first1 = max(0, first[1]-m_offset1);  
     const int first2 = max(0, first[2]-m_offset2);  
     // indices to first value in file  
     const int idx0 = max(0, m_offset0-first[0]);  
     const int idx1 = max(0, m_offset1-first[1]);  
     const int idx2 = max(0, m_offset2-first[2]);  
     // number of values to read  
     const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);  
     const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);  
     const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);  
   
     out.requireWrite();  
     vector<float> values(num0*numComp);  
     const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();  
   
     for (index_t z=0; z<num2; z++) {  
         for (index_t y=0; y<num1; y++) {  
             const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);  
             f.seekg(fileofs*sizeof(float));  
             f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));  
   
             for (index_t x=0; x<num0; x++) {  
                 const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]  
                                         +(first1+y*multiplier[1])*myN0  
                                         +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;  
                 for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {  
                     for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {  
                         for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {  
                             const int dataIndex = baseIndex+m0  
                                            +m1*myN0  
                                            +m2*myN0*myN1;  
                             double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);  
                             for (index_t c=0; c<numComp; c++) {  
                                 if (!isnan(values[x*numComp+c])) {  
                                     for (index_t q=0; q<dpp; q++) {  
                                         *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);  
                                     }  
                                 }  
                             }  
                         }  
                     }  
                 }  
             }  
         }  
     }  
   
     f.close();  
 }  
   
253  void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,  void Brick::readNcGrid(escript::Data& out, string filename, string varname,
254              const vector<int>& first, const vector<int>& numValues,              const vector<int>& first, const vector<int>& numValues,
255              const vector<int>& multiplier) const              const vector<int>& multiplier) const
# Line 359  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou Line 258  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou
258      // check destination function space      // check destination function space
259      int myN0, myN1, myN2;      int myN0, myN1, myN2;
260      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {      if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
261          myN0 = m_N0;          myN0 = m_NN[0];
262          myN1 = m_N1;          myN1 = m_NN[1];
263          myN2 = m_N2;          myN2 = m_NN[2];
264      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||      } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
265                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {                  out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
266          myN0 = m_NE0;          myN0 = m_NE[0];
267          myN1 = m_NE1;          myN1 = m_NE[1];
268          myN2 = m_NE2;          myN2 = m_NE[2];
269      } else      } else
270          throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");          throw RipleyException("readNcGrid(): invalid function space for output data object");
271    
# Line 409  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou Line 308  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou
308      }      }
309    
310      // check if this rank contributes anything      // check if this rank contributes anything
311      if (first[0] >= m_offset0+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset0 ||      if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
312              first[1] >= m_offset1+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset1 ||              first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
313              first[2] >= m_offset2+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset2) {              first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
314          return;          return;
315      }      }
316    
317      // now determine how much this rank has to write      // now determine how much this rank has to write
318    
319      // first coordinates in data object to write to      // first coordinates in data object to write to
320      const int first0 = max(0, first[0]-m_offset0);      const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
321      const int first1 = max(0, first[1]-m_offset1);      const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
322      const int first2 = max(0, first[2]-m_offset2);      const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
323      // indices to first value in file      // indices to first value in file
324      const int idx0 = max(0, m_offset0-first[0]);      const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
325      const int idx1 = max(0, m_offset1-first[1]);      const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
326      const int idx2 = max(0, m_offset2-first[2]);      const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
327      // number of values to read      // number of values to read
328      const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);      const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
329      const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);      const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
# Line 476  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou Line 375  void Brick::readNcGrid(escript::Data& ou
375  #endif  #endif
376  }  }
377    
378    void Brick::readBinaryGrid(escript::Data& out, string filename,
379                               const vector<int>& first,
380                               const vector<int>& numValues,
381                               const vector<int>& multiplier) const
382    {
383        // check destination function space
384        int myN0, myN1, myN2;
385        if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
386            myN0 = m_NN[0];
387            myN1 = m_NN[1];
388            myN2 = m_NN[2];
389        } else if (out.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
390                    out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
391            myN0 = m_NE[0];
392            myN1 = m_NE[1];
393            myN2 = m_NE[2];
394        } else
395            throw RipleyException("readBinaryGrid(): invalid function space for output data object");
396    
397        if (first.size() != 3)
398            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'first' must have 3 entries");
399    
400        if (numValues.size() != 3)
401            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'numValues' must have 3 entries");
402    
403        if (multiplier.size() != 3)
404            throw RipleyException("readBinaryGrid(): argument 'multiplier' must have 3 entries");
405        for (size_t i=0; i<multiplier.size(); i++)
406            if (multiplier[i]<1)
407                throw RipleyException("readBinaryGrid(): all multipliers must be positive");
408    
409        // check file existence and size
410        ifstream f(filename.c_str(), ifstream::binary);
411        if (f.fail()) {
412            throw RipleyException("readBinaryGrid(): cannot open file");
413        }
414        f.seekg(0, ios::end);
415        const int numComp = out.getDataPointSize();
416        const int filesize = f.tellg();
417        const int reqsize = numValues[0]*numValues[1]*numValues[2]*numComp*sizeof(float);
418        if (filesize < reqsize) {
419            f.close();
420            throw RipleyException("readBinaryGrid(): not enough data in file");
421        }
422    
423        // check if this rank contributes anything
424        if (first[0] >= m_offset[0]+myN0 || first[0]+numValues[0]*multiplier[0] <= m_offset[0] ||
425                first[1] >= m_offset[1]+myN1 || first[1]+numValues[1]*multiplier[1] <= m_offset[1] ||
426                first[2] >= m_offset[2]+myN2 || first[2]+numValues[2]*multiplier[2] <= m_offset[2]) {
427            f.close();
428            return;
429        }
430    
431        // now determine how much this rank has to write
432    
433        // first coordinates in data object to write to
434        const int first0 = max(0, first[0]-m_offset[0]);
435        const int first1 = max(0, first[1]-m_offset[1]);
436        const int first2 = max(0, first[2]-m_offset[2]);
437        // indices to first value in file
438        const int idx0 = max(0, m_offset[0]-first[0]);
439        const int idx1 = max(0, m_offset[1]-first[1]);
440        const int idx2 = max(0, m_offset[2]-first[2]);
441        // number of values to read
442        const int num0 = min(numValues[0]-idx0, myN0-first0);
443        const int num1 = min(numValues[1]-idx1, myN1-first1);
444        const int num2 = min(numValues[2]-idx2, myN2-first2);
445    
446        out.requireWrite();
447        vector<float> values(num0*numComp);
448        const int dpp = out.getNumDataPointsPerSample();
449    
450        for (index_t z=0; z<num2; z++) {
451            for (index_t y=0; y<num1; y++) {
452                const int fileofs = numComp*(idx0+(idx1+y)*numValues[0]+(idx2+z)*numValues[0]*numValues[1]);
453                f.seekg(fileofs*sizeof(float));
454                f.read((char*)&values[0], num0*numComp*sizeof(float));
455    
456                for (index_t x=0; x<num0; x++) {
457                    const int baseIndex = first0+x*multiplier[0]
458                                            +(first1+y*multiplier[1])*myN0
459                                            +(first2+z*multiplier[2])*myN0*myN1;
460                    for (index_t m2=0; m2<multiplier[2]; m2++) {
461                        for (index_t m1=0; m1<multiplier[1]; m1++) {
462                            for (index_t m0=0; m0<multiplier[0]; m0++) {
463                                const int dataIndex = baseIndex+m0
464                                               +m1*myN0
465                                               +m2*myN0*myN1;
466                                double* dest = out.getSampleDataRW(dataIndex);
467                                for (index_t c=0; c<numComp; c++) {
468                                    if (!isnan(values[x*numComp+c])) {
469                                        for (index_t q=0; q<dpp; q++) {
470                                            *dest++ = static_cast<double>(values[x*numComp+c]);
471                                        }
472                                    }
473                                }
474                            }
475                        }
476                    }
477                }
478            }
479        }
480    
481        f.close();
482    }
483    
484    void Brick::writeBinaryGrid(const escript::Data& in, string filename, int byteOrder) const
485    {
486        // check function space and determine number of points
487        int myN0, myN1, myN2;
488        int totalN0, totalN1, totalN2;
489        if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Nodes) {
490            myN0 = m_NN[0];
491            myN1 = m_NN[1];
492            myN2 = m_NN[2];
493            totalN0 = m_gNE[0]+1;
494            totalN1 = m_gNE[1]+1;
495            totalN2 = m_gNE[2]+1;
496        } else if (in.getFunctionSpace().getTypeCode() == Elements ||
497                    in.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
498            myN0 = m_NE[0];
499            myN1 = m_NE[1];
500            myN2 = m_NE[2];
501            totalN0 = m_gNE[0];
502            totalN1 = m_gNE[1];
503            totalN2 = m_gNE[2];
504        } else
505            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): invalid function space of data object");
506    
507        const int numComp = in.getDataPointSize();
508        const int dpp = in.getNumDataPointsPerSample();
509        const int fileSize = sizeof(float)*numComp*dpp*totalN0*totalN1*totalN2;
510    
511        if (numComp > 1 || dpp > 1)
512            throw RipleyException("writeBinaryGrid(): only scalar, single-value data supported");
513    
514        escript::Data* _in = const_cast<escript::Data*>(&in);
515    
516        // from here on we know that each sample consists of one value
517        FileWriter* fw = new FileWriter();
518        fw->openFile(filename, fileSize);
519        MPIBarrier();
520    
521        for (index_t z=0; z<myN2; z++) {
522            for (index_t y=0; y<myN1; y++) {
523                const int fileofs = (m_offset[0]+(m_offset[1]+y)*totalN0
524                                    +(m_offset[2]+z)*totalN0*totalN1)*sizeof(float);
525                ostringstream oss;
526    
527                for (index_t x=0; x<myN0; x++) {
528                    const double* sample = _in->getSampleDataRO(z*myN0*myN1+y*myN0+x);
529                    float fvalue = (float)(*sample);
530                    if (byteOrder == RIPLEY_BYTE_ORDER) {
531                        oss.write((char*)&fvalue, sizeof(fvalue));
532                    } else {
533                        char* value = reinterpret_cast<char*>(&fvalue);
534                        oss.write(RIPLEY_BYTE_SWAP32(value), sizeof(fvalue));
535                    }
536                }
537                fw->writeAt(oss, fileofs);
538            }
539        }
540        fw->close();
541    }
542    
543  void Brick::dump(const string& fileName) const  void Brick::dump(const string& fileName) const
544  {  {
545  #if USE_SILO  #if USE_SILO
# Line 536  void Brick::dump(const string& fileName) Line 600  void Brick::dump(const string& fileName)
600      }      }
601      */      */
602    
603      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_N0]);      boost::scoped_ptr<double> x(new double[m_NN[0]]);
604      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_N1]);      boost::scoped_ptr<double> y(new double[m_NN[1]]);
605      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_N2]);      boost::scoped_ptr<double> z(new double[m_NN[2]]);
606      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };      double* coords[3] = { x.get(), y.get(), z.get() };
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
607  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
608      {      {
609  #pragma omp for  #pragma omp for
610          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {          for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
611              coords[0][i0]=xdx.first+i0*xdx.second;              coords[0][i0]=getLocalCoordinate(i0, 0);
612          }          }
613  #pragma omp for  #pragma omp for
614          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
615              coords[1][i1]=ydy.first+i1*ydy.second;              coords[1][i1]=getLocalCoordinate(i1, 1);
616          }          }
617  #pragma omp for  #pragma omp for
618          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {          for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
619              coords[2][i2]=zdz.first+i2*zdz.second;              coords[2][i2]=getLocalCoordinate(i2, 2);
620          }          }
621      }      }
622      IndexVector dims = getNumNodesPerDim();      int* dims = const_cast<int*>(getNumNodesPerDim());
623      DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, &dims[0], 3, DB_DOUBLE,  
624        // write mesh
625        DBPutQuadmesh(dbfile, "mesh", NULL, coords, dims, 3, DB_DOUBLE,
626              DB_COLLINEAR, NULL);              DB_COLLINEAR, NULL);
627    
628      DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], &dims[0], 3,      // write node ids
629        DBPutQuadvar1(dbfile, "nodeId", "mesh", (void*)&m_nodeId[0], dims, 3,
630              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);              NULL, 0, DB_INT, DB_NODECENT, NULL);
631    
632      // write element ids      // write element ids
633      dims = getNumElementsPerDim();      dims = const_cast<int*>(getNumElementsPerDim());
634      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],      DBPutQuadvar1(dbfile, "elementId", "mesh", (void*)&m_elementId[0],
635              &dims[0], 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);              dims, 3, NULL, 0, DB_INT, DB_ZONECENT, NULL);
636    
637      // rank 0 writes multimesh and multivar      // rank 0 writes multimesh and multivar
638      if (m_mpiInfo->rank == 0) {      if (m_mpiInfo->rank == 0) {
# Line 661  bool Brick::ownSample(int fsType, index_ Line 725  bool Brick::ownSample(int fsType, index_
725          case ReducedElements:          case ReducedElements:
726              {              {
727                  // check ownership of element's _last_ node                  // check ownership of element's _last_ node
728                  const index_t x=id%m_NE0 + 1;                  const index_t x=id%m_NE[0] + 1;
729                  const index_t y=id%(m_NE0*m_NE1)/m_NE0 + 1;                  const index_t y=id%(m_NE[0]*m_NE[1])/m_NE[0] + 1;
730                  const index_t z=id/(m_NE0*m_NE1) + 1;                  const index_t z=id/(m_NE[0]*m_NE[1]) + 1;
731                  return (m_dofMap[x + m_N0*y +m_N0*m_N1*z] < getNumDOF());                  return (m_dofMap[x + m_NN[0]*y + m_NN[0]*m_NN[1]*z] < getNumDOF());
732              }              }
733          case FaceElements:          case FaceElements:
734          case ReducedFaceElements:          case ReducedFaceElements:
735              {              {
736                  // check ownership of face element's last node                  // check ownership of face element's last node
                 const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
737                  dim_t n=0;                  dim_t n=0;
738                  for (size_t i=0; i<faces.size(); i++) {                  for (size_t i=0; i<6; i++) {
739                      n+=faces[i];                      n+=m_faceCount[i];
740                      if (id<n) {                      if (id<n) {
741                          const index_t j=id-n+faces[i];                          const index_t j=id-n+m_faceCount[i];
742                          if (i>=4) { // front or back                          if (i>=4) { // front or back
743                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_N0*m_N1*(m_N2-1));                              const index_t first=(i==4 ? 0 : m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
744                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]] < getNumDOF());
745                          } else if (i>=2) { // bottom or top                          } else if (i>=2) { // bottom or top
746                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_N0*(m_N1-1));                              const index_t first=(i==2 ? 0 : m_NN[0]*(m_NN[1]-1));
747                              return (m_dofMap[first+j%m_NE0+1+(j/m_NE0+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+j%m_NE[0]+1+(j/m_NE[0]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
748                          } else { // left or right                          } else { // left or right
749                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_N0-1);                              const index_t first=(i==0 ? 0 : m_NN[0]-1);
750                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE1+1)*m_N0+(j/m_NE1+1)*m_N0*m_N1] < getNumDOF());                              return (m_dofMap[first+(j%m_NE[1]+1)*m_NN[0]+(j/m_NE[1]+1)*m_NN[0]*m_NN[1]] < getNumDOF());
751                          }                          }
752                      }                      }
753                  }                  }
# Line 707  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 770  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
770          {          {
771              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
772  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
773                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
774                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
775                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
776                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
777                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
778                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = -1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 721  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 784  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
784    
785              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
786  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
787                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
788                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
789                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
790                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
791                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
792                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;                          *o++ = 1.; *o++ = 0.; *o++ = 0.;
# Line 735  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 798  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
798    
799              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
800  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
801                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
802                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
803                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
804                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
805                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
806                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = -1.; *o++ = 0.;
# Line 749  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 812  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
812    
813              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
814  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
815                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
816                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
817                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
818                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
819                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
820                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;                          *o++ = 0.; *o++ = 1.; *o++ = 0.;
# Line 763  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 826  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
826    
827              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
828  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
829                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
830                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
831                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
832                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
833                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
834                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = -1.;
# Line 777  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 840  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
840    
841              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
842  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
843                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
844                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
845                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
846                          // set vector at four quadrature points                          // set vector at four quadrature points
847                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
848                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;                          *o++ = 0.; *o++ = 0.; *o++ = 1.;
# Line 795  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 858  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
858          {          {
859              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
860  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
861                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
862                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
863                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
864                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
865                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
866                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 807  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 870  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
870    
871              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
872  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
873                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
874                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
875                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
876                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
877                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
878                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 819  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 882  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
882    
883              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
884  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
885                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
886                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
887                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
888                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
889                          *o++ = -1.;                          *o++ = -1.;
890                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 831  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 894  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
894    
895              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
896  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
897                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
898                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
899                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
900                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
901                          *o++ = 1.;                          *o++ = 1.;
902                          *o = 0.;                          *o = 0.;
# Line 843  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 906  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
906    
907              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
908  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
909                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
910                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
911                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
912                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
913                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
914                          *o = -1.;                          *o = -1.;
# Line 855  void Brick::setToNormal(escript::Data& o Line 918  void Brick::setToNormal(escript::Data& o
918    
919              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
920  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
921                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
922                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
923                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
924                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
925                          *o++ = 0.;                          *o++ = 0.;
926                          *o = 1.;                          *o = 1.;
# Line 880  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 943  void Brick::setToSize(escript::Data& out
943              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedElements) {
944          out.requireWrite();          out.requireWrite();
945          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
946          const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;          const double size=sqrt(m_dx[0]*m_dx[0]+m_dx[1]*m_dx[1]+m_dx[2]*m_dx[2]);
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
         const double size=sqrt(xSize*xSize+ySize*ySize+zSize*zSize);  
947  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
948          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {          for (index_t k = 0; k < getNumElements(); ++k) {
949              double* o = out.getSampleDataRW(k);              double* o = out.getSampleDataRW(k);
# Line 893  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 953  void Brick::setToSize(escript::Data& out
953              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {              || out.getFunctionSpace().getTypeCode() == ReducedFaceElements) {
954          out.requireWrite();          out.requireWrite();
955          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();          const dim_t numQuad=out.getNumDataPointsPerSample();
         const double xSize=getFirstCoordAndSpacing(0).second;  
         const double ySize=getFirstCoordAndSpacing(1).second;  
         const double zSize=getFirstCoordAndSpacing(2).second;  
956  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
957          {          {
958              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
959                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
960  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
961                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
962                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
963                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
964                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
965                      }                      }
966                  }                  }
967              }              }
968    
969              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
970                  const double size=min(ySize,zSize);                  const double size=min(m_dx[1],m_dx[2]);
971  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
972                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
973                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
974                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
975                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
976                      }                      }
977                  }                  }
978              }              }
979    
980              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
981                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
982  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
983                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
984                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
985                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
986                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
987                      }                      }
988                  }                  }
989              }              }
990    
991              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
992                  const double size=min(xSize,zSize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[2]);
993  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
994                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = 0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
995                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
996                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
997                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
998                      }                      }
999                  }                  }
1000              }              }
1001    
1002              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1003                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1004  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1005                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1006                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1007                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1008                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1009                      }                      }
1010                  }                  }
1011              }              }
1012    
1013              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1014                  const double size=min(xSize,ySize);                  const double size=min(m_dx[0],m_dx[1]);
1015  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1016                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = 0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1017                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = 0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1018                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1019                          fill(o, o+numQuad, size);                          fill(o, o+numQuad, size);
1020                      }                      }
1021                  }                  }
# Line 973  void Brick::setToSize(escript::Data& out Line 1030  void Brick::setToSize(escript::Data& out
1030      }      }
1031  }  }
1032    
 Paso_SystemMatrixPattern* Brick::getPattern(bool reducedRowOrder,  
                                             bool reducedColOrder) const  
 {  
     /* FIXME: reduced  
     if (reducedRowOrder || reducedColOrder)  
         throw RipleyException("getPattern() not implemented for reduced order");  
     */  
     return m_pattern;  
 }  
   
1033  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool full) const
1034  {  {
1035      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);      RipleyDomain::Print_Mesh_Info(full);
# Line 990  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f Line 1037  void Brick::Print_Mesh_Info(const bool f
1037          cout << "     Id  Coordinates" << endl;          cout << "     Id  Coordinates" << endl;
1038          cout.precision(15);          cout.precision(15);
1039          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);          cout.setf(ios::scientific, ios::floatfield);
         pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
         pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
         pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1040          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {          for (index_t i=0; i < getNumNodes(); i++) {
1041              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]              cout << "  " << setw(5) << m_nodeId[i]
1042                  << "  " << xdx.first+(i%m_N0)*xdx.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%m_NN[0], 0)
1043                  << "  " << ydy.first+(i%(m_N0*m_N1)/m_N0)*ydy.second                  << "  " << getLocalCoordinate(i%(m_NN[0]*m_NN[1])/m_NN[0], 1)
1044                  << "  " << zdz.first+(i/(m_N0*m_N1))*zdz.second << endl;                  << "  " << getLocalCoordinate(i/(m_NN[0]*m_NN[1]), 2) << endl;
1045          }          }
1046      }      }
1047  }  }
1048    
 IndexVector Brick::getNumNodesPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_N0);  
     ret.push_back(m_N1);  
     ret.push_back(m_N2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumElementsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NE0);  
     ret.push_back(m_NE1);  
     ret.push_back(m_NE2);  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumFacesPerBoundary() const  
 {  
     IndexVector ret(6, 0);  
     //left  
     if (m_offset0==0)  
         ret[0]=m_NE1*m_NE2;  
     //right  
     if (m_mpiInfo->rank%m_NX==m_NX-1)  
         ret[1]=m_NE1*m_NE2;  
     //bottom  
     if (m_offset1==0)  
         ret[2]=m_NE0*m_NE2;  
     //top  
     if (m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX==m_NY-1)  
         ret[3]=m_NE0*m_NE2;  
     //front  
     if (m_offset2==0)  
         ret[4]=m_NE0*m_NE1;  
     //back  
     if (m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY)==m_NZ-1)  
         ret[5]=m_NE0*m_NE1;  
     return ret;  
 }  
   
 IndexVector Brick::getNumSubdivisionsPerDim() const  
 {  
     IndexVector ret;  
     ret.push_back(m_NX);  
     ret.push_back(m_NY);  
     ret.push_back(m_NZ);  
     return ret;  
 }  
   
 pair<double,double> Brick::getFirstCoordAndSpacing(dim_t dim) const  
 {  
     if (dim==0)  
         return pair<double,double>(m_x0+(m_l0*m_offset0)/m_gNE0, m_l0/m_gNE0);  
     else if (dim==1)  
         return pair<double,double>(m_y0+(m_l1*m_offset1)/m_gNE1, m_l1/m_gNE1);  
     else if (dim==2)  
         return pair<double,double>(m_z0+(m_l2*m_offset2)/m_gNE2, m_l2/m_gNE2);  
   
     throw RipleyException("getFirstCoordAndSpacing: invalid argument");  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumDOF() const  
 {  
     return (m_gNE0+1)/m_NX*(m_gNE1+1)/m_NY*(m_gNE2+1)/m_NZ;  
 }  
   
 //protected  
 dim_t Brick::getNumFaceElements() const  
 {  
     const IndexVector faces = getNumFacesPerBoundary();  
     dim_t n=0;  
     for (size_t i=0; i<faces.size(); i++)  
         n+=faces[i];  
     return n;  
 }  
1049    
1050  //protected  //protected
1051  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const  void Brick::assembleCoordinates(escript::Data& arg) const
# Line 1091  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1057  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1057      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))      if (!numSamplesEqual(&x, 1, getNumNodes()))
1058          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");          throw RipleyException("setToX: Illegal number of samples in Data object");
1059    
     pair<double,double> xdx = getFirstCoordAndSpacing(0);  
     pair<double,double> ydy = getFirstCoordAndSpacing(1);  
     pair<double,double> zdz = getFirstCoordAndSpacing(2);  
1060      arg.requireWrite();      arg.requireWrite();
1061  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1062      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_N2; i2++) {      for (dim_t i2 = 0; i2 < m_NN[2]; i2++) {
1063          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_N1; i1++) {          for (dim_t i1 = 0; i1 < m_NN[1]; i1++) {
1064              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_N0; i0++) {              for (dim_t i0 = 0; i0 < m_NN[0]; i0++) {
1065                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_N0*i1+m_N0*m_N1*i2);                  double* point = arg.getSampleDataRW(i0+m_NN[0]*i1+m_NN[0]*m_NN[1]*i2);
1066                  point[0] = xdx.first+i0*xdx.second;                  point[0] = getLocalCoordinate(i0, 0);
1067                  point[1] = ydy.first+i1*ydy.second;                  point[1] = getLocalCoordinate(i1, 1);
1068                  point[2] = zdz.first+i2*zdz.second;                  point[2] = getLocalCoordinate(i2, 2);
1069              }              }
1070          }          }
1071      }      }
# Line 1112  void Brick::assembleCoordinates(escript: Line 1075  void Brick::assembleCoordinates(escript:
1075  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const  void Brick::assembleGradient(escript::Data& out, escript::Data& in) const
1076  {  {
1077      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1078      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1079      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1080      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1081      const double C0 = .044658198738520451079;      const double C0 = .044658198738520451079;
1082      const double C1 = .16666666666666666667;      const double C1 = .16666666666666666667;
1083      const double C2 = .21132486540518711775;      const double C2 = .21132486540518711775;
# Line 1136  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1099  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1099              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1100              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1101  #pragma omp for  #pragma omp for
1102              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1103                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1104                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1105                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1106                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1107                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1108                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1109                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1110                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1111                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1112                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1113                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1114                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1115                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C5 + (f_111[i]-f_011[i])*C0 + (f_101[i]+f_110[i]-f_001[i]-f_010[i])*C1) / h0;
1116                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C5 + (f_101[i]-f_001[i])*C0 + (f_100[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_011[i])*C1) / h0;
# Line 1203  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1166  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1166              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
1167              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1168  #pragma omp for  #pragma omp for
1169              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1170                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1171                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1172                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1173                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1174                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1175                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1176                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1177                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1178                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1179                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1180                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
1181                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1182                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1183                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1238  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1201  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1201              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1202              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1203  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1204                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1205                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1206                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1207                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1208                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1209                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1210                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1211                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1212                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1213                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1214                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1215                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1216                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_010[i]-f_000[i])*C6 + (f_011[i]-f_001[i])*C2) / h1;
1217                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_010[i]-f_000[i])*C2 + (f_011[i]-f_001[i])*C6) / h1;
# Line 1272  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1235  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1235              } // end of face 0              } // end of face 0
1236              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1237  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1238                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1239                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1240                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1241                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1242                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1243                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1244                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1245                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1246                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1247                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1248                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1249                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1250                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;                              const double V0=((f_110[i]-f_100[i])*C6 + (f_111[i]-f_101[i])*C2) / h1;
1251                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;                              const double V1=((f_110[i]-f_100[i])*C2 + (f_111[i]-f_101[i])*C6) / h1;
# Line 1306  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1269  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1269              } // end of face 1              } // end of face 1
1270              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1271  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1272                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1273                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1274                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1275                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1276                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1277                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1278                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1279                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1280                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1281                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1282                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1283                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1284                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_001[i])*C2) / h0;
1285                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;                              const double V1=((f_001[i]-f_000[i])*C6 + (f_101[i]-f_100[i])*C2) / h2;
# Line 1339  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1302  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1302              } // end of face 2              } // end of face 2
1303              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1304  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1305                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1306                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1307                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1308                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1309                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1310                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1311                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1312                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1313                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1314                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1315                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1316                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1317                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_110[i]-f_010[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1318                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_110[i]-f_010[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 1373  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1336  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1336              } // end of face 3              } // end of face 3
1337              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1338  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1339                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1340                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1341                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1342                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1343                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1344                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1345                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1346                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1347                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1348                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1349                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1350                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1351                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_100[i]-f_000[i])*C6 + (f_110[i]-f_010[i])*C2) / h0;
1352                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_100[i]-f_000[i])*C2 + (f_110[i]-f_010[i])*C6) / h0;
# Line 1407  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1370  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1370              } // end of face 4              } // end of face 4
1371              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1372  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1373                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1374                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1375                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1376                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1377                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1378                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1379                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1380                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1381                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1382                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1383                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1384                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1385                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;                              const double V0=((f_101[i]-f_001[i])*C6 + (f_111[i]-f_011[i])*C2) / h0;
1386                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;                              const double V1=((f_101[i]-f_001[i])*C2 + (f_111[i]-f_011[i])*C6) / h0;
# Line 1454  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1417  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1417              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
1418              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1419  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1420                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1421                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1422                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1423                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1424                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1425                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1426                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1427                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1428                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1429                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1430                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1431                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1432                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1433                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h1;
# Line 1475  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1438  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1438              } // end of face 0              } // end of face 0
1439              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1440  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1441                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1442                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1443                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1444                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1445                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1446                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-2,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-2,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1447                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1448                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1449                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1450                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1451                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1452                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1453                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_010[i]-f_011[i])*C3 / h0;
1454                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_100[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1496  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1459  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1459              } // end of face 1              } // end of face 1
1460              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1461  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1462                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1463                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1464                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1465                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1466                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1467                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1468                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1469                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1470                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1471                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1472                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1473                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1474                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_101[i]-f_000[i]-f_001[i])*C4 / h0;
1475                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1517  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1480  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1480              } // end of face 2              } // end of face 2
1481              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1482  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1483                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
1484                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1485                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1486                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1487                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1488                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1489                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1490                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-2,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-2,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1491                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1492                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1493                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1494                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1495                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_110[i]+f_111[i]-f_010[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1496                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_011[i]+f_110[i]+f_111[i]-f_000[i]-f_001[i]-f_100[i]-f_101[i])*C3 / h1;
# Line 1538  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1501  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1501              } // end of face 3              } // end of face 3
1502              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1503  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1504                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1505                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1506                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1507                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1508                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1509                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1510                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1511                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1512                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1513                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1514                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1515                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1516                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_100[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_010[i])*C4 / h0;
1517                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_010[i]+f_110[i]-f_000[i]-f_100[i])*C4 / h1;
# Line 1559  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1522  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1522              } // end of face 4              } // end of face 4
1523              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1524  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1525                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
1526                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
1527                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1528                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1529                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1530                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1531                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1532                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1533                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1534                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
1535                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1536                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1537                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;                              o[INDEX3(i,0,0,numComp,3)] = (f_101[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_011[i])*C4 / h0;
1538                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;                              o[INDEX3(i,1,0,numComp,3)] = (f_011[i]+f_111[i]-f_001[i]-f_101[i])*C4 / h1;
# Line 1586  void Brick::assembleGradient(escript::Da Line 1549  void Brick::assembleGradient(escript::Da
1549  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const  void Brick::assembleIntegrate(vector<double>& integrals, escript::Data& arg) const
1550  {  {
1551      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();      const dim_t numComp = arg.getDataPointSize();
1552      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
1553      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
1554      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
1555      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1556      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1557      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1558      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();      const int fs = arg.getFunctionSpace().getTypeCode();
1559      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {      if (fs == Elements && arg.actsExpanded()) {
1560          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;          const double w_0 = h0*h1*h2/8.;
# Line 1599  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1562  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1562          {          {
1563              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1564  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1565              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1566                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1567                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1568                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1569                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1570                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1571                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1629  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1592  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1592          {          {
1593              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1594  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1595              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {              for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1596                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1597                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1598                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE0, m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(INDEX3(k0, k1, k2, m_NE[0], m_NE[1]));
1599                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1600                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1601                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1654  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1617  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1617              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1618              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1619  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1620                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1621                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1622                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1623                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1624                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1625                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1670  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1633  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1633    
1634              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1635  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1636                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1637                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1638                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1639                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1640                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1641                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1686  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1649  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1649    
1650              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1651  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1652                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1653                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1654                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1655                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1656                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1657                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1702  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1665  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1665    
1666              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1667  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1668                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1669                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1670                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1671                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1672                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1673                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1718  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1681  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1681    
1682              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1683  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1684                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1685                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1686                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1687                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1688                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1689                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1734  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1697  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1697    
1698              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1699  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1700                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1701                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1702                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1703                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1704                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];                              const double f_0 = f[INDEX2(i,0,numComp)];
1705                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];                              const double f_1 = f[INDEX2(i,1,numComp)];
# Line 1762  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1725  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1725              vector<double> int_local(numComp, 0);              vector<double> int_local(numComp, 0);
1726              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
1727  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1728                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1729                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1730                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1731                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1732                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1733                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1774  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1737  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1737    
1738              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
1739  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1740                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1741                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                      for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1742                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
1743                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1744                              int_local[i]+=f[i]*w_0;                              int_local[i]+=f[i]*w_0;
1745                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1786  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1749  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1749    
1750              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
1751  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1752                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1753                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1754                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1755                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1756                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1757                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1798  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1761  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1761    
1762              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
1763  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1764                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE2; ++k2) {                  for (index_t k2 = front; k2 < front+m_ownNE[2]; ++k2) {
1765                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1766                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
1767                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1768                              int_local[i]+=f[i]*w_1;                              int_local[i]+=f[i]*w_1;
1769                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1810  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1773  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1773    
1774              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
1775  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1776                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1777                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1778                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1779                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1780                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1781                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1822  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1785  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1785    
1786              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
1787  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1788                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE1; ++k1) {                  for (index_t k1 = bottom; k1 < bottom+m_ownNE[1]; ++k1) {
1789                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE0; ++k0) {                      for (index_t k0 = left; k0 < left+m_ownNE[0]; ++k0) {
1790                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          const double* f = arg.getSampleDataRO(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
1791                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
1792                              int_local[i]+=f[i]*w_2;                              int_local[i]+=f[i]*w_2;
1793                          }  // end of component loop i                          }  // end of component loop i
# Line 1842  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou Line 1805  void Brick::assembleIntegrate(vector<dou
1805  //protected  //protected
1806  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const  dim_t Brick::insertNeighbourNodes(IndexVector& index, index_t node) const
1807  {  {
1808      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1809      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1810      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1811      const int x=node%nDOF0;      const int x=node%nDOF0;
1812      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;      const int y=node%(nDOF0*nDOF1)/nDOF0;
1813      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);      const int z=node/(nDOF0*nDOF1);
# Line 1879  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou Line 1842  void Brick::nodesToDOF(escript::Data& ou
1842      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();      const dim_t numComp = in.getDataPointSize();
1843      out.requireWrite();      out.requireWrite();
1844    
1845      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1846      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1847      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1848      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1849      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1850      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1851  #pragma omp parallel for  #pragma omp parallel for
1852      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {      for (index_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1853          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {          for (index_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1854              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {              for (index_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1855                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_N0+(i+front)*m_N0*m_N1;                  const index_t n=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1856                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);                  const double* src=in.getSampleDataRO(n);
1857                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));                  copy(src, src+numComp, out.getSampleDataRW(k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1));
1858              }              }
# Line 1922  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou Line 1885  void Brick::dofToNodes(escript::Data& ou
1885  //private  //private
1886  void Brick::populateSampleIds()  void Brick::populateSampleIds()
1887  {  {
1888      // identifiers are ordered from left to right, bottom to top, front to back      // degrees of freedom are numbered from left to right, bottom to top, front
1889      // globally      // to back in each rank, continuing on the next rank (ranks also go
1890        // left-right, bottom-top, front-back).
1891        // This means rank 0 has id 0...n0-1, rank 1 has id n0...n1-1 etc. which
1892        // helps when writing out data rank after rank.
1893    
1894      // build node distribution vector first.      // build node distribution vector first.
1895      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is      // rank i owns m_nodeDistribution[i+1]-nodeDistribution[i] nodes which is
# Line 1937  void Brick::populateSampleIds() Line 1903  void Brick::populateSampleIds()
1903      m_nodeId.resize(getNumNodes());      m_nodeId.resize(getNumNodes());
1904      m_dofId.resize(numDOF);      m_dofId.resize(numDOF);
1905      m_elementId.resize(getNumElements());      m_elementId.resize(getNumElements());
1906    
1907        // populate face element counts
1908        //left
1909        if (m_offset[0]==0)
1910            m_faceCount[0]=m_NE[1]*m_NE[2];
1911        else
1912            m_faceCount[0]=0;
1913        //right
1914        if (m_mpiInfo->rank%m_NX[0]==m_NX[0]-1)
1915            m_faceCount[1]=m_NE[1]*m_NE[2];
1916        else
1917            m_faceCount[1]=0;
1918        //bottom
1919        if (m_offset[1]==0)
1920            m_faceCount[2]=m_NE[0]*m_NE[2];
1921        else
1922            m_faceCount[2]=0;
1923        //top
1924        if (m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0]==m_NX[1]-1)
1925            m_faceCount[3]=m_NE[0]*m_NE[2];
1926        else
1927            m_faceCount[3]=0;
1928        //front
1929        if (m_offset[2]==0)
1930            m_faceCount[4]=m_NE[0]*m_NE[1];
1931        else
1932            m_faceCount[4]=0;
1933        //back
1934        if (m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1])==m_NX[2]-1)
1935            m_faceCount[5]=m_NE[0]*m_NE[1];
1936        else
1937            m_faceCount[5]=0;
1938    
1939      m_faceId.resize(getNumFaceElements());      m_faceId.resize(getNumFaceElements());
1940    
1941        const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
1942        const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
1943        const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
1944        const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
1945        const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
1946        const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
1947    
1948        // the following is a compromise between efficiency and code length to
1949        // set the node id's according to the order mentioned above.
1950        // First we set all the edge and corner id's in a rather slow way since
1951        // they might or might not be owned by this rank. Next come the own
1952        // node id's which are identical to the DOF id's (simple loop), and finally
1953        // the 6 faces are set but only if required...
1954    
1955    #define globalNodeId(x,y,z) \
1956        ((m_offset[0]+x)/nDOF0)*nDOF0*nDOF1*nDOF2+(m_offset[0]+x)%nDOF0\
1957        + ((m_offset[1]+y)/nDOF1)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]+((m_offset[1]+y)%nDOF1)*nDOF0\
1958        + ((m_offset[2]+z)/nDOF2)*nDOF0*nDOF1*nDOF2*m_NX[0]*m_NX[1]+((m_offset[2]+z)%nDOF2)*nDOF0*nDOF1
1959    
1960  #pragma omp parallel  #pragma omp parallel
1961      {      {
1962            // set edge id's
1963            // edges in x-direction, including corners
1964    #pragma omp for nowait
1965            for (dim_t i=0; i<m_NN[0]; i++) {
1966                m_nodeId[i] = globalNodeId(i, 0, 0); // LF
1967                m_nodeId[m_NN[0]*(m_NN[1]-1)+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, 0); // UF
1968                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+i] = globalNodeId(i, 0, m_NN[2]-1); // LB
1969                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*m_NN[2]-m_NN[0]+i] = globalNodeId(i, m_NN[1]-1, m_NN[2]-1); // UB
1970            }
1971            // edges in y-direction, without corners
1972    #pragma omp for nowait
1973            for (dim_t i=1; i<m_NN[1]-1; i++) {
1974                m_nodeId[m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, 0); // FL
1975                m_nodeId[m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, 0); // FR
1976                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*i] = globalNodeId(0, i, m_NN[2]-1); // BL
1977                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1)+m_NN[0]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, i, m_NN[2]-1); // BR
1978            }
1979            // edges in z-direction, without corners
1980    #pragma omp for
1981            for (dim_t i=1; i<m_NN[2]-1; i++) {
1982                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i] = globalNodeId(0, 0, i); // LL
1983                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*i+m_NN[0]-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, 0, i); // LR
1984                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-m_NN[0]] = globalNodeId(0, m_NN[1]-1, i); // UL
1985                m_nodeId[m_NN[0]*m_NN[1]*(i+1)-1] = globalNodeId(m_NN[0]-1, m_NN[1]-1, i); // UR
1986            }
1987            // implicit barrier here because some node IDs will be overwritten
1988            // below
1989    
1990            // populate degrees of freedom and own nodes (identical id)
1991  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
1992          // nodes          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
1993          for (dim_t i2=0; i2<m_N2; i2++) {              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
1994              for (dim_t i1=0; i1<m_N1; i1++) {                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
1995                  for (dim_t i0=0; i0<m_N0; i0++) {                      const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
1996                      m_nodeId[i0+i1*m_N0+i2*m_N0*m_N1] =                      const index_t dofIdx=k+j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
1997                          (m_offset2+i2)*(m_gNE0+1)*(m_gNE1+1)                      m_dofId[dofIdx] = m_nodeId[nodeIdx]
1998                          +(m_offset1+i1)*(m_gNE0+1)                          = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+dofIdx;
                         +m_offset0+i0;  
1999                  }                  }
2000              }              }
2001          }          }
2002    
2003          // degrees of freedom          // populate the rest of the nodes (shared with other ranks)
2004            if (m_faceCount[0]==0) { // left plane
2005    #pragma omp for nowait
2006                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2007                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2008                        const index_t nodeIdx=(j+bottom)*m_NN[0]+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2009                        const index_t dofId=(j+1)*nDOF0-1+i*nDOF0*nDOF1;
2010                        m_nodeId[nodeIdx]
2011                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-1]+dofId;
2012                    }
2013                }
2014            }
2015            if (m_faceCount[1]==0) { // right plane
2016    #pragma omp for nowait
2017                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2018                    for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2019                        const index_t nodeIdx=(j+bottom+1)*m_NN[0]-1+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2020                        const index_t dofId=j*nDOF0+i*nDOF0*nDOF1;
2021                        m_nodeId[nodeIdx]
2022                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+1]+dofId;
2023                    }
2024                }
2025            }
2026            if (m_faceCount[2]==0) { // bottom plane
2027  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2028          for (dim_t k=0; k<numDOF; k++)              for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2029              m_dofId[k] = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank]+k;                  for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2030                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1];
2031                        const index_t dofId=nDOF0*(nDOF1-1)+k+i*nDOF0*nDOF1;
2032                        m_nodeId[nodeIdx]
2033                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]]+dofId;
2034                    }
2035                }
2036            }
2037            if (m_faceCount[3]==0) { // top plane
2038    #pragma omp for nowait
2039                for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++) {
2040                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2041                        const index_t nodeIdx=k+left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]+m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2042                        const index_t dofId=k+i*nDOF0*nDOF1;
2043                        m_nodeId[nodeIdx]
2044                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]]+dofId;
2045                    }
2046                }
2047            }
2048            if (m_faceCount[4]==0) { // front plane
2049    #pragma omp for nowait
2050                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2051                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2052                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0];
2053                        const index_t dofId=k+j*nDOF0+nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2054                        m_nodeId[nodeIdx]
2055                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank-m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2056                    }
2057                }
2058            }
2059            if (m_faceCount[5]==0) { // back plane
2060    #pragma omp for nowait
2061                for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++) {
2062                    for (dim_t k=0; k<nDOF0; k++) {
2063                        const index_t nodeIdx=k+left+(j+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2064                        const index_t dofId=k+j*nDOF0;
2065                        m_nodeId[nodeIdx]
2066                            = m_nodeDistribution[m_mpiInfo->rank+m_NX[0]*m_NX[1]]+dofId;
2067                    }
2068                }
2069            }
2070    
2071          // elements          // populate element id's
2072  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2073          for (dim_t i2=0; i2<m_NE2; i2++) {          for (dim_t i2=0; i2<m_NE[2]; i2++) {
2074              for (dim_t i1=0; i1<m_NE1; i1++) {              for (dim_t i1=0; i1<m_NE[1]; i1++) {
2075                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE0; i0++) {                  for (dim_t i0=0; i0<m_NE[0]; i0++) {
2076                      m_elementId[i0+i1*m_NE0+i2*m_NE0*m_NE1] =                      m_elementId[i0+i1*m_NE[0]+i2*m_NE[0]*m_NE[1]] =
2077                          (m_offset2+i2)*m_gNE0*m_gNE1                          (m_offset[2]+i2)*m_gNE[0]*m_gNE[1]
2078                          +(m_offset1+i1)*m_gNE0                          +(m_offset[1]+i1)*m_gNE[0]
2079                          +m_offset0+i0;                          +m_offset[0]+i0;
2080                  }                  }
2081              }              }
2082          }          }
# Line 1978  void Brick::populateSampleIds() Line 2087  void Brick::populateSampleIds()
2087              m_faceId[k]=k;              m_faceId[k]=k;
2088      } // end parallel section      } // end parallel section
2089    
2090    #undef globalNodeId
2091    
2092      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);      m_nodeTags.assign(getNumNodes(), 0);
2093      updateTagsInUse(Nodes);      updateTagsInUse(Nodes);
2094    
# Line 1985  void Brick::populateSampleIds() Line 2096  void Brick::populateSampleIds()
2096      updateTagsInUse(Elements);      updateTagsInUse(Elements);
2097    
2098      // generate face offset vector and set face tags      // generate face offset vector and set face tags
     const IndexVector facesPerEdge = getNumFacesPerBoundary();  
2099      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;      const index_t LEFT=1, RIGHT=2, BOTTOM=10, TOP=20, FRONT=100, BACK=200;
2100      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };      const index_t faceTag[] = { LEFT, RIGHT, BOTTOM, TOP, FRONT, BACK };
2101      m_faceOffset.assign(facesPerEdge.size(), -1);      m_faceOffset.assign(6, -1);
2102      m_faceTags.clear();      m_faceTags.clear();
2103      index_t offset=0;      index_t offset=0;
2104      for (size_t i=0; i<facesPerEdge.size(); i++) {      for (size_t i=0; i<6; i++) {
2105          if (facesPerEdge[i]>0) {          if (m_faceCount[i]>0) {
2106              m_faceOffset[i]=offset;              m_faceOffset[i]=offset;
2107              offset+=facesPerEdge[i];              offset+=m_faceCount[i];
2108              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), facesPerEdge[i], faceTag[i]);              m_faceTags.insert(m_faceTags.end(), m_faceCount[i], faceTag[i]);
2109          }          }
2110      }      }
2111      setTagMap("left", LEFT);      setTagMap("left", LEFT);
# Line 2010  void Brick::populateSampleIds() Line 2120  void Brick::populateSampleIds()
2120  //private  //private
2121  void Brick::createPattern()  void Brick::createPattern()
2122  {  {
2123      const dim_t nDOF0 = (m_gNE0+1)/m_NX;      const dim_t nDOF0 = (m_gNE[0]+1)/m_NX[0];
2124      const dim_t nDOF1 = (m_gNE1+1)/m_NY;      const dim_t nDOF1 = (m_gNE[1]+1)/m_NX[1];
2125      const dim_t nDOF2 = (m_gNE2+1)/m_NZ;      const dim_t nDOF2 = (m_gNE[2]+1)/m_NX[2];
2126      const index_t left = (m_offset0==0 ? 0 : 1);      const index_t left = (m_offset[0]==0 ? 0 : 1);
2127      const index_t bottom = (m_offset1==0 ? 0 : 1);      const index_t bottom = (m_offset[1]==0 ? 0 : 1);
2128      const index_t front = (m_offset2==0 ? 0 : 1);      const index_t front = (m_offset[2]==0 ? 0 : 1);
2129    
2130      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.      // populate node->DOF mapping with own degrees of freedom.
2131      // The rest is assigned in the loop further down      // The rest is assigned in the loop further down
# Line 2024  void Brick::createPattern() Line 2134  void Brick::createPattern()
2134      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {      for (index_t i=front; i<front+nDOF2; i++) {
2135          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {          for (index_t j=bottom; j<bottom+nDOF1; j++) {
2136              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {              for (index_t k=left; k<left+nDOF0; k++) {
2137                  m_dofMap[i*m_N0*m_N1+j*m_N0+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;                  m_dofMap[i*m_NN[0]*m_NN[1]+j*m_NN[0]+k]=(i-front)*nDOF0*nDOF1+(j-bottom)*nDOF0+k-left;
2138              }              }
2139          }          }
2140      }      }
# Line 2038  void Brick::createPattern() Line 2148  void Brick::createPattern()
2148      IndexVector offsetInShared(1,0);      IndexVector offsetInShared(1,0);
2149      IndexVector sendShared, recvShared;      IndexVector sendShared, recvShared;
2150      int numShared=0;      int numShared=0;
2151      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX;      const int x=m_mpiInfo->rank%m_NX[0];
2152      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX*m_NY)/m_NX;      const int y=m_mpiInfo->rank%(m_NX[0]*m_NX[1])/m_NX[0];
2153      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX*m_NY);      const int z=m_mpiInfo->rank/(m_NX[0]*m_NX[1]);
2154      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {      for (int i2=-1; i2<2; i2++) {
2155          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {          for (int i1=-1; i1<2; i1++) {
2156              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {              for (int i0=-1; i0<2; i0++) {
# Line 2051  void Brick::createPattern() Line 2161  void Brick::createPattern()
2161                  const int nx=x+i0;                  const int nx=x+i0;
2162                  const int ny=y+i1;                  const int ny=y+i1;
2163                  const int nz=z+i2;                  const int nz=z+i2;
2164                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX && ny<m_NY && nz<m_NZ) {                  if (nx>=0 && ny>=0 && nz>=0 && nx<m_NX[0] && ny<m_NX[1] && nz<m_NX[2]) {
2165                      neighbour.push_back(nz*m_NX*m_NY+ny*m_NX+nx);                      neighbour.push_back(nz*m_NX[0]*m_NX[1]+ny*m_NX[0]+nx);
2166                      if (i0==0 && i1==0) {                      if (i0==0 && i1==0) {
2167                          // sharing front or back plane                          // sharing front or back plane
2168                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0*nDOF1);
2169                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++) {
2170                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0                              const int firstDOF=(i2==-1 ? i*nDOF0
2171                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));                                      : i*nDOF0 + nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1));
2172                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_N0                              const int firstNode=(i2==-1 ? left+(i+bottom)*m_NN[0]
2173                                      : left+(i+bottom)*m_N0+m_N0*m_N1*(m_N2-1));                                      : left+(i+bottom)*m_NN[0]+m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1));
2174                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2175                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2176                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2093  void Brick::createPattern() Line 2203  void Brick::createPattern()
2203                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i1==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2204                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));                                      : nDOF0*((i+1)*nDOF1-1));
2205                              const int firstNode=(i1==-1 ?                              const int firstNode=(i1==-1 ?
2206                                      left+(i+front)*m_N0*m_N1                                      left+(i+front)*m_NN[0]*m_NN[1]
2207                                      : left+m_N0*((i+1+front)*m_N1-1));                                      : left+m_NN[0]*((i+1+front)*m_NN[1]-1));
2208                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF0; j++, numShared++) {
2209                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j);
2210                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2127  void Brick::createPattern() Line 2237  void Brick::createPattern()
2237                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1                              const int firstDOF=(i0==-1 ? i*nDOF0*nDOF1
2238                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);                                      : nDOF0*(1+i*nDOF1)-1);
2239                              const int firstNode=(i0==-1 ?                              const int firstNode=(i0==-1 ?
2240                                      (bottom+(i+front)*m_N1)*m_N0                                      (bottom+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]
2241                                      : (bottom+1+(i+front)*m_N1)*m_N0-1);                                      : (bottom+1+(i+front)*m_NN[1])*m_NN[0]-1);
2242                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {                              for (dim_t j=0; j<nDOF1; j++, numShared++) {
2243                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);                                  sendShared.push_back(firstDOF+j*nDOF0);
2244                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);                                  recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2151  void Brick::createPattern() Line 2261  void Brick::createPattern()
2261                                      if (i<nDOF2-1)                                      if (i<nDOF2-1)
2262                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                          colIndices[firstDOF+(j+1)*nDOF0+nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2263                                  }                                  }
2264                                  m_dofMap[firstNode+j*m_N0]=numDOF+numShared;                                  m_dofMap[firstNode+j*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2265                              }                              }
2266                          }                          }
2267                      } else if (i0==0) {                      } else if (i0==0) {
# Line 2159  void Brick::createPattern() Line 2269  void Brick::createPattern()
2269                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF0);
2270                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                          const int firstDOF=(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2271                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2272                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                          const int firstNode=left+(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2273                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2274                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF0; i++, numShared++) {
2275                              sendShared.push_back(firstDOF+i);                              sendShared.push_back(firstDOF+i);
2276                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2176  void Brick::createPattern() Line 2286  void Brick::createPattern()
2286                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF1);
2287                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2288                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                             +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2289                          const int firstNode=bottom*m_N0                          const int firstNode=bottom*m_NN[0]
2290                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2291                                              +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                              +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2292                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF1; i++, numShared++) {
2293                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0);
2294                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2187  void Brick::createPattern() Line 2297  void Brick::createPattern()
2297                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0].push_back(numShared);
2298                              if (i<nDOF1-1)                              if (i<nDOF1-1)
2299                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0].push_back(numShared);
2300                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]]=numDOF+numShared;
2301                          }                          }
2302                      } else if (i2==0) {                      } else if (i2==0) {
2303                          // sharing an edge in z direction                          // sharing an edge in z direction
2304                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+nDOF2);
2305                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int firstDOF=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2306                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);                                             +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1);
2307                          const int firstNode=front*m_N0*m_N1                          const int firstNode=front*m_NN[0]*m_NN[1]
2308                                              +(i0+1)/2*(m_N0-1)                                              +(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2309                                              +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1);                                              +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1);
2310                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {                          for (dim_t i=0; i<nDOF2; i++, numShared++) {
2311                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);                              sendShared.push_back(firstDOF+i*nDOF0*nDOF1);
2312                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);                              recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2205  void Brick::createPattern() Line 2315  void Brick::createPattern()
2315                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                              colIndices[firstDOF+i*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2316                              if (i<nDOF2-1)                              if (i<nDOF2-1)
2317                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);                                  colIndices[firstDOF+(i+1)*nDOF0*nDOF1].push_back(numShared);
2318                              m_dofMap[firstNode+i*m_N0*m_N1]=numDOF+numShared;                              m_dofMap[firstNode+i*m_NN[0]*m_NN[1]]=numDOF+numShared;
2319                          }                          }
2320                      } else {                      } else {
2321                          // sharing a node                          // sharing a node
2322                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)                          const int dof=(i0+1)/2*(nDOF0-1)
2323                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)                                        +(i1+1)/2*nDOF0*(nDOF1-1)
2324                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);                                        +(i2+1)/2*nDOF0*nDOF1*(nDOF2-1);
2325                          const int node=(i0+1)/2*(m_N0-1)                          const int node=(i0+1)/2*(m_NN[0]-1)
2326                                         +(i1+1)/2*m_N0*(m_N1-1)                                         +(i1+1)/2*m_NN[0]*(m_NN[1]-1)
2327                                         +(i2+1)/2*m_N0*m_N1*(m_N2-1);                                         +(i2+1)/2*m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-1);
2328                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);                          offsetInShared.push_back(offsetInShared.back()+1);
2329                          sendShared.push_back(dof);                          sendShared.push_back(dof);
2330                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);                          recvShared.push_back(numDOF+numShared);
# Line 2325  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste Line 2435  void Brick::addToMatrixAndRHS(Paso_Syste
2435      IndexVector rowIndex;      IndexVector rowIndex;
2436      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode]);
2437      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+1]);
2438      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]]);
2439      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]+1]);
2440      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]]);
2441      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*m_N1+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*m_NN[1]+1]);
2442      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)]);
2443      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_N0*(m_N1+1)+1]);      rowIndex.push_back(m_dofMap[firstNode+m_NN[0]*(m_NN[1]+1)+1]);
2444      if (addF) {      if (addF) {
2445          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);          double *F_p=F.getSampleDataRW(0);
2446          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {          for (index_t i=0; i<rowIndex.size(); i++) {
# Line 2365  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2475  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2475              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2476              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2477  #pragma omp for  #pragma omp for
2478              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2479                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2480                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2481                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2482                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2483                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2484                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2485                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2486                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2487                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2488                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2489                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2490                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2491                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i] + f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2492                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2401  void Brick::interpolateNodesOnElements(e Line 2511  void Brick::interpolateNodesOnElements(e
2511              vector<double> f_110(numComp);              vector<double> f_110(numComp);
2512              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2513  #pragma omp for  #pragma omp for
2514              for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {              for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2515                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2516                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2517                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2518                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2519                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2520                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2521                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2522                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2523                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2524                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2525                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE0,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(INDEX3(k0,k1,k2,m_NE[0],m_NE[1]));
2526                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2527                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c3 + f_111[i]*c0 + c2*(f_001[i] + f_010[i] + f_100[i]) + c1*(f_011[i] + f_101[i] + f_110[i]);
2528                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_100[i]*c3 + c2*(f_000[i] + f_101[i] + f_110[i]) + c1*(f_001[i] + f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2450  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2560  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2560              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2561              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2562  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2563                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2564                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2565                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2566                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2567                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2568                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2569                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2570                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2571                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_010[i] + f_011[i]);
2572                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2465  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2575  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2575              } // end of face 0              } // end of face 0
2576              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2577  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2578                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2579                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2580                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2581                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2582                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2583                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2584                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2585                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2586                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_100[i] + f_101[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2587                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2480  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2590  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2590              } // end of face 1              } // end of face 1
2591              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2592  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2593                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2594                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2595                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2596                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2597                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2598                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2599                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2600                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2601                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_001[i] + f_100[i] + f_101[i]);
2602                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2495  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2605  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2605              } // end of face 2              } // end of face 2
2606              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2607  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2608                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2609                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2610                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2611                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2612                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2613                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2614                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2615                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2616                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_010[i] + f_011[i] + f_110[i] + f_111[i]);
2617                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2510  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2620  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2620              } // end of face 3              } // end of face 3
2621              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2622  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2623                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2624                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2625                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2626                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2627                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2628                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2629                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2630                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2631                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_000[i] + f_010[i] + f_100[i] + f_110[i]);
2632                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2525  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2635  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2635              } // end of face 4              } // end of face 4
2636              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2637  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2638                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2639                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2640                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2641                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2642                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2643                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2644                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2645                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2646                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = c0*(f_001[i] + f_011[i] + f_101[i] + f_111[i]);
2647                          } // end of component loop i                          } // end of component loop i
# Line 2556  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2666  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2666              vector<double> f_111(numComp);              vector<double> f_111(numComp);
2667              if (m_faceOffset[0] > -1) {              if (m_faceOffset[0] > -1) {
2668  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2669                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2670                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2671                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2672                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2673                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2674                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(0,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2675                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[0]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2676                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2677                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_011[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_010[i]);
2678                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_010[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_011[i]);
# Line 2574  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2684  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2684              } // end of face 0              } // end of face 0
2685              if (m_faceOffset[1] > -1) {              if (m_faceOffset[1] > -1) {
2686  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2687                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2688                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2689                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2690                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2691                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2692                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_N0-1,k1+1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(m_NN[0]-1,k1+1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2693                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]));
2694                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2695                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_100[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_101[i] + f_110[i]);
2696                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_101[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_100[i] + f_111[i]);
# Line 2592  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2702  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2702              } // end of face 1              } // end of face 1
2703              if (m_faceOffset[2] > -1) {              if (m_faceOffset[2] > -1) {
2704  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2705                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2706                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2707                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2708                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2709                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2710                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,0,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2711                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2712                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2713                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_101[i]*c0 + c1*(f_001[i] + f_100[i]);
2714                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_001[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_101[i]);
# Line 2610  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2720  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2720              } // end of face 2              } // end of face 2
2721              if (m_faceOffset[3] > -1) {              if (m_faceOffset[3] > -1) {
2722  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2723                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE2; ++k2) {                  for (index_t k2=0; k2 < m_NE[2]; ++k2) {
2724                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2725                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2726                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2727                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2728                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_N1-1,k2+1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,m_NN[1]-1,k2+1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2729                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]));
2730                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2731                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_010[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_110[i]);
2732                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_110[i]*c2 + c1*(f_010[i] + f_111[i]);
# Line 2628  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2738  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2738              } // end of face 3              } // end of face 3
2739              if (m_faceOffset[4] > -1) {              if (m_faceOffset[4] > -1) {
2740  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2741                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2742                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2743                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_000[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2744                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_010[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2745                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_100[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2746                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_110[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,0, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2747                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2748                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2749                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_000[i]*c2 + f_110[i]*c0 + c1*(f_010[i] + f_100[i]);
2750                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_010[i]*c0 + f_100[i]*c2 + c1*(f_000[i] + f_110[i]);
# Line 2646  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr Line 2756  void Brick::interpolateNodesOnFaces(escr
2756              } // end of face 4              } // end of face 4
2757              if (m_faceOffset[5] > -1) {              if (m_faceOffset[5] > -1) {
2758  #pragma omp for nowait  #pragma omp for nowait
2759                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1 < m_NE[1]; ++k1) {
2760                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0 < m_NE[0]; ++k0) {
2761                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_001[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2762                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_011[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2763                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_101[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2764                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_N2-1, m_N0,m_N1)), numComp*sizeof(double));                          memcpy(&f_111[0], in.getSampleDataRO(INDEX3(k0+1,k1+1,m_NN[2]-1, m_NN[0],m_NN[1])), numComp*sizeof(double));
2765                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0));                          double* o = out.getSampleDataRW(m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]));
2766                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {                          for (index_t i=0; i < numComp; ++i) {
2767                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,0)] = f_001[i]*c2 + f_111[i]*c0 + c1*(f_011[i] + f_101[i]);
2768                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);                              o[INDEX2(i,numComp,1)] = f_011[i]*c0 + f_101[i]*c2 + c1*(f_001[i] + f_111[i]);
# Line 2672  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2782  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2782          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
2783          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
2784  {  {
2785      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
2786      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
2787      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
2788      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0009303791403858427308*h1*h2/h0;
2789      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;      const double w1 = 0.0009303791403858427308*h2;
2790      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;      const double w2 = -0.00024929433932114870101*h1;
# Line 2865  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 2975  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
2975      {      {
2976          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
2977  #pragma omp for  #pragma omp for
2978              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
2979                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
2980                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
2981                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
2982                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
2983                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
2984                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
2985                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
2986                          ///////////////                          ///////////////
2987                          // process A //                          // process A //
2988                          ///////////////                          ///////////////
# Line 5756  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste Line 5866  void Brick::assemblePDESingle(Paso_Syste
5866                          }                          }
5867    
5868                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
5869                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
5870                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
5871                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
5872                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 5772  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5882  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5882          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
5883          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
5884  {  {
5885      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
5886      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
5887      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
5888      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;      const double w0 = 0.0625*h1*h2/h0;
5889      const double w1 = 0.0625*h2;      const double w1 = 0.0625*h2;
5890      const double w2 = -0.0625*h1;      const double w2 = -0.0625*h1;
# Line 5807  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 5917  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
5917      {      {
5918          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
5919  #pragma omp for  #pragma omp for
5920              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
5921                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
5922                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
5923                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
5924                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
5925                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
5926                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
5927                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
5928                          ///////////////                          ///////////////
5929                          // process A //                          // process A //
5930                          ///////////////                          ///////////////
# Line 6196  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas Line 6306  void Brick::assemblePDESingleReduced(Pas
6306                          }                          }
6307    
6308                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
6309                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
6310                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
6311                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
6312                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 6212  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6322  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6322          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
6323          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
6324  {  {
6325      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
6326      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
6327      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
6328      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
6329      if (!mat)      if (!mat)
6330          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 6413  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 6523  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
6523      {      {
6524          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
6525  #pragma omp for  #pragma omp for
6526              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
6527                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
6528                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
6529                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
6530                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
6531                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
6532                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
6533                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
6534                          ///////////////                          ///////////////
6535                          // process A //                          // process A //
6536                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9344  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste Line 9454  void Brick::assemblePDESystem(Paso_Syste
9454                          }                          }
9455    
9456                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9457                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9458                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9459                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9460                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 9360  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9470  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9470          const escript::Data& C, const escript::Data& D,          const escript::Data& C, const escript::Data& D,
9471          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const          const escript::Data& X, const escript::Data& Y) const
9472  {  {
9473      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9474      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9475      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9476      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
9477      if (!mat)      if (!mat)
9478          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 9403  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9513  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9513      {      {
9514          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring          for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
9515  #pragma omp for  #pragma omp for
9516              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {              for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
9517                  for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                  for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
9518                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0)  {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0)  {
9519                          bool add_EM_S=false;                          bool add_EM_S=false;
9520                          bool add_EM_F=false;                          bool add_EM_F=false;
9521                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
9522                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
9523                          const index_t e = k0 + m_NE0*k1 + m_NE0*m_NE1*k2;                          const index_t e = k0 + m_NE[0]*k1 + m_NE[0]*m_NE[1]*k2;
9524                          ///////////////                          ///////////////
9525                          // process A //                          // process A //
9526                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9814  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9924  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9924                          }                          }
9925    
9926                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)                          // add to matrix (if add_EM_S) and RHS (if add_EM_F)
9927                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1+k0;
9928                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
9929                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
9930                      } // end k0 loop                      } // end k0 loop
# Line 9828  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas Line 9938  void Brick::assemblePDESystemReduced(Pas
9938  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Paso_SystemMatrix* mat,
9939        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
9940  {  {
9941      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
9942      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
9943      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
9944      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;      const double w0 = 0.0018607582807716854616*h1*h2;
9945      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;      const double w1 = 0.025917019497006092316*h1*h2;
9946      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;      const double w2 = 0.0069444444444444444444*h1*h2;
# Line 9875  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 9985  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
9985          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
9986              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
9987  #pragma omp for  #pragma omp for
9988                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
9989                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
9990                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
9991                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
9992                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
9993                          ///////////////                          ///////////////
9994                          // process d //                          // process d //
9995                          ///////////////                          ///////////////
# Line 9988  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10098  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10098                                  EM_F[6]+=tmp0_1;                                  EM_F[6]+=tmp0_1;
10099                              }                              }
10100                          }                          }
10101                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10102                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10103                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10104                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 9999  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10109  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10109          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10110              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10111  #pragma omp for  #pragma omp for
10112                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10113                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10114                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10115                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10116                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10117                          ///////////////                          ///////////////
10118                          // process d //                          // process d //
10119                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10112  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10222  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10222                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10223                              }                              }
10224                          }                          }
10225                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10226                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10227                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10228                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10123  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10233  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10233          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10234              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10235  #pragma omp for  #pragma omp for
10236                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10237                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10238                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10239                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10240                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10241                          ///////////////                          ///////////////
10242                          // process d //                          // process d //
10243                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10236  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10346  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10346                                  EM_F[5]+=tmp0_1;                                  EM_F[5]+=tmp0_1;
10347                              }                              }
10348                          }                          }
10349                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10350                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10351                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10352                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10247  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10357  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10357          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10358              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10359  #pragma omp for  #pragma omp for
10360                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10361                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10362                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10363                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10364                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10365                          ///////////////                          ///////////////
10366                          // process d //                          // process d //
10367                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10360  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10470  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10470                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10471                              }                              }
10472                          }                          }
10473                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10474                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10475                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10476                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10371  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10481  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10481          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10482              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10483  #pragma omp for  #pragma omp for
10484                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10485                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10486                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10487                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10488                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10489                          ///////////////                          ///////////////
10490                          // process d //                          // process d //
10491                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10484  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10594  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10594                                  EM_F[3]+=tmp0_1;                                  EM_F[3]+=tmp0_1;
10595                              }                              }
10596                          }                          }
10597                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
10598                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10599                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10600                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10495  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10605  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10605          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
10606              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10607  #pragma omp for  #pragma omp for
10608                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10609                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10610                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10611                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10612                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10613                          ///////////////                          ///////////////
10614                          // process d //                          // process d //
10615                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10608  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10718  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10718                                  EM_F[7]+=tmp0_1;                                  EM_F[7]+=tmp0_1;
10719                              }                              }
10720                          }                          }
10721                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
10722                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10723                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10724                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10622  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa Line 10732  void Brick::assemblePDEBoundarySingle(Pa
10732  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySingleReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
10733        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
10734  {  {
10735      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
10736      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
10737      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
10738      const double w0 = 0.0625*h1*h2;      const double w0 = 0.0625*h1*h2;
10739      const double w1 = 0.25*h1*h2;      const double w1 = 0.25*h1*h2;
10740      const double w2 = 0.0625*h0*h2;      const double w2 = 0.0625*h0*h2;
# Line 10639  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10749  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10749          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
10750              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10751  #pragma omp for  #pragma omp for
10752                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10753                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10754                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10755                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10756                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10757                          ///////////////                          ///////////////
10758                          // process d //                          // process d //
10759                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10680  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10790  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10790                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10791                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10792                          }                          }
10793                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
10794                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10795                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10796                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10691  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10801  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10801          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
10802              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10803  #pragma omp for  #pragma omp for
10804                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10805                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
10806                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10807                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10808                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
10809                          ///////////////                          ///////////////
10810                          // process d //                          // process d //
10811                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10732  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10842  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10842                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10843                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10844                          }                          }
10845                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
10846                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10847                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10848                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 10743  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10853  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10853          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
10854              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10855  #pragma omp for  #pragma omp for
10856                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10857                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10858                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10859                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10860                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10861                          ///////////////                          ///////////////
10862                          // process d //                          // process d //
10863                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10783  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10893  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10893                              EM_F[4]+=tmp0_1;                              EM_F[4]+=tmp0_1;
10894                              EM_F[5]+=tmp0_1;                              EM_F[5]+=tmp0_1;
10895                          }                          }
10896                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
10897                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10898                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10899                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10794  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10904  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10904          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
10905              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
10906  #pragma omp for  #pragma omp for
10907                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
10908                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10909                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10910                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10911                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
10912                          ///////////////                          ///////////////
10913                          // process d //                          // process d //
10914                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10835  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10945  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10945                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
10946                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
10947                          }                          }
10948                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
10949                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
10950                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
10951                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10846  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10956  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10956          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
10957              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
10958  #pragma omp for  #pragma omp for
10959                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
10960                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
10961                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
10962                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
10963                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
10964                          ///////////////                          ///////////////
10965                          // process d //                          // process d //
10966                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10887  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 10997  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
10997                              EM_F[2]+=tmp0_1;                              EM_F[2]+=tmp0_1;
10998                              EM_F[3]+=tmp0_1;                              EM_F[3]+=tmp0_1;
10999                          }                          }
11000                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
11001                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11002                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11003                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10898  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11008  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11008          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11009              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11010  #pragma omp for  #pragma omp for
11011                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11012                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11013                          vector<double> EM_S(8*8, 0);                          vector<double> EM_S(8*8, 0);
11014                          vector<double> EM_F(8, 0);                          vector<double> EM_F(8, 0);
11015                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11016                          ///////////////                          ///////////////
11017                          // process d //                          // process d //
11018                          ///////////////                          ///////////////
# Line 10939  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11049  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11049                              EM_F[6]+=tmp0_1;                              EM_F[6]+=tmp0_1;
11050                              EM_F[7]+=tmp0_1;                              EM_F[7]+=tmp0_1;
11051                          }                          }
11052                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11053                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11054                                  add_EM_F, firstNode);                                  add_EM_F, firstNode);
11055                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 10953  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed Line 11063  void Brick::assemblePDEBoundarySingleRed
11063  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Paso_SystemMatrix* mat,
11064        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11065  {  {
11066      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11067      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11068      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11069      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11070      if (!mat)      if (!mat)
11071          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 11007  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11117  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11117          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11118              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11119  #pragma omp for  #pragma omp for
11120                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11121                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11122                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11123                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11124                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11125                          ///////////////                          ///////////////
11126                          // process d //                          // process d //
11127                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11134  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11244  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11244                                  }                                  }
11245                              }                              }
11246                          }                          }
11247                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
11248                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11249                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11250                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 11145  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11255  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11255          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
11256              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11257  #pragma omp for  #pragma omp for
11258                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11259                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11260                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11261                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11262                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11263                          ///////////////                          ///////////////
11264                          // process d //                          // process d //
11265                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11272  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11382  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11382                                  }                                  }
11383                              }                              }
11384                          }                          }
11385                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
11386                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11387                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11388                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 11283  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11393  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11393          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
11394              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11395  #pragma omp for  #pragma omp for
11396                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11397                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11398                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11399                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11400                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11401                          ///////////////                          ///////////////
11402                          // process d //                          // process d //
11403                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11410  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11520  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11520                                  }                                  }
11521                              }                              }
11522                          }                          }
11523                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
11524                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11525                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11526                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11421  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11531  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11531          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
11532              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11533  #pragma omp for  #pragma omp for
11534                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11535                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11536                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11537                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11538                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
11539                          ///////////////                          ///////////////
11540                          // process d //                          // process d //
11541                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11548  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11658  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11658                                  }                                  }
11659                              }                              }
11660                          }                          }
11661                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
11662                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11663                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11664                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11559  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11669  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11669          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
11670              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11671  #pragma omp for  #pragma omp for
11672                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11673                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11674                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11675                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11676                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11677                          ///////////////                          ///////////////
11678                          // process d //                          // process d //
11679                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11686  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11796  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11796                                  }                                  }
11797                              }                              }
11798                          }                          }
11799                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
11800                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11801                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11802                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11697  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11807  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11807          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
11808              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
11809  #pragma omp for  #pragma omp for
11810                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
11811                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
11812                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11813                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11814                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
11815                          ///////////////                          ///////////////
11816                          // process d //                          // process d //
11817                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11824  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11934  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11934                                  }                                  }
11935                              }                              }
11936                          }                          }
11937                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
11938                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
11939                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
11940                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 11838  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa Line 11948  void Brick::assemblePDEBoundarySystem(Pa
11948  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,  void Brick::assemblePDEBoundarySystemReduced(Paso_SystemMatrix* mat,
11949        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const        escript::Data& rhs, const escript::Data& d, const escript::Data& y) const
11950  {  {
11951      const double h0 = m_l0/m_gNE0;      const double h0 = m_length[0]/m_gNE[0];
11952      const double h1 = m_l1/m_gNE1;      const double h1 = m_length[1]/m_gNE[1];
11953      const double h2 = m_l2/m_gNE2;      const double h2 = m_length[2]/m_gNE[2];
11954      dim_t numEq, numComp;      dim_t numEq, numComp;
11955      if (!mat)      if (!mat)
11956          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());          numEq=numComp=(rhs.isEmpty() ? 1 : rhs.getDataPointSize());
# Line 11862  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 11972  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
11972          if (m_faceOffset[0] > -1) {          if (m_faceOffset[0] > -1) {
11973              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
11974  #pragma omp for  #pragma omp for
11975                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
11976                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
11977                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
11978                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
11979                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
11980                          ///////////////                          ///////////////
11981                          // process d //                          // process d //
11982                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11909  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12019  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12019                                  EM_F[INDEX2(k,6,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,6,numEq)]+=tmp0_1;
12020                              }                              }
12021                          }                          }
12022                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*k1;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*k1;
12023                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12024                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12025                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 11920  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12030  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12030          if (m_faceOffset[1] > -1) {          if (m_faceOffset[1] > -1) {
12031              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
12032  #pragma omp for  #pragma omp for
12033                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
12034                      for (index_t k1=0; k1<m_NE1; ++k1) {                      for (index_t k1=0; k1<m_NE[1]; ++k1) {
12035                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
12036                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
12037                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE1);                          const index_t e = m_faceOffset[1]+INDEX2(k1,k2,m_NE[1]);
12038                          ///////////////                          ///////////////
12039                          // process d //                          // process d //
12040                          ///////////////                          ///////////////
# Line 11967  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12077  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12077                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;
12078                              }                              }
12079                          }                          }
12080                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(k1+1)-2;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(k1+1)-2;
12081                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12082                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12083                      } // k1 loop                      } // k1 loop
# Line 11978  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12088  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12088          if (m_faceOffset[2] > -1) {          if (m_faceOffset[2] > -1) {
12089              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
12090  #pragma omp for  #pragma omp for
12091                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
12092                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
12093                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
12094                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
12095                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[2]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
12096                          ///////////////                          ///////////////
12097                          // process d //                          // process d //
12098                          ///////////////                          ///////////////
# Line 12025  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12135  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12135                                  EM_F[INDEX2(k,5,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,5,numEq)]+=tmp0_1;
12136                              }                              }
12137                          }                          }
12138                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+k0;
12139                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12140                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12141                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 12036  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12146  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12146          if (m_faceOffset[3] > -1) {          if (m_faceOffset[3] > -1) {
12147              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring              for (index_t k2_0=0; k2_0<2; k2_0++) { // colouring
12148  #pragma omp for  #pragma omp for
12149                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE2; k2+=2) {                  for (index_t k2=k2_0; k2<m_NE[2]; k2+=2) {
12150                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
12151                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
12152                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
12153                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[3]+INDEX2(k0,k2,m_NE[0]);
12154                          ///////////////                          ///////////////
12155                          // process d //                          // process d //
12156                          ///////////////                          ///////////////
# Line 12083  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12193  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12193                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;
12194                              }                              }
12195                          }                          }
12196                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*k2+m_N0*(m_N1-2)+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*k2+m_NN[0]*(m_NN[1]-2)+k0;
12197                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12198                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12199                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 12094  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12204  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12204          if (m_faceOffset[4] > -1) {          if (m_faceOffset[4] > -1) {
12205              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
12206  #pragma omp for  #pragma omp for
12207                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
12208                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
12209                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
12210                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
12211                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[4]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
12212                          ///////////////                          ///////////////
12213                          // process d //                          // process d //
12214                          ///////////////                          ///////////////
# Line 12141  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12251  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12251                                  EM_F[INDEX2(k,3,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,3,numEq)]+=tmp0_1;
12252                              }                              }
12253                          }                          }
12254                          const index_t firstNode=m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*k1+k0;
12255                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12256                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12257                      } // k0 loop                      } // k0 loop
# Line 12152  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12262  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12262          if (m_faceOffset[5] > -1) {          if (m_faceOffset[5] > -1) {
12263              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring              for (index_t k1_0=0; k1_0<2; k1_0++) { // colouring
12264  #pragma omp for  #pragma omp for
12265                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE1; k1+=2) {                  for (index_t k1=k1_0; k1<m_NE[1]; k1+=2) {
12266                      for (index_t k0=0; k0<m_NE0; ++k0) {                      for (index_t k0=0; k0<m_NE[0]; ++k0) {
12267                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);                          vector<double> EM_S(8*8*numEq*numComp, 0);
12268                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);                          vector<double> EM_F(8*numEq, 0);
12269                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE0);                          const index_t e = m_faceOffset[5]+INDEX2(k0,k1,m_NE[0]);
12270                          ///////////////                          ///////////////
12271                          // process d //                          // process d //
12272                          ///////////////                          ///////////////
# Line 12199  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed Line 12309  void Brick::assemblePDEBoundarySystemRed
12309                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;                                  EM_F[INDEX2(k,7,numEq)]+=tmp0_1;
12310                              }                              }
12311                          }                          }
12312                          const index_t firstNode=m_N0*m_N1*(m_N2-2)+m_N0*k1+k0;                          const index_t firstNode=m_NN[0]*m_NN[1]*(m_NN[2]-2)+m_NN[0]*k1+k0;
12313                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,                          addToMatrixAndRHS(mat, rhs, EM_S, EM_F, add_EM_S,
12314                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);                                  add_EM_F, firstNode, numEq, numComp);
12315                      } // k0 loop                      } // k0 loop

Legend:
Removed from v.4277  
changed lines
  Added in v.4334

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.26